Emma, Mary Margaret, David, Regina, Mr. Gold und Hook reisen nach Neverland in der Hoffnung, Henry zu finden, bevor Peter Pan ihn in seine Finger bekommt. Während der Reise wird die ungleiche Gruppe von einem Sturm heimgesucht. Die gefährliche Situation zeigt den einstigen Kontrahenten, dass sie zusammenarbeiten müssen, wenn sie ihr Ziel erreichen wollen. Unterdessen versucht Neal verzweifelt sich aus dem Märchenwald zu befreien.
Die Suche nach Henry geht weiter, doch die Gruppe schrumpft: Mr. Gold sucht auf eigene Faust nach dem Jungen. Plötzlich erhält er von unerwarteter Seite einen Ratschlag, der sein gesamtes Weltbild auf den Kopf stellt. Auch Emma wird vor eine schwere Entscheidung gestellt. Pan bietet ihr einen Deal an: Er sagt ihr, wo Henry sich in Nimmerland aufhält, wenn sie sich endlich ihrer wahren Identität stellt.
Um zu Pans geheimem Aufenthaltsort zu gelangen, schlägt Hook vor, sich Tinker Bell vorzuknöpfen. Pan enthüllt Henry, warum er ihn nach Nimmerland entführt hat. Und Neal hat eine Idee, wie er zu Emma reisen könnte. Allerdings ist er sich sicher, dass Robin Hood alles andere als begeistert von diesem Plan sein wird.
Mr. Gold will Pan überrumpeln. Unklar ist, warum er die Konfrontation sucht. Um Henry tatsächlich zu retten? Oder weil er sich vor der Prophezeiung fürchtet, dass der Junge sein Ende bedeutet? Zurück im Nimmerland findet sich Neal unter der Aufsicht eines absolut linienreuen Lost Boys wieder. Und bei David beginnt das Gift zu wirken.
Davids Kräfte schwinden. Obwohl sein Körper kaum noch dazu in der Lage ist, macht er sich gemeinsam mit Hook auf, um einen geheimnisvollen Sextant zu finden, der ihnen dabei helfen könnte, eine Karte zu entziffern, die ihnen den Weg raus aus Nimmerland weisen könnte.
Im Märchenland von einst rettet Ariel Snow White vor den rauen Tiefen des Ozeans. Überglücklich revanchiert sich Snow, indem sie die neue Freundin dem stattlichen Prince Eric vorstellt. In Nimmerland wird die Situation brenzlig: Unter Emmas Führung versucht die Gruppe, Neal aus einem von Pans Camps zu befreien. Regina und Mr. Gold spalten sich ab, um Pan auf eigene Faust zur Strecke zu bringen.
Ariel wird von Mr. Gold und Regina nach Storybrooke zurückgeschickt. Sie soll Belle ein Werkzeug bringen, mit dem sie an ein verstecktes Artefakt gelangen könnten, das Pan besiegen würde. Emma, Hook und Neal haben herausgefunden, dass Peter Pans Schatten in Dark Hollow haust. Dumm nur, dass keiner von ihnen weiß, wie man dorthin gelangt. Und Mary Margaret ist sauer auf David, weil er vor geheimgehalten hat, dass er vergiftet wurde.
Pan hat Henry in eine geheime Höhle gebracht. Fernab von allem überzeugt er den Jungen, dass nur er die Macht hat, den Zauber von Nimmerland zu bewahren. Unterdessen hat sich die Gruppe wieder zusammengerauft und versucht mit vereinten Kräften, Henry aus den Klauen von Pan zu befreien. Selbst Regina und Mr. Gold spielen wieder im Team. Doch die Einsicht könnte zu spät gekommen sein.
Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt – nicht nur, weil Henrys Leben am seidenen Faden hängt, sondern auch, weil Pan dank der Kraft des wahrhaftig Gläubigen eine völlig neue Dimension der Macht erlangen könnte. In Storybrooke von einst erfahren wir unterdessen, wie Regina mit Mr. Golds Hilfe eine große Leere in ihrem Leben gefüllt hat.
In Storybrooke ist die Freude übergroß, dass die Helden um Emma Henry gesund zurück nach Hause bringen konnten. Was sie nicht ahnen: Pan bringt einen teuflischen Plan in Gang, der das Leben der Bewohner völlig auf den Kopf stellen wird. Im Märchenland von einst haben Snow White und Prince Charming alles andere als harmonische Flitterwochen.
Die Bewohner von Storybrooke kommen nicht zur Ruhe: Pan droht, einen grausamen Fluch auszusprechen, der jedes einzelne Leben in der Stadt auslöschen würde. Schafft es die Gemeinschaft ein weiteres Mal, dem Bösen die Stirn zu bieten?
