Nachdem der Steinriese die Stadt angegriffen, das Flugschiff zerquetscht hat und Cole, Zane, Kai, Jay und Klein-Wu sich in letzter Sekunde retten konnten, sind die Ninja getrennt. Lloyd muss neue Kraft finden und lernen nicht aufzugeben.
Lord Garmadon hat die Kontrolle über Ninjago City übernommen, wo sich Lloyd in die Schatten zurückzieht. Währenddessen sind die anderen Ninja und Wu im Reich der Oni und Drachen schiffbrüchig und finden heraus, dass sie nicht alleine sind.
Lloyd und die Elementarmeister wollen eine Liveübertragung nutzen, um den Bürgern Ninjagos neue Hoffnung zu geben. Jay, Kai und Zane werden von vom Eisenbaron als Köder für die Drachenjagd benutzt. Cole und der kleine Wu versuchen sie zu retten.
Jay, Kai und Zane sind immer noch bei den Drachenjägern gefangen. Zusammen mit Cole und dem kleinen Wu, entwickeln sie einen beinahe unmöglichen Plan, um dem Eisenbaron zu entkommen.
Die Beschützer werden von Garmadons Motorrad-Gang überrascht. Doch es sieht aussichtslos aus, sodass Lloyd und die anderen sich zurück ziehen. Währenddessen erhalten Cole, Zane, Kai, und Jay Hilfe von Faith...
Während Lloyd herausfindet wer Mystake wirklich ist, nimmt Herrscher Garmadon Harumi als seine Tochter an. Währenddessen führt Wu seine Freunde ins gefährliche Oni-Gebiet.
Lloyd dreht den Spieß um und benutzt Mystake, um an die Kräfte seines Vaters zu kommen. Die Ninja lernen was es heißt, ein Drachenjäger zu sein.
Lloyd und sein Team planen, die Kontrolle über Garmadons Kräfte zu übernehmen. Währenddessen fallen die Ninja in die Hände des Eisenbarons, doch plötzlich scheint Meister Wu wieder ganz der Alte zu werden.
Der Eisenbaron zwingt Wu, ihm die Drachenrüstung zu beschaffen, aber die Dinge laufen nicht wie geplant. In Ninjago schlägt sich Lloyd nur mit Mühe und Not durch während er auf die Rückkehr der Ninja hofft.
Die Ninja kehren endlich nach Hause zurück und vereinen sich, um Herrscher Garmadon zu besiegen. Zusammen mit ihren Drachen, nehmen sie es mit dem Steinriesen auf. Lloyd stellt sich währenddessen seinem Vater.