In einem Geheimlabor der US-Regierung kommt es zu verheerenden Explosionen. Zwei Wissenschaftler werden verschüttet. Da droht auch noch ein leckgeschlagener Säuretank, das Grundwasser der Region zu verseuchen. Top-Agent MacGyver soll eine Katastrophe verhindern.
In Burma stürzt ein Flugzeug ab. An Bord befindet sich ein Kanister mit einem hochgefährlichen Gift. Angus MacGyver soll die Chemikalie bergen, bevor eine Katastrophe passiert. An der Unglücksstelle angekommen, muss er jedoch feststellen, dass ihm jemand zuvor gekommen ist. Ein möderischer Wettlauf beginnt.
MacGyver ist gerade in Budapest, als er den Auftrag erhält, Kontakt zu einem Doppelagenten aufzunehmen. Der habe wichtige Informationen für den US-Geheimdienst in einer goldenen Taschenuhr versteckt. Der Mann aber wird vor MacGyvers Augen ermordet. Die wertvolle Uhr klaut eine kleine Zigeunerin. MacGyver nimmt Kontakt mit deren Sippe auf.
Reporterin Kate Connoly ist in Mittelamerika spurlos verschwunden. Ihr Chef beauftragt MacGyver. Der findet sie prompt. Kate will das Land allerdings keinesfalls verlassen. Sie ist hinter dem Chef der Geheimpolizei her, der einen Putsch plant. MacGyver hat seine liebe Not, die ehrgeizige Kate am Leben zu erhalten.
Gangster Catlin, der sich auf den Virgin-Island gemütlich eingerichtet hat, ist der Coup seines Lebens geglückt: Diamanten im Wert von 60 Millionen Dollar konnte er erbeuten. Senator Rhodes beauftragt MacGyver, die Steinchen wieder zu beschaffen. Seine Tochter Chris soll den Überlebenskünstler untersützen.
Ein Freund, der im Amazonas Vögel erforscht, bittet MacGyver um Hilfe. Die Tiere verhalten sich so auffällig, als drohe große Gefahr. Die ist bald ausgemacht: Von der Farm des Pflanzers Mr. Trumbo aus hat sich ein gewaltiger Zug von Wanderameisen auf den Weg gemacht. Die vernichten alles, was ihre Bahn kreuzt. MacGyvers Freund ist ihr erstes Opfer.
MacGyver will ein paar Tage ausspannen. Er fährt zu einem See, den er als Junge mit seinem Vater besucht hat. Unterwegs aber wird er in eine dramatische Geiselnahme verstrickt. Gangster haben Kelly Nielson, die Betrieberin des kleinen regionalen Flughafens, und ihre Mitarbeiter in ihre Gewalt gebracht. MacGyver läst seinen Kurzurlaub sausen.
MacGyver besucht Bill und Laura, seine alten Freunde. Die bohren in der Einöde nach Öl und werden fündig. Doch nach einem Kurzschluss entzündet sich ausweichendes Erdgas und verletzt einen Arbeiter schwer. Bill und Laura haben nichts zur Hand, um die gewaltige Stichflamme unter Kontrolle zu bringen. MacGyver ist gefragt, eine Katastrophe zu verhindern.
Frank Bennet hat sich nach langem Ringen entschlossen, gegen seinen Bruder, einen Drogendealer, auszusagen. MacGyver soll für Franks Sicherheit sorgen. Doch das ist leichter gesagt als getan. Denn Frank macht ist nicht mehr in dem sicheren Versteck zu halten als er erfährt, dass seine Mutter seine Mutter im Sterben liegt.
Der US-Geheimdienst schickt MacGyver in den Nahen Osten. Dort soll er eine Chemiefabrik außer Kraft setzen. Aber McGyver fliegt auf und erfährt, dass man den berüchtigten Kopfgeldjäger Axminster auf ihn angesetzt hat. MacGyver flüchet sich zu seinem Großvater, der zurückgezogen in den Bergen Colorados lebt. Doch der Killer ist ihm auf den Fersen.
MacGyver und Thornton sind auf dem Heimweg aus einem östlichen Land. Im Gepäck: einen Mikrofilm voll hochbrisanter Informationen. Prompt werden die beiden überfallen. MacGyver kann den Film verstecken, kurz bevor er von Neilson, einem Agenten der Gegenseite, verschleppt wird. Der verabreicht ihm ein mörderisches Serum.
Abwehrchef Thronton und Kollegin Karen Blake erwarten MacGyver in einem abgelegen Herrenhaus. Hier wollen die drei Informationen aus dem Ostblock entschlüsseln. Aber Quayle, ein alter Feind MacGyvers, macht ihnen einen dicken Strich durch die Rechnung. Denn der will sich an MacGyver für all die Niederlagen rächen, die dieser ihm beigebracht hat.
MacGyver wird von seiner alten Studienfreundin Amy um Hilfe gebeten. Er reist nach Westport Beach. Amy arbeitet dort in einer Nuklearfabrik, aus der große Mengen Uran verschwunden sind. Der Leiter des Unternehmens, der in Washington über die Vorfälle Bericht erstatten wollte, kam bei einem Unfall ums Leben. Kurz darauf gibt es eine zweite Tote: Amy.
Auf dem Kreuzfahrtschiff Victoria geht eine Bombendrohung ein. Um ihren Forderungen Nachdruck zu verleihen, sprengen die Erpresser die Wetterstation in die Luft. Der Kapitän kommt dabei ums Leben. MacGyver und sein Freund Robinson werden auf das Schiff gebracht. Sie sollen die Lage entschärfen. Das ist leichter gesagt als getan. Denn bei diesen Bomben war ein Genie am Werk.
Ein brandgefährlicher Auftrag führte MacGyver nach Ostdeutschland. Buchstäblich in letzter Sekunde kommt er aus der DDR heraus. Kaum wieder zu Hause bittet sein Boss Thornton ihn um Hilfe: Die Gegenseite soll einen Agenten eingeschleust haben. MacGyver soll den Spitzel enttarnen.
MacGyver soll in Bulgarien einen Mikrofilm abholen. Der enthält Belege für Korruption in Regierungskreisen. Auf dem Flugplatz von Sofia lernt der Agent die amerikanische Nachtclubsängerin Penny kennen. Die hat sich unglücklich in einen hohen bulgarischen Staatsbeamten verliebt. In diese unglückliche Liebesgeschichte zieht sie MacGyver hinein.
Ein Spionagesatellit ist über Afghanistan abgestürzt. MacGyver soll sofort hin wichtige Geheiminformationen bergen. Leichter gesagt als getan. Denn die Region wimmelt nur so von rivalisierenden afghanischen Milizen. Ahmed, ein 13-jähriger Junge, kann MacGyver in letzter Sekunde retten. Gemeinsam versuchen sie, den Verfolgern zu entkommen.
Gangster haben im Auftrag einer ausländischen Macht amerikanische Flugabwehrraketen gestohlen. Ohne das Leitsystem, das Professor Willis zusammen mit der hochbegabten Kate entwickelt hat, sind die Geschütze jedoch wertlos. Weil Kate von der Spionageabwehr gesucht wird, bittet Willis MacGyver um Hilfe.
In Indien muss MacGyver wichtige Information transportieren. Unterwegs mit dem Zug fliegt vor seinen Augen eine Eisenbahnbrücke in die Lust. Hassan, der Vorsteher eines kleinen Dorfes, hat den Befehl dazu gegeben. Er will die Kerle drankriegen, die ihm gefährliche Medikamente verkauft haben. Die gefälschten Mittel haben kleine Kinder umgebracht. MacGyver greift ein.
In Nordafrika begegnet MacGyver in einem Waisenhaus der jungen Sara. Die bittet ihn um Hilfe: Ihr Burder Brian habe im Auftrag der Kirche Hilfsgüter ins Land gebracht. Die korrupte Regierung ließ ihn deshalb ins Gefängnis werfen. MacGyver macht sich sofort daran, den Jungen zu befreien. Er beleidigt einen Polizisten und wandert hinter Gitter.
Pete Thornton reist heimlich nach Moskau. Er fühlt sich für den Tod des Dissidenten Alexander Karsov verantwortlich und will dessen Tochter Marya in Sicherheit bringen. Plötzlich steht er MacGyver gegenüber. Der besteht darauf, seinen Boss auf diesem gefährlichen Trip zu begleiten.
MacGyver und Thornton ermitteln fieberhaft gegen einen international gesuchten Killer. Die Geheimdienste vermuten, dass der ein neues Attentat plant. Hinweise auf das mögliche Opfer sind zunächst aber nicht zu finden. Kurz darauf gibt es eine Tote. Die Spur führt zu einem gewissen Piedra, der für Kurierdienste Callgirls engagiert.