Emma Swan ist eine toughe, aber auch einsame Frau. Ihr Leben ändert sich schlagartig, als sie dem zehnjährigen Henry begegnet. Er behauptet, ihr Sohn zu sein, den sie kurz nach der Geburt zur Adoption freigegeben hat. Henry bittet sie, mit in seine Heimatstadt Storybrooke zu kommen und ihn vor dem Zugriff seiner bösen Stiefmutter zu bewahren. Als wäre das nicht genug beteuert er, dass es in Storybrooke nicht mit rechten Dingen zugehe. Die Einwohner der Stadt seien allesamt verfluchte Märchenfiguren, die sich an ihr Leben in der Märchenwelt jedoch nicht mehr erinnern können. Emma glaubt dem Jungen kein Wort, doch in Storybrooke angekommen, stellt sie schnell fest, dass dort tatsächlich Seltsames vor sich geht...
Da Emma sich weigert, die Stadt zu verlassen, setzt Henrys Adoptivmutter Regina, die Bürgermeisterin, alles daran, die junge Frau zu vertreiben. Doch Emma bleibt an der Seite ihres Sohnes und gemeinsam überlegen sie sich einen Plan, wie sie die Bewohner von Storybrooke retten können.
In Storybrooke setzt der zehnjährige Henry seine Mission, die verfluchten Märchengestalten über ihre wahre Existenz aufzuklären, fort. Dazu muss aus John Doe und Mary Margarete, alias Prince Charming und Snow White, wieder ein Liebespaar werden. Allerdings ist John ein Komapatient, den es nun zu erwecken gilt. Gemeinsam mit Emma heckt er einen Plan aus - doch sie haben die Rechnung ohne die rachsüchtige Regina gemacht, die sofort zur Stelle ist, um die erneute Liebesgeschichte zwischen dem Traumpaar der Märchenweld zu verhindern.
Emma wird von dem zwielichtigen Mr. Gold engagiert, die junge, schwangere Ashley Boyd aufzugreifen, die verzweifelt versucht, Storybrooke zu verlassen. Damit will sie einer Vereinbarung entgehen, die sie mit Gold eingegangen ist. Emma nimmt den Auftrag an und findet Ashley, die bereits starke Wehen hat und kurz vor der Geburt steht. Es gelingt Emma, Ashley ins Krankenhaus zu bringen; das Kind kommt gesund zur Welt. Mr. Gold erscheint und fordert die Herausgabe des Säuglings. Emma reagiert geschockt und bittet ihn, von dem Baby abzulassen. Gold stimmt nur unter einer Bedingung zu...
Sehr zum Unwillen von Regina erhält Emma von Sheriff Graham den Posten des Deputys. Kurz darauf erschüttert eine Explosion Storybrooke. Eine Mine ist kollabiert und ein riesiger Krater entstanden. Henry weist Emma daraufhin, dass sich die Dinge in der Stadt langsam ändern und die Detonation die Konsequenz ihrer Anwesenheit ist. Die Therapiestunden bei Dr. Hooper scheinen dem Jungen langsam zu helfen. Regina droht Hooper, als sie erfährt, dass er Henry in seiner "Wahrnehmung" unterstützt. Daraufhin flüchtet der Junge in die zerstörte Mine, in der Hoffnung, dort Antworten zu finden. Henry ist in dem Chaos bald eingeschlossen und Emma versucht ihn zu retten...
Verzweifelt versucht Davids Ehefrau Kathryn ihrem Ehemann bei der Überwindung von dessen Amnesie zu helfen. David stellt seinerseits fest, dass er sich mehr und mehr zu Mary Margaret hingezogen fühlt und seine Gefühle für die Lehrerin nur schwer verleugnen kann. Um zu verhindern, dass David und Mary Margaret ein Paar werden, greift Bürgermeisterin Regina Mills zum äußersten Mittel. Emma wird derweil von Sheriff Graham bitter enttäuscht.
