Während Melissa und Zeke ihre Flitterwochen in Costa Rica verbringen, reisen Ben und Vance nach Kuba, um einem neuen Hinweis auf die Geschehnisse um Flug 828 nachzugehen. Sein Sohn Cal hat ein Bild von einem Fischerboot gezeichnet, dass vor Ort zu finden sein soll. Als er es tatsächlich entdeckt, haben Ben, Cal und Melissa die gleiche erschreckende Vision.
Nachdem Vance in Kuba verhaftet wurde, plagen Ben Schuldgefühle. Ihm ist zwar die Flucht in die USA gelungen, aber Mitarbeiter des Pentagons und der NSA warten dort bereits auf ihn. Michaela erhält derweil nach ihrer Rückkehr aus den Flitterwochen eine eindeutige Warnung von ihrer Vorgesetzten: Sollte sie weitere Alleingänge wagen, wird die Polizistin vom Dienst suspendiert – und dieses Mal dauerhaft.
Weil er jeder noch so abwegigen Spur nachgehen will, schickt Ben seine Tochter Olive zur Universität, um in alten ägyptischen Artefakten nach Hinweisen auf die neuesten Berufungen zu suchen, die viele ehemalige Passagiere von Flug 828 regelmäßig haben. Derweil hält sich Grace mit Cal versteckt, weil sie einen weiteren Entführungsversuch durch die flüchtigen Drogendealer befürchtet.
Ben sucht Hilfe bei Saanvi. Die Hand, mit der er Teile des Flugzeugwracks berührt hat, leuchtet immer wieder auf. Er hat das Bedürfnis, zu dem Heckruder der Maschine zurückzukehren, weil er eine starke Verbindung zu dem Trümmerteil spürt. Unterdessen sucht Vance Kontakt zu Ben. Während Grace skeptisch reagiert, vertraut ihr Mann dem NSA-Agenten.
Michaelas Vorahnung führt sie dazu, einen Flüchtling zu verfolgen. Ben versucht, das Vertrauen eines ungewöhnlichen Verbündeten zu gewinnen. Olives Beziehung zu Levi führt zu einer faszinierenden Entdeckung. Jared und Drea decken verheerende Geheimnisse auf. Saanvi sieht sich einem Dilemma gegenüber, das Eureka gefährden könnte.
Die Tests, die Saanvi an Ben vorgenommen hat, bringen Erstaunliches ans Tageslicht. Als er im Labor eine weitere beängstigende Vision hat, sucht Ben Unterstützung bei Michaela. Die beiden Geschwister lassen die Konflikte der jüngsten Vergangenheit ruhen, um einer Frau zu helfen, die ebenfalls bei Flug 828 anwesend war.
Flug 828 verändert das Leben der Passagiere auf noch nie dagewesene Art und Weise: Enorme Turbulenzen verursachen einen Zeitsprung – und als das Flugzeug endlich landet, sind mehrere Jahre seit seinem Start vergangen. Behörden und Angehörige, die von einem Absturz ausgegangen sind, stehen vor einem Rätsel.
Michaela erzählt Zeke von Saanvis erschreckendem Geständnis. Ben und Cal haben unterdessen eine Vision, die sie auf die Spur einer jungen Frau bringt. Ben sucht diese in ihrem Zuhause auf und bietet ihr seine Unterstützung an. Doch ein plötzliches Erdbeben lässt Ben erkennen, dass er es ist, der Astrids Hilfe braucht.
Grace verweist Angelina des Hauses, nachdem diese Grace’ Baby in Gefahr gebracht hat, um zu beweisen, dass das Kind ihr persönlicher Schutzengel ist. Cal kann die Entscheidung seiner Mutter allerdings nicht akzeptieren. Er ist überzeugt, dass er eine spezielle Verbindung zu Angelina hat und holt sie heimlich wieder nach Hause zurück.
Michaela ist verzweifelt: Sie hat eine erschreckende Vision, die einem Albtraum gleicht. Ben erhält unterdessen einen Anruf von Vance, der ihm erzählt, dass Cal bei Eureka aufgetaucht ist. Besorgt macht er sich sofort auf den Weg zu seinem Sohn. Weil er durch eine elektronische Fußfessel an sein Zuhause gebunden ist, muss Ben allerdings zu einer List greifen, die ihn ins Gefängnis bringen könnte.
Weil die Verantwortlichen von Eureka die Tests an den Wrackteilen des Flugzeugs nicht beenden wollen, greift Cal zu drastischen Mitteln: Er berührt das Ruder und verschwindet vor den Augen seiner Eltern aus dem Forschungslabor. Adrian versammelt derweil die Überlebenden von Flug 828, um sich gegen ihre angeblichen Feinde zu stellen. Als Hauptschuldigen identifiziert er eine bestimmte Person: Ben.