Nachdem das Team voneinander getrennt wurde und Jonah (Julian McMahon) und seine Familie auf dem Kriegspfad sind, müssen sich die Runaways jeweils möglichst schnell neu organisieren und wieder zueinander finden.
Die Runaways entwickeln eine spezielle Falle, um ihre vermissten Freunde vor Jonah und dessen Familie zu retten.
Die Runaways beginnen, einander zu misstrauen, weil sie wissen, dass sich ein Verräter unter ihnen befindet. Catherine übernimmt die Verantwortung für ihre Vergangenheit, während Leslie Hilfe sucht, um das Kind zu beschützen, das in ihr heranwächst.
Während bei Leslie die Wehen einsetzen und Xavin ihre Prophezeiung erfüllt, müssen sich die Runaways in einem alles entscheidendem Kampf den außerirdischen Angreifern stellen.
Die Runaways finden sich in einer anderen Dimension wieder, in der ihre Freundschaft untereinander stark auf die Probe gestellt wird. Nicht jeder von ihnen schafft es, dort wieder herauszukommen.
Als die Runaways nach sechs Monaten wieder nach Hause kommen, fällt ihnen auf, wie viel sie in der Zwischenzeit versäumt haben. Robert ist aus dem Koma erwacht und hat Morgan angeheuert, um die Firma zu retten. Diese hat ein neues Handy auf den Markt gebracht, das eine seltsame Wirkung auf seinen Besitzer ausübt.
Die Jugendlichen versuchen die Nachricht über Morgans Handys zu verbreiten und Molly verliebt sich in einen Jungen, während die Minorus als Familie zusammen kommen, um Morgans größten Schatz zu stehlen.
Nico überzeugt Cloak und Dagger, die Runaways in die Dark Dimension zu bringen, um Alex zu retten. Aber letztendlich ist es Alex, die alle rettet.
Die übrigen PRIDE-Mitglieder tun sich mit den Jugendlichen zusammen, um Morgans Pläne zu durchkreuzen. Aber als ein Kampf in einem Hostel wütet, muss einer der Runaways den ultimativen Preis zahlen, um sie zu besiegen.
Zwei Jahre nachdem Morgan besiegt wurde, senden Besucher aus der Zukunft die Runaways zurück in die Vergangenheit, um ihre eigenen Tode zu verhindern und einen Freund zu retten, der als für immer verlorenen galt.