Die Bürger von Alabasta sind Fans von Mr. Zero und bejubeln ihn. Die Piraten stürzen sich auf Mr. Zero, doch der scheint unbesiegbar zu sein. Vivi erzählt den anderen, dass Mr. Zero ein Volksheld ist, weil es den Bürgern ganz egal ist, wer die Piraten vertreibt. Die wirklichen Absichten von Mr. Zero und der Baroque-Firma erkennt keiner. Als Ruffy und seine Crew in Richtung Alabasta fahren, sehen sie plötzlich weißen Rauch über dem Meer. Nami erklärt ihnen, dass es sich dabei um einen so genannten Hot Spot, einen Vulkan auf dem Meeresgrund handelt. Mr. 2 und seine Leute sind an der gleichen Stelle unterwegs. Beim Durchqueren des Rauchs taucht er plötzlich auf der Flying Lamb auf. Dort liefert Mr. 2 eine Demonstration seiner Fähigkeiten. Mit der Transen-Frucht kann er sich in jede Person, die er berührt hat, verwandeln.
Als Ruffy und die anderen in Alabasta ankommen, rennt Ruffy sofort in die Stadt, um sich den Bauch vollzuschlagen. Er verirrt sich aber und kommt bei einer Hütte raus, die er irrtümlich für ein Wirtshaus hält. Er findet ein komisches, grünes Pulver, von dem er kostet, was aber scheußlich schmeckt. Daraufhin verbrennt Ruffy das Pulver und es beginnt zu regnen. Da kommt ein alter Mann zum Vorschein, der sich bei Ruffy bitter beschwert, weil er sein Regenpulver verbrannt hat, von dem er sich erhofft hat, es in Alabasta wegen der dort seit Jahren herrschenden Trockenheit teuer verkaufen zu können und reich zu werden. Er versucht, Ruffy zu verprügeln, aber dann verstehen sich die beiden doch ganz gut und Kamonegi erzählt Ruffy, was es mit dem Regenpulver auf sich hat. Sanji und Chopper gehen inzwischen in der Stadt einkaufen. Chopper hält den Parfum-Geruch in der Stadt nicht aus und will sich ausruhen. Irrtümlich gelangt er in den Wagen der Rebellen und kommt so mit ins Rebellen-Lager. Ein Kamel hilft ihm, von dort zu fliehen. Sanji hat inzwischen alles Notwendige eingekauft, damit der Trip in die Wüste beginnen kann und rechtzeitig begegnen sich auch alle wieder, um gemeinsam aufbrechen zu können.
Ruffys Freunde sind immer noch auf der Suche nach Ruffy, und der ist immer noch auf der Suche nach einem Wirtshaus. Während Ruffys Freunde sich in der Stadt umsehen, begegnen sie sowohl Ace als auch Käpt'n Smoker. Sie beschließen daraufhin, die Stadt sofort zu verlassen, da sie fürchten, dass von den beiden Gefahr ausgeht. Ace und Smoker treffen in einem Wirtshaus aufeinander. Smoker will Ace festnehmen. Gerade als zwischen den beiden eine Auseinandersetzung zu beginnen droht, kommt Ruffy und schleudert in seiner Fressgier die beiden einfach durch die nächste Wand. Als Smoker sich wieder erholt, versucht er Ruffy zu kriegen, der sofort davonläuft und dabei auf seine Freunde stößt. Als Smoker Verstärkung von einigen Marine-Soldaten bekommt, befinden sich Ruffy und seine Freunde in großer Gefahr, doch dann kommt Ace und rettet sie.
Ace hat die Marine aufgehalten, damit Ruffy und seine Freunde fliehen können. Sie fliehen aufs Schiff, nur Ruffy verirrt sich schon wieder in der Stadt. Die anderen fahren schon mal los, um die Flying Lamb auf einem Fluss ins Landesinnere zu bringen und dort zu verstecken. Ace und Ruffy treffen sich in Nanohana. Die Billions versuchen sie zu schnappen, aber die Beiden werden leicht mit ihnen fertig. Dann sieht Ruffy auf einmal die Flying Lamb und zieht sich mit seinem langen Arm aufs Schiff. Ace folgt kurze Zeit später und versucht Ruffy und seine Crew zu überreden, mit ihm zusammen in Whitebeards Piratenbande einzutreten. Aber davon will Ruffy nichts wissen. Kurze Zeit später tauchen die Billions mit fünf Schiffen auf. Ace setzt sie in Flammen.
