MacGyver wird als Einbruchexperte gebraucht. Er soll die Sicherheitsvorkehrungen einer Militäreinrichtung überprüfen. Tatsächlich gelingt es ihm, die computergesteuerte Anlage außer Kraft zu setzen und in den Hochsicherheitstrakt einzudringen. Das aber gefällt dem Kollege Computer gar nicht. Die Maschine entwickelt Eingenleben und macht Jagd auf MacGyver.
Pete Thornton setzt MacGyvers Kurzurlaub eine jähes Ende. Der Top-Agent soll einen gewissen Simmons ausfindig machen. Der hat Staatsgeheimnisse an eine östliche Macht verraten. Hinter Simmons aber ist auch Papa Chuck Banning her, Chef einer mächtigen Mafia-Familie. Der setzt einen Killer auf Simmons an. Zufällig kreuzt der MacGyvers Weg.
Kelly, ein Kollege von Pete Thornton, steht kurz vor seinem 60. Geburtstag. Genau diesen Tag hat er sich auserkoren, um aus dem Leben zu scheiden. Denn Kelly wurde von einem gewissen Crowe um seine gesamten Ersparnisse gebracht. MacGyver kann in letzter Sekunde Kellys Selbstmord verhindern. Sofort macht er sich daran, Crowe das Handwerk zu legen.
MacGyver soll den 14-jährigen Bruder einer Freundin in Chinatown abholen. Er findet seinen Schützling in eine merkwürdige Zeremonie verstrickt: Stone, ein skrupelloser Gauner, verkauft den Jungen an abergläubischen Chinesen als das legendäre Wunschkind. Ein begeisteter Anhänger bietet eine Millionen Dollar, wenn Stone den Jungen an ihn ausliefert. Der Gangster zögert keine Sekunde.
Ein Bewährungshelfer soll mit einer Gruppe junger Krimineller ein Überlebenstraining absolvieren, untersützt von MacGyver. Doch der Sozialarbeiter verliert die Nerven und macht sich aus dem Staub. Allein mit den Jungs startet MacGyver einen Rundflug. Kaum in der Luft stirbt der Pilot und MacGyver ist komplett auf sich gestellt.
MacGyver lässt sich überreden, seinen alten Bekannten Jack Dalton nach Mittelamerika zu begleiten. Es gilt, einen amerikanischen Botaniker aus den Händen der dortigen Machthaber zu befreien. Die aber haben einen guten Grund den Mann festzuhalten, wie MacGyver bald feststellen muss: Bei dem Botaniker handelt es sich um den international gesuchten Großdealer.
Zwei Amerikanerinnen, Schwester Margaret und die Novizin Debra, werden in Asien von Soldaten verschleppt. MacGyver und Thronton fliegen hin, um sie zu befreien. Sie spüren das Versteck der Geiselnehmer und ihrer Gefangenen auf. Während Margret und Thronton sich in einen Hubschrauber retten können, bleiben MacGyver und Debra im Dschungel zurück.
Angus MacGyver erhält einen besonderen Auftrag. Im Dead Horse Point Naturpark soll er ein Adlerpärchen und seine Brut vor Wilderern schützen. Mit einem Drachen unternimmt er einen ersten Erkundungsflug. Da sieht MacGyver, wie aus einem Flugzeug ein Adler abgeschossen wird. Er findet das schwer verletzte Tier und startet die Suche nach den Tätern.
CIA-Agent Crane wird von drei Dunkelmännern angeheuert. Er soll die neuste Entwicklung der Phoenix Foundation stehlen, die Moloch-Rakete. Zehn Millionen Dollar winken als Lohn. Carrie Linden arbeitet für die Foundation. Ein Traum veranlasst sie, ihren Freund MacGyver zu Rate zu ziehen. MacGyver lässt sich nicht lange bitten und gerät prompt in einen Albtraum.
Tony Sullivan bittet MacGyver um ein Treffen. In einem kleinen Wüstenstädtchen will er ihm etwas Wichtiges übergeben. Doch bevor es dazu kommt, wird Tony erschossen. MacGyver macht sich auf den Heimweg. Unterwegs hat er eine Autopanne und wird von einem ehemaligen Hollywoodstar aufgelesen. Der erzählt ihm von einer mysteriösen Tasche, die er gefunden hat. (45 Min.)
MacGyver will mit seinem Großvater ein Eishockeyspiel besuchen. Leider hat er die Karten im Büro der Phoenix Foundation vergessen und fährt kurz vorbei. Dort werden Opa MacGyver und sein Enkel mit Victoria James konfrontiert. Victoria leitet ein Terrorkommando und beabsichtigt, das Hochhaus der Phoenix Foundation in die Luft zu jagen.
