Pride wurde von der Auftragsmörderin Amelia Parsons angeschossen. Nun kämpft er im Krankenhaus um sein Leben, doch sein Zustand ist sehr kritisch. Währenddessen gibt das Team alles, um die skrupellose Killerin zu schnappen. LaSalle versucht schließlich, Parsons in eine Falle zu locken - doch sie durchschaut den Hinterhalt und sucht Pride im Krankenhaus auf ...
Während es Pride nach acht Wochen allmählich besser geht, bekommt das NCIS-Team eine neue Vorgesetzte: die scheinbar perfekte Hannah Khoury. Als zwei CIA-Verwaltungsangestellte in New Orleans ermordet werden, kann die neue Chefin zeigen, was in ihr steckt. Doch diese Feuerprobe ist gar nicht so einfach ...
Als mitten auf einem belebten Festplatz der Diplomat Navy-Commander Morrison ermordet wird, nimmt Pride die Ermittlungen auf. Er findet heraus, dass das Opfer einen wichtigen Brief sicherstellen sollte, der Daten zu einem globalen Geldwäschenetz enthält. Sowohl Mitglieder von Geheimdiensten als auch von mächtigen Untergrund-Organisationen haben großes Interesse an dem Dokument. Befindet sich der Mörder auch in diesen Kreisen?
Die Wasserleiche des Vietnamesen Aaron Trang wird an einem Garnelenkutter geborgen. Das Opfer stammt ursprünglich aus einem Fischereiviertel, hatte diesem jedoch den Rücken gekehrt, um stattdessen für die Navy zu forschen. Unterdessen hat LaSalle ein ganz anderes Problem: Die Steuerbehörde fordert zehn Millionen Dollar zurück - Geld, das sein Vater unterschlagen haben soll ...
Prides (Scott Bakula) Vater Cassius (Stacy Keach) ist in einen ungelösten NCIS-Fall verwickelt, der mit einem Jahre zurückliegenden, berüchtigten Casinoraub zusammenhängt. Pride lernt ein Familienmitglied kennen, von dem er nicht wusste, dass es existiert.
Prides Assistentin Ginny wird von einem Unbekannten entführt, ihr gelingt jedoch die Flucht und sie kann das Team sogar zu dem Haus des Entführers bringen. Dort angekommen, stoßen sie auf die Leiche des bis dato Hauptverdächtigen Ed Lightell, dem sämtliche Organe entfernt wurden. An den Wänden befinden sich zudem Voodoo-ähnliche Zeichnungen. Wieso musste Lightell sterben? Und hat derselbe Täter auch Ginny entführt?
Bei der Explosion einer Autobombe kommen zwei Männer um. Einer von ihnen, Paul, war aktives Mitglied einer Gruppe, die gegen Ungerechtigkeiten im System kämpft. Die Leiterin der Protestgruppe ist Bernadine, eine alte Freundin von Pride. Als sie zu dem Unglück befragt wird, gerät das ehemalige Mitglied Yasmin in den Fokus, die wegen ihrer radikalen Ansichten aus der Gruppe ausgeschlossen wurde. Zudem ist sie die Ex von Paul. Doch steckt sie wirklich hinter dem jüngsten Anschlag?
Als die Wehrkunde-Ausbilderin Sergeant Dunn erstochen wird, gerät ihr Schüler Mateo unter Verdacht, der seit Tagen verschwunden ist. Die Ermittler können ihn schließlich aufspüren und erfahren, dass Mateo von Officer Carter als Spitzel bei der guatemaltekischen Gang „Aztec Kings“ eingesetzt wird. Weil die ihn entlarvt haben, befindet sich der Junge jedoch nun in Lebensgefahr. Derweil fördern die weiteren Ermittlungen im Hinblick auf Carter etwas völlig Überraschendes zu Tage.
Als Jacob, ein freier Mitarbeiter des NCIS, erdrosselt aufgefunden wird, fördern die Ermittlungen Überraschendes zu Tage: Der Familienvater hat nicht nur ein Doppelleben geführt, sondern er war auch als Spion und russischer Auftragsmörder im Einsatz. Wurden seine Geheimnisse ihm letztendlich zum Verhängnis? Während das Team versucht, den Fall zu lösen, wird Jimmy von seiner Vergangenheit eingeholt, weshalb ihm sogar eine Gefängnisstrafe droht.
Pride wird von derselben Organisation, die auch Wade und Cassius entführt hat, gekidnappt und als Spielball benutzt. Eine unbekannte Stimme aus dem Off gibt ihm Anweisungen, denen er Folge leisten muss. Zuerst soll sich Pride Zugang zum SAC-Office verschaffen, um die Adresse eines CIA-Verstecks herauszufinden. Denn dort befindet sich die gefangen genommene Amelia Parsons, die die Organisation dringend braucht. Er hat keine andere Wahl, als zu kooperieren …
Das Team will weiterhin um jeden Preis den Fall um Apollyon und den Mord an Cassius aufklären. Der tätowierte Barcode an Amelias Leiche führt die Ermittler zu Fotos von vier Agenten, die für Apollyon gearbeitet haben. Einer von ihnen ist Avery Walker, der bereits wegen Mord im Gefängnis sitzt. Kann Walker den entscheidenden Hinweis liefern? Kurz darauf werden die anderen drei abgebildeten Agenten umgebracht …
Gregorio arbeitet undercover und schließt sich einem Club für Ehefrauen von Militärangehörigen an, nachdem eines der Mitglieder von ihrem Ex-Freund kontaktiert wurde, der auf der „Most Wanted“-Liste des FBI steht.