Vivi, Ruffys Bande und Ace fahren den Sandora hoch, um sich nach Yuba zu begeben. Als sie anlegen, treffen sie auf die Kung Fu Robben, die Ruffy im Nu zu Kämpfern ausbildet. Dann machen sie sich auf den Weg durch die Wüste. Sie kommen nach Elumalu, die auch die Grüne Stadt genannt wurde. Es stellt sich heraus, dass die Baroque-Firma die Wasserversorgung der Stadt zerstört hat und alle Bewohner geflohen sind. Elumalu besteht nur noch aus Ruinen, sie ist eine Geisterstadt. Wir erfahren auch den Grund des Bürgerkrieges auf Alabasta. Es geht um das Regenpulver Nebelin, das künstlich Regen erzeugen kann. Es ist schon seit einiger Zeit von der Weltregierung verboten worden, da es dem Nachbarland den Regen stiehlt.
Ruffy und seine Freunde sind auf dem Weg durch die Wüste zur Oase Yuba, um die Rebellen aufzuhalten. Unterwegs gerät Ruffy immer wieder in Gefahr. Er will einen Skorpion verspeisen und wird von einer fleischfressenden Pflanze angegriffen. Dabei begegnet er einem Kamel, das er vor der Pflanze rettet. Kurz darauf ist eine riesige Sandora-Echse hinter ihm her, die ihn schnappen will. Mit dem Kamel gelingt es ihm zu fliehen und Ace schafft es, die Echse außer Gefecht zu setzen. Chopper scheint das Kamel zu kennen und alle machen sich weiter auf den Weg nach Yuba.
Ruffy und seine Freunde begegnen auf ihrem Weg durch die Wüste dem Wüstenpiraten Barbarossa und seiner Bande. Ruffy zerstört den Hauptmast ihres Schiffes und macht sich daraufhin mit Vivi auf den Weg zur Knit-Oase, um dort Holz zu holen, damit der Mast repariert werden kann. Dabei stellt Vivi fest, dass sie ihre Begleiterin Lasa aus ihrer Kindheit kennt. Doch Lasa spielt ein falsches Spiel und stellt Ruffy und Vivi eine Falle. Ace, der seine Freunde aus den Augen verloren hat, irrt in der Wüste umher, dabei stellen sich ihm seltsame Tiere in den Weg.
Ruffy und seine Freunde verabschieden sich von den Wüstenpiraten und machen sich auf den Weg nach Ido, um dort ihre Wasservorräte aufzufüllen. Dort geben sich Kamyu und seine drei Freunde als Rebellen aus. Sie tun so, als ob sie die Beschützer des Ortes wären. In Wirklichkeit sind sie aber kleine Betrüger, die dort nur ein gutes Leben haben wollen und Wüstenräuber und andere Banditen mit großen Sprüchen von dem Dorf fernhalten. Als Ruffy und seine Bande dort auftauchen, bekommen sie's mit der Angst zu tun und wollen verschwinden, was ihnen nicht gelingt. Als es hart auf hart kommt, finden sie zu sich selbst und wollen das Dorf vor Ruffys Truppe verteidigen. Daraufhin beschließt Vivi, Kamyu und seinen Freunden den Ort anzuvertrauen. Ruffy und seine Freunde tun so, als ob sie vor den falschen Rebellen Angst haben und fliehen.
Vivi erzählt Nami von ihrer Kindheit in Alabasta. Vor elf Jahren hat sie den Dorfjungen Corsa kennen gelernt, der sich bei ihrem Vater über die schlechten Lebensbedingungen in Alabasta beschwert hat. Corsa und seine Eltern dürfen daraufhin in Arbana bleiben und ihr Junge gründet eine Bande, die Wüstenkids. Kurz darauf freundet sich Vivi mit ihm an und wird Vize-Chefin in seiner Truppe. Als sie von Agotogi und seinen zwei Kumpanen entführt werden soll, setzen die Wüstenkids ihr Leben aufs Spiel, um Vivi zu retten. In letzter Sekunde gelingt es Chaka und Peruh, den Leibwächtern von König Kobra, die Entführer außer Gefecht zu setzen.
