Staffel 2

Detective Deeks verschwindet plötzlich auf einer LAPD Undercover Mission. So geht für die Ermittler die Suche nach Deeks los. Erste Anlaufstelle ist seine Partnerin, Detective Traynor, die kurz nach der Befragung durch das Team einer Autobombe zum Opfer fällt. Im Laufe der Ermittlungen kommen die Detectives von Navy CIS langsam einem Serben auf die Spur, der einen Menschenhändlerring in Europa betreiben soll und hinter dem bereits Detective Deeks her war.

Special Agent Dan Williams wird von einem Auftragsmörder umgebracht. Schnell kann der Täter ausgeforscht werden. Doch von ihm erfährt das NCIS-Team Beunruhigendes: Es gibt bereits einen neuen Tötungsauftrag. Umgebracht werden soll diesmal eine sogenannte Schwarze Witwe aus Tschetschenien namens Emma Mastin die mit ihrem Sohn schon längere Zeit in den USA lebt. Ihr Mann der Terroristenführer Vakar soll angeblich ums Leben gekommen sein - was sich jedoch als fataler Irrtum erweist.

Ein Trupp Marines, der die zuständigen Behörden dabei unterstützt, gegen den Menschenschmuggel an der mexikanischen Grenze vorzugehen, wird angegriffen. Zwei Marines werden entführt. Kensi und Deeks verfolgen gemeinsam eine Spur in der Wüste. Eric stößt bei seinen Recherchen auf einen bekannten Textilfabrikanten. Von Sam und Callen zur Rede gestellt, gibt dieser zu, Schutzgelder an ein Kartell zu zahlen, damit seine Betriebe in Mexiko nicht niedergebrannt werden ...

Das erfährt, dass Corporal Thomas Porter in einem Parkhaus ermordet und ihm die Hand abgehackt wurde. Sam und Callen ermitteln in Camp Pendelton, wo das Opfer stationiert war. Kensi und Deeks befragen die Freundin des Opfers. Die Spur führt in einen großen Juwelen- und Schmuckmarkt. Und es scheint, als hätte Porter Ware zweifelhafter Herkunft an den Mann bringen wollen. Ein Juwelier wird tot von Sam und Callen aufgefunden. Auch ihm fehlt eine Hand ...

Das Team kämpft gegen die Zeit als es ein Video sieht, in dem die Tochter eines Commanders lebendig begraben wird.

Callens Ex-CIA-Partnerin Tracy Keller zettelt in einem Navy-Rekrutierungsbüro eine Geiselnahme an. Ziel dieser Aktion ist es, Callens Aufmerksamkeit zu erlangen, denn Tracy benötigt dringend seine Hilfe: Sie fürchtet um ihr Leben, da sie im Zuge ihrer Tätigkeit als FBI-Agentin den Machenschaften einer rechtsextremen Bruderschaft auf die Schliche gekommen ist und sich nun bedroht fühlt. Callen erklärt sich schließlich dazu bereit, ihr zu helfen. Dennoch bleibt er skeptisch - und sein Misstrauen scheint berechtigt.

Auf der Treppe eines Regierungsgebäudes wird ein Mitarbeiter von einem als Polizist verkleideten Mann erschossen. Die Ermittlungen führen das Navy CIS-Team in eine Schönheitsklinik, deren Leiter sie tot vorfinden. Vier Terroristen, die auf der amerikanischen Fahndungsliste stehen, haben sich in dieser Klinik das Gesicht operieren lassen. Die Special Agents setzen alles daran, das Versteck der Verbrecher aufzuspüren.

Das NCIS-Team wird auf den Mordfall von Army Officer Richard Booth angesetzt, der qualvoll zu Tode gefoltert wurde. Booth, der erst vor kurzem aus dem Militärdienst ausgeschieden ist, war Mitglied einer Spezialeinheit, die sich der Suche und Auslöschung wichtiger Terrorzellen verschrieben hat. Schnell finden die Ermittler heraus, dass das Opfer bereits Pläne für die Zeit nach seiner Entlassung aus der Armee hatte: Booth wollte sich künftig als Kopfgeldjäger in Afghanistan verdingen und so Millionen scheffeln.

Das Team des NCIS L.A. muss den Tod des Antiquitätenhändlers Kurt Renner aufklären, der im Besitz eines Schwarzbuches mit Geheiminformationen aus dem Kalten Krieg war. Wie sich herausstellt, scheint es Renners Mörder auf die darin enthaltenen Daten abgesehen zu haben. Einzig Hetty weiß, dass Branston Cole, ein alter Freund aus ihrer aktiven Zeit als Spionin, mit dem mysteriösen Buch in Verbindung steht und beginnt, auf eigene Faust nach Renners Killer zu suchen - nichtsahnend, in welche Gefahr sie sich dabei begibt.

