Nachdem seine Freundin Nikki bei einem brisanten Einsatz am Comer See getötet wurde, hat sich MacGyver fürs Erste aus dem Dienst zurückgezogen. Doch als Wissenschaftler einer Forschungsstation auf Grönland mit einem prähistorischen Virus getötet werden, beruft ihn seine Chefin Patricia Thornton zurück: Der Vorfall hängt mit dem Einsatz am Comer See zusammen, und für Mac entwickelt sich dieser Auftrag zu einer emotionalen Achterbahnfahrt ?
Die Phoenix Foundation bekommt einen neuen brisanten Auftrag: Die venezolanische Regierung hat die US-Spionin Sarah Adler gefasst. Adler sollte den Waffenhändler Alfredo Barrios beschatten und ihre Informationen an die CIA weitergeben – doch kurz zuvor wurde sie festgesetzt. Ihr Leben liegt nun in den Händen von Mac und seinem Team, das sich einiges einfallen lassen muss, um Sarah heil aus Venezuela herauszubekommen.
Mac und die Phoenix Foundation sollen die Terrorgruppe D 77 stoppen, die Anschläge auf US-Regierungsgebäude verübt. Deren Offshore-Konten führen Mac und Dalton zu dem flüchtigen Hedgefonds-Manager Ralph „Golden Boy“ Kastrati nach Malaysia, der die Gelder der Terroristen verwaltet. Er soll ihnen verraten, wo sich D 77 aufhält und was ihr nächstes Ziel ist. Doch dann geraten die drei unter Beschuss, und Ralph wird lebensgefährlich verletzt. Mac muss sich was einfallen lassen.
Eine Agentin kontaktiert Thornton und teilt ihr mit, dass sie den abtrünnigen russischen General Sevchenko gefunden hat. Offenbar plant er einen Putsch gegen die Regierung in Moskau. Um seiner Absicht Nachdruck zu verleihen, hat er sich eine alte Sowjet-Atombombe beschafft. Während Thornton in Russland Sevchenko dingfest machen will, soll sich Mac von den USA aus um die Entschärfung der Bombe kümmern. Dazu braucht er die Hilfe eines ihrer Entwickler: Alexander Orlov.
Mac und Jack sollen nach Berlin reisen, um sich mit Katarina Wagner zu unterhalten. Sie hat Informationen darüber, dass ihr Chef mit Feinden Amerikas Waffenhandel betreibt. Eigentlich sollte sich ein Agent mit Katarina treffen – doch der ist tot. Und wie sich herausstellt, haben es Auftragskiller auf sie abgesehen. Es kommt zu einem Scharmützel in einem Zug, den die Angreifer manipuliert haben?
Mac gerät in einen explosiven Auftrag: Er soll in New York eine Bombe entschärfen. Diese trägt die Handschrift des Geists, eines Bombenbauers, der weltweit Angst und Schrecken verbreitet. Mac gelingt es, den Sprengsatz unschädlich zu machen – doch damit geht der Spaß erst richtig los. Das Team heftet sich an die Fersen des Geists, der sie mit weiteren Bomben ordentlich auf Trab hält. Dann gerät Jack in Lebensgefahr?
Weil seine Leute seit seiner Verhaftung Bundesagenten und Polizisten niedermetzeln, soll Mac dem Kartell-Boss Joaquin „El Noche“ Sancola zur Flucht aus einem Hochsicherheitsgefängnis in Texas verhelfen. Der Plan ist, dass El Noche sie zu seinem Geheimversteck führt und Phoenix das Kartell aushebt. Doch um alles in die Tat umzusetzen, muss Mac als Häftling getarnt in den Knast und El Noches Vertrauen gewinnen …
Team Phoenix soll einen Auftragskiller jagen, der bereits mehrere hochranginge Persönlichkeiten getötet hat – und dessen Identität unbekannt ist. Der CIA ist er lediglich unter seinem Aktenzeichen S-218 bekannt. In den USA soll der Mann einen neuen Auftrag ausführen, und Mac und seine Leute müssen herausfinden, wer die Zielperson ist. Das Ergebnis ihrer Recherche gefällt niemandem im Team, besonders nicht Mac …
Nachdem Bozer durch Zufall erfahren hat, was Mac beruflich treibt, nimmt Thornton ihn in die Mangel. Das Team reist unterdessen nach Riga, um Janis, den Anführer einer lettischen Terrororganisation, dingfest zu machen. Leider läuft die Aktion nicht wie geplant, und schon bald sind Janis’ Kumpel hinter Mac & Co. her. Sie schaffen es gerade noch, sich in die US-Botschaft zu retten, doch die Terroristen nehmen das Gebäude unter Beschuss.
