Staffel 3

König Uther sucht verzweifelt nach Morgana. Seit einem Jahr nun ist sie verschwunden - und niemand kann ihm sagen, wo seine Tochter steckt und ob sie noch lebt. Er schickt Merlin und Arthur los, um das Mädchen zu suchen. Der Weg führt die beiden weit hinaus. In unheimlichen Gefilden dann endlich taucht die verlorene Tochter wie aus dem Nichts auf. Blass und einsam steht Morgana vor Arthur und Merlin, die sie umgehend an den Hof bringen. Uthers Freude ist groß. Und jedermann erwartet nun, dass Morgana davon berichtet, wo sie war, was geschehen ist. Insbesondere Merlin ist unsicher: bei seiner letzten Begegnung mit Morgana wollte er sie vergiften. Kann sie sich daran erinnern? Sie kann! Und sie verzeiht Merlin, denn Morgana weiß, dass sie unter dem schlechten Einfluss von Morgause stand. Doch das ist nun vorbei, gelobt sie. Wenig später besucht sie Uther und will sich auch mit ihm versöhnen. Uther ist zu Tränen gerührt. Morgana trocknet seine Augen mit einem Taschentuch, das den nichts ahnenden Uther vergiftet. Das Tuch hat den König mit einem Vergessens-Zauber belegt. Uther verliert sein Gedächtnis. Stück für Stück. Niemand um ihn herum ahnt, dass Morgana dahinter steckt. Nicht einmal Merlin schöpft Verdacht. Er weiß nicht, dass Morgana sich des Nachts in einem Versteck mit Morgause trifft, um die weiteren Schritte gegen Camelot zu planen. Erst allmählich dämmert Merlin, dass die reumütige Morgana immer noch unter dem Einfluss von Morgause steckt. Doch längst haben die Frauen zum Angriff auf Camelot gepfiffen.

Der Große Drachen konnte Merlin retten. Doch die Gefahr, die von Morgana und Morgause ausgeht, ist noch lange nicht gebannt. Jetzt lastet alles auf Arthurs Schultern, er muss Camelot vor dem Untergang bewahren, derweil König Uther schwer erkrankt das Bett hüten muss. Morgause und Morgana haben Cenred auf ihrer Seite, er führt den Krieg gegen Camelot mit seinem brutalen Heer an. Morgause hat obendrein eine Armee aus Untoten zusammengestellt. Eine grausige Gefahr für das Reich! Merlin ahnt, dass es nur einen Weg gibt, all dem ein Ende zu bereiten: Morgana muss besiegt werden. Doch wie soll das gelingen?

Merlin entdeckt einen Kobold, der in den Körper von Gaius schlüpft. Als Gaius verwandelt er Arthur in einen Esel. Merlin gelingt es schließlich mit Hilfe von Gwen, den Kobold aus Gaius Körper zu vertreiben.

Merlin und Arthur kehren am Ende eines Jagdtages in ein Wirtshaus ein, wo sie Zeuge werden, wie der rüpelhafte Dagr zusammen mit seinem Kumpanen Ebor die Wirtin erpresst. Mit Unterstützung des umherziehenden Gwaine kommt Arthur gegen Dagrs Männer an. Nun schwört Dagr Rache. Er rüstet sich mit einem Schwert aus und tötet zwei Ritter. Mit Hilfe von zwei Kristallkugeln nehmen er und Ebor die Gestalt der Ritter an, doch schon bald durchschaut Merlin ihre Rachepläne. Er versucht, den beiden ihre Schwerter zu stehlen, doch Dagr und Ebor erwischen ihn. Kurz bevor sie Merlin töten können, taucht Gwaine wieder auf und rettet nun auch Merlin das Leben. Da Dagr und Ebor noch immer die Gestalt von zwei Rittern haben, zählen ihre Anschuldigungen Gwaine gegenüber so schwer, dass Uther Gwaine aus der Stadt verbannt. Bei einem Schwertturnier schließen sich Ebor und Dagr zusammen, um Arthur zu töten. Ob Gwaine Arthurs Leben ein zweites Mal retten kann?

Dank einer geheimen Kristallkugel kann Merlin in die Zukunft blicken und sieht, dass König Uther durch Morganas Hand sterben wird. Merlin will Morganas Vorhaben um jeden Preis verhindern.

Prinz Arthur soll Prinzessin Elena heiraten. Doch Elena verhält sich tölpelhaft, denn in ihr wohnt eine Fee, die ihr Verhalten steuert. Arthur hat auch weiterhin nur Augen für Gwen.