Sheriff Graham fängt an Träume und Visionen zu haben, die ihm Erinnerungen an seine Vergangenheit im Märchenland zeigen. Das verärgert Regina. Unterdessen versucht die böse Königin im Märchenland einen herzlosen Mörder zu finden, der Snow White tötet.
Nach dem tragischen Tod von Sheriff Graham versucht die durchtriebene Bürgermeisterin Regina, Emma endgültig loszuwerden. Denn Emma hat in den letzten zwei Wochen Grahams Amt übernommen und will diesen Job nicht aufgeben. Sie einigen sich auf einen Wahlkampf, bei dem die Bürger entscheiden, wer in Zukunft Sheriff sein wird – Emma oder Reginas Gegenkandidat. Ein erbitterter Kampf entbrennt zwischen den so unterschiedlichen Frauen. Denn Regina kämpft wie erwartet mit unlauteren Mitteln und verkauft Emmas Geschichte über Henrys Adoption an die Presse. Emma bleibt zwar stets fair, Mr. Gold jedoch, der sich auf ihre Seite geschlagen hat, steht der Bürgermeisterin in keiner Intrige nach. Er zündet das Rathaus, in dem sich Emma und Regina befinden, an und schon kurze Zeit später brennt es lichterloh. Emma rettet Regina und steht vor den Bewohnern als Heldin dar – doch diese Rolle gefällt der jungen Frau gar nicht. Sie kommt Mr. Gold auf die Schliche und verkündet seine Machenschaften vor allen Bewohnern bei der Wahlversammlung. Welchen Einfluss mag dieses Ereignis auf die anstehende Wahl haben?
Emma und Henry lernen zwei Kinder kennen, die, wie Hänsel und Gretel, von ihrem Vater verstoßen wurden und nun ohne Eltern aufwachsen müssen. Doch das will Emma nicht akzeptieren: Sie macht sich auf die Suche nach dem scheinbar herzlosen Vater und will ihn davon überzeugen, seinen Kindern ein Zuhause zu bieten.
Mary kann David nicht vergessen, obwohl er sich für seine Ehefrau entschieden hat. Doch gerade, als sie ihn zu vergessen versucht, stellt sie fest, dass ihre Gefühle nicht unerwidert bleiben. Emma stellt unterdessen Nachforschungen über den Reisenden an, dem es als scheinbare Nicht-Märchenfigur gelang, nach Storybrooke zu kommen.
Emma und Sidney, der in Ungnade gefallene Reporter, wollen Reginas Machenschaften aufdecken und so den Bewohnern Reginas wahres Gesicht zeigen. Um an Beweismittel zu kommen, wenden sie allerdings unlautere Mittel an. Als es zur großen Konfrontation kommt, wird Emma für ihr Verhalten hart bestraft.
Als Mr. Gold ausgeraubt wird, lehnt er Sheriff Emmas Hilfe ab, den Einbrecher zu finden. Er will verhindern, dass Emma von seinen dubiosen Habseligkeiten erfährt. Mary feiert den Valentinstag mit ihren Freundinnen und beendet am Ende des Abends die Affäre mit David, als ihr bewusst wird, dass sie für ihn nicht die Einzige ist.
