Henrietta „Hetty“ Lange leitet eine Undercovereinheit aus Spezialisten, die dem Naval Criminal Investigative Service von Los Angeles angehört. Der Soldat G. Gallen hat für die CIA, die DEA und das FBI gearbeitet, nun geht er mit dem perfekt arabisch sprechenden ehemaligen Navy Seal Sam Hanna und weiteren Agenten auf geheime Einsätze, wenn es um die nationale Sicherheit des Landes geht. (Text: 3+)
Das Team des Navy CIS macht sich auf die Suche nach einem Zeugen, der in einem Fall vor dem Kriegsgericht durch entscheidenden Wendung führen könnte. Thomas Argento wird in dem Verfahren vorgeworfen, eine wehrlose Person ermordet zu haben. Doch es hat sich herausgestellt, dass es ein falsches Geständnis gab. Nun liegt es an den Agenten, welches Urteil am Ende gefällt wird. (Text: 3+)
Nell schickt Sam los, um einen Whistleblower zu treffen, der plant, ein Militärgeheimnis zu verraten, Die Situation gerät außer Kontrolle, als der Whistleblower versucht, Sam von der Straße zu drängen und daraufhin selbst im Krankenhaus landet. Es sieht aus, als habe ihn jemand davon abhalten wollen, sein Geheimnis zu verraten. Kensi und Deeks sprechen unterdessen darüber, ein Haus zu kaufen. (Text: 3+)
Während eines Einbruchs wird in einem Lagerhaus die Leiche eines Navy-Reservisten gefunden. Das Team muss mit den Einbrechern zusammenarbeiten, um herauszufinden, wer für seinen Tod verantwortlich ist. Unterdessen sprechen Kensi und Deeks über ihre finanzielle Situation und ob sie in der Lage sind, sich ein Haus zu leisten, und Rountree und Fatima bekommen es mit einem vorlauten Teenager zu tun. (Text: 3+)
Kurz vor Weihnachten setzt Hetty Callen auf einen Fall mit einer persönlichen Verbindung an: Callens ehemaliger Pflegebruder und seine Frau wurden verhaftet, weil sie versucht haben sollen, Drogen über die Grenze zu schmuggeln. Das Paar war wegen einer medizinischen Behandlung nach Mexiko gereist und hatte dort Sauerstofftanks bekommen, die jedoch ohne ihr Wissen mit Drogen gefüllt waren. (Text: 3+)
Das Team untersucht den Mord an einem Mann, der militärischen Informationen verkauft hat, was zu der Entführung eines Arztes führt, dessen fortschrittliche Neurotechnologie für Waffen eingesetzt werden könnte. Außerdem werden die Teammitglieder von FLETC befragt, um herauszufinden, ob Deeks einen guten NCIS-Agent abgeben würde, und Callen versucht, ein wichtiges Gespräch mit Arkady zu führen. (Text: Sat.1)
Der Kriminelle Galeano wird in Schutzhaft ermordet. Er wollte über Falschgeld, sogenannte Superdollar, auspacken, die schwer von echtem Geld zu unterscheiden sind. Sabatino vermutet, dass eine alte Bekannte des Teams, Pietra Rey, dahintersteckt. Es stellt sich jedoch raus, dass sie unschuldig ist und nur ihrem Freund, dem Staatsanwalt Blake Garcia, helfen wollte. Als Blake erschossen wird, flieht Pietra. Durch ein Video kommt Fatima Blakes Mördern auf die Spur. Als Kensi und Sabatino diese stellen wollen, kommt es zu einer heftigen Schiesserei und es scheint für Kensi und Sabatino keinen Ausweg zu geben. (Text: 3+)
Admiral Kilbride unterstützt das Team und ermittelt zusammen mit Sam. Kensi und Sabatino gelingt es, Fang zu verhaften und das Falschgeld sicherzustellen. Deeks ist endlich Teil des NCIS. Und Callen erlebt eine böse Überraschung, als er Anna besuchen will. (Text: 3+)
Sams Tochter wurde von ehemaligen Mitgliedern des Sheriff’s Department entführt, weil sie sich für Grundrechte engagiert. Sam und das Team können sie aber finden und befreien. Kensi und Deeks haben es unterdessen nicht einfach mit ihrem Wunsch, eine Familie zu gründen. (Text: 3+)
