Auf einen Militärkonvoi, der einen Flugkörper eskortiert, wird ein Bombenanschlag verübt. Spuren am Tatort führen zum Ex-Navy-Soldaten Mark Yaden. Als Pride und sein Team ihn stellen, begeht er Selbstmord. Mit Lorettas Hilfe finden die Agents heraus, dass Yaden einer separatistischen Miliz angehörte. Doch das ist nicht alles: Wie es aussieht, versammeln sich Milizen aus dem ganzen Land in New Orleans, um einen großen Coup durchzuziehen. Pride taucht undercover in die Szene ein.
Der Journalist und Blogger Jonah Penn wird auf der Terrasse seines Hotelzimmers ermordet – offenbar, weil er über brisante Informationen die Navy S.E.A.L.s betreffend verfügte. Die Elite-Truppe sollte bei einer Mission in Bolivien die Volksarmee im Örtchen San Martel entmachten. Doch es kam zu einem Massaker durch einen S.E.A.L.. Das suggeriert zumindest ein Foto, das dem NCIS zugespielt wird. Doch in diesem Fall ist nichts, wie es auf den ersten Blick scheint.
Bei einer Flugshow der Navy stürzt Lieutenant Lindsey Garrett mit ihrem Kampfjet ab. Alles deutet darauf hin, dass die junge Pilotin den Crash vorsätzlich verursacht hat. Doch Loretta will sich mit der Selbstmord-Theorie nicht abfinden: Bei der Obduktion stellt sie einige seltsame Veränderungen in Lindseys Organen fest, die auf ein Neurotoxin schließen lassen. Auch die Recherchen, die Pride und sein Team anstellen, fördern einige beunruhigende Wahrheiten über Lindsey zu Tage.
Airforce Lieutenant Max Griggs wird beim Hochzeits-Empfang eines Navy Petty Officers tot aufgefunden. Kurios: Keiner der Gäste kennt ihn. Pride und sein Team finden heraus, dass Griggs Drohnenpilot war und zahlreiche Gegner in der Antikriegs-Lobby hatte. Außerdem spionierte er mit einer Mini-Drohne Militäreinrichtungen aus. Scheinbar verfügte er über eine brisante Information, die ihn das Leben kostete.
Wurde Lieutenant Lachlan Colston Opfer einer Verwechslung? Das Mitglied der Royal Australian Navy, das im Rahmen eines Austauschprogramms in den USA war, wurde ermordet. Zuerst sieht es so aus, als hätte der Mordanschlag seinem US-Tauschpartner Lieutenant Brad Ryder gegolten, der derzeit in Australien weilt. Offenbar hatte er horrende Wettschulden. Doch dann führt eine heiße Spur ausgerechnet zu Ryders Noch-Freundin Cheryl Eastman.
Auf der Flucht vor einem bewaffneten Mann stürzt Petty Officer Kelsy Weaver von einem Hausdach in den Tod. Allerdings gab es den Mann nicht – die junge Frau stand unter dem Einfluss einer neuartigen Designerdroge und hatte schwere Halluzinationen. Um herauszufinden, woher die Drogen kommen und wer dafür sorgt, dass sie in New Orleans in Umlauf kommen, gehen Pride und sein Team ein hohes Risiko ein. Das, was die Ermittler herausfinden, ist mehr als schockierend.
