Vangelis, der Herrscher des Königreichs von Shintaro, bittet die Ninja zum Geburtstagsfest von Prinzessin Vania.
Cole lässt sich auf ein Abenteuer mit Prinzessin Vania ein: Gemeinsam steigen sie in einen mysteriösen Schacht.
Die Ninja erfahren von Coles Verschwinden und machen sich heimlich auf den Weg in die Unterwelt, um ihren Freund wiederzufinden
Bei dem Versuch, Cole zu befreien, sind die Ninja selbst zu Gefangenen des bösen Zauberers geworden.
Lloyd, Nya und Jay stranden im Palast der Königin Murtessa. Zum Dank dafür, dass sie ihre Untertanen befreit haben, bietet die ruppige Königin den Ninja Unterschlupf an.
Kai und Zane hat es zum Volk der Geckles verschlagen.
Prinzessin Vania ist in Sorge um Cole und die Ninja. Schon längst sollten die Freunde aus den Minen zurückgekehrt sein.
Cole und Meister Wu sind von dem Totenschädel-Zauberer in den Abgrund befördert worden.
Auf ihrer Odyssee durch die Unterwelt von Shintaro sind Cole, Meister Wu und Prinzessin Vania bei den Tieflies aufgeschlagen.
Cole, Meister Wu und Vania machen sich zusammen mit den drei Tieflies auf, den Tiefen zu entrinnen.
Ohne voneinander zu wissen, stehen Nya und Kai vor der gleichen Herausforderung.
Auf ihrer Irrfahrt durch die Unterwelt gelangen Cole, Meister Wu und Prinzessin Vania mit den Tieflies zu einem geheimnisvollen Tempel.
Zusammen mit den Geckles und Munks sind die Ninja auf der Flucht vor dem Totenkopf-Magier.
Die Ninja sind verzweifelt. Wie sollen sie jemals wieder aus der Tiefe des Berges herausfinden? Cole hat eine verrückte Idee.
Ein Teil der Ninja ist zu Gefangenen des Magiers geworden.
Cole und der Totenkopf-Magier stehen sich gegenüber und Cole begreift: Er muss sich, wie damals seine Mutter, ganz auf seine inneren Kräfte verlassen.
Meister Wu, Misako und Kevin sind auf einer Expedition zu einer unbekannten Insel verschwunden.
Die Ninja werden von mystischen Steinstatuen angegriffen!
Jay wird als einziger von den Inselbewohnern an einen unbekannten Ort gebracht.
Die Ninja müssen mit ansehen, wie Jay vom Inselvolk verschenkt werden soll, um den wiedererwachten Sturmgeist Wojira zu besänftigen.