MacGyver trifft die totgeglaubte Lisa Kohler wieder, die inzwischen als Mitglied der sowjetischen Kulturdelegation und als Frau des Majors Nikolai Kosoff in die USA gekommen ist. Lisa bittet MacGyver, ihr und ihrem Mann zu helfen; sie wollen sich beide absetzen. Bei einer Zaubershow, die MacGyvers alter Freund Jack Dalton veranstaltet, gelingt es MacGyver, mit Lisa zu fliehen; Nikolai wird überwältigt. Auf einer kleinen Insel, auf die die beiden geflüchtet sind, werden sie von General Racoubian, dem sowjetischen Delegationsleiter, und seiner Mitarbeiterin Tanya gestellt. Racoubian nimmt Lisa mit. Wenn MacGyver sie wiedersehen will, muss er für Racoubian den Ming-Drachen stehlen...
General Racoubian hat den Fluchtversuch von Lisa und ihrem Mann Kosoff in den Westen vereitelt. Will MacGyver die beiden freikriegen, muss er den wertvollen und streng gesichtern chinesischen Drachen stehlen. Zusammen mit seinem Freund Jack Dalton macht sich der Spezialagent ans Werk.
Der ehemalige Profikiller Jimmy Kendall, dem gegen gewisse Informationen Straffreiheit gewährt wurde, entdeckt sein Bild in der Zeitung. Ralph und Sal, zwei Angehörige einer Verbrecherorganisation, die seinerzeit behauptet haben, sie hätten Jimmy getötet, müssen nun versuchen, Jimmy wirklich aus dem Weg zu räumen. Sie entführen seine Tochter und ihren Sohn. Der Ex-Profikiller, den MacGyver von unbedachten Aktionen abhalten soll, handelt auf eigene Faust...
MacGyver ist in Alaska unterwegs. Er soll Peilsender installieren, damit die Region kartographiert werden kann. Unterwegs, in einer kleinen Bucht, entdeckt Angus ein verlassenes Schiff. Neugierig schaut er sich an Bord um, als ein Ungeheuer ihn plötzlich angreift. Hals über Kopf sucht MacGyver das Weite. Da trifft er Karin, eine junge Baltin.
Danny Barrett bitte seinen Freund MacGyver um Hilfe. Er kennt den Drahtzieher eines großen Juwelenraubs: Amir Sumal, Kulturattaché einer ausländischen Botschaft. Kurz darauf kommt Danny bei einem Unfall ums Leben. MacGyver ist sich sicher: Das war Mord. Er nimmt die Ermittlungen auf.
MacGyver hat ein paar Tage frei. In Europa unternimmt er eine Fahrt mit dem Heißluftballon. Kaum gelandet, nimmt ihn auch schon Peter Thronton in Empfang. Ein Flugzeug, streng geheimer Prototyp der Air Force, ist über der DDR abgestürzt. MacGyver muss die Maschine finden, bevor sie den Sowjets in die Hände fällt.
MacGyvers alter Freund Jack Dalton steckt in der Klemme. Angus reist sofort nach Arkansas, um ihm zu helfen. Bevor er sich versieht, wird er vom örtlichen Sheriff festgenommen und in ein Straflager gesteckt. Hier trifft er Jack, den das gleiche Schicksal ereilt hat, wieder. Einziger Unterschied: Jack wollte in das Lager. Denn nur so kommt er an die Beute eines Bankräubers ran. Und MacGyver soll ihm dabei helfen.
Top-Agent Angus MacGyver hat ein kleines Handicap: Höhenangst. Um die endlich zu überwinden, lässt sich MacGyver zu einer Klettertour mit einer Freundin, Mike, überreden. Die gesteht ihm unterwegs, dass sie mehr für ihn empfindet, als Freundschaft. MacGyver kann ihre Gefühle jedoch nicht erwidern. Kurz darauf stürzt die junge Frau ab. MacGyver ist auf sich gestellt.
MacGyver wird von seiner alten Universität als Schiedsrichter gebraucht. Er soll über ein Hindernisrennen der besonderen Art wachen: Physikstudenten haben ihre Zimmer so verbarrikadiert, dass es ihren Kommilitonen nur mit List und Tücke gelingt, die jeweilige Bude zu erobern. Unter den Teilnehmern ist der ehrgeizige Sohn eines Nobelpreisträger. Der aber nimnmt den Wettbewerb etwas zu ernst.