Auf seiner Suche nach Blackbeard stößt Ace auf den Namen eines Mannes namens Scorpion, der Blackbeard angeblich besiegt haben soll. Dieser Scorpion verfolgt Ace. Als er ihn angreifen will, trifft er auf Ruffy, der einem Stück Fleisch nachjagt, das ihm von zwei kleinen Jungs geklaut wurde. Scorpion erzählt Ruffy, dass er ein berüchtigter Kopfgeldjäger ist und Ace erledigen wird. Als es tatsächlich zum Kampf zwischen Ace und Scorpion kommt, schneidet Scorpion ziemlich jämmerlich ab und es stellt sich heraus, dass er der Vater der beiden hungrigen Jungs ist und sich nur um den beiden Jungs zu imponieren, aufgemacht hat, um Ace zu fangen. Ace und Ruffy sind ziemlich gerührt von der ganzen Geschichte und die beiden Kinder versuchen verzweifelt, ihren Vater davon abzuhalten, Ace noch mal anzugreifen. Als sich plötzlich versehentlich ein Schuss aus Scorpions Gewehr löst, bricht ein Steinschlag los und Scorpion beschützt seine beiden Söhne. Er steht jetzt doch noch als Held da und geht mit seinen Kindern wieder nach Hause.
Chopper macht das heiße Wüstenklima schwer zu schaffen. Er wird deshalb von Zorro auf einer Trage durch die Wüste gezogen. Ruffy hat schon wieder von den verrückten Kakteen gegessen, dreht völlig durch und rennt ziellos durch die Wüste. Nami erinnert Zorro mal wieder an seine Schulden bei ihr und beauftragt ihn Ruffy zurückzuholen. Als Ruffy wieder zu sich kommt, machen Ruffy, Zorro und Chopper sich auf den Weg den anderen zu folgen. Dabei versinken sie im Sand und landen in einer unterirdischen Ruine mit seltsamen Schriftzeichen. Es gelingt ihnen mit Ruffys Hilfe wieder an die Oberfläche zu gelangen. Die anderen sind inzwischen weiter geritten. Als der Wind sich dreht, bekommt Chopper auf einmal Namis Parfum in die Nase und die Freunde finden sich wieder.
Unsere Freunde sind wieder vereint auf dem Weg zur Oase Yuba. In der Zwischenzeit treffen sich die Special Agents in Spiders Cafe. Es kommt zu einem Streit zwischen Mr.2 und Mr.1, der Mr.2's Leute angreift. Pola, die in Wirklichkeit Miss Doublefinger ist, sorgt für ein Ende der Auseinandersetzung. Die Spezialagenten begeben sich nach Rainbase, wo sie das Krokodil kennen lernen sollen. Ruffy ist mit seiner Crew inzwischen in Yuba angekommen, wo ein schrecklicher Sandsturm tobt. Sie treffen dort Toto, von dem sich herausstellt, dass er ein Bekannter von Vivi ist. Toto fleht sie an, die Rebellion zu stoppen.
Ruffy, Vivi und die anderen übernachten in der Oase Yuba. Dort erfahren sie, dass die Rebellen-Armee inzwischen in Katorea ist und wollen dorthin zurückkehren. Die Spezialagenten der Baroque-Firma haben sich in Rainbase im Casino versammelt und treffen dort Mr.Zero, den sie bislang nicht persönlich gekannt haben. Mr.Zero alias das Krokodil bereitet sie auf ihre letzte große Mission vor. Plötzlich taucht Mr.3 auf und bittet um eine zweite Chance. Er gibt zu, dass ihm die Strohhut-Bande und Prinzessin Vivi entwischt sind. Doch Mr.Zero kennt keine Gnade. Er gibt den Befehl, Ruffys Bande und Vivi zu erledigen. Die befinden sich inzwischen auf ihrem Weg Richtung Katorea, als Ruffy plötzlich streikt. Er sagt Vivi, dass er keinen Sinn darin sieht, nach Katorea zu gehen, weil damit Sir Crocodile nicht gestoppt würde. Zwischen Vivi und Ruffy gibt es eine Auseinandersetzung.
Prinzessin Vivi, Ruffy und seine Crew machen sich auf nach Rainbase um dort das Krokodil zu treffen und zu erledigen. Inzwischen ist Karu in Arbana angekommen und übergibt Vivis Botschaft an ihren Vater, den König von Alabasta. Der beschließt daraufhin, ebenfalls nach Rainbase aufzubrechen, um das Krokodil anzugreifen. Im Rebellen-Lager herrscht immer noch große Trostlosigkeit, ein kleiner Junge namens Kappa will sich den Rebellen anschließen, aber Corsa wirft ihn raus. Inzwischen sind Ruffy, Vivi und die anderen in Rainbase angekommen. Ruffy und Lysop wollen sich so schnell wie möglich Wasser beschaffen und treffen dabei auf Käpt'n Smoker und Tashigi. Daraufhin werden sie von der Marine verfolgt. Außerdem haben die Millions, die überall in der Stadt als Spitzel verteilt sind, die Strohhut-Bande bereits geortet und dem Krokodil berichtet, dass sie in der Stadt sind. Als Ruffy wutschnaubend auf das Casino, in dem sich das Krokodil befindet, zurennt, weiß Sir Crocodile bereits Bescheid.
