Ein Familienausflug in den Zoo bringt so allerhand Turbulenzen mit sich: So muss Hal von Lois' Jugendliebe Matt erfahren, dass seine Frau früher mit mehreren Männern gleichzeitig verkehrte. Zur gleichen Zeit flüchtet Resse vor einer Ziege, die ihn äußerst hartnäckig verfolgt, während Dewey und Malcolm im Tiergehege festsitzen. Unterdessen werden Francis und Piama von ganz anderen Sorgen geplagt: Ausgerechnet während einer Reise gibt ihr Auto den Geist auf ...
Malcolm ist ganz aus dem Häuschen - der erste Tag an der Highschool ist gekommen! Die Vorfreude des Jungen wird jedoch jäh getrübt, als ausgerechnet Lois und Hal zum Elterndienst an der Schule eingeteilt werden. Während Lois der neue Job viel Freude bereitet, hat ihr Mann einige Probleme mit seiner Arbeit und wird sogar gefeuert. Auch Malcolm scheint vom Pech verfolgt: Von Lois bemuttert und von seinen hochbegabten Freunden verfolgt, wird er schnell zum Gespött der ganzen Schule.
Lois und Hal fahren samt Kindern und Schwiegertochter Piama zu einer Familienfeier anlässlich Walters Geburtstag. Bereits kurz nach der Ankunft bei Hals Eltern ist klar, dass es einige Probleme gibt: Hals Familie besteht ausschließlich aus arroganten, furchtbar reichen Schnöseln, die es vor allem auf Lois abgesehen haben. Während sich die vierfache Mutter gegen die Gemeinheiten gegen ihre Person zu wehren versucht, verfolgt Reese das Ziel, sich bei Opa Walter einzuschleimen ...
Es ist so weit: Malcolm entdeckt das Interesse am anderen Geschlecht. Doch so unerfahren, wie er in Sachen Small Talk ist, gelingt es ihm einfach nicht, seine Angebetete Alison in ein Gespräch zu verwickeln. Doch dann gibt ihm Reese einen sehr guten Tipp ... Währenddessen wird Otto von einem Betrüger gelinkt: Er zahlt mehrere tausend Dollar für eine Sonnencreme für seine Rinder! Nach einer blutigen Schlägerei holt Francis das Geld seines Chefs jedoch wieder zurück ...
Malcolm spart seit Wochen darauf, Stevies Notebook kaufen zu können und nutzt jede Möglichkeit, um noch ein paar Cents zu bekommen. Abgelenkt wird er dabei von Reese, der ihm immer neue Streiche spielt. Und die gilt es natürlich zu übertrumpfen! Die Situation eskaliert schließlich auf der Cart-Bahn: Hal und Lois müssen die beiden Verletzten abholen und ins Krankenhaus bringen. Deshalb versäumen sie den großen Auftritt von Dewey auf der Schulaufführung ...
Als Malcolm seiner Mitschülerin Nicki Nachhilfeunterricht erteilt, gesteht ihm diese, dass sie in ihn verliebt ist. Die beiden könnten von nun an ein glückliches Paar sein - wäre da nicht Nickis Vater, der strikt gegen diese Liaison ist. Dewey freut sich unterdessen über eine Menge Geld, das er von den Nachbarn bekommen hat. Die Anwohner verwechseln den Jungen aufgrund frappierender Ähnlichkeit mit Billy Prescott, der zahlreiche Arbeiten in der Nachbarschaft durchführte ...
Malcolm ist mächtig stolz, da er es ins Basketballteam der Schule geschafft hat. Sein Glück ist jedoch nur von kurzer Dauer: Nach einem Streit mit dem Trainer fliegt er aus der Mannschaft. Erst da realisiert Malcolm, dass er öfter mal seinen Mund halten sollte. Auch Hal hat eine neue Sportart für sich entdeckt - das Gehen. Durch hartes Training wird der Familienvater schon bald zum Gruppenbesten. Er fühlt sich unbezwingbar, bis Wheeler auftaucht und ihn vernichtend schlägt ...
Endlich Ferien - Ferien von der Mutter! Die Jungs können es kaum glauben, tatsächlich ein ganzes Wochenende ohne das weibliche Familienoberhaupt auf der Farm von Francis verbringen zu dürfen. Zu ihrem Ärger müssen sie allerdings feststellen, dass ihr ältester Bruder sich durch sein neues Leben und den Job zu einer äußerst nervigen, männlichen Version von Mom entwickelt hat. Kein Wunder also, dass Malcolm, Reese und Dewey alles tun, um den alten Francis hervorzulocken ...