Mac, Jack, Riley und Bozer fahren in Macs alte Heimat Mission City. Dort soll Mac in seiner ehemaligen Highschool einen Vortrag halten. Kurz nach seiner Präsentation wird die clevere Valerie Lawson vor Macs Augen entführt. Offenbar weiß ihr Vater Chuck, wer die Gangster sind – doch er will nicht mit dem Team zusammenarbeiten. Dafür hat er einen guten Grund, denn er schuldet den Entführern etwas. Wenn er nicht liefert, stirbt Valerie …
Angeblich hat der amtierende US-Präsident grünes Licht für Cyber-Angriffe auf China gegeben. Im Gegenzug setzt China daraufhin U-Boote mit Atomraketen in Richtung USA in Marsch. Doch die Verfügung des Präsidenten ist nur eine Täuschung. Dahinter steckt ein Hackerangriff auf die NSA. Ausgerechnet Riley soll für diesen fatalen Hackangriff verantwortlich sein. Sie ist offenbar mittlerweile untergetaucht. Mac und sein Team zweifeln an Rileys Schuld, doch die Zeit drängt. Es droht der Dritte Weltkrieg! (Text: ORF)
Mac und Jack genießen gerade einen Männernachmittag, als Jacks Ex Sarah vor der Tür steht: Sie sagt, sie hat Nikki aufgespürt und weiß, wie das Team sie schnappen kann. Tatsächlich taucht Nikki in einer Kirche auf und lässt sich beinahe mühelos festnehmen. Sie behauptet, undercover für die CIA zu arbeiten und auf der Jagd nach einem Maulwurf mit dem Codenamen Chrysalis zu sein, der streng geheime Regierungsinterna an eine gefährliche Organisation weitergibt …
Jack und Mac schnappen in Kasachstan den gesuchten Kriegsverbrecher Victor. Doch als sie mit ihm das Land verlassen wollen, wird ihr Helikopter unter Beschuss genommen und stürzt mitten im Nirgendwo ab. Kein Funk, kein Handynetz, kein Survival Kit – und ein flüchtiger Victor, der nun verfolgt werden muss. Jack, Mac und Pilotin Cynthia sind bei der Suche auf sich allein gestellt ?
Der Prototyp einer Gesichtserkennungs-Software, die Riley gerade entwickelt, hat einen vom FBI gesuchten Verbrecher gefunden: Douglas Bishop. Er hat eine Agentin getötet, seither steht er auf der Fahndungsliste. Angeblich besticht er einen FBI-Beamten, der ihm beim Untertauchen hilft. Mac und Jack können Bishop schnappen, doch seine Version der Geschichte ist eine ganz andere – er sagt, ein FBI-Mann habe ihn in der Hand und würde ihn zwingen, seine dreckigen Jobs zu erledigen …
Vanessa Frank und ihr Freund Daniel Lee werden in San Francisco von einem maskierten Mann erschossen. Die Tat gleicht den Morden des Zodiac-Killers, der in den 1960er Jahren sein Unwesen in San Francisco trieb und nie gefasst wurde. Ist der Zodiac wieder aufgetaucht, oder gibt es einen Nachahmungstäter? Matty will den Fall unbedingt lösen, denn Vanessa war ihr Patenkind. Für Mac, Jack und die anderen ist es selbstverständlich, sich an die Fersen des Mörders zu heften.
Mac und Jack sollen Aaron Deckard fassen. Der Gesuchte gehört dem armenischen Verbrechersyndikat an. Dort sorgt er für das Verschwinden von Leichen. Bei einer Kontrolle wegen überhöhter Geschwindigkeit wurde Deckard vor vier Tagen festgenommen, aus Mangel an Beweisen aber bald wieder freigelassen. Seither jagt ihn sein ehemaliger Boss Armin Morsofian. Mac und Jack sollen Deckard aufspüren, bevor er Morsofian in die Hände fällt. Doch die smarte Kopfgeldjäger-Familie Colton kommt ihnen zuvor.
Eine niederländische Parlamentarierin steht im Verdacht, Staatsgeheimnisse an Terroristen weiterzugeben. Die Übergabe soll in Amsterdam stattfinden, Mac und sein Team überwachen die Aktion vor Ort. Doch die Operation läuft nicht wie erwartet, und plötzlich gerät das Team ins Visier des niederländischen Geheimdienstes: Mac und die anderen werden für die Terroristen gehalten und sind auf sich allein gestellt – sämtliche US-Behörden haben sich von ihnen losgesagt.
Mac und sein Team sind auf der Rückreise von einer anstrengenden Mission, als Matty ihr Flugzeug nach Hawaii umleitet. Auf Big Island gab es ein schweres Erdbeben, und Mac & Co. sollen die Katastrophenhelfer unterstützen. Als Mac und Jack bei der Bergung von Wissenschaftlern aus einem einsturzgefährdeten Gebäude helfen wollen, lernen sie Kono und Chin von Five-0 kennen. Wie sich herausstellt, befinden sich in dem Gebäude nicht nur die Forscher, sondern auch Kriminelle ?
Eine ehemalige Studienkollegin des MIT braucht Hilfe von Mac (Lucas Till) und seinem Team. Sie (Aly Michalka) ist untergetaucht, um sich und ihre wissenschaftlichen Forschungen vor dem sicheren Tod zu bewahren.
Phoenix bekommt den Hinweis, dass eine Terrororganisation namens Omnus plant, einen Mann mit dem Codenamen „Der Architekt“ töten zu lassen. Als Killer haben sie Murdoc angeheuert – nicht wissend, dass er inhaftiert ist. Also beschließt Mac, sich als Murdoc auszugeben, um über den Auftragsmord an Omnus heranzukommen. Doch als Mac den Architekten in seiner Gewalt hat, ergibt plötzlich nichts mehr einen Sinn.
Murdoc ist es gelungen, mit einem Trick einen seiner Leute bei Phoenix einzuschleusen. Der befreit Daniel Holt, zusammen bringen sie das gesamte Gebäude in ihre Gewalt. Ihr Ziel: Alle Mitarbeiter der Phoenix Corporation sollen im Auftrag Murdocs getötet werden. Mac und Jack haben alle Hände voll damit zu tun, die Angreifer auszuschalten. Riley und Bozer geraten bei diesem außergewöhnlichen Einsatz an die Grenze dessen, was sie ertragen können.