Der Arzt Jack ist einer von 48 Überlebenden eines Flugzeugabsturzes auf einer einsamen Pazifikinsel. Zwischen Chaos, Panik und Resignation mischt sich aber auch ein Funken Hoffnung. Jack macht sich mit Kate und Charlie auf die Suche nach dem Cockpit, um ein Notsignal zu senden. Doch im tiefen Dschungel werden sie Zeuge, wie der verwundete Pilot von einer unsichtbaren Kraft aus dem Cockpit gezogen und getötet wird. In Panik rennen die drei um ihr Leben ...
Sayid macht sich mit einer Gruppe auf, um mit dem Handfunkgerät ein Notsignal zu senden, doch der Versuch scheitert. Stattdessen empfängt er einen anderen Hilferuf - einen, der bereits seit 16 Jahren von der Insel aus gesendet wird! Unterdessen versucht Jack am Strand, einem schwerverletzten Marshall das Leben zu retten. Der mit dem Tod ringende Mann verrät Jack, dass sich unter den Überlebenden eine Verbrecherin befindet ...
Jack macht sich Sorgen um den verletzten Marshal. Wenn er nicht schleunigst stärkere Antibiotika bekommt, wird er sterben. Als der Marshal kurz zu Bewusstsein kommt, warnt er Jack, er solle Kate nicht trauen. In dessen Tasche findet Jack ein Fahndungsfoto von Kate - auf sie sind 23.000 Dollar Kopfgeld ausgesetzt. Jack versucht nun eine Antwort auf die Wichtigste aller Fragen zu finden: Ist Kate eine Mörderin?
Als die Nahrungsmittel im Camp knapp werden, begeben sich Kate, Michael und Locke auf Wildschweinjagd. Michael wird dabei verletzt, Kate begleitet ihn zurück ins Camp. Unbeirrt jagt Locke weiter ... Er hatte einen großen Traum: Eine Reise nach Australien, um dort an einem "Walkabout" teilzunehmen - doch der Veranstalter lehnte ab, weil Locke im Rollstuhl saß ... Während Sayid versucht, den empfangenen Notruf zu orten, kehrt Locke mit einem Wildschwein im Schlepptau zurück.
Jack befürchtet, langsam durchzudrehen. Immer wieder sieht er einen mysteriösen Mann auf der Insel, den sonst niemand wahrnimmt. Als er versucht, ihm zu folgen, stürzt er beinahe in eine Schlucht, doch Locke rettet ihn in letzter Sekunde. Um von den angeblichen Halluzinationen wegzukommen, rät ihm Locke, sich seinen Erinnerungen zu stellen. Dabei kommt vieles hoch, was Jack lieber verdängt hätte ...
Nachdem Jin versucht hat, Michael umzubringen, spricht Sawyer eine harte Strafe aus: So lange nicht der Grund für den Angriff gefunden wurde, muss Jin gefesselt in der prallen Sonne ausharren. Sun, die Michael gesteht, dass sie doch Englisch spricht, versucht zu vermitteln und die Lage zu entschärfen. Dabei kommt Suns schicksalhafte Vergangenheit ans Licht. Indes spaltet sich die Gruppe, weil nicht alle Jacks Vorschlag, in die Höhle zu ziehen, befürworten ...
Charlie leidet unter Entzugserscheinungen und versucht, seine Drogen von Locke zurückzubekommen - doch der möchte ihm helfen, von der langjährigen Sucht loszukommen und weigert sich, ihm die Tabletten zu geben. Als Jack plötzlich in der Höhle verschüttet wird, erklärt sich Charlie freiwillig bereit, ihn zu retten. Er will damit beweisen, dass auch er für die Gruppe wichtig ist. Unterdessen starten Sayid und Kate einen neuen Versuch, das Signal zu orten ...
Sawyers Verhalten sorgt zunehmend für Unmut im Camp, denn alle vermuten, er hätte Shannons Medikament gegen Asthma unterschlagen. Sayid reißt schließlich der Geduldsfaden und versucht ihn mit Gewalt dazu zu bringen, das Versteck zu verraten. Sawyer willigt ein, doch er möchte vorher mit Kate sprechen. Er fordert von ihr einen Kuss - um dann zu gestehen, dass er die Arznei gar nicht besitzt. Es stellt sich heraus, dass Sawyer auch früher mit Absicht falsch gespielt hat ...
Bei seinem Streifzug durch den Dschungel macht Sayid eine merkwürdige Entdeckung, die sich bald als geschickt angelegte Falle erweist. Als Sayid wieder zu sich kommt, ist er an ein Bett gefesselt und eine weibliche Stimme stellt ihm Fragen, der sie mit Elektroschocks Nachdruck verleiht ... Während Sayid um sein Leben bangt, erinnert er sich an seine Zeit als Soldat im Irak, und mit welchen Verhörmethoden er damals Informationen erzwungen hatte ...
Claire wird von schrecklichen Albräumen geplagt, in denen ihr Baby entführt wird. Um eine Frühgeburt zu verhindern, will Jack sie mit Medikamenten ruhig stellen. Doch Claire ist fest davon überzeugt, dass jemand auf der Insel ihr Baby töten will, denn ein Hellseher hat ihr große Gefahr für die Zukunft prophezeit und sie damals zu dem Unglücksflug überredet. Hurley vergleicht inzwischen die Liste der Passagiere mit den Überlebenden und macht eine erschreckende Entdeckung ...
Ethan, dessen Name nicht auf der Passagierliste steht, hat Charlie und Claire entführt. Jack, Kate, Boone und Locke machen sich auf die Suche nach den Vermissten, denn sie ahnen, dass Ethan vor nichts zurückschreckt. Die Gruppe teilt sich: Während wenig später Boone und Locke auf eine geheimnisvolle Metallplatte im Dschungelboden stoßen, findet Jack Charlies leblosen Körper an einem Baum aufgehängt und eilt zu Hilfe ...
Kate und Sawyer finden unter dem Trümmern des Flugzeugs einen Metallkoffer, der für Kate sehr wertvoll zu sein scheint. Doch Sawyer will ihr das Fundstück nicht überlassen. Schließlich bittet Kate Jack um Hilfe, denn im Koffer befinden sich neben Waffen auch noch ganz andere Dinge, die etwas über ihre mysteriöse Vergangenheit verraten. Indes versucht Sayid mit Shannons Hilfe die Aufzeichnungen von Danielle zu entschlüsseln - mit überraschendem Ergebnis ...
Locke und Boone haben vor, die geheimnisvolle Luke im Dschungel zu öffnen. Als Boone den Wunsch äußert, Shannon einzuweihen, erklärt Locke sich einverstanden. Doch bald darauf schlägt er Boone kurzerhand bewusstlos ... Boone erinnert sich an die Falle, die ihm Shannon und ihr Freund Bryan damals in Australien gestellt hatten, und wie abweisend sie ihm gegenüber war ... Plötzlich hört Boone verzweifelte Hilfeschreie von Shannon. Doch seine Hilfe kommt anscheinend zu spät ...
Walt ist verschwunden, und Michael gibt Locke die Schuld. Schließlich verbringt er viel Zeit mit dem Jungen, der ganz außergewöhnliche Fähigkeiten zu haben scheint. Während die Suche auf Hochtouren läuft, kommt die Wahrheit über Michael ans Licht. Obwohl er Walts leiblicher Vater ist, hat er ihn erst kurz vor dem dramatischen Flugzeugabsturz kennen gelernt. Als Walt noch ein Baby war, nahm ihn seine Mutter mit nach Amsterdam und verbot Michael jeglichen Kontakt zu ihm ...
Locke und Boone treffen im Wald auf die verängstigte Claire. Sie kann sich an nichts mehr seit dem Absturz erinnern. Während Jack und die anderen sich um Claire sorgen, taucht Ethan plötzlich wieder auf. Er fordert Claire zurück. Falls sie ihm nicht ausgeliefert wird, droht er damit, jeden Tag einen der Inselbewohner zu töten. Zusammen mit Sayid organisiert Locke die Verteidigung des Inselcamps...
Sawyer hat Ärger mit einem Wildschwein, das sein Lager verwüstet und seine Vorräte frisst. Er beschließt, mit der Waffe Jagd auf das Tier zu machen, doch er bleibt erfolglos. Da schlägt ihm Kate einen Deal vor: Sie hilft ihm bei der Jagd, wenn sie dafür ein Teil aus Sawyers Vorratslager bekommt. Sawyer willigt ein, und die beiden ziehen los. Am Lagerfeuer gestehen sie sich dann dunkle Geheimnisse aus ihrer Vergangenheit: Beide von ihnen haben schon einmal einen Menschen getötet.
Michael ist mit der Arbeit an seinem Floß fast fertig - doch es passen nur vier Leute drauf. Für Michael steht fest, dass sein Sohn Walt und auch überraschenderweise Sawyer dazu gehören. Wer den letzten freien Platz bekommt, steht noch nicht fest. Am nächsten Tag entdeckt Michael, dass jemand in der Nacht das Floß in Brand gesteckt hat. Sein Verdacht fällt auf Jin, dessen Vergangenheit noch ein dunkles Geheimnis auf Lager hält ...
Hurley, der vor dem Flugzeugabsturz 165 Millionen Dollar in der Lotterie gewonnen hat, wird seitdem vom Pech verfolgt. Deshalb glaubt er, die Lottozahlen seien verflucht. Bei seinen Nachforschungen stößt er auf eine erschreckende Wahrheit: Die Französin Rousseau kennt diese Zahlen. Rousseaus Team hatte sie als Funksignal empfangen, woraufhin die Besatzung den Kurs änderte und auf der Insel strandete ...
Boone und Locke schaffen es nicht, die Luke zu öffnen. Locke ist verzweifelt ... Er, der als Pflegekind aufwuchs, lernte erst spät seine wahren Eltern kennen. Lockes Vater war Dialysepatient, ihm spendete er eine Niere - und wurde danach erneut kaltherzig im Stich gelassen ... Im Traum sieht Locke ein kleines Flugzeug abstürzen, das er zusammen mit Boone auch tatsächlich findet - in einer Baumkrone. Als Boone ins Cockpit hinaufsteigt, kommt es zu einem schweren Unfall ...
Jack versucht verzweifelt, den verletzten Boone zu retten. Als er niemanden findet, der Boones Blutgruppe hat, spendet Jack von seinem eigenen Blut. Unterdessen entdeckt Kate im Dschungel Claire. Da ihre Wehen eingesetzt haben, helfen ihr Kate, Jin und Charlie bei der Geburt ihres Babys. Während die Geburt von Claires kleinem Sohn gefeiert wird, kommt Shannon von ihrem Rendezvous mit Sayid zurück ...
Trotz Jacks intensiven Einsatzes stirbt Boone an seinen Verletzungen. Kurz darauf kehrt Locke zurück und will sein Verschwinden sowie Boones Tod erklären. Doch Shannon schenkt ihm keinen Glauben und bittet Sayid, ihren Bruder zu rächen. Auf dem Weg zur Unglücksstelle, wo sich auch die geheimnisvolle Luke befindet, versucht Sayid, die Wahrheit aus Locke zu pressen. Indes verschwindet einer der Revolver, und Sawyer erweist sich überraschend als ein ausgezeichneter Babysitter ...
Das zweite Floß ist fast fertig, als die Bemerkung fällt, dass sich mit der wechselnden Jahreszeit die Windrichtung drehen wird. Dadurch würde das Floß Richtung Antarktis getrieben. Jetzt wird die Zeit knapp ... Knapp ist es auch auf dem Floß: Zwischen Kate und Sawyer entflammt ein heftiger Streit um den letzten freien Platz. Während weiterhin Uneinigkeit darüber besteht, ob die rätselhafte Luke geöffnet werden soll, wird Michael Opfer eines Giftanschlags ...
Eines Morgens erscheint Rousseau am Strand und kündigt das Erscheinen der "Anderen" an. Als sie erzählt, wie es ihr beim letzten Zusammentreffen mit ihnen vor Jahren erging, beschließen Michael und Jack, das Floß möglichst schnell flott zu kriegen. Locke erinnert sich, dass Rousseau ihre Behausung gesprengt hatte, und will von ihr erfahren, wo das Dynamit lagert. Damit könnten sie endlich die widerspenstige Luke öffnen - und sich dort vor den "Anderen" verstecken ...
Während Claire, Charlie und die anderen auf der Insel Verbliebenen hektisch dabei sind, zu den schützenden Höhlen aufzubrechen, entdecken Locke, Kate, Jack und Arzt im Bauch eines Schiffswracks eine Kiste mit Sprengstoff. Beim Versuch, das Dynamit zu bergen, kommt es zu einem schweren Unglück. Rousseau nutzt derweil die Gelegenheit, um sich von der Gruppe abzusetzen. Sayid und Charlie heften sich an ihre Fersen und finden heraus, dass Rousseau Claires Baby Aaron entführt hat ...