Smoker, Ruffy und seine Freunde stürmen das Goldregen-Casino, um mit dem Krokodil abzurechnen. Dabei geraten sie in eine Falle und landen in einem Käfig. Vivi ist noch in der Stadt und sucht ihre Freunde, als plötzlich Miss Bloody Sunday auftaucht, um sie auch ins Casino zu bringen. Da erscheint Peruh und legt sich mit der Baroque-Agentin an. Vivi geht ins Casino und will sich das Krokodil vorknöpfen, doch sie ahnt nicht, dass auch er Teufelskräfte hat und ist ihm unterlegen. Das Krokodil scheint fast am Ziel seiner Träume zu sein und Operation Utopia läuft an.
Die Operation Utopia des Krokodils läuft an. Er lässt König Kobra entführen, und Mr.2 verwandelt sich in den König und kommt nach Nanohana. Dort tischt er dem Volk ein Lügenmärchen auf, dass die Stadt zerstört werden muss, damit die Weltregierung keine Beweise mehr für den Nebelin-Schmuggel hat, der dort stattfand. Inzwischen taucht Corsa auf, der seinen Ohren nicht traut und will dem König Einhalt gebieten, was aber misslingt. Er wird angeschossen. Er ahnt nicht, dass er einen Doppelgänger vor sich hat und trommelt alle Rebellen-Armeen des Landes zusammen, um Arbana anzugreifen. Der Plan des Krokodils scheint zu funktionieren, und Vivi sieht nur noch eine Möglichkeit, ihr Land zu retten.
Ruffy und seine Freunde sind immer noch in dem Käfig im Hauptquartier des Krokodils gefangen. Das Krokodil gibt den Schlüssel einem seiner Bananenkrokodile als Häppchen. In einer Stunde will er den ganzen Raum mit Wasser überfluten. Die Freunde haben also nicht mehr viel Zeit. Schließlich gelingt es Vivi zu fliehen. Sanji und Chopper sind noch draußen in der Stadt, und Vivi will die beiden zu Hilfe holen. Als sie oben ankommt, bricht die Brücke des Goldregen-Casinos zusammen. Dahinter steckt Sanji, der dafür sorgen will, dass die Agenten der Baroque-Firma nicht mehr in das Casino können. Er hat einen Plan ausgearbeitet.
Sanji und Chopper, die sich gemeinsam als Mr.Prinz ausgeben, tun dies, um dem Krokodil einen Strich durch die Rechnung zu machen. Sanji dringt in den Geheimkeller des Krokodils ein, wo Ruffy und die anderen gefangen gehalten werden. Plötzlich taucht aus einem der Krokodile Mr.3 auf, der sich in einer Wachskugel versteckt hat, um sein Leben zu retten. Sanji bringt ihn dazu, mit seiner Hand einen Schlüssel für den Käfig zu formen, um Ruffy und die anderen zu befreien. Das gelingt auch, Ruffy und seine Freunde erledigen sämtliche Bananenkrokodile und können fliehen. Dabei retten sie auch Käpt'n Smoker vor den hereinstürzenden Fluten. Der Plan des Krokodils ist erst mal schiefgegangen und Ruffy und seine Freunde machen sich mit Vollgas auf nach Arbana.
Nach ihrer Flucht aus dem Geheimkeller des Krokodils machen sich Ruffy und seine Freunde auf den Weg nach Arbana, um einen Kampf zwischen den Armeen des Königs und der Rebellen zu verhindern. Chopper hat einen Umzugskrebs organisiert, mit dem sie schneller vorankommen. Plötzlich taucht das Krokodil auf und greift Vivi an, Ruffy kann sie aber retten. Daraufhin schickt Ruffy die anderen weiter nach Arbana und bleibt zurück. Er will mit dem Krokodil abrechnen und fordert es zu einem Kampf heraus. Das Krokodil gibt ihm drei Minuten und Ruffy setzt dabei eine ganze Menge seiner Gum-Gum-Attacken ein, um das Krokodil zu erledigen, was ihm aber misslingt. Das Krokodil lässt einen Sandsturm aufkommen, den es in Richtung Yuba schickt. Dort ist Onkel Toto, der sich nun in größter Gefahr befindet.
