Nikita schafft es Birkhoff, den IT-Experten der Division, zu entführen. Sie droht ihm Folter an, wenn er ihr nicht die Passwörter für das Division-Netzwerk verrät. Über einen noch unbekannten Kontakt bei der Division erfährt Nikita außerdem von der Operation Black Arrow, die zum Ziel hat, den afrikanischen General Safwani zu liquidieren. Er ist unterwegs zu einem UN-Friedensgipfel. Anscheinend haben die Ölkonzerne seines Landes etwas gegen den Frieden, denn sie waren es, die Division beauftragt haben …
Der Kriegsverbrecher und ehemalige osteuropäische Diktator Dadich wird von einem Gericht freigesprochen und die Division erhält den Auftrag, ihn nach seiner Freilassung zu beschützen. Percy hat es nämlich auf das waffenfähige Uran abgesehen, das Dadich irgendwo in Osteuropa versteckt hat. Um es wiederzufinden, hat er vor seiner Inhaftierung ein GPS-Gerät in New York versteckt. Da Dadich nach einer Escort-Dame verlangt, wird Alex für den Auftrag „aktiviert“. ..
Die Reporterin Jill Morelli hat Informationen darüber, dass bei dem Absturz eines Flugzeugs nicht alles mit rechten Dingen zugegangen ist. Sie möchte diese Story bei der „Post“ unterbringen und versucht, deren Chefredakteur Jeremy Holt davon zu überzeugen. Die beiden werden von maskierten Männern überrascht und Jeremy wird erschossen. Die Täter lenken den Verdacht auf Jill, betäuben sie und wollen sie entführen. Doch Nikita ist schon zur Stelle, um Jill zu retten. Die erzählt ihr dann die ganze Geschichte, und für Nikita ist klar, dass nur die Division dahinterstecken kann. Zur gleichen Zeit gerät Birkhoff unter Verdacht, ein Maulwurf zu sein...
Nikitas erster Auftrag war vordergründig ein Job als Kindermädchen in der Familie von Victor Han, einem Beamten bei der Homeland Security. Dahinter steckte aber der Befehl, eine Bombe ins Haus zu schmuggeln, die Tochter und die Ehefrau in Sicherheit zu bringen und dann Han zu töten. Wie sich herausstellt, waren dessen Tod und seine Position bei der neugeschaffenen Behörde nur Täuschung...
Owen, ein Agent auf Percys „inoffizieller Liste“, ist der Hüter einer speziellen Hardware, genannt Black Box. Darauf sind kompromittierende Geheimnisse von Regierungsangehörigen gespeichert. Sie hat den alleinigen Zweck, Percy ein Druckmittel zu geben und seine Machenschaften zu schützen. Owen soll ein Update der Blackbox durchführen. Als er in Montreal das Bankschließfach öffnet, in dem sie sich befindet, wird die Bank überfallen....
Im Rahmen einer Prüfung erhält Alex von Amanda die Aufgabe, den Terroristen Bashir Maro zu verhören und wenn nötig mit Elektroschocks zu foltern. Bei dem Verhör bringt Alex es aber nicht übers Herz, das Folterwerkzeugt zu verwenden. Als der Gefangene sich befreit und handgreiflich wird, ist diese Prüfung für Alex endgültig in die Hose gegangen. Wenig später soll ein Training auf einem externen Gelände stattfinden. Auf der Busfahrt dorthin werden die Rekruten von Terroristen überfallen. Alex und Thom werden bewusstlos geschlagen und als Geiseln genommen. Nikita versucht unterdessen Owen dazu zu bringen, ihr zu vertrauen und ihr zu sagen, wo er die Black Box versteckt hat. Sie versorgt seine Wunden und erzählt ihm von ihrem Verlobten Daniel, der von der Division ermordet wurde. Owen sagt ihr schließlich, wo die Box versteckt ist. Außerdem gibt er sein dunkles Geheimnis preis …
Von einem Ölkonzern erhält Percy den Auftrag, einer Gruppe Umweltaktivisten einen Bombenanschlag anzuhängen. Er sucht die etwas unsicher wirkende Sara für diese Mission aus. Als Alex Nikita davon berichtet ist ihr sofort klar, dass es sich um ein Selbstmordkommando handelt. Während einer Demonstration vor der Zentrale des Ölkonzerns soll der Einsatz starten. Nikita kann Sara aber aus den Fängen der Division befreien. Sie besorgt ihr neue Papiere, damit sie ein neues Leben anfangen kann. Zeitgleich sieht der Rekrut Robbie seiner Graduierung entgegen. Als er von Amanda erfährt, dass er nur Wärter innerhalb der Division werden soll, läuft er Amok …
Die Division aktiviert Thom, um Anna Harcourt zu eliminieren. Die Praktikantin im Außenministerium hatte mit US-Senator Kerrigan eine geheime Affäre. Nikita bekommt von der Sache Wind, trifft aber zu spät in Annas Wohnung ein und findet nur noch ihre Leiche vor. Sie will den Fall weiter verfolgen und belauscht Percy und Kerrigan in einem Privatclub namens Regal House in Washington. Die Division wird alle die Affäre betreffenden Spuren verwischen. Im Gegenzug soll der Senator dafür sorgen, dass ein millionenschwerer Etat für Geheimdienste genehmigt wird. Nikita findet heraus, dass Anna schwanger war und bei ihrem Arzt einen Vaterschaftstest beauftragt hat. Sie sucht Annas Eltern auf, um mit deren Hilfe an das Ergebnis des Tests zu kommen – und erlebt eine böse Überraschung...