Die Suche nach Renners Buch, das Geheiminformationen aus dem Kalten Krieg enthält, geht weiter: Nach dem Tod von Branston Cole macht sich das NCIS-Team daran, das Buch so schnell wie möglich in die Finger zu bekommen, um weitere Todesopfer zu verhindern. Aufgrund von Hinweisen ist nun nämlich klar, dass sowohl der CIA als russische Agenten hinter den darin enthaltenen Informationen her sind. Als Eric und Nell schließlich einen Code entdecken, den das erste Todesopfer Renner vor seinem Tod versteckt hat, geht die Jagd nach dem ominösen Buch in die letzte Runde.

Ein früherer Officer des NCIS ist der einzige Überlebende einer tödlichen Schiesserei. Es stellt sich heraus, dass er unter einer posttraumatischen Belastungsstörung leidet. Im Zuge der Ermittlungen gelingt es Kensi, eine vertraute Beziehung zu dem Überlebenden aufzubauen, die möglicherweise dabei helfen kann, den Fall zu lösen...

Das NCIS-Team wird von Rose Schwarz, der Gerichtsmedizinerin des LAPD zu einer sehr ungewöhnlichen Ermittlung gerufen. Callen und Hanna sollen herausfinden, was mit einer Leiche passiert ist, die in Verbindung mit einem Navy-Tracking-System-Experiment stand und anschliessend auf mysteriöse Art aus der Leichenhalle verschwunden ist...

Anscheinend ist eine hochgeheime Datei von den Servern des Pentagon gestohlen worden. Die Veröffentlichung dieser Datei auf einer Internet-Plattform wäre eine äusserst blamable Sache für das Verteidigungsministerium. Da die Datei verschlüsselt ist, fehlt nur noch der Entschlüsselungscode, um die Daten im Internet zu veröffentlichen. In einem Wettlauf mit dem FBI verfolgt das Team die Spur zu Ray Crossen, dem Betreiber der Internet-Plattform, den sie aber nur tot vorfinden. Der Entschlüsselungscode scheint der Dreh- und Angelpunkt zu sein...

Moe, der im Gefängnis seine Strafe verbüsst, wird im Zuge eines Aufnahmeritus einer Gang schwer zusammengeschlagen. Sam wird vom Krankenhaus als seine Kontaktperson informiert. Sam besucht Moe im Krankenhaus und erfährt, dass Moe im Auftrag des NCIS als "Spitzel" arbeitet, um die Hintermänner einer terroristischen Vereinigung zu entlarven. Sam beschwert sich bei Hetty über den Einsatz von Moe und geht undercover ins Gefängnis, um Moe zu beschützen...

Sam gibt die Schuld für Moes Tod den Alleingängen von Callen. Callen überrascht in seinem Haus einen Einbrecher. Wie sich herausstellt, scheint er im Auftrag von Arkady Kolchek, einem alten Bekannten von Callen, zu arbeiten. Als Callen Arkady zur Rede stellt, macht Arkady Callen auf Rameesh Nayam-Singh, einen indischen Unternehmer, aufmerksam, der angeblich mit gefälschten Computerchips handelt. Callen sieht eine Möglichkeit, seine privaten Ermittlungen mit offiziellen Ermittlungen zu verbinden. Gegen den anfänglichen Widerstand von Hetty wird Kensi als Handleserin bei Singh eingeschleust, da der Mann sehr abergläubisch sein soll. Nach und nach kommt das Team dahinter, dass Arkady über Niko, den Mann, der bei Callen eingebrochen ist, von Singh manipuliert wird. Niko arbeitet in Wahrheit nicht für Arkady, sondern für Singh. Drei Parteien scheinen es auf eine Lieferung gefälschter Computerchips abgesehen zu haben. Um ein Blutbad zu verhindern, soll Singh von Kensi dazu überredet werden, Ort und Datum der Lieferung zu verlegen. Singh kann vom Team dingfest gemacht werden, und Callen trifft im Los Angeles-Forum auf Arkady, und beide werden von Nikos Leuten unter Beschuss genommen. Ihnen geht die Munition aus, und in dieser verqueren Situation tauchen Sam und Deeks auf. Die Gangster werden ausgeschaltet, und Callen lässt Arkady laufen, weil der seiner Meinung nach auf freiem Fuss nützlicher für den NCIS ist als hinter Gittern. Zur Überraschung von Callen teilt Hetty diese Einsicht.

Callen und Sam ermitteln undercover bei der California Highway Patrol, der CHP, als Motorrad-Polizisten gegen einen Ring korrupter Cops, der sich 'California Gold Taxi Service' nennt und gegen entsprechende Bezahlung Aufträge für die Organisierte und nicht Organisierte Kriminalität erledigt. Anscheinend gibt es auch Verbindungen zu korrupten Militärangehörigen in Camp Pendleton. Die beiden lassen sich nach wie vor undercover auf einen Auftrag ein, den ihnen der zwielichtige Marchetti anbietet. Sie sollen einen Wagen samt Fahrer aus dem Verkehr ziehen. Bei dieser Massnahme werden sie in ein heftiges Feuergefecht verwickelt und es gelingt ihnen nicht, die Entführung des Trucks zu verhindern. Wie sich herausstellt, war die Ladung ein Atomsprengkopf, der zu einer Überholung transportiert werden sollte. Dem Pentagon wird ein Video zugespielt, auf dem eine anscheinend von Islamisten entführte Kernphysikerin zu sehen ist, die sagt, dass sie gekidnapped wurde, um den Sprengkopf scharf zu machen. Hetty drängt zur Eile. Der Gefechtskopf muss wiedergefunden werden. Dem Team kommt merkwürdig vor, dass Marchetti es mit arabischen Terroristen zu tun haben sollte. Denn er ist ein vorbestrafter Börsenspekulant und Betrüger. Nach und nach kommen sie dahinter, dass die Atomwaffe nur als Drohung dient. Durch die Veröffentlichung des Videos soll eine Panik ausgelöst werden, um einen Börsencrash hervorzurufen, an dem dann entsprechend verdient werden kann. Sie kommen Marchetti auf die Spur, und es stellt sich heraus, dass die entführte Physikerin mit ihm unter einer Decke steckt. Noch bevor das Video an die Öffentlichkeit gelangt, gelingt es Eric, das gesamte Internet mit einem Trojaner zum Absturz zu bringen.

Deeks platzt nach seinem täglichen Jogging in dem kleinen Supermarkt, in dem er täglich seinen Kaffee und seine Zeitung holt, in einen Raubüberfall. Er wird angeschossen und landet mit zwei Kugeln in der Brust im Krankenhaus. Das Team ist sehr betroffen und versucht mit Hochdruck, die Täter zu ermitteln. Während Kensi im Krankenhaus bei Deeks ist, gelingt es Eric, den Fluchtwagen aufzuspüren, und es stellt sich heraus, dass es kein Zufall war, sondern dass Deeks überwacht wurde und er die Zielperson war. Nach und nach kommt das Team dahinter, dass Deeks anscheinend nur der Köder war, um das restliche Team angreifbar zu machen. Callen scheint in eine Falle gelockt worden zu sein, und irgendwann wird klar, dass das wahre Ziel Kensi sein muss...

Abdul, der Mörder von Sams Ziehsohn Moe, nimmt aus dem Jemen Kontakt zu Sams Tarnidentität Hakeem Fayed auf. Durch Overwatch war der NCIS in der Lage, Abduls Schritte lückenlos zu verfolgen. Und so wissen sie, dass er sich in Sanaa aufhält. Der Bruder von Abdul, Saadat, scheint die Terror-Organisation "Krieger für den Islam" im Jemen zu leiten. Noch haben die Brüder keinen Kontakt aufgenommen, und so entscheidet Hetty, dass Sam als Hakeem Fayad undercover in den Jemen fliegt. Die "Krieger für den Islam" haben eine Geisel genommen, den Sohn eines einflussreichen saudischen Prinzen, und verlangen im Austausch die Freilassung von einem Dutzend Al-Quaida-Kämpfern, die in Rijad inhaftiert sind. Callen fliegt mit in den Jemen, um auf Sam aufzupassen. Zu seiner Überraschung stösst er im Hotel auf Nate, der von Hetty zu einem Spezialeinsatz im Jemen beordert wurde...

Ein Navy-Nachrichtendienstler stellt ein Dossier über einen venezuelanischen Politiker zusammen, der gemeinhin als proamerikanisch gilt, in dem er in einem völlig anderen Licht dargestellt wird.

Im Stützpunkt Pendelton wird in ein Lagerhaus eingebrochen, in dem hochsensibles Material gelagert wird. Da die beiden Einbrecher überrascht wurden, bleibt unklar, was sie gesucht haben.

Der Teilhaber einer Firma, die sich auf Satellitentransporte ins All spezialisiert hat, kommt in einer Testkammer ums Leben. Der NCIS nimmt die Ermittlungen auf, weil es sich um hochgeheime Nanotechnologie handelt.

Ray Martindale, ein langjähriger Freund von Deeks, der auf die schiefe Bahn geraten ist und der von Deeks vor dem Knast bewahrt wird, indem er als Informant arbeitet, bringt den Waffenhändler Sanders mit seiner Aussage ins Gefängnis.

Ein brennender Mann stirbt in einem Restaurant in Santav Monica. Da es sich um einen SEAL zu handeln scheint, wird das NCIS-Team eingeschaltet.

Das Team kann sich mit der Nachfolgerin von Hetty nicht anfreunden und macht Hunter das Leben schwer. Hetty ist derweil in Prag und möchte jemandem namens Comescu eine Botschaft überbringen.