Der Kampf zwischen Sir Crocodile und Ruffy geht zu Ende. Ruffy ist besiegt, aber nicht am Ende. Vivi und die anderen machen sich derweil mit dem Umzugskrebs Schere auf in Richtung Arbana. Nur mit einer List gelingt es ihnen, den wasserscheuen Schere in den Fluss Sandora zu locken, doch dieser schafft es nur zur Hälfte des Flusses und kehrt zurück ans Ufer. Im nächsten Moment taucht ein Sandora-Wels auf, der der Strohhutbande gefährlich werden will. Überraschender Weise werden sie durch die Kung-fu Robben gerettet. Endlich am anderen Ufer angekommen, macht sich die Bande mit Vivi wieder auf den Weg nach Arbana. Zur selben Zeit wurde König Kobra von Miss Merrychristmas und Mr.4 gefangen genommen, die allerdings keine große Lust mehr haben, auf ihn aufzupassen. Aus dem Süden heranstürmend, sind die Rebellen in rasendem Tempo in Richtung Arbana unterwegs. Die Stadt erkennt die sich nähernde Gefahr und rüstet sich zur Verteidigung...
Vor Arbana haben sich die Special Agents versammelt und besprechen die Lage. Sie wollen Vivi um jeden Preis aufhalten. Plötzlich rennen sechs Renn-Enten auf sie zu. Die Personen auf den Renn-Enten sind vermummt, also können die Special Agents nicht sehen, wer Vivi ist. Die Enten teilen sich geschickt in drei Gruppen und die Special Agents folgen ihnen getrennt. Niemand ist jetzt mehr vor Arbana. Vivi kann sich frei bewegen. Sie stellt sich vor das Stadttor, um die Rebellen aufzuhalten. Die Rebellen rasen auf Arbana zu. Corsa bemerkt Vivi, aber in diesem Augenblick schlägt eine Kanonenkugel vor ihr ein und alles ist voll Staub. Corsa denkt, es wäre eine Einbildung gewesen und reitet weiter. Obwohl Chaka den Soldaten keinen Schießbefehl gegeben hat, hat einer geschossen, ein eingeschleuster Agent der Baroque-Firma, der sich in die Armee eingeschlichen hatte. Die Armee fängt an zu schießen und der Kampf beginnt. Plötzlich taucht Lysop auf einem Pferd vor Vivi auf, aber in Wirklichkeit ist er Mr.2 und Vivi merkt das auch.
Die Rebellen haben Arbana erreicht, die Schlacht hat begonnen. Vivi ist mit Karu zusammen auf der Flucht vor Mr.2. Es gelingt ihnen, in die Stadt zu gelangen, doch Mr.2 folgt ihnen. Als Karu in der Stadt zusammenbricht, scheint alles verloren zu sein. Doch plötzlich tauchen zwei Mitglieder des Rennentenkorps auf und retten Karu und Vivi. Lysop will Chopper im Kampf gegen Mr.4 und Miss Merrychristmas beistehen.
Lysop und Chopper kämpfen gegen Miss Merrychristmas und gegen Mr.4. Miss Merrychristmas ist ein Maulwurf-Mensch und Fiffie, der Hund von Mr.4, kann mit der Wucht seines Schnupfens Basebälle schießen, die von Mr.4 weitergeschlagen werden und dann explodieren. Plötzlich verschwindet Lysop und taucht hinter Mr.4 wieder auf. Er hat die Maulwurftunnel von Miss Merrychristmas benutzt. Lysop haut Mr.4 einen Riesenhammer auf den Kopf, auf dem steht, dass er fünf Tonnen wiegt. Miss Merrychristmas ist schwer beeindruckt und flieht vor Lysop. Doch bald merken alle, dass Lysops Hammer nur ein Fake ist. Dann setzt Chopper seine Rumble-Ball-Attacke ein. Er hat gemerkt, dass die Tunnel von Miss Merrychristmas und Mr.4 verbunden sind. Als Mr.4 einen Ball in den Tunnel schießt, explodiert alles. Um sie zu verunsichern, erzählt ihnen Miss Merrychristmas noch, dass Ruffy von dem Krokodil besiegt wurde.