Der junge Navy-Kryptologe Max Pinzon wartet im Krankenhaus in New Orleans auf eine Herztransplantation. In der Nacht vor der Operation ermordet ein Unbekannter vier Navy-Angehörige, um das Spenderherz in seine Gewalt zu bringen und zu zerstören. Für PinZO ist dies ein schwerer Schlag, denn aufgrund seiner extrem seltenen Blutgruppe ist die Wahrscheinlichkeit, rechtzeitig ein neues Spenderherz für ihn zu finden, gleich null. PinZO arbeitet unter der Anleitung von Brodys Mutter Olivia, einer erfahrenden Kryptologin, an einem Programm, das das sogenannte „Dark Web“ lahmlegen soll, was es Terroristen und Kriminellen extrem schwermachen würde, verdeckte Geschäfte zu betreiben. Im Verlauf der Ermittlungen stellt sich jedoch heraus, dass nicht das für Max PinZO bestimmte Spenderherz vernichtet worden ist, sondern das eines IT-Managers, der als Komplize mit dem unbekannten Täter zusammengearbeitet hat. Die Wahrscheinlichkeit, dass PinZOs Spenderherz noch existiert, ist hoch, sollte es jedoch nicht innerhalb der nächsten sieben Stunden gefunden werden, wäre es nicht mehr transplantationsfähig. Mit Olivia Brodys tatkräftiger aber nervtötender Unterstützung gelingt es dem Team, auf die Spur des seit zwei Jahren untergetauchten Schwerkriminellen Thomas Dolan zu kommen. Der schwer herzkranke Dolan benötigt eine Herztransplantation und hat die gleiche extrem seltene Blutgruppe wie PinZO. Es liegt nahe, dass das Spenderherz in seinem Auftrag gestohlen worden ist, doch da er Räumlichkeiten, Geräte und einen Chirurgen braucht, der die Operation durchführen kann, gelingt es dem NCIS-Team, seine Spur aufzunehmen. Als das Team im improvisierten OP eintrifft, ist Dolan, der fünf Menschenleben geopfert hat, um sein eigenes zu retten, bereits tot. Das NCIS-Team unternimmt einen letzten verzweifelten Versuch, das Spenderherz zu retten, doch der Versuch einer Transplantation schlägt fehl und Max PinZO stirbt noch auf dem Operationstisch.
Kurz bevor er vor Gericht gegen den Waffenhändler Hugo Garza aussagen kann, wird Don Lambert in seinem Auto in die Luft gejagt. Nun kann nur noch sein Ex-Partner Maslow Garza hinter Gitter bringen.
Frankie Alvarez wartet auf ihren Verlobten, Petty Officer Nick Benton. Plötzlich erhält sie einen beunruhigenden Anruf: Sie hört Nicks Stimme und Kampfgeräusche, doch er spricht nicht mit ihr.
Als ein Mann drei Menschen erschießt, entdeckt LaSalle Gemeinsamkeiten zu einem Mord, der während des Hurrikans Katrina geschah. In beiden Fällen hatte der Täter ein blaues, unförmiges Tattoo.
Kurz vor dem Fest trägt sich eine Serie von Einbrüchen zu. Alle Indizien deuten auf Wades Adoptivsohn Danny hin. Um trotzdem Weihnachtsstimmung aufkommen zu lassen, beschließt das Team zu wichteln.
Im Rahmen der Zusammenarbeit der beiden Teams transportieren Ducky und Jimmy die Leiche von Anton Pavlenko nach New Orleans. (Teil 1 der Geschichte wird in Episode 12 der 13. Staffel von NCIS gezeigt.)
Was zunächst aussieht wie der Suizid von Petty Officer Mateo Ortega, entpuppt sich als Mord. Doch wer hatte einen Grund, den Unteroffizier zu erdrosseln und anschließend von einer Brücke zu stürzen?
Während des Mardi Gras werden Bürgermeister Hamilton und Pride von Mike Spar entführt. Sie sollen vor 25 Jahren den Mord an dessen Ehefrau Patricia vertuscht zu haben.
Hospital Corpsman Nolan Griffith greift in eine Schießerei in einem Zug ein und retet einen weiteren Navy-Angehörigen, doch Griffith ist eigentlich seit 2012 in der Gewalt des Terroristen Aman Bashir
Der Bauleiter einer Navy-Baustelle wird ermordet und eine Menge TNT entwendet. Der Fall scheint klar, bis der Sprengstoffexperte und mutmaßliche Täter Julian Kaufman ums Leben kommt.