Erst wird MacGyvers neuer Kollegin Nikki Carpenter die Brieftasche gestohlen, dann wird sie Opfer eines Mordversuchs. Nur langsam erkennt MacGyver, dass hinter beiden Straftaten die gleichen Terroristen stecken, die gerade ein Postamt in die Luft gesprengt haben. Mit knapper Not gelingt es ihm, das nächste Bombenattentat auf das Justizgebäude zu verhindern.
Ein Satellit ist abgestürzt. MacGyver soll aus den Trümmern eine Kapsel mit Bakterienkulturen bergen. Die war von der Wissenschaftlerin Sandra Milhouse heimlich ins All geschickt worden. Das dürfte bald auffliegen. Denn an der Absturzstelle sind bereist 900 Schafe verendet. Peter Thronton ordnet an, dass die Kapsel sofort zerstört wird. Das aber will Sandra unbedingt verhindern.
Thornton, Leiter der Phoenix Foundation, wird Sicherheitschef für den bevorstehenden Staatsbesuch von Präsident Amundy. Zuvor aber soll er die Entschärfung einer Atombombe überwachen. Als dabei etwas schief geht, lässt Thornton sich pensionieren. Sein Nachfolger wird der fanatische Terroristenjäger Webber. MacGyver schöpft Verdacht: Sabotierte Webber Thornton, um an seinen Job heranzukommen?
MacGyver erklärt sich bereit, vertretungsweise, die Eiskockeymannschaft seines alten Colleges zu trainieren. Das Team hat gute Erfolgshancen und mit Derek Kirby einen begabten Spieler. Doch Derek ist bekannt für seine harten Aktionen. Erst als er einen gegnerischen Spieler verletzt, sieht er ein, dass er mit fairem Spiel weiter kommt. Der Erfolg gibt ihm schließlich Recht.
Jack und MacGyver fliegen die reiche Erbin Elena und ihre für 32 Millionen Dollar neu erworbenen Juwelen nach Toulon. Bei der Ankunft stellen sie fest, dass die Juwelen zwar echt sind, nicht aber die vermeintliche Erbin.
MacGyvers Untersuchungen über den Bau eines Yachthafens in einem Naturschutzgebiet haben ergeben, dass eine Umweltkatastrophe eintreten würde. Als er sich in seinem Urteil nicht umstimmen lässt, setzen die Investoren des Bauprojekts die schöne Profikillerin Deborah auf ihn an. Selbst MacGyver kann ihren Reizen nicht widerstehen...
MacGyver ist mal wieder in Sachen Umweltschutz unterwegs. Während er Wasserproben nimmt, stößt er auf einen Einsiedler. Dessen Hund ist nach dem Genuss von Quellwasser verendet. MacGyver findet bald den Schuldigen: eine Giftmüllentsorgungssfirma. In einer dramatischen Aktion macht er die Umweltsünder unschädlich.
Bei seinem Freund Jack Dalton lernt MacGyver den alten Indianer Two Eagles kennen. Two Eagles möchte, dass Dalton ihn zu einer Höhle begleitet, in der die Indianer früher ihre Zeremonien abgehalten haben. Auf dem Weg dorthin wird der Indianer von zwei Ganoven entführt. Denn er weiß, wo sich die sagenumwobene und wertvolle Wolfsmaske befindet. MacGyver und Dalton nehmen die Verfolgung auf.
MacGyver hilft seinem Freund Jack bei der Reparatur eines alte Flugzeugs. An Bord entdecken die beiden Männer ein Baby mit einer Nachricht von Jacks Exfreundin Katie: das Kind sei Jacks Sohn und er solle sich jetzt um ihn kümmern. Als Mitgift findet sich ein Bündel Hundert-Dollar-Scheine. Die aber entpuppen sich als Falschgeld, hinter dem skrupellose Gangster her sind.
Karen, eine alte Bekannte MacGyvers, ist Ranger in einem Naturschutzgebiet. Bei ihr will sich der Agent ein paar Tage ausspannen. Doch daraus wird nichts. Zwei Wilderer machen ihm einen Strich durch die Rechnung. Gemeinsam mit Karen versucht er, denen das Handwerk zu legen. Doch die drehen den Spieß einfach um und machen Jagd auf Karen und MacGyver.
Mr. Chung bittet die Phoenix Foundation um Hilfe. Er fürchtet, dass seine international operierende Firma demnächst von einem Kartell aus Tokio geschluckt werden könnte. Unterwegs zu einem Treffen mit MacGyver wird Chung bei einem Bombenattentat schwer verletzt. Er fleht MacGyver an, der Agent möge seinen Enkel, den Erben des Imperiums, schützen.