Gwen wird entführt und in eine Burg gebracht, in der auch ihr Bruder Elyan gefangen gehalten wird. Damit er nicht getötet wird, soll Gwen Arthur auf die Burg locken.

Arthur soll sich als zukünftiger König von Camelot beweisen und wird von seinem Vater beauftragt, den Dreizack eines Fischerkönigs zu finden. Morgana gibt ihm einen Glücksbringer mit, der aber Arthurs Vorhaben in Wirklichkeit erschweren soll.

Gaius' große Liebe Alice erscheint überraschend in Camelot. Doch Gaius ahnt nicht, dass Alice unter dem Einfluss des Bösen Mantikors steht.

Morgana träumt, dass Gwen zur Königin von Camelot gekrönt wird. Um das zu verhindern, inszeniert sie eine raffinierte Intrige: Da sie von der Zuneigung zwischen Arthur und Gwen weiß, redet sie den beiden zu, sich heimlich zu treffen. Sie lotst König Uther zu dem Treffpunkt, der daraufhin weitere Treffen verbieten und Gwen aus der Stadt verbannen will. Die beiden dürfen nicht zu ihrer Liebe stehen, denn Arthur wird eines Tages König sein und Gwen ist nur die Dienerin von Morgana. Morgana geht noch weiter: Sie unterstellt Arthur in Anwesenheit von König Uther, dass er von Gwen verzaubert worden sei. Um das zu beweisen, versteckt sie ein Beutelchen mit Reliquien der alten Religion unter Arthurs Kopfkissen. Uther bezichtigt nun Gwen der Zauberei und verurteilt sie zum Tod auf dem Scheiterhaufen. Merlin will das verhindern, verzaubert sich in einen 80-jährigen Greis und lässt sich absichtlich von Arthur beim Verstecken eines gleichen Reliquienbeutels unter dessen Kopfkissen erwischen. Er behauptet, er hätte auch schon den ersten Beutel dort versteckt, wodurch Gwen zwar gerettet, gleichzeitig nun aber Merlin der Tod auf dem Scheiterhaufen droht.

In Camelot findet ein Kampfturnier statt, an dem auch regelmäßig König Uther teilnimmt, welches er schon 30 Mal als Sieger beendet hat. Morgana drängt ihn, auch dieses Jahr an den Start zu gehen, da sie hofft, ihm stoße dabei etwas zu. Beim Turnier tritt auch ein junger Mann namens Gilli an, der dank eines Rings über magische Kräfte verfügt, die er rücksichtlos im Kampfe einsetzt. Obwohl er eigentlich ein gütiger Mensch ist, wendet er während des Turniers seine Zauberkräfte brutal gegen die anderen Teilnehmer an. Gilli scheint den Mächten des Rings vollkommen ausgeliefert. Ob Merlin es schafft, ihn wieder auf den rechten Pfad zubringen?

König Uther erfährt von einem "Kelch des Lebens", der in den Händen der Druiden im Wald des Königreichs Cenreds ist. Er schickt seinen Sohn Arthur los, diesen Kelch für Camelot zu sichern, und zu verhindern, dass er in die Hände Cenreds fällt. Morgana belauscht das Gespräch zwischen Arthur und Uther und alarmiert sofort ihre Schwester Morgause und somit auch Cenred. Arthur, Merlin und Gwaine werden auf ihrer Suche von Cenreds Soldaten überfallen. So fällt der Kelch doch in Cenreds Hände. Ein Triumpf den Cenred nicht überlebt, Morgause lässt ihn töten. Nun ist der Kelch in ihrem Besitz und ihre Armee damit unbesiegbar. Zu allem entschlossen zieht Morgause mit dem Trupp der Unsterblichen nach Camelot.

Morgana ist nun die Königin von Camelot. Merlin erfährt von Gaius, dass Morganas Armee der Unsterblichen nur zerstört werden kann, wenn das Blut aus dem Kelch des Lebens entfernt wird. Doch dazu muss er den Kelch erst einmal finden. Prinz Arthur schlägt seine Freunde Lancelot, Gwaine, Percival und Elyan zu Rittern. Gemeinsam wollen die Männer durch einen Geheimgang in Camelot eindringen und versuchen, den gefangenen König Uther zu retten. Morgana taucht just in dem Moment auf, als Gaius Morgause in einem Gefecht tötet. Durch Morganas laute Schmerzensschreie über den Tod ihrer Schwester stürzen viele Mauern des Schlosses ein und begraben sie unter sich.