Nachdem Rumpelstilzchen sich geopfert hat, um Pans tödlichen Plan zu stoppen, macht Regina ihren ursprünglichen Fluch rückgängig. Storybrooke verschwindet, die Bewohner kehren zurück ins Märchenland – nur Emma und Henry bleiben zurück in der Realität, ohne jede Erinnerung an Storybrooke. Als im Zauberwald Probleme der besonderen Art auftreten, fasst Hook sich ein Herz und sucht Emma in New York City auf. Kann sie ihren Freunden von einst noch einmal helfen?
Viel ist passiert im Märchenland, allerdings erinnert sich niemand daran. Die Bewohner sind zurück in Storybrooke, ein neuer Fluch hat sie aus dem ihrer Heimat vertrieben. Als Emma und Henry ankommen, müssen sie feststellen, dass niemand mehr weiß, was während des vergangenen Jahres passiert ist. Mit Reginas Hilfe, versucht Emma hinter das Geheimnis des neuen Fluchs zu kommen. Im Märchenland des vergangenen Jahres erfahren wir unterdessen, wie Regina die Macht über ihr Schloss wiedererlangen will, das von einer bösen Hexe eingenommen wurde.
Emma, David, Hook und Regina suchen fieberhaft nach der bösen Hexe. Die bereitet in aller Seelenruhe einen Plan vor, der vor allem für David eine böse Überraschung bereit hält. Im Märchenland des vergangenen Jahres erfahren wir, wie Prince Charming Rapunzel dabei hilft, sich ihren Ängsten zu stellen.
Auch Neal ist zurück in Storybrooke, doch das Wiedersehen ist alles andere als schön: Sein Sohn Henry erinnert sich nicht an ihn, sein Vater Mr. Gold wird vermisst. Im Märchenland des vergangenen Jahres erfahren wir, wie Neal mit dem Tod seines Vaters hadert, aber mit Hilfe von Belle einen Zauber ausfindig macht, der Rumpelstilzchen wieder zum Leben erwecken könnte.
Mit Rumpelstilzchen als ihrem Sklaven fordert Zelena Regina zu einem Kampf auf Leben und Tod heraus. Regina muss dabei erfahren, dass sie mit Zelena mehr verbindet als bloße Feindschaft. Was das ist, erfahren wir im Land von Oz.
Ariel kehrt nach Storybrooke zurück und bittet Hook, ihr bei der Suche nach Prince Eric zu helfen. Als der neue Fluch die Bewohner des Märchenlandes nach Storybrooke zurückgebracht hat, ging er verloren. Emma lässt sich unterdessen von Regina in die Zauberkunst einweisen. Und Mary Margaret und David wollen Henry beweisen, dass sie mindestens genauso cool wie Hook sind.
Nachdem Zelena das Herz von Regina gestohlen hat, nimmt die Bestohlene Kontakt zu ihrer verstorbenen Mutter Cora auf. Regina erfährt so zwar, warum Cora Zelena einst verstoßen hat, aber der Zauber geht an anderer Stelle gehörig schief. Eher zufällig erfährt Belle unterdessen, was Zelena mit Storybrooke vorhat.
Zelena droht damit, Henry umzubringen, sollte Hook sich weigern, Emma zu küssen. Dies würde ihr alle magischen Kräfte rauben.
Mary Margaret liegt in den Wehen und dürfte jeden Augenblick ihr Kind gebären. Die Einwohner von Storybrooke befinden sich also in höchster Alarmbereitschaft, um Zelena daran zu hindern, das Baby zu entführen. Sie bräuchte es nämlich für ihr ultimatives Ziel, die Zeit zurückzudrehen und ihr eigenes Schicksal zu ändern, während sie gleichzeitig Regina auslöschen könnte. Unterdessen, im Oz der Vergangenheit, versucht Glinda, Zelena davon zu überzeugen, ihre bösen Angewohnheiten zu bekämpfen, sich ihr und ihren Schwesterhexen anzuschließen und so zur Beschützerin von Oz aufzusteigen. Das plötzliche Auftauchen eines jungen Mädchens aus Kansas könnte jedoch für eine radikale Umkehr der Ereignisse sorgen.
Während Mary Margaret und David bei einer Krönungszeremonie in Granny's Diner die Namensgebung ihres Sohnes feiern, werden Emma und Hook in Zelenas Zeitportal gezogen. Sie finden sich im Märchenwald der Vergangenheit wieder.
Nachdem sich Emma und Hook durch Zelenas Zeitportal im Märchenwald wiederfanden, auf der Suche nach einem Rückweg müssen sie jedoch peinlich genau darauf achten, nichts zu verändern - ansonsten würden die Leben ihrer Freunde und Familien und ihre eigene Existenz auf den Kopf gestellt werden.