Michael erhält von Percy den Auftrag, Kasim Tariq auszuschalten, einen Al-Quaida-Terroristen, der Jahre zuvor seine Familie ermordet hat. Als Michael sein Hotelzimmer in Usbekistan betritt, steht plötzlich Nikita vor ihm. Sie bietet ihm ihre Hilfe an und Michael geht darauf ein. Gemeinsam finden sie heraus, wo sich Kasim mit dem Geldwäscher Ahmedov treffen will. Über eine Überwachungskamera im Hotel hat Percy herausgefunden, dass Nikita und Michael gemeinsame Sache machen....
Owen spielt den Medien Informationen zu, die auf einem UpdateStick für die BlackBox waren. So wird in den Nachrichten verbreitet, dass die Regierung der Vereinigten Staaten ein Attentat auf einen chilenischen Präsidentschafts-Kandidaten beauftragt hat. Percy ist gezwungen zu handeln und will das Attentat Ryan Fletcher, einem Analysten der CIA anhängen. Fletcher wird nach Chile geschickt, um wegen des Attentats zu ermitteln. Da im Internet bereits verbreitet wurde, dass Fletcher für das Attentat verantwortlich ist, wird er von chilenischen Rebellen entführt...
Alex informiert Nikita, dass sie kurz vor ihrer Beförderung zum Agenten steht, aber vorher noch ihren ersten Mordauftrag durchführen muss. Sie soll Zoman töten, den Boss eines armenischen Verbrechersyndikats. Da die Beförderung von Alex auch den Vorteil einer höheren Sicherheitsfreigabe mit sich bringt, beschließen die beiden, den Auftragsmord auszuführen. Nikita glaubt, dass Alex es nicht schafft, jemanden zu töten, und überwacht den Einsatz der Division. Unterdessen gelingt es Birkhoff, das Shell-Programm aufzuspüren, mit dem Alex und Nikita miteinander kommuniziert haben....
Alex wurde zum Division-Agent befördert. Sie darf fortan außerhalb der Division leben und bekommt eine Wohnung, ein Auto und eine Kreditkarte gestellt. Allerdings wurde ihr zuvor noch ein ganz besonderer Peilsender implantiert. Als Nikita sich mit Alex trifft, stellt sie fest, dass es sich dabei um einen von der Division entwickelten Tötungschip handelt...
Prinz Erik und seine Frau Prinzessin Kristina sind anlässlich der Ausstellung ihrer Kronjuwelen von Georgien nach New York gekommen. Sie wollen in ihrem Heimatland wieder die konstitutionelle Monarchie einführen. Dann wird bekannt, dass ein Attentat auf den Prinzen verübt werden soll. Drahtzieherin des mörderischen Plans ist Prinzessin Kristina, Auftragnehmer die Division...
In Berlin wird ein US-Agent erschossen. Sein Tod steht im Zusammenhang mit einer geheimnisvollen Waffe. Nikita und Ryan von der CIA haben Informationen, dass ein gewisser Emil Voss, ein deutscher Waffenhändler mit Ausbildung in Oxford, dahintersteckt. Nikita war seinerzeit von der Division als Gespielin auf ihn angesetzt worden. Nun ist sie bereit, noch einmal in diese Rolle zu schlüpfen, um an die gefährliche Waffe zu kommen und sie unschädlich zu machen...