Es kommt einer Katastrophe gleich, als Francis, dessen Frau Piama und Grandma ausgerechnet zur gleichen Zeit bei Lois und Hal zu Besuch sind. Die Lage spitzt sich erheblich zu, als Grandma bei ihrer Abreise stürzt und dadurch nicht nur länger bleiben muss, sondern auch noch ihr eigenes Kind verklagen will. Doch das ist nicht das einzige Problem: Während Malcolm einen Tobsuchtsanfall bekommt, weil er in ein Zelt im Hof verbannt wurde, findet Lois heraus, dass sie schwanger ist ...
Dieses Jahr wollen Lois und Hal den Valentinstag für einen kleinen Einkaufsbummel nutzen und den Jungs neue Kleidung kaufen. Bevor es jedoch so weit ist, passiert Unglaubliches: Malcolm schlägt seinen Bruder Reese nieder, weil dieser seinen Lieblingsstift gestohlen hat. Ab diesem Zeitpunkt ist nichts mehr wie es war - Reese hat seine Vormachtstellung gegenüber seinem hochbegabten Bruder verloren und versucht von nun an, ihm nicht mehr in die Quere zu kommen...
Lois Arzt verordnet ihr einen längeren Aufenthalt bei ihrer Schwester, um sich von dem Stress zu Hause zu erholen. Malcolm und die Jungs freuen sich natürlich auf die "mutterlose" Zeit. Hinzukommt, dass Lois in Sachen Nikki etwas zu ahnen scheint und misstrauisch wird. Es kommt, wie es kommen muss: Malcolm begleitet seine Mutter auf der Fahrt zu ihrer Schwester und Lois nutzt die 3,5 Stunden-Fahrt, um mit ihrem Spross über Aufklärung zu reden. Malcolm kann sich zunächst nichts Schrecklicheres vorstellen, doch dann nimmt die Unterhaltung eine interessante Wendung...
Nachdem Lois noch immer außer Haus ist, ist Hal mit den Jungs, dem Haushalt, schlicht mit der ganzen Situation überfordert. Als Malcolm mal wieder von Nikki zurückkehrt, kommt es zu einem großen Streit zwischen ihm und Hal. Die Situation eskaliert und Malcolm haut ab - zu Nikki. Diese versteckt ihn bei sich auf dem Dachboden. Doch Malcolm redet ständig nur von sich und seinen Problemen, so dass er Nikki und deren Anliegen gar nicht zuhört. Nikki hat irgendwann genug von ihrem egoistischen Freund und macht Schluss. Das Ganze gipfelt dann auch noch darin, dass Nikkis Vater Malcolm in seinem Versteck entdeckt...
Hal ist noch immer mit den Kids alleine und heuert einen Babysitter an: Jessica! Sie ist in Malcolms Klasse und zudem auch noch jünger als er und Reese. Jessica führt sich innerhalb kürzester Zeit auf wie ein Hausdrachen und kommandiert die Jungs nach Belieben hin und her. Das Dumme ist nur, dass Jessica um all die kleinen gut gehüteten Geheimnisse der Jungs weiß. Als aber die Jungs am zweiten Abend bereits um halb acht ins Bett geschickt worden sind, reicht es! Rache ist süß... Durch eine List erfahren sie so einiges über Jessica und deren kleinen Geheimnisse. Doch als die Jungs sie mit ihrem neuerlangten Wissen erpressen, bricht Jessica in Tränen aus und Malcolm kann nicht länger hart bleiben...
Malcolm und Stevie gehen auf Dabneys Geburtstagsparty. Störend ist, dass Dabney eine ziemlich anstrengende Mutter hat, die ihren Sohn ständig vor allem und jedem schützen will. So bekommt er beispielsweise eine gigantische Gotcha-Pistole, die ihm aber sofort von seiner Mutter abgenommen wird. Klar, dass Stevie und Malcolm ihrem Freund helfen wollen! Sie schleppen Dabney auf einen Gotcha-Übungsplatz und nach anfänglichem Zögern kann er gar nicht genug bekommen von der wilden Ballerei. Sogar als seine besorgte Mutter auftaucht, kann er von der Schießerei nicht ablassen. Am Ende scheint selbst die Mutter Gefallen an den ungeahnten Aggressionen ihres Sohnes zu finden.
Endlich ist wieder Ordnung ins Haus gekehrt - Lois ist zurück. Natürlich mussten noch etliche "Kleinigkeiten" vor ihrer Rückkehr erledigt werden, wie z.B. das große Loch in der Schlafzimmerwand flicken. Doch Lois bemerkt nichts davon und stimmt sogar Reeses Idee zu, einen Garagentrödel zu veranstalten und lässt ihn alles organisieren. Das kann Malcolm natürlich nicht auf sich sitzen lassen... So überredet er Craig, dass ihm dieser vor den Augen aller anderen während des Trödels $1.300 für einen alten Computer bietet. Natürlich läuft nichts wie geplant und die Familie muss sich einer neuen Katastrophe stellen...
