Das Atom U-Boot U.S.S. Colorado bekommt den Befehl, Atomraketen auf Pakistan abzuschießen. Da Captain Marcus Chaplin die Richtigkeit des Befehls in Frage stellt, verlangt er eine zusätzliche Bestätigung eines Verantwortlichen. Diese bleibt jedoch aus. Stattdessen wird das U-Boot von einem amerikanischen Schiff angegriffen. Die U.S.S. Colorado übersteht den Angriff und kann sich bei der Insel Sainte Marina in Sicherheit bringen. Dort übernimmt die Crew die NATO-Station und erklärt sich zur unabhängigen Nuklearmacht.
Nachdem der erste Schock über ihr unfreiwilles Exil überwunden ist, müssen sich die einzelnen Crewmitglieder nun überlegen, auf welcher Seite sie stehen. Wer wird in Zukunft zu Captain Chaplin und wer wird zu Master Chief Prosser halten? Außerdem gibt es eine neue Bedrohung in Form von US-Kriegsschiffen, die die 200-Meilen-Zone überschreiten. Und auch russische Soldaten versuchen die U.S.S Colorado für ihre eigenen Zwecke zu stehlen.
Nachdem drei Personen der Besatzungscrew vermisst werden, machen sich Captain Chaplin und sein Team auf die Suche nach ihnen. Die Spuren deuten daraufhin, dass sie vom lokalen Unterweltboss der Insel gefangen gehalten werden. Als dieser sich von Capt. Chaplin zu respektlos behandelt fühlt, lässt er eine der Geiseln hinrichten. Inzwischen treffen in Washingtion Kylie Sinclair und der Admiral Shepard aufeinander.
Der Verteidigungsminister William Curry wird die Insel besuchen, um mit Sam und Marcus über eine mögliche Rückkehr der Crew in die Heimat zu sprechen. Die Verhandlungen sind zäh – keine Seite will nachgeben. Zeitgleich gibt es eine Lücke im Sonarnetz des Sperrbereichs: Eine Batterie muss ausgetauscht werden, Grace soll mit der Colorado dorthin fahren, James wird als Taucher die Batterie austauschen. Doch die Reparatur läuft nicht gut.
Der Verteidigungsminister William Curry wird die Insel besuchen, um mit Sam und Marcus über eine mögliche Rückkehr der Crew in die Heimat zu sprechen. Die Verhandlungen sind zäh – keine Seite will nachgeben. Zeitgleich gibt es eine Lücke im Sonarnetz des Sperrbereichs: Eine Batterie muss ausgetauscht werden, Grace soll mit der Colorado dorthin fahren, James wird als Taucher die Batterie austauschen. Doch die Reparatur läuft nicht gut.
The crew is hit with an attack by an unknown force unlike anything they’ve seen before. As confusion and aggression take hold, Marcus and Sam can no longer trust their own senses even as they race to save the sub and defend the island.
Captain Marcus Chaplin ist immer noch außer sich, weil der Schlüssel zu den Nuklearwaffen nach wie vor vom Erdboden verschluckt ist. Er vermutet, dass es einen Maulwurf auf der Colorado gibt und bringt damit nicht nur seine Besatzung, sondern auch die Bewohner der Insel in Aufruhr. Bei seinen Nachforschungen kommen einige unangenehme Überraschungen zu Tage. Als er Julians vier Wände auf den Kopf stellt, dreht der durch …
Das Schiff mit den Familien der Marines ist kurz vor dem Ziel, als es von der pakistanischen Navy unter Admiral Safir Ahsan gekapert wird. Die Crew der USS Colorado macht sich bereit, um die Geiseln zu befreien. Ahsan verlangt, dass die Colorado eine Atomrakete auf Indien feuert, um dessen Armee von der Invasion in Pakistan abzuhalten. Doch selbst wenn der Captain wollte, sein Schlüssel zu den Waffen ist noch immer verschwunden. Indes gibt es auf dem Transportschiff bereits Tote.
The crew waits for a visit from its families; Marcus must contemplate the unthinkable; the reason for the attack on Pakistan is revealed.
Sam and James depart the island in a daring rescue attempt. Back on the island of Sainte Marina, a Chinese diplomat arrives to make a deal with Marcus. With scarcity and a prison problem plaguing him, Marcus finds himself treading down a more treacherous path than he could have imagined.
A typhoon, a mutiny and a Washington coup d'etat will force Marcus and his crew into unlikely alliances. As Sam's grief strains his loyalty to Marcus, will Sainte Marina get the supplies it so desperately needs? How far will Marcus go to ensure the crew's survival -- will it cost him his life?
Kylie works with Admiral Shepard to bring down the President, using evidence of what really happened in Pakistan. This affords Marcus the opportunity to surrender the Colorado, if all goes according to plan. Meanwhile, Speaker of the House Conrad Buell, meets with a small group of Washington heavyweights to discuss the unthinkable when Kylie’s video information helps persuade him to participate in a risky and treasonous maneuver.
In the exciting series finale, a violent battle for control erupts on the submarine, which leaves the Colorado vulnerable to capture by a third party — one with an exploitative plan. Can Marcus and Sam take control of the sub before it’s too late?