Mord während einer Live-Radiosendung: Die Moderatorin und Irak-Veteranin Kayla Anderson soll das nächste Opfer sein, der NCIS ermittelt
Als Chief Warrant Officer Evan Babish überfahren wird und stirbt, glaubt Brody nicht an einen Unfall: Es gibt zu viele Parallelen zum Tod ihrer Schwester Emily, der ebenfalls als Autounfall zu den Akten gelegt wurde. Die Ermittlungen ergeben tatsächlich eindeutige Gemeinsamkeiten zwischen den beiden Todesfällen – unter anderem, dass Babish und Emily beide beim Houston Globe beschäftigt waren und dort an brisanten Enthüllungs-Geschichten arbeiteten. Wurde ihnen das zum Verhängnis?
Nachdem Prides Tochter Laurel beim Joggen im Wald überfallen wird, vertraut sie sich ihrem Vater an und berichtet, dass sie bereits seit Tagen von einem Van verfolgt wird. Pride ist in Alarmstellung und es gelingt ihm, den Van ausfindig zu machen. Er stellt fest, dass alle Orte, an denen er sich üblicherweise aufhält, überwacht werden. Die Verfolger haben es offensichtlich auf ihn und nicht auf Laurel abgesehen.
Lieutenant Darren Murray wird auf dem Beerdigungsumzug für Lieutenant Boyd umgebracht. Offenbar hat er nicht an dem Umzug teilgenommen, sondern aus einiger Entfernung Fotos gemacht. Prides Team findet heraus, dass Murrays Tod mit Grabrauben aus jüngster Zeit in Verbindung steht – aus zahlreichen Familiengruften wurden wertvolle Artefakte und in einem Fall sogar Gebeine entwendet. Ist Murray den Tätern etwa auf die Schliche gekommen?
Pride und sein Team bekommen es mit einem heiklen Fall zu tun: Navy Lieutenant Rebecca Peterson bricht tot im Hotelzimmer des Drei-Sterne-Generals Matthews zusammen. Offenbar wurde sie mit Arsen vergiftet. Alles deutet darauf hin, dass Rebecca und der General eine Affäre hatten – und Matthews die junge Frau ermordet hat, um seine Karriere nicht mit diesem nach Navy-Regeln illegitimen Verhältnis zu gefährden. Neue Informationen führen jedoch zu einer dramatischen Wende …
Die Navy-Schiffsköchin Danielle Jarrett kocht während ihres Landurlaubs für ihren Vater in dessen Restaurant. Als es dort eine Explosion gibt, bei der Danielle schwer verletzt wird, werden Pride und sein Team hinzugezogen. Ursache für den Unfall war ein manipulierter Gasbrenner. Die Agents haben sofort mehrere Verdächtige im Auge, doch jede dieser Spuren erweist sich als Sackgasse. Dann stoßen sie auf eine grausame Wahrheit …
Der Navy-Taucher James Greene wird auf offener See während eines Tauchgangs ermordet. Sein Begleiter, Lieutenant Buckley, liegt schwer verletzt im Boot. An die Angreifer kann er sich nur dunkel erinnern, da er unter Schock steht. Doch Pride gelingt es, die Ereignisse zusammen mit Buckley zu rekonstruieren und gelangt auf die Spur eines jungen Paares, das ziemlich üble Absichten hat.
Am frühen Morgen geht eine Bombe hoch, die offenbar aus dem geschmuggelten Oktogen-Sprengstoff gebaut wurde. Die Explosion lässt darauf schließen, dass es sich nur um einen kleinen Sprengsatz handelte - das restliche Oktogen ist also noch im Umlauf. Unterdessen ahnt Brody, dass Russo in die Sache verstrickt ist, und informiert Pride und das Team. Sie entwickeln einen riskanten Plan, um den Homeland Security-Mann zu stoppen.