Der akademische Achtkampf ist ein Wettstreit zwischen verschiedenen Schulen, der die pfiffigsten Schüler ermitteln soll. Dabei soll betrogen und gelogen werden, was das Zeug hält. Klar, dass Malcolm bei solch einer Veranstaltung nicht dabei sein will. Dummerweise hat ihn aber seine Mutter dazu verdonnert. Nach langem Hin und Her beschließt Malcolm dann doch, sich seinen Gegnern zu stellen und muss sogar feststellen, dass er Gefallen an dem Wettkampf findet...
Hal und Lois versuchen gemeinsam ein Testament aufzusetzen, damit im Falle ihres Todes die Jungs versorgt sind. Dabei geraten sie während des Gesprächs über die Hinterlassenschaft heftig aneinander, besonders als Hal erwähnt, dass sie nicht mal genug Vermögen hätten um über dieses Thema zu diskutieren und dass Lois sowieso zu erst sterben würde ...
Hal und Lois beschließen vor der Geburt des fünften Kindes noch einmal ein Wochenende nur für sich zu haben und fahren weg. Reese wird zu Craig nach Kanada geschickt, Malcolm und Dewey zu Stevie. Natürlich läuft alles anders als gedacht: Reese büchst aus und Malcolm hat ein prickelndes Date mit Katie. Als Malcolm mit Katie in sein Elternhaus will, um mit ihr ein wenig allein zu sein, muss er mit Entsetzen feststellen, dass Reese bereits das Haus besetzt hat, um eine große Party zu organisieren. Natürlich läuft alles aus dem Ruder und nicht einmal Francis kann dem wüsten Partytreiben Einhalt gebieten. Doch zum Glück taucht Dewey auf und hat die rettende Idee.
Malcolm hat die Schnauze voll! Ihm kommt es so vor, als ob er nur von Idioten umgeben wäre. Als er dies mal wieder seinem Freund Stevie erzählt, verdreht dieser nur die Augen und fängt an von Schach zu reden. Ok, alle um Malcolm und Stevie spielen Schach, aber da gibt es diesen älteren Typen, Leonard, der einfach gegen alle gewinnt und auch jeden wissen lässt, dass er einfach der Beste ist. Als Leonard Malcolm auf eine Partie herausfordert, nimmt er die Herausforderung an. Die beiden sind gleich stark und Malcolm lernt Leonard besser kennen. Schnell muss er feststellen, dass er in 30 Jahren doch nicht so enden will wie Leonard, denn der ist in Wirklichkeit eine ziemlich unangenehme Person...
Malcolm ist fix und fertig: seine Mutter ist hochschwanger, die Lage äußerst angespannt: Dewey fühlt sich mehr denn je vernachlässigt, Francis und Piama kommen, um Lois zu unterstützen und zu allem Überfluss kommt auch noch Grandma. Malcolm erhält in der Zwischenzeit das Angebot, auf eine Eliteschule nach London zu gehen, doch seine Eltern wollen ihn weiterhin im Haus haben. Hinzukommt, dass Hal und Lois auf die geniale Idee kommen, noch mehr zu arbeiten - und das an Deweys Geburtstag! Dewey flippt natürlich total aus und macht der Familie heftige Szenen. Doch das ist noch lange nicht alles...
Das Chaos geht weiter! Endlich der Haft entkommen, wird Hal in einen Unfall verwickelt und muss ins Krankenhaus, während Lois zu Hause in den Wehen liegt. In dem ganzen Trubel erfährt Malcolm, dass seine Eltern nie einen Schwangerschaftskurs besucht haben und versucht nun, sich selber alles beizubringen, um zu verhindern, dass noch ein weiteres Leben ruiniert wird.In der Zwischenzeit muss ausgerechnet Francis zu Hause als Geburtshelfer fungieren...
Ein Baby im Haus bringt viel Stress mit sich: es schreit non-stop, muss ständig gewickelt werden und hat zu allem Überfluss auch noch zwei schreckliche Eltern! Keine Tagesstätte erklärt sich bereit, Baby Jamie aufzunehmen. Da bleibt nur noch die kirchliche Tagesstätte. Alle Familienmitglieder müssen ab jetzt in die Bibelstunde. Dies bleibt nicht ohne Folgen: Reese wird einer totalen Gehirnwäsche unterzogen, Dewey fühlt sich immer mehr dem Mittelalter verbunden, und auch Hal und Lois können sich dem kirchlichen Bann zunächst nicht entziehen...