Der Kampf zwischen den Rebellen und der königlichen Armee ist schon recht weit fortgeschritten. Die Rebellen sind bereits am Stadtrand, wo jetzt das Gefecht tobt. Corsa will mit dem König reden und ihn zum Kapitulieren bringen, also macht er sich auf den Weg zum Palast. Vivi ist vor dem Palast angekommen, und als die Soldaten sie erkennen, bringen sie sie sofort zu Chaka. Sanji kämpft inzwischen mit Mr.2. Die Kräfte der beiden sind ungefähr gleich, keiner kann sich behaupten. Dann fängt Mr.2 an, alle möglichen Tricks zu probieren. Chopper und Lysop ist es inzwischen gelungen, Mr.4 und Miss Merrychristmas zu besiegen. Vivi schlägt inzwischen Chaka vor, den Palast in die Luft zu sprengen, um die Aufmerksamkeit der Rebellen auf sich zu ziehen und Chaka ist damit einverstanden.
Vivi gibt den Befehl, den Königspalast in Arbana zu zerstören, damit die Kämpfe in der Stadt aufhören, und sie ihrem Volk erklären kann, wer an der ganzen Misere Schuld hat. Als die Wachen die Lunten anzünden, taucht plötzlich Sir Crocodile auf und verhindert das, da er sein neues Zuhause nicht als Ruine übernehmen will. Inzwischen kämpft Sanji erbittert mit Mr.2. Mr.2 zieht sämtliche Register und Sanji kommt schwer in Bedrängnis. Plötzlich erkennt er die Schwachstelle seines Gegners und setzt ihn mit einer Reihe von Tritten außer Gefecht. Mr.2 gibt sich geschlagen und bittet Sanji, ihn zu töten, doch der reicht ihm die Hand zur Versöhnung, schlägt ihn danach aber erneut K.O.
Das Krokodil verhindert die Sprengung des Palastes und macht Vivi weis, dass er Ruffy in der Wüste erledigt hat. Da sie nicht so viel Kraft hat wie die anderen, hat Lysop für Nami eine Waffe gebaut, den Klima-Taktstock. Als es zum Kampf mit Miss Doublefinger kommt, will sie ihn einsetzen, doch es kommt zu allerhand Problemen: Lysop hat einen Prototyp gebaut, der noch nicht ganz ausgereift ist und es sieht ganz so aus, als ob sie gegen Miss Doublefinger den Kürzeren ziehen würde. Schließlich hat sie eine Idee und es gelingt ihr, mit dem Klima-Taktstock die Baroque-Firma-Agentin erst mal außer Gefecht zu setzen.
Das Krokodil hat einen teuflischen Plan in petto: Wenn die Königsarmee und die Rebellen-Armee aufeinander treffen, will er sie mit einer Bombe in die Luft sprengen, damit der Königspalast verschont bleibt, in den er einziehen will. Nami liefert sich einen erbitterten Kampf mit Miss Doublefinger, bei dem sie langsam aber sicher hinter die Geheimnisse des Klima-Taktstocks kommt. Schließlich gelingt es ihr, die Baroque-Agentin mit einem Tornado aus dem Weg zu räumen. Nicht weit davon entfernt kämpft Zorro mit Mr.1, dessen Körper eine einzige Klinge ist. Doch Zorro nimmt all seine Kräfte zusammen, um seinen Gegner auszuschalten.
Zwischen Zorro und Mr.1 eskaliert ein gnadenloser Kampf vor dem Parlamentsgebäude Arbanas. Es gelingt dem Klingenmensch mit der Kraft der Teufelsfrüchte, Zorro immer wieder Kontra zu bieten und ihn fast in die Knie zu zwingen. Schließlich erinnert sich Zorro an die Worte seines Meisters in seiner Kindheit: Die Kunst des Schwertkämpfers besteht darin, schneiden zu können, ohne zu spalten. Zorro ahnt langsam, was sein Meister damit gemeint hat: Er muss die Seele, den Atem des Eisenmannes spüren, um ihn vernichten zu können. Zorro rappelt sich mit letzter Kraft hoch und er schafft es, Mr.1 endgültig fertig zu machen.
Das Killerkrallenkorps, die Elite-Truppe Alabastas, versucht das Krokodil in die Mangel zu nehmen, was aber misslingt. Auch Chaka versucht das Krokodil anzugreifen, wird aber schwer verletzt. Die Zeit wird knapp, die Rebellen sind kurz vor Arbana. In letzter Sekunde gelingt es Prinzessin Vