Die berühmten "Oceanic Six", die es als einzige Überlebende des Flugzeugabsturzes geschafft haben, die einsame Insel zu verlassen, merken, dass sie mit ihr noch immer auf rätselhafte Weise verbunden sind. Jack ist nach einem Gespräch mit Ben fest davon überzeugt, dass sie sofort zurückkehren müssen, um die zurückgebliebenen Überlebenden zu retten.
Hurley und Sayid werden in ihrem Versteck von der Polizei entdeckt und müssen fliehen. Unterdessen bekommen die übrigen der "Oceanic Six" zu spüren, dass ein unbekannter Gegner sie ins Visier genommen hat: Kate bekommt unerwarteten Besuch. Er erteilt ihr einen schockierenden Ratschlag, wie sie die Wahrheit über die "Oceanic Six" verschleiern soll.
Die Insel bewegt sich noch immer in unvorhersehbaren Sprüngen durch die Zeit. Desmond sucht eine Frau auf, mit deren Unterstützung es Faraday vielleicht gelingen könnte, das Phänomen zu stoppen. Und Locke findet heraus, wer wirklich hinter den Angriffen auf die "Oceanic Six" steckt.
Kate will den Auftraggeber von Anwalt Dan Norton herausfinden, der einen Gentest von ihr und ihrem vermeintlichen Sohn Aaron erzwingen will. Auf der Insel verschlechtert sich Charlottes Gesundheitszustand nach einem weiteren Zeitsprung: Sie wird bewusstlos und ist anschließend so verwirrt, dass sie Daniel nicht wiedererkennt. Auch alle anderen leiden unter den Folgen der Zeitsprünge.
Sun beobachtet das Treffen von Ben, Jack, Kate und Sayid und beschließt, Ben zu töten. Doch als sie ihm mit gezogener Waffe gegenüber steht, behauptet Ben, dass ihr Ehemann Jin noch am Leben ist. Auf der Insel macht sich Jin im Jahr 1988 mit der schwangeren Danielle Rousseau und ihrer Gruppe in Richtung Funkturm auf. Im Dschungel macht das Rauchmonster Jagd auf sie.
Eloise Hawking enthüllt Desmond, Jack, Sun und Ben, wie sie auf die Insel zurückkehren können: Die DHARMA-Initiative hat eine Möglichkeit gefunden, vorherzusagen, wo sich zu einer bestimmten Zeit eine Verbindung zur Insel öffnen wird. Innerhalb von 36 Stunden müssen die Rückkehrer einen bestimmten Flug besteigen, der sie in einen solchen Riss im Raum-Zeit-Kontinuum führen wird.
Nachdem er das "Verschieben" der Insel gestoppt hat, landet John Locke in der tunesischen Wüste. Er wird in ein örtliches Krankenhaus eingeliefert, wo sein offener Beinbruch behandelt wird. Dort taucht auch Charles Widmore auf, der Locke seine Hilfe anbietet: Um die "Oceanic Six" auf die Insel zurückzubringen, erhält Locke einen gefälschten Pass auf den Namen Jeremy Bentham.
Locke ist es gelungen, die gefährlichen Zeitsprünge der Insel zu stoppen. Doch das hat auch zur Folge, dass Juliet, Sawyer, Miles, Daniel und Jin im Jahr 1974 stranden. Zu dieser Zeit besteht ein fragiler Waffenstillstand zwischen der DHARMA-Initiative und den "Anderen". Die Neuankömmlinge werden sofort in den Konflikt zwischen beiden Gruppen hineingezogen.
Sawyer begrüßt Jack, Kate und Hurley auf der Insel und berichtet ihnen, dass sie sich im Jahr 1977 befinden und er in Dharma-Ville lebt. Mit Hilfe von Juliet gelingt es Sawyer seine Freunde in Dharma-Ville einzuschleusen. Unterdessen geht Jin auf die Suche nach Sun, nachdem er von Sawyer erfahren hat, dass der Rest der Oceanic Six ebenfalls wieder zur Insel zurückgekehrt ist.
1977: Sayid widersteht allen Befragungen durch DHARMA-Chef Horace Goodspeed und Forschungsleiter Radzinsky. Auch der Sicherheitschef Jim LaFleur alias Sawyer kann ihn nicht davon überzeugen, sich als "Anderer" auszugeben und so der drohenden Folter zu entgehen. Doch als Sayid ein Wahrheitsserum injiziert wird, beginnt er von den Geheimnissen der Insel zu erzählen.