Kathryn, die immer noch nichts von Davids Affäre mit Mary Margarete ahnt, verkündet ihrem Ehemann voller Freude, dass sie an der Universität in Boston angenommen wurde. Sie erhofft sich einen Neuanfang, doch statt sich zu freuen, beschließt David, seine Ehe endgültig zu beenden, um für Mary frei zu sein. Er nennt Kathryn jedoch nicht den wahren Grund für die Trennung, sodass diese erst von der intriganten Regina über Davids Beweggründe erfährt. Wutentbrannt stürmt Kathryn daraufhin zu Marys Grundschule und ohrfeigt die Ehebrecherin vor all ihren Schülern, Eltern und Kollegen. Nicht nur, dass Mary nun gedemütigt wurde - nein, sie erfährt zudem, dass David sie weiterhin verleugnet und Kathryn nicht die Wahrheit gesagt hat. Schweren Herzens macht Mary sich auf die Suche nach David, um mit ihm zu sprechen. Doch das Ausmaß der Affäre wird ihr plötzlich mit aller Härte bewusst: Die junge Frau wird von den Dorfbewohnern verspottet, gemieden und beschimpft. So hat sich Mary das Ende der Geheimhaltung und die offizielle Beziehung zu David nicht vorgestellt: Unter Tränen beendet sie ihre Romanze. In der Zwischenzeit will Kathryn der Stadt den Rücken kehren. Doch das geht nicht so einfach, denn die Einwohner sind dazu verdammt in Storybrooke zu bleiben. An der Stadtgrenze baut Kathryn einen schweren Unfall...
Das traditionelle Stadtfest von Storybrooke steht vor der Tür und Mary Margaret hat sich als Organisatorin zur Verfügung gestellt. Hoffend auf diese Weise ihren Ruf wieder herzustellen. Denn seit ihre Affäre mit David bekannt geworden ist, wird sie vom kompletten Dorf gemieden. Für die Vorbereitung des Festes ist Mary auf freiwillige Helfer angewiesen, doch niemand will sie unterstützen. Da bietet plötzlich ausgerechnet Leroy seine Hilfe an. Er hat sich in Schwester Astrid verliebt und hofft ihr während der Vorbereitungen nahe sein zu können. Die Nonne steckt in großen finanziellen Schwierigkeiten. Leroy lässt nichts unversucht, um sie vor Schuldeneintreiber Gold zu bewahren und greift schließlich zu drastischen Mitteln...
Nachdem Ruby im Diner ihrer Großmutter kündigt, nehmen Emma und Mary Margarete das Mädchen unter ihre Fittiche. Und siehe da: Die aufmüpfige Ruby erweist sich für Emma als große Hilfe auf der Sheriffstation. David ist verschwunden, seitdem Emma ihn freigelassen hat. Er irrt verwirrt und ziellos durch den Wald, es scheint, als habe er nach Kathryns Verschwinden den Verstand verloren zu haben. Ruby gelingt es schließlich den paralysierten David aufzuspüren, sie findet ihn schwer verletzt in einem Graben. Und David trägt mehr als nur körperliche Blessuren davon: Als er wieder zu sich kommt, kann er sich an nichts mehr erinnern. Sheriff Emma will den Fall der verschwundenen Kathryn endlich lösen. Sie bittet Ruby, den Wald nach Hinweisen zu durchforsten. Bei ihrer Suche stößt Ruby auf eine Schatzkiste, deren Inhalt sie beinahe zu Tode erschreckt …
Emma hat keine andere Wahl als Mary Margaret wegen des Mordes an Kathryn zu verhaften. Verzweifelt versucht sie, Beweise zu finden, die die Lehrerin in irgendeiner Form entlasten könnten. Doch Emma entdeckt nun sogar die Tatwaffe in Mary Margarets Wohnung. In ihrer Verzweiflung macht Mary Margaret Mr. Gold zu ihrem Anwalt. Dieser verzichtet auf das übliche Honorar, wenn seine Mandantin sich dazu bereit erklärt, ihm in Zukunft eine Gegenleistung zukommen zu lassen. Inzwischen sucht der von seinen Gedächtnislücken geplagte David Therapeut Archie auf. Im Märchenland steht Snow White immer noch unter dem Einfluss von Rumpelstilzchens Zaubertrank und beschließt, die Evil Queen zu töten. Grumpy versucht sie zu überzeugen, den Magier erneut aufzusuchen, um die verheerende Wirkung des Gebräus rückgängig zu machen. Tatsächlich besucht Snow White Rumpelstilzchen ein zweites Mal. Anstatt Grumpys Rat zu befolgen, bittet sie die ominöse Figur jedoch um einen anderen Gefallen: Rumpelstilzchen soll ihr helfen, die Evil Queen zu ermorden.