Das NCIS-Team untersucht das Verschwinden eines Navy-Entomologen nach einer tödlichen Schießerei in einem Forschungslabor. Nero vom Navy-Geheimdienst schließt sich den Ermittlungen an, als das Team entdeckt, dass auch ein seltener und tödlicher Virus gestohlen wurde. (Text: 13th Street)
Als der Journalist Oliver Crane ein Live-Video im Internet überträgt, bei dem er sich mit einer mutmaßlichen Zeugin einer Mordserie trifft, werden beide erschossen. Wenig später stellt sich allerdings heraus, dass Crane seinen Tod nur vorgetäuscht hat. Er weiht Pride und das Team in seine Ermittlungen zu der Mordserie ein, hinter welcher er Polizisten vermutet. Dann taucht online ein Mord-Index auf, in dem alle Opfer gelistet sind. Steckt hinter der Todesstatistik auch der Täter?
Als das Team nach einem verschwundenen Navy-Officer und dessen Bruder fahndet, stoßen sie auf die Firma Jax Inc, die Konstruktionen zur Verstärkung von Staudämmen herstellt. In letzter Zeit verschwanden gleich mehrere Mitarbeiter des Unternehmens spurlos. Dann werden auf dem Grundstück vier vergrabene Leichen gefunden, darunter der vermisste Navy-Officer ... Haben es die Konkurrenten der Branche auf die erfolgreiche Unternehmerin abgesehen?
Hannahs alter Kollege Liam verschwindet plötzlich spurlos. Schon bald wird klar, dass er von dem gefährlichen Waffenhändler Victor Zelko, dessen Familie bei einem Einsatz im Jemen ums Leben kam, entführt wurde. Dieser schmiedet nun kaltblütige Rachepläne und erhofft sich dafür nützliche Informationen von seiner Geisel. Während Hannah versucht, sich und ihre Familie in Sicherheit zu bringen, führen die Ermittlungen das NCIS-Team auf eine interessante Spur ...
Petty Officer Dana Wilson ist spurlos verschwunden. Das NCIS-Team ermittelt deshalb im kleinen Städtchen Bovis, wo sich die Vermisste zuletzt aufgehalten haben soll. Unterstützung erhalten sie dabei von Charlie Conroy, dem einflussreichsten Mann im Ort. Doch nur wenig später nimmt der Fall eine plötzliche Wendung.
Als Pattons Freund Nick Taylor erschossen wird, stürzt sich das NCIS-Team sofort in die Ermittlungen. Patton, der Zeuge des Mordes war, steht weiterhin unter Schock. Dann stellt sich heraus, dass in der Beinprothese des Toten eine hochmoderne Wanze implantiert ist. Da Nick Mitglied der Veteranengruppe "Valor Brigade" war, gelten diese als Hauptverdächtige. War der ehemalige Navy Seal ein Spion oder wurde er unwissentlich zur Datenspionage missbraucht?
Während einer Wohltätigkeitsgala der vermögenden Familie Prescott kommt es zu einem tragischen Vorfall: Der jüngste Sohn der Familie, Lieutenant Wyatt, stürzt die Treppe hinunter und stirbt. Während der laufenden Ermittlungen versucht die Anwältin der Familie, Lisa Butler, das NCIS-Team hartnäckig davon zu überzeugen, dass es sich um einen Unfall handelt. Doch die Indizien am Tatort sprechen eine andere Sprache ...
Als Elvis Bertrands (Tom Arnold) Tochter mit dem Mord an einem Navy-Anwerber in Verbindung gebracht wird, bittet er Pride (Scott Bakula), ihre Unschuld zu beweisen. (Text: 13th Street)
Tammy (Vanessa Ferlito) ist davon überzeugt, dass ein Hochstapler für den Tod einer Navy-Ärztin verantwortlich ist, obwohl die Beweise auf etwas anderes hindeuten. (Text: 13th Street)
Das NCIS-Team untersucht einen Bombenanschlag auf eine Veranstaltung in einem Militärmuseum, bei der mehr als 1000 Gäste anwesend waren. (Text: 13th Street)
Pride (Scott Bakula) und LaSalle (Lucas Black) reisen in die vom Krieg gezeichnete Region Südossetien, um FBI Special Agent Raymond Isler (Derek Webster) auszuspüren. Der wurde während einer gescheiterten Mission entführt, bei der der Anführer von Apollyon, dem Untergrund-Spionage-Netzwerk, das für den Mord an Prides Vater verantwortlich ist, festgenommen werden sollte. (Text: 13th Street)
Nachdem Pride die Spur des tödlichen Untergrund-Spionage-Netzwerks Apollyon bis in die vom Krieg gezeichnete Region Südossetien verfolgt hat, wird er von seinem Team getrennt und gerät in große Gefahr. (Text: 13th Street)