Ex-Agent Frank Boner will sich an Pete Thronton rächen. Den macht er für den Tod seiner Familie verantwortlich. Boner entführt Throntons Frau und Sohn und verschleppt sie in die Sümpfe von Louisiana. Dort stellt er Thronton eine Falle. Kurz bevor der hineintappen kann, ist MacGyver zur Stelle. Gemeinsam versuchen sie, die Geiseln zu befreien.
MacGyver soll einen Häftling aus einem sibirischen Gulag befreien. Während seiner Abwesenheit quartiert sich Penny Parkers in MacGyvers Wohnung ein. Penny jobbt als singendes Telegramm und wird zufällig Zeugin eines brutalen Verhörs. Das Opfer ist FBI-Agent Julian. Den haben bolivianische Drogenbosse in der Mangel. Penny alarmiert MacGyver.
MacGyver macht eine kleinen Angelausflug. Plötzlich sitzt eine hochschwangere Frau neben ihm auf dem Beifahrersitz seines Jeeps. Die fleht ihn um Schutz an. Ihr Mann trachte ihr nach dem Leben, nachdem sie dahintergekommen sei, dass er eine Resozialisierungseinrichtung für Strafgefangene in eine Verbrecherzentrale umfunktioniert habe.
Eine Einheit von Kampfschwimmern bittet MacGyver und Pete Thornton um Hilfe: Yachten wurden überfallen und alles deutet auf die Kampfschwimmer als Täter hin. Die aber beteuern ihre Unschuld. Das nächste Opfer der Piraten ist Dr. Barbara Ortega. Untersuchungen führen MacGyver zu einem gewissen Manning. Mit Ortegas Hilfe stellt MacGyver ihm eine Falle.
MacGyver und Thornton wollen in den Bergen ein paar Tage Urlaub machen. Leider hat sich Agent Phil das Bergdorf als Versteck ausgesucht. Phil ist im Besitz eines Mikrofilms, mit dem er beweisen kann, dass Buchmacher Sam Loland ein Betrüger ist. Klar, dass Loland den Streifen haben will. Er stellt Phil nach und spürt ihn auf.
MacGyver steht am Sarg seines Feundes Jack Dalton. Gerade als er sich für immer von ihm verabschieden will, erhebt sich der "Tote". Jack steckt in großen Schwierigkeiten. Man wirft ihm vor, als Doppelagent gearbeitet zu haben. Jetzt sind beide Seiten hinter ihm her und er braucht dringend Untersützung. MacGyver zögert keine Sekunde.
MacGyver und Thronton treffen sich auf einem Schrottplatz. Jeder gibt an, der andere habe ihn dorthin bestellt. Sie schauen sich um und entdecken in einem ausrangierten Taxi eine Todesanzeige von Jack Dalton. Plötzlich wird das Dach des Wagens eingedrückt und die beiden Agenten sind gefangen. Da meldet sich über Funk ein alter Bekannter: der angeblich längst verstorbene Terrorist Murdoc.
Jeff Moore, Chef eine Luftfahrtunternehmens, bittet seinen alten Freund Peter Thornton um Hilfe. Einer von Moores Piloten ist über San Perez abgestürzt. Die dortige Regierung hält ihn gefangen und will ihn als Spion verurteilen. Thornton beauftragt MacGyver, den verunglückten Piloten zu befreien.
Kaum von seiner letzten Mission zurückgekehrt, wird MacGyver aus seiner Wohnung entführt. Sein Freund Jack Dalton verschleppt ihn zu einer Party, die Thronton für Geburtstagskind MacGyer heimlich ausgerichtet hat. Die Gratulanten, Bekannte und Freunde aus seiner langen Angentenlaufbahn, wecken in MacGyver so manche Erinnerung.
MacGyver trifft sich mit einem alten Bekannten, Tony Braddock. Der vertraut ihm an, dass er einen Terroristen mit Sprengstoff versorgt hat. Der plane damit ein Attentat auf hohe Geheimdienstoffiziere. Da fallen Schüsse und Braddock sackt tot zusammen. MacGyver wird am Kopf getroffen und verliert das Gedächtnis. Auf einem Fischkutter kommt er wieder zu sich.
MacGyver soll Diane Roger befreien. Die Leiterin einer Menschenrechtsgruppe wird in der Tschechoslowakei festgehalten. Der Plan gelingt. Unterwegs befreien sie auch noch inhaftieren Dissidenten Dubcek und dessen Frau. Sie landen glücklich in Los Angeles. Aber Dubcek wird hier bereits erwartet.