Die Ninja sind der Ganovin Miss Achtung und ihren Handlangern auf den Fersen, die Tiefensteine schmuggeln. Mit einem Wasserzyklon will Nya sie aufhalten. Doch sie muss feststellen, dass sie die Kontrolle über ihre Elementarkraft verloren hat.
Nya spürt, dass die Ursache für den Verlust ihrer Kräfte nicht bei ihr selbst liegt. Während im Kloster das Element Wasser weiter verrücktspielt, sind Zane und Pixal draußen auf dem Meer in einer gefahrvollen Mission unterwegs.
Ein Teil der Ninja begibt sich an Bord der des Wasserseglers, ein mit allen Raffinessen ausgestattetes Tiefseefahrzeug, das Pixal in ihrer Freizeit konstruiert hat. Die Freunde wollen herausfinden, was es mit dem mysteriösen Energiesignal auf sich hat.
Gefangen am tiefsten Punkt des Meeres auf dem gestrandeten Wassersegler, grübeln die Ninja, wie sie der Situation entkommen können.
Nya und Maya werden von Prinz Kalmaar im Unterwassertempel gefangen gehalten, wo sie nach dem geheimnisvollen Energiesignal suchen wollten.
Jay und Lloyd eilen Nya und Maya zur Hilfe, denen Kalmaars Schergen gefährliche Haie hinterhergeschickt haben. Zurück an Bord des Wasserseglers müssen die Ninja allerdings feststellen, dass sich ihre hartnäckigen Verfolger nicht abschütteln lassen.
Dank ihrer Tauchgeräte haben die Ninja die Überflutung des Palasts überlebt, werden aber von den gefährlichen Haien verfolgt.
In einer Rückblende wird die tragische Geschichte von Benthomaar erzählt, dem neuen Freund der Ninja.
Die Ninja sind auf dem Weg zurück zur Insel der Hüter.
Meister Wu, Kai, Ray, Cole und Misako hat Nyas Warnung erreicht, dass König Kalmaar auf dem Weg zum Club der Entdecker ist.
Die ahnungslosen Zeitungsausträger Antonia und Nelson kommen durch Zufall in den Besitz des Sturm-Amuletts.
Auf dem Wassersegler erzählt Benthomaar Nya und den anderen Ninja die Geschichte von Nyad.
Kalmaar hat mit einem Trick das echte Sturm-Amulett an sich gebracht und damit den schlangenhaften Sturmgeist Wojira aufgeweckt.
Kalmaar ist mit Wojira in Ninjago angekommen und schickt eine riesige Flutwelle mitten durch die Stadt.
In Ninjago versucht Nya, König Kalmaar und Wojira zu besiegen.
Die in ein übernatürliches Meereswesen verwandelte Nya liefert sich eine heftige Auseinandersetzung mit Kalmaar und Wojira.