Während Darlene mithilfe der fsociety und neuen Mitgliedern den Kampf gegen E(vil) Corp fortsetzt, versucht Elliot mit einem selbst entwickelten „Alltagsalgorithmus“ und regelmäßigen Therapiesitzungen sein Leben wieder in den Griff zu kriegen. Doch sein Alter Ego Mr. Robot will sich nicht aus Elliots Kopf vertreiben lassen und versucht, ihn davon zu überzeugen, mit der fsociety weiterzumachen, um an den ersten Schlag gegen E Corp anzuknüpfen.
Angela, die immer tiefer in die inneren Kreise von E Corp gerät, läuft Gefahr, sich mehr und mehr mit der Rolle der skrupellosen E Corp-Funktionärin zu identifizieren. Während Elliot immer noch gegen seine gespaltene Persönlichkeit ankämpft, gelingt es der fsociety eine weitere Demütigung für E Corp einzufädeln, indem die Hackerbande Knowles dazu zwingt, mit einer fsociety-Maske verkleidet das erpresste Lösegeld in aller Öffentlichkeit zu verbrennen.
Elliot will sich endlich von Mr. Robot befreien, doch Mr. Robot ist längst zu einem festen Bestandteil von Elliots Persönlichkeit geworden. So bleibt ihm nichts anderes übrig, als sich auf ein gefährliches Friedensangebot einzulassen. Auch Angela lässt sich mit Price auf das Spiel mit dem Feuer ein. Darlene versucht die Truppe nach der Ermordung von Romero weiter zusammenzuhalten, doch das FBI ist ihr dabei dicht auf den Fersen.
Mr. Robot fordert Elliot zur einer Partie Schach heraus, dessen Sieger die volle Kontrolle über seine Persönlichkeit erhalten soll. Darlene versucht derweil herausfinden, ob die Dark Army hinter der fsociety her ist und entdeckt dabei, dass das FBI die Gruppe bereits ins Visier genommen hat. Angela fordert Price heraus, um ihre Position im Konzern zu stärken, aber beißt sich an dem skrupellosen Geschäftsmann die Zähne aus.
Elliot will das FBI hacken, doch sein Plan funktioniert nicht ohne die Hilfe von Angela. Zeitgleich versucht Elliot die illegalen Aktivitäten von Ray zu sabotieren, wofür er von den Schlägern des Kriminellen eine Abreibung verpasst bekommt. Agent DiPierro nimmt Kontakt zu Whiterose auf und riskiert dabei nicht nur ihr Leben, sondern auch das ihres Teams.
Halb ins Koma geprügelt, durchlebt Elliot eine alptraumhafte Vision. Doch bevor Elliot aus dem Alptraum aufwacht, verhilft ihm sein Alter Ego zu einem Stück Selbsterkenntnis. Zurück in der Realität wird er von Ray entführt und erpresst. Agent DiPierro ist davon überzeugt, dass die Dark Army hinter allem steckt. Währenddessen versuchen Darlene und Angela, das FBI zu unterwandern.
Elliot liefert Ray dem FBI aus und wird kurz darauf von Rays wütenden Kunden bedroht. In einem Gespräch mit seiner Psychiaterin erklärt Elliot, dass er sich vollkommen bewusst ist, dass er sich tatsächlich nicht in Freiheit, sondern in einem Gefängnis befindet. Währenddessen gelingt es Angela immer tiefer in die Strukturen von E Corp zu gelangen und den Informationen zu dem Fall Washington Township immer näher zu kommen.
Die fsociety veröffentlicht gehackte Mitschnitte des FBI, die einen Angriff auf die Privatsphäre einer Vielzahl von US-Bürgern durch die Behörde belegen. Doch die Hacker geraten in Schwierigkeiten, als sie zu unfreiwilligen Geiselnehmern werden und dabei eine E Corp-Anwältin töten. Zudem führen die Ereignisse dazu, dass Darlene den Verrat von Cisco und dessen Zusammenarbeit mit der Dark Army entdeckt.
Zurück in Freiheit will Elliot gemeinsam mit seiner Schwester Darlene die Probleme der fsociety beseitigen und kontaktiert dafür die Dark Army. Price erzwingt eine Finanzhilfe von der chinesischen Regierung für E Corp, um den angeschlagenen Konzern zu retten. Angela, die weiter versucht den Fall Washing-ton Township aufzuklären, gerät zusätzlich unter den Druck des FBIs, als sie auf brisante Informationen zu dem Fall stößt.
Elliot kommt der Bitte von Joanna Wellick, ihren verschwundenen Mann zu finden, nach. Die Spuren führen jedoch zu einem Ort, an dem sich Tyrell unmöglich aufhalten kann. Angela, die zunehmend unter Druck durch das FBI gerät, droht Elliot damit, ihre Beteiligung an der Unterwanderung von E Corp zu gestehen. Darlene und Cisco, die sich um einen verletzten Mitstreiter kümmern wollen, geraten unter schweren Beschuss von einer anonymen Gruppe.
Angela wird von Whiterose entführt, der sie versucht davon zu überzeugen, ihre Rachepläne gegen E Corp fallen zu lassen. Dominique erholt sich langsam vom Attentat auf Darlene und Cisco. Price versucht nach der Rettung von E Corp den Konzern durch die Einführung einer neuen Kreditwährung wieder an die Spitze der Macht zu bringen. Elliot schafft es, sein Alter Ego zu überlisten und wird von Mr. Robot direkt zu Tyrell geführt.
Während Darlene von Agent DiPierro verhört wird, entdeckt Joanna, dass die geheimen Botschaften nicht von ihrem vermissten und gesuchten Mann, sondern von seinem Rivalen Knowles stammen, der sich für den Tod seiner Frau an der Familie Wellick rächen will. Die Begegnung der beiden eskaliert. Unterdessen erfährt Elliot alles über die Pläne von Mr. Robot, Tyrell und der Dark Army und bekommt Skrupel vor der Durchführung.