Zunächst scheint für die Ninja alles gut zu laufen: Lloyd agiert als Anführer, während Kai sich von seinen Fans feiern lässt, Jay interessiert sich besonders für Nya und Cole trainiert seine Geisterfähigkeiten. Doch währenddessen hat sich Klaus aus der Geisterwelt geschlichen und einen zwielichtigen Flaschengeist befreit. Dieser treibt nun sein Unwesen in der Stadt und gibt sich bei den Untaten, die er begeht, als die Ninja aus. Diese müssen nun schnell herausfinden, wer hinter dem Chaos steckt und handeln, bevor sich alle Bürger gegen sie gewendet haben und ihr guter Ruf vollends zerstört ist!
Die Ninja wollen herausfinden, wer in ihrem Namen die Verbrechen begeht, die die Stadt ins Chaos stürzt. Um schneller zu sein, teilen sie sich auf. Doch das war ein großer Fehler: Ronan, welcher der festen Überzeugung ist, dass die Ninja schuldig sind, fängt für den Polizeichef jeden einzelnen der Ninja ein und bringt sie hinter Gitter. Unterdessen treibt Nadakhan - der Flaschengeist - weiterhin sein Unwesen in der Stadt und kommt seinem Ziel, seine alte Mannschaft zu befreien, immer näher. Zur Unterstützung hat er dazu nämlich jetzt auch den Weltenkristall!
Die Ninja werden in ein Hochsicherheitsgefängnis gebracht, in dem sie auf mehrere Feinde aus der Vergangenheit treffen, die ihnen nicht gut gesonnen sind. Während sich das Team mit den anderen Gefangenen auseinander setzen muss, befreit der Flaschengeist Nadakhan seine alte Mannschaft mithilfe des Weltenkristalls und macht sich direkt auf den Weg zum Dschinnkönig. Zum Glück erfahren die Ninja unterdessen endlich, wie man einen Flaschengeist aufhalten kann. Doch dazu müssen sie erstmal aus dem Gefängnis herauskommen!
Die Luftpiraten planen unter der Führung von Nadakhan, die Ninja einzufangen und somit die Kontrolle über Ninjago zu übernehmen und ihre Mannschaft zu vervollständigen. Dazu begegnet Nadakhan jedem Ninja einzeln und trickst ihn mithilfe seiner Dschinnkräfte aus. Das Team versucht in der Zwischenzeit, an eine Laterne auf dem Schiff der Piraten zu gelangen, mit der sie eine Chance gegen Nadakhan hätten.
Um Nadakhan endlich zu besiegen, brechen die Ninja zur Insel der Schwarzen Witwe auf. Doch schon auf der Fahrt dorthin gelingt es Nadakhan, sich Zane zu schnappen. Auf der Insel angekommen, kämpfen die übriggebliebenen Ninja gegen die Riesenspinne und Nadakhan. Dabei wird auch noch Jay gefangen genommen und zur Arbeit an Bord der Luftpiraten verdonnert. Die Lage scheint ziemlich aussichtslos. Ob den Ninja noch etwas einfallen wird, um von der Insel zu fliehen?
Während Lloyd, Nya und Cole fieberhaft darüber nachdenken, wie sie von der Insel entkommen könnten, muss Jay weiterhin an Bord der Luftpiraten arbeiten und versuchen, Nadakhan zu widerstehen. Dieser setzt jedoch alle Tricks ein, um Jay gefangen zu nehmen.
Während immer mehr Teile Ninjagos von Nadakhan erobert und dadurch zu Dschinnjago werden, versuchen Nya, Lloyd und Cole weiterhin verzweifelt ihren Kumpel Jay zu befreien. Dafür verkleiden sie sich als Piraten und schmuggeln sich unter Nadakhans Mannschaft. Als die Ninja schließlich auffliegen, versuchen sie Nadakhan mit cleveren Wünschen auszutricksen - ein gefährlicher Plan ...
Jay und Nya gelingt die Flucht vor Nadakhan und seiner Crew. Unterschlupf finden sie in einem alten Leuchtturm. Gemeinsam versuchen sie, einen Plan gegen den fiesen Flaschengeist auszuhecken. Dieser kommt ihnen jedoch zuvor und nimmt Nya gefangen!
Jay trommelt mit Hilfe von Ronan einen Ersatz-Ninjatrupp zusammen, um gemeinsam seine Freunde aus der Dschinnklinge zu befreien. In der selben Zeit ist Nadakhan kurz davor, Nya zur Frau zu nehmen.
Die Situation verhärtet sich: Nadakhan nimmt Nya zu seiner Frau und wird ein allmächtiger Dschinn. Die Ninja haben nur noch Jays letzten Wunsch, um Nadakhan aufzuhalten. Doch Jay steht vor einer schweren Entscheidung: Er muss zwischen seiner Liebe und dem Dschinn wählen. Wie wird die Entscheidung wohl ausfallen?
Die Ninja werden von Dr. Saunders eingeladen. Sie dürfen vorab seine exquisite Sammlung betrachten. Darunter sind auch Puppen der früheren Gegner der Ninja. Cole stößt auf eine mächtige Waffe, die Yin-Klinge. Mit ihr will Meister Yang ein Portal öffnen, um wieder in die reale Welt zurückzukehren. All die bereits besiegten Gegner der Ninja erwachen zum Leben und sollen Yang bei seinem Vorhaben unterstützen.