Penny Parker, eine gute Freundin von MacGyver, hat von ihrer Tante ein altes Haus geerbt, in dem es zu spuken scheint. MacGyver und Penny finden heraus, dass Betty, die vor 25 Jahren spurlos verschwunden ist, im Garten des Hauses begraben liegt. Vermutlich wurde sie von Sheriff Howels, mit dem sie ein Verhältnis hatte und von dem sie ein Kind erwartete, getötet...
MacGyver kehrt in seine Heimatstadt in Minnesota zurück, um, wie mit Neil und Chuck ausgemacht, genau nach 25 Jahren an den Ort zurückzukehren, an dem ihr Freund Jesse beim Spielen mit einer Pistole ums Leben kam. Die Vergangenheit scheint MacGyver einzuholen, als sich Ähnliches mit Neils und Chucks Söhnen Sean und Danny zu wiederholen scheint...
Nach einem Autounfall wird MacGyver von den Amish, einer religiösen Gemeinschaft, die an alten Traditionen festhält, aufgenommen und gepflegt. Die Leute sollen ihr Land verlassen, da die Regierung dort eine neue Straße und einen Autobahnknotenpunkt geplant hat. Als die Bulldozer schon anrücken, fällt Christy, die kleine Tochter des leitenden Ingenieurs, in einen offenen Brunnenschacht...
Pete Thornton ist in Mittelamerika von Rebellen festgenommen worden. Er erfährt, dass Rebellenführer Rafael ein Attentat auf Präsident Monteyo plant. Zusammen mit Jack fliegt MacGyver als Waffenhändler getarnt nach Mittelamerika. Es gelingt ihnen auch zunächst, mit Thornton, der von Rafael angeschossen wurde, zu entkommen. Doch die hohen Berge behindern den Funkverkehr, so dass es ihnen nicht möglich ist, Monteyo über Funk zu warnen...
Die Phoenix Foundation hat einen Automotor aus Kunststoff entwickelt, der im letzten entscheidenden Rennen um den GT-Cup eingesetzt werden soll. Der Fahrer des Wagens ist Jeff Stone. Mr. Strickland, ein Industrieller, der ein konkurrierendes Rennteam finanziert, muss dieses Rennen und den Cup gewinnen, wenn er seine Geldgeber bei Laune halten will. Er lässt an Stones Wagen die Bremsleitung durchschneiden...
MacGyver soll Angestellte der Phoenix Foundation, die schon längere Zeit im Dienst stehen, inmitten der Wildnis testen, ob sie immer noch für den Außendienst geeignet sind. MacGyvers letzte Testperson ist ausgerechnet Pete Thornton. Natürlich will er Pete nicht durchrasseln lassen, doch um Petes körperliche Fitness ist es nicht gerade glänzend bestellt. Da wird aus dem Test plötzlich dramatischer Ernst...
Aus einer geschlossenen psychiatrischen Abteilung ist Eric Cross geflüchtet, der mehrere Frauen ermordet hat. Die Polizei bildet eine Sonderkommission, der auch MacGyver zugeteilt wird. Er soll mit Lieutenant Murphy zusammenarbeiten, die ihm aber sehr ablehnend gegenübersteht. In der psychiatrischen Anstalt begegnet MacGyver Dr. Zito, einem psychopathischen Gen-Forscher, der ebenfalls mehrere Morde auf dem Gewissen hat. MacGyver kommt dahinter, dass Dr. Zito Cross beim Ausbruch geholfen haben muss...
MacGyvers Freund Jack Dalton findet nach 37 Jahren seine Mutter Francine wieder. Diese ist zusammen mit Arthur Bandel in einen Finanzschwindel verstrickt, wodurch auch Jack bald in Gefahr gerät. Da Francine im Besitz einer Diskette ist, die Bandel vor Gericht schwer belasten würde, kidnappt Bandel kurzerhand den wiedergefundenen Sohn...
MacGyvers Bekannte Penny ist von Jacques Leroux für die Hauptrolle in einem Rock-Musical engagiert worden. Als MacGyver eine Probe besucht, wird Penny um ein Haar von einem Kulissenelement erschlagen. Auch sonst ereignen sich in dem Theater mysteriöse Dinge. Es stellt sich heraus, dass Leroux kein anderer als MacGyvers Erzfeind Murdoc ist, der MacGyver, Pete und Penny in seine Gewalt bringen und töten will...
Dave Edwards, ein Computer-Ingenieur der Phoenix Foundation, wurde wahrscheinlich von KGB-Agenten, für die er spionierte, umgebracht. Zur Konstruktion eines streng geheimen Satelliten benötigen die Auftraggeber vier Komponenten von vier verschiedenen Firmen. Drei besitzen sie bereits, Edwards kam allerdings nicht mehr dazu, die Phoenix-Komponente zu übergeben. MacGyver findet heraus, dass vier Personen, die alle während der Studienzeit mit Edwards die Computer-Klasse besuchten, „zufälligerweise“ in den betreffenden vier Firmen arbeiten. Einer der vier ist Michael, Pete Thorntons Sohn...