Alex erhält von der Division den Auftrag, den Prototyp eines neuen Smartphones zu stehlen. Dazu wird ein Internet-Date mit dem milliardenschweren Entwickler Dustin Zimmer arrangiert. Sie treffen sich in einem Nachtclub, und dort kann Alex das wertvolle Gerät an sich bringen. Allerdings trifft sie dort auf der Damentoilette auch Irina wieder, eine alte Bekannte. Alex wurde gemeinsam mit ihr vor sechs Jahre von Menschenhändlern auf einem Frachter nach Amerika verschleppt...
Alex kehrt von ihrer letzten Mission vollgepumpt mit Drogen in die Division zurück. Amanda nutzt ihre Entziehungskur, um ihr einige Informationen über ihre Vergangenheit zu entlocken, die sie bislang vor der Division geheim gehalten hat. Sie verabreicht ihr Ibogain, eine Droge, die Wachträume hervorruft. In ihrem Traumzustand trifft Alex in der Division auf ihr jüngeres Ich – auf der Flucht vor einer ominösen Erzfeindin...
Michael findet Nikita in ihrem geheimen Versteck und stellt ihr ein Ultimatum: Er gibt ihr 24 Stunden Zeit, um Kasim zu finden, den Mann, der seine Familie umgebracht hat. Sonst verrät er Percy, dass Alex der Maulwurf ist. Nikita erklärt sich bereit zu helfen, verlangt jedoch von Michael, dass er ihr verrät, wo die restlichen BlackBoxen sind. Da sie weiß, dass Kasim Drogen für die al-Quaida durch Tschetschenien schmuggeln lässt und von Gogol gedeckt wird, arrangiert sie ein Treffen mit Ari Tasarov...
Owen stattet Nikita und Michael einen überraschenden Besuch ab. Er sagt, er habe herausgefunden, in welchem Londoner Stadtbezirk sich Brandon, der Wächter einer BlackBox, aufhält. Michael ist misstrauisch, aber Nikita beschließt, mit Owen nach London zu reisen und die Box zu finden. Als die beiden in Owens Versteck ankommen, bricht er plötzlich unter rasenden Kopfschmerzen zusammen....
Nikita plant Alex’ Flucht aus der Division. Der Zeitpunkt ist allerdings schlecht gewählt, denn Alex und Jaden wurden für eine Auslandsmission ausgewählt. Es soll ein gefährliches Nervengift zerstört werden, das von Kalume Ungara, dem Sohn des liberianischen Präsidenten, entwickelt wurde. Michael überredet Nikita, ihren Plan zu ändern. Sie beschließen, den Tod von Alex vorzutäuschen, wenn sie Kalumes Giftlabor in Genf in die Luft sprengt....
Da Nikita es geschafft hat, zwei BlackBoxen zu zerstören, ist Percy in letzter Zeit etwas überspannt. Er schickt Michael in eine Kleinstadt in Pennsylvania, wo er einen seiner Wächter observieren soll – eine Frau namens Dana Winters. Innerhalb der Division gehen außerdem Gerüchte um, dass Percy eine streng geheime Mission plant: „Operation Sparrow“. Michael und Nikita beschließen, die BlackBox diesmal nicht zu zerstören. Sie hoffen, darauf Informationen über die Operation zu finden. Nikita macht sich auf den Weg nach Pennsylvania und muss feststellen, dass Dana eine ganz normale Frau mit Familie ist, die offenbar versucht, aus dem Leben als Division Agentin auszusteigen …
Michael erfährt von Birkhoff, dass Percy jeden umbringen lässt, der die Blackbox, die Nikita hat, entschlüsseln könnte. Zwei Top-Kryptologen sind bereits tot und Percys nächstes Ziel soll Malcolm Mitchell sein, ein Kryptologe der CIA. Nikita gelingt es, Malcolm zu retten und in ihr Versteck zu bringen. Nun soll er die Blackbox entschlüsseln, damit sie alles über Operation Sparrow erfährt. Da Nikita seit Jadens Tod nichts mehr von Alex gehört hat, schickt sie Michael zur Division...
Nikita wurde für tot erklärt und Percy setzt Oversight mit den Boxen unter Druck: Er will Chef der CIA werden. Er erzählt ihnen, dass Ryan die Blackbox, die mit Gift präpariert wurde, ins CIA-Gebäude gebracht hat. Nikitas Tod stellt sich indessen als inszeniertes Ablenkungsmanöver heraus. Sie verschafft sich Zugang zum CIA-Gebäude und will den drohenden Giftanschlag verhindern, durch den Ryan und seine Vorgesetzten getötet werden sollen. Derweil wird es eng für Alex. Weil sie die Division über Nikitas Tod getäuscht hat, ordnet Percy ihre Hinrichtung an …