Callen wird verdächtigt, ein Spion zu sein. Dabei geht es um den Vorfall, als Teile der Besatzung eines russischen Bombers überlaufen wollten. Als der Kapitän der Mannschaft sich mit einer Kontaktperson trifft, wird er von dieser vergiftet. Es stellt sich raus, dass es Zasha Gagarin war, von der das Team einst Infos kaufte. Zasha kann fliehen, wird aber von Callen geschnappt. Dieser lässt sie allerdings laufen. Alles scheint darauf hinzudeuten, dass Callen doch ein Spion ist. (Text: 3+)
Das Team erhält eine verschlüsselte Nachricht von Hetty, und wenig später trifft Callen auf Anna. Diese erklärt, dass sie mit dem FSB arbeitet, um Katya zu schnappen, die wieder aufgetaucht ist und Anna bedroht. Zu allem Übel hat sie auch Joelle in ihrer Gewalt. Bei einem Treffen kommt es zu einer Schiesserei, aber Katya bleibt verschwunden. Katya schickt Callen einen abgetrennten Finger von Joelle, um allen zu zeigen, dass es ihr ernst ist. (Text: 3+)
Katya hat Joelle gekidnappt und fordert einen Austausch gegen Anna. In einem Park eskaliert die Situation. Joelle wird freigelassen und Anna verschleppt. Joelle trägt eine Bombenweste, von der Sam sie aber befreien kann. Leider sind ihre Verletzungen so schlimm, dass sie ein Bein verliert, was Callen einen grossen Schock versetzt. Als Anna aufwacht denkt sie, Katya steht ihr gegenüber, aber sie trifft auf zwei Frauen, die Anna anscheinend von früher kennen. (Text: 3+)
Das Team versucht weiterhin verzweifelt, Anna zu finden. Während Kilbride Unterstützung leistet, muss Nell ihrer Rolle als Anführerin gerecht werden, was nicht ganz einfach für sie ist. Als es zum Showdown mit Vanya und Odessa kommt, wirft sich Kirkin vor Deeks und fängt für ihn eine Kugel ein. Er stirbt, worüber Kensi und Deeks sehr traurig sind. Anna kann befreit werden. Und Kilbride gibt Nell zu verstehen. dass sie einen sehr guten Job gemacht hat. Callen hält unterdessen Wache am Bett der schwer verletzten Joelle. (Text: 3+)
Das Team bekommt es mit einem Gegner zu tun, welcher eine gefährliche Technik einsetzt. Mit Hilfe eines Computerprogramms lassen sich Stimmen und sogar Bilder digital so fälschen, dass das Gegenüber den Unterschied nicht mehr erkennt. Als der Täter Noel zur Strecke gebracht wird, wird aber schnell klar, dass er nur ein Bauernopfer war und jemand anderes die Fäden zieht. (Text: 3+)
Beim Überfall auf eine Forschungseinrichtung wird eine Technologie gestohlen, mit deren Hilfe Gegenstände fast unsichtbar gemacht werden können. Eine der Angestellten, Sienna, welche sich über die Gebärdensprache verständigt, schafft es, sich gegen die Einbrecher zur Wehr zu setzen. Sie ist eine grosse Patriotin, die aber leider aufgrund ihrer Behinderung nie beim Militär angenommen wurde. Kensi bietet ihr an, dem Team zu helfen, und gemeinsam schaffen sie es, die Diebe, zu denen auch einer von Siennas Mitarbeitern gehört, zur Strecke zu bringen. (Text: 3+)
Das Team wird in eine CIA-Aktion verwickelt, bei welcher die Position eines Agenten gefestigt werden soll. Joelle taucht auf und tut so, als würde sie das Team unterstützen. Aber die Täuschung fliegt auf, und zu allem Übel erfährt Callen, dass Joelle die ganze Zeit von allem wusste. Auch Kensi und Deeks haben es nicht leicht. Kensi wird einfach nicht schwanger, und Kessler ist immer noch hinter ihr her. (Text: 3+)
Nachdem Deeks entführt wurde, erfährt er, dass Kirkin ihm sein ganzes kriminelles Imperium vererbt hat. Er lehnt aber ab und untersucht zusammen mit dem Rest des Teams den Tod eines russischen Militär-Delfins. Nachdem der Fall aufgeklärt ist, verabschieden sich Eric und Nell, und Sam kann sich zusammen mit Callen darüber freuen, dass sein Sohn auf dem Weg ist, Pilot zu werden. (Text: 3+)