Torres wird bei einem Undercovereinsatz in einem Drogenkartell enttarnt und gerät dadurch in große Gefahr. Knight muss eingreifen, um ihn aus seiner misslichen Lage zu befreien. Die Agentin entscheidet sich daraufhin, ihren alten Job beim NCIS wieder aufzunehmen. Derweil hofft McGee auf eine Beförderung zum stellvertretenden Director.
Als der Undercover-Agent Diego Barreto tot aufgefunden wird, ermittelt der NCIS in alle Richtungen. Die Polizei findet außerdem schon bald eine zweite Leiche, bei der es sich offenbar um einen Auftragskiller handelt. Derweil bereitet sich Leon Vance auf ein diplomatisches Treffen vor. Dieses droht jedoch zu scheitern, als seine Freundin Lena plötzlich entführt wird…
Als eine Leiche im Keller des Hauses von Lieutenant Bryce Prescott gefunden wird, ermittelt der NCIS wegen Mordes. Wie sich herausstellt, war das Opfer auf der Suche nach einem mysteriösen Schatz. Ist ihm dieses Vorhaben womöglich zum Verhängnis geworden? In der Zwischenzeit muss sich McGee mit seiner verpassten Karrierechance abfinden. Heimlich beginnt er jedoch, seinen Konkurrenten Laroche zu durchleuchten.
Parker trommelt sein Team zusammen, um einen Militärangriff zu vereiteln. Weil Direktor Vance nicht erreichbar ist, müssen sie sich jedoch mit seinem Vertreter Sweeney auseinandersetzen. Dieser scheint eine ganz eigene Strategie zu verfolgen. Währenddessen gehen Jimmy und Jessica einen Schritt aufeinander zu und suchen ein klärendes Gespräch…
Der pensionierte Navy-Captain Thomas Butler leidet an beginnender Demenz. Das NCIS-Team entdeckt, dass Butler früher als Spion für die Sowjets tätig war und eine Geheimakte namens „Laurel“ besitzt. Um zu überprüfen, ob er vertrauliche Informationen ausplaudern könnte, inszeniert der NCIS ein Rollenspiel und lässt die 70er Jahre wieder aufleben. Officer Conrad von der CIA, der früher mit Butler zusammengearbeitet hat und involviert ist, hält dies für eine schlechte Idee.
Als in das Penthouse eines Unternehmerpaares eingebrochen wird, nimmt der NCIS die Fahndung auf. Wie sich herausstellt, wollten die Einbrecher eigentlich Melinda Martin entführen, die zum Tatzeitpunkt jedoch nicht zu Hause war. Kurzerhand wird sie unter Polizeischutz gestellt, doch nur wenig später verschwindet Melinda spurlos. Als auch noch Jessica Knight gekidnappt wird, bringen die Ermittlungen einige Geheimnisse ans Licht.
Ein Mitglied des Navy-Forschungszentrums wird ermordet. Der NCIS nimmt zunächst die Frau des Verstorbenen ins Visier, die offenbar ein Motiv hat. Als diese jedoch entführt wird, nehmen die Ermittlungen eine dramatische Wendung. Können die Agenten den Killer stoppen, bevor er noch weitere Opfer auf dem Gewissen hat?
Ein Navy Lieutenant kommt auf mysteriöse Weise nach einem Autounfall ums Leben. Wie sich herausstellt, wurde sein Wagen manipuliert und ferngesteuert. McGee und Knight gehen der Sache auf den Grund. Dabei gerät die Frau des Toten schnell ins Visier der Ermittler. Denn laut Ehevertrag hätte sie ein eindeutiges Motiv, ihren Mann loswerden zu wollen…
Als eine schockierende Enthüllung das Weihnachtsfest eines dekorierten Marines zu ruinieren droht, muss NCIS die Wahrheit ans Licht bringen und für ein Weihnachtswunder sorgen bevor das Buch in die Regale kommt und das Vermächtnis eines Helden in ein Weihnachtsdesaster verwandelt.