Mit Hilfe eines Schlüssels, den ihr jemand unerkannt hat zukommen lassen, ist Mary Margaret aus ihrer Gefängniszelle in den angrenzenden Wald geflohen. Emma, die zunächst Henry verdächtigt, bei der Flucht geholfen zu haben, nimmt die Verfolgung auf und trifft dabei den mysteriösen Jefferson. Dieser setzt Emma prompt bei sich zu Hause fest. Sein Ziel: Die rationale Emma soll einen magischen Hut für ihn bauen, der ihn zurück in seine Heimatwelt bringt. In der Märchenwelt bittet die Evil Queen den Hutmacher Jefferson, der früher regelmäßig für sie gearbeitet hat, um einen letzten Gefallen. Um seiner geliebten Tochter Grace ein Leben voller Luxus zu ermöglichen, lässt sich dieser entgegen seines ursprünglichen Instinkts auf den Deal ein. Jefferson soll die Königin mit seinem magischen Zylinder ins Wunderland bringen, da sie von dort etwas sehr Wertvolles zurückholen will. Doch das gemeinsame Abenteuer endet tragisch …
In der Parallelwelt rettet Regina, noch weit entfernt von ihrem späteren Leben als Evil Queen, der kleinen Snow White das Leben. Aus Dank bittet Snows Vater, ein verwitweter König, sie, seine Frau zu werden. Bedrängt von ihrer ehrgeizigen Mutter, akzeptiert Regina die Heirat.
Als Kathryn überraschend wieder in Storybrooke auftaucht, ist die des Mordes verdächtigte Mary Margaret rehabilitiert. Stattdessen gerät nun Bürgermeisterin Regina in die Defensive, die Mr. Gold daraufhin schwere Vorwürfe macht.
Emma will vor Gericht das Sorgerecht für Henry erstreiten und hat vor, sich dafür von Mr. Gold vertreten zu lassen. August hält Emmas Vorgehen für nicht weitgehend genug. Er will sie endlich über all das aufklären, was sie wissen muss, um ihrer wahren Bestimmung gerecht zu werden. Hierfür nimmt er sie mit auf einen Erkundungstrip der besonderen Art. Am Ziel angekommen, enthüllt er seine wahre Identität. Doch damit scheint er Emma nur noch mehr zu überfordern. Im Märchenland geraten Geppetto und seine Holzpuppe Pinocchio auf hoher See in ein Unwetter. Unter Einsatz seines Lebens gelingt es Pinocchio, Geppetto zu retten. Kurz darauf wird die Holzfigur von einer Fee wieder zum Leben erweckt – diesmal als richtiger Junge. Doch die Fee hat auch eine schlechte Nachricht: Der Fluch der Evil Queen wird schon bald all das im Märchenland vernichten, wofür es sich zu lieben lohnt. Nur Geppetto kann jetzt noch helfen.
In Storybrooke versucht Emma mit Regina Waffenruhe zu schliessen, um ihren ewigen Streit um Henry zu beenden. Regina hat jedoch insgeheim nicht vor, mit Emma zu kooperieren. Stattdessen will sie sie dazu bringen, einen vergifteten Apfel zu essen, um sie aus dem Weg zu räumen. Aber Regina ahnt nicht, dass Henry alles tun würde, um Emma davon zu überzeugen an den Fluch zu glauben ...
In Storybrooke glaubt Emma endlich an den Fluch, nachdem Henry, als er von Reginas vergifteter Apfeltasche gekostet hat, in ein tiefes Koma fällt. Sie hat vor, den dunklen Fluch zu vernichten, muss aber entscheiden, wem sie überhaupt noch vertrauen kann und wem nicht. Ihr Verbündeter August ist ihr keine Hilfe mehr, er liegt wie tot im Bett, verwandelt in eine hölzerne Puppe. Unterdessen muss