MacGyvers Mitarbeiterin Mary Ruth hat bei der Scheidung von ihrem Mann Richard Giordano das Sorgerecht für den achtjährigen Tommy zugesprochen bekommen. Richard kann sich nicht damit abfinden und kidnappt Tommy mit Hilfe seines Onkels Joe, Oberhaupt der führenden Mafia-Familie Catano. Aber Joes treuester Untergebener Tony steckt mit einer rivalisierenden Mafia-Familie unter einer Decke. Die Vicaros wollen Joe und alle, die sich abends in der Farm befinden, umbringen...
Gelegentlich arbeitet MacGyver im Challengers Club mit, in dem Booker Wilson und seine Frau Cynthia farbige Jugendliche aus dem Drogenmilieu und anderen Randgruppen betreuen. Einer von ihnen, Ray, ist gerade in Schwierigkeiten: Er soll Mr. Larson, einem Druckereibesitzer, den Lieferwagen gestohlen haben. Das könnte die Bewilligung des Zuschusses für den Club in Gefahr bringen. MacGyver überredet Ray, seine wahre Geschichte zu erzählen, die Larson in ein schlechtes Licht setzt – mit tödlichen Folgen für Booker...
Bei einem Kongress lernt MacGyver die noch minderjährige Prostituierte Jennifer kennen. MacGyver versucht, ihr zu helfen, aus dem Gewerbe auszusteigen und bringt sie zunächst im Challengers Club unter. Aber von dort reißt sie wieder aus, nachdem sie MacGyver das Geld aus der Tasche gestohlen hat. MacGyver findet Jennifer wieder, und auf ihr Flehen hin nimmt er sie mit zu sich nach Hause...
Nach 45 Jahren ist ein mit Gold im Wert von 100 Millionen Dollar an Bord abgestürztes Flugzeug entdeckt worden, und eine russisch-amerikanische Expedition soll das Gold bergen. Die Teilnehmer sind der damals einzige Überlebende Colonel West, General Barinov, Natalie Valeskaja aus der UdSSR und MacGyver. An der Absturzstelle stellt MacGyver fest, dass das Flugzeug damals absichtlich zum Absturz gebracht wurde. Als West General Barinov ermordet, wird MacGyver klar, dass West das Gold für sich allein haben will...
MacGyver soll mit vier Mitarbeitern der Phoenix-Foundation eine Wanderung zwecks Stressabbau unternehmen. Das Anti-Stress-Programm wird jedoch von zwei ausgebrochenen Strafgefangenen gestört, die zwei der Mitarbeiter getötet haben und nun unter deren Namen an der Wanderung teilnehmen. MacGyver erfährt erst aus dem Radio von der Flucht der Gefangenen...
Alle Sicherheitsvorbereitungen für den Staatsbesuch des Präsidenten von Kimbala sind getroffen. Doch irgendetwas stimmt nicht: Pete Thornton und Jack Dalton wurden offensichtlich von dem Vizepräsidenten Manzu und seiner Frau Edith einer Gehirnwäsche unterzogen, die sie auf ein bestimmtes Stichwort hin den Präsidenten ermorden lässt. MacGyver versucht, das Unglück mit Hilfe einer Psychologin zu verhindern...
MacGyver und Pete Thornton werden von Terroristen gefangengenommen, die mittels eines absolut geheimen militärischen Geräts die elektronische Kommunikation und Datenverarbeitung einer ganzen Großstadt lahmlegen wollen, wenn ihr Anführer nicht freigelassen wird. Unter Mühen versuchen die beiden „Geiseln“, die Katastrophe abzuwenden...
Steve Morrison, nach einer Kopfverletzung aus dem aktiven Dienst bei den Kampfschwimmern und aus der Armee entlassen, fühlt sich ungerecht behandelt und will sich rächen. Im Auftrag einiger Dunkelmänner, die ihm dafür eine große Geldsumme versprochen haben, stiehlt Morrison eine Ampulle mit höchst gefährlichen Milzbrandbakterien, die in der biologischen Kriegsführung eingesetzt werden könnten. MacGyver, sein ehemaliger Commander und Steves Frau Marie versuchen, die Übergabe und die Flucht der Gangster zu verhindern...
Pete Thornton wird während eines Urlaubs mit seinen beiden Freunden Jack Dalton und MacGyver beim Angeln von einem maskierten Unbekannten entführt. Während sich MacGyver auf die Suche macht, soll Dalton Hilfe holen. Doch auch er wird gekidnappt. Schließlich findet MacGyver die beiden unverletzt und gefesselt vor. Sie sollten nur als Lockvögel dienen, denn der geheimnisvolle Unbekannte entpuppt sich als die einst von MacGyver als Profikillerin enttarnte Deborah, die sich an ihm rächen und ihn töten will...