Jin bringt den schwer verletzten Ben Linus zurück zu den Barracken. Juliet kann seine Schusswunde nicht versorgen. Und Jack weigert sich, da er nur allzu gut weiß, was einmal aus dem Jungen werden wird. Aber Juliet und Kate können es nicht mit ihrem Gewissen vereinbaren, ein unschuldiges Kind einfach sterben zu lassen. Kate fasst einen folgenschweren Entschluss.
Nachdem er von Sun k.o. geschlagen wurde, erwacht Ben Linus im Lager der Überlebenden von Ajira Flug 316. Er ist zunächst überrascht, ausgerechnet John Locke an seinem Bett vorzufinden. Den hatte er vor Flugbeginn ermordet. Nachdem Ben sich wieder gefangen hat, kündigt er an, er müsse zur Hauptinsel und sich vom Rauchmonster richten lassen, da er unerlaubt auf die Insel zurückgekehrt sei.
Miles wird von Horace Goodspeed beauftragt, eine Leiche von der Schwan-Station zu Dr. Pierre Chang zu bringen. Widerwillig kommt Miles dem nach. Er kann allerdings nicht verhindern, dass sich Hurley zu ihm in den Transporter setzt und prompt die Leiche entdeckt. Damit nicht genug: Der stets hilfsbereite Hurley ist zudem fest entschlossen, Miles mit seinem lange verschollenen Vater wiederzuvereinen, der sich ebenfalls auf der Insel befindet.
Nach seiner Rückkehr auf die Insel kennt Daniel Faraday nur ein Ziel: Er will ein katastrophales Ereignis abwenden, das sich in sechs Stunden in der Schwan-Station abspielen wird und das nach Daniels Berechnungen die gesamte Insel verwüsten wird. DHARMA-Forscher Dr. Pierre Chang schenkt Daniels wilden Behauptungen allerdings keinen Glauben. Daniel, Jack und Kate beschließen daraufhin, sich zu den Anderen durchzuschlagen und sie vor der bevorstehenden Katastrophe zu warnen...
1977: Nach dem tragischen Tod von Daniel Faraday werden Jack und Kate von Charles Widmore gefangen genommen. Unerwartete Unterstützung bekommen die beiden von Eloise Hawking: Sie unterstützt Jacks Plan, die Schwan-Station mit der Wasserstoffbombe zu sprengen, um eine noch größere Katastrophe zu verhindern. Die Bombe ist in einer Höhle versteckt, über der mittlerweile die DHARMA-Baracken errichtet wurden. Im Jahr 2007 nutzt John Locke seinen Status als neuer Anführer der Anderen, um einen lange gehegten Plan in die Tat umzusetzen: Er will den mysteriösen Jacob endlich persönlich treffen...
Im Jahr 1977 gelingt es Jack und Sayid, den Atomsprengsatz aus der Wasserstoffbombe auszubauen, und dank Hurleys Hilfe können sie aus der schwer bewachten DHARMA-Siedlung entkommen - doch dabei wird Sayid lebensgefährlich verletzt. Trotz dieses Rückschlags ist Jack weiter fest entschlossen, mit der Bombe die im Bau befindliche Schwan-Station zu sprengen. Im Jahr 2007 kommen John Locke, Sun und die Anderen an ihrem Ziel an: den Überresten der Statue am Strand, in deren steinerner Basis der geheimnisumwitterte Jacob lebt. John und Ben Linus begeben sich ins Innere, um Jacob zu töten...
Im Jahr 1977 gelingt es Jack und Sayid, den Atomsprengsatz aus der Wasserstoffbombe auszubauen, und dank Hurleys Hilfe können sie aus der schwer bewachten DHARMA-Siedlung entkommen doch dabei wird Sayid lebensgefährlich verletzt. Trotz dieses Rückschlags ist Jack weiter fest entschlossen, mit der Bombe die im Bau befindliche Schwan-Station zu sprengen. Im Jahr 2007 kommen John Locke, Sun und die Anderen an ihrem Ziel an: den Überresten der Statue am Strand, in deren steinerner Basis der geheimnisumwitterte Jacob lebt. John und Ben Linus begeben sich ins Innere, um Jacob zu töten...