Der NCIS-Ermittler Nick Torres behauptet, für den Mord an Maurice Riva verantwortlich zu sein. Das Opfer hat einst Torres’ Familie Schaden zugefügt, weshalb Nick einen Grund für die Tat gehabt hätte. Doch in Wahrheit setzt der Agent seine Zukunft aufs Spiel und bekennt sich schuldig, weil er seine Schwester schützen will. Er glaubt, dass Lucia Riva ermordet hat.
Die Tochter des vor Jahren verstorbenen Sergeants Danny Zawadski bittet das NCIS-Team um Hilfe. Der Politiker Berger hatte den Ruf ihres Vaters kurz vor dessen Tod beschädigt. Ducky, der vor kurzem im Schlaf gestorben ist, hatte ihr versprochen, den Namen und die Ehre des Sergeants wiederherzustellen. Die Ermittler finden in Duckys Unterlagen schockierende Beweise, die Berger mit dem Tod von Danny Zawadski in Verbindung bringen.
Kasie hilft ihren Kollegen in der Telefonzentrale aus und nimmt einen beunruhigenden Anruf entgegen. Am anderen Ende der Leitung spricht der ehemalige NCIS-Agent Eric Webb und behauptet, dass er in Gefahr ist. Als die Ermittler im CIA Safe House ankommen, wo sich Webb zuletzt aufgehalten hat, finden sie mehrere Leichen. Zudem erfahren die Agenten, dass ein Bombenanschlag in Washington D.C. geplant ist und alle Anzeichen deuten auf Eric Webb als Täter hin.
Ein Officer der Navy, Derek Bailey, wird entführt und seine Verlobte Tanya wendet sich erst drei Tage nach dessen Verschwinden an das NCIS-Team. Bailey fand erst vor kurzem seinen Vater, den Milliardär Ron Davenport, und die Entführer fordern nun ein Lösegeld von drei Millionen Dollar von Ron. Nachdem Tanya ebenfalls verschwindet, zahlt Davenport die geforderte Summe. Den Ermittlern gelingt es, das Handy des Täters zu orten, woraufhin sie sofort die Festnahme planen.
Knights Vater, der leitende NCIS-Spezialagent Feng Zhao, benötigt die Hilfe seiner Tochter und deren Team. Zhaos Kollege, der Undercover-Agent James Chen, wurde ermordet, nachdem er einer Frau helfen wollte, die gefangen gehalten wurde. Die Agenten finden heraus, dass die Entführte gezwungen wird, Biowaffen für China herzustellen. Gemeinsam mit Zhao, begibt sich das NCIS-Team auf die Suche nach den Geiselnehmern.
Das NCIS-Team untersucht den Mord an dem Navy-Piloten Lieutenant Greene. Auf das Opfer wurde mehrmals geschossen, allerdings kann das Team nicht feststellen, mit welcher Schusswaffe die Tat begangen wurde. Der Pilot hat kürzlich bei einem seiner Flüge ein unidentifiziertes Objekt entdeckt und an die Existenz von Aliens geglaubt. Dieses Wissen hat er mit der Öffentlichkeit geteilt, was einer Abgeordneten des Verteidigungsausschuss missfallen ist.
Das Navy-Team gerät unter Beschuss: Ein mysteriöser Feind aus der Vergangenheit hat es auf die Behörde abgesehen, um Rache zu üben. Direktor Vance wird am Grab seiner Frau attackiert und muss im Anschluss seinem Sohn erklären, warum er den Job trotz der Gefahren weiterhin ausüben will.
Ein namhafter Herzchirurg wird entführt und getötet – das Team übernimmt die Untersuchungen. Der Fall stellt die Ermittler vor einige Herausforderungen.
Die Überreste eines Marine-Captains werden entdeckt. Die Leiche wurde zerstückelt. Das Seltsame dabei: Das Opfer ist bereits seit drei Jahren tot. Die Spur führt Knight und Torres nach Texas. Delilah will unterdessen ihre Küche renovieren und greift dabei auf die Hilfe eines Reality-TV-Stars zurück. Tim ist alles andere als begeistert.
Ein altes Schiff der Navy soll auf den Grund des Meers gesenkt werden und in ein künstliches Riff verwandelt werden. Bei den Arbeiten werden drei Leichen entdeckt. Knight und Parker finden Hinweise auf eine verdächtige Person – und werden von dieser auf dem Schiff eingesperrt. Derweil bahnt sich für ein langjähriges Teammitglied ein Positionswechsel innerhalb des NCIS an.