Im Jahr 1995 planen Kiryu und seine Freunde einen Raubüberfall auf eine Spielhalle, um ihrem beengten Leben zu entkommen. Die Spielhalle gehört jedoch der Doujima-Familie, einer Yakuza-Organisation, die über Kamurochō herrscht. Im Jahr 2005 steht Kiryu vor seiner Freilassung aus dem Gefängnis, als er erfährt, dass seine Freunde in Gefahr sind, und kehrt nach Kamurochō zurück, um sie zu beschützen.
1995. Kazama, der das Kinderheim "Sonnenblume" leitet, hat immer gehofft, dass Kiryu, Nishiki, Yumi und Miho einmal ein anständiges Leben führen würden. Doch entgegen diesem Wunsch gleiten die vier schließlich in die Welt der Yakuza ab. Im Jahr 2005 haben indes die Spannungen zwischen der Omi-Allianz und dem Tojo-Clan den Siedepunkt erreicht, nachdem zehn Milliarden Yen gestohlen wurden.
1995. Die Doujima-Familie jagt Edgars Schwester, um an das Siegel zu gelangen, das nötig ist, um sein Land zu verkaufen. Währenddessen reist Yumi nach Osaka, um nach ihrer entfremdeten älteren Schwester zu suchen. Gleichzeitig eskaliert der Kampf um Edgars Siegel. 2005 verschwindet Aiko und lässt ihre Tochter Haruka zurück. Kiryu und Yumi wollen Haruka beschützen, aber machen bald eine Entdeckung.
Im Jahr 1995 wird die überarbeitete Miho ernsthaft krank. Nishiki, der sich um seine Schwester sorgt, ist einer Intrige von Doujima ausgeliefert, mit der er Nishikis Verwundbarkeit ausnutzen will. 2005 suchen Kiryu und Yumi weiterhin in Osaka nach Aiko und begegnen Goda, dem Vorsitzenden der Omi-Allianz, der sie zwingt, die zehn Milliarden Yen bis Mitternacht des nächsten Tages zurückzugeben.
Im Jahr 2005 trifft sich Kazama mit Goda, um einen Krieg mit dem Tojo-Clan zu verhindern. Der ungelöste, zehn Jahre alte Konflikt zwischen Kiryu und Nishiki tritt zutage und treibt erneut einen Keil zwischen sie. Im Jahr 1995 hat Kiryu, der mit Untergrundkämpfen das Geld für Mihos OP zusammenbekommen will, eine Siegesserie und schafft es schließlich mit einem wichtigen Titelkampf an die Spitze.
1995. Das Band zwischen Kiryu, Nishiki, Yumi und Miho, die wie eine Familie füreinander da waren, reißt auf tragische Weise. 2005. Kann Kiryu einen Krieg zwischen dem Tojo-Clan und der Omi-Allianz verhindern? Wie werden Kiryu und Nishiki ihren alten Konflikt lösen? Und was ist die wahre Identität des Teufels von Shinjuku? Die Spannungen steigen und die letzte Schlacht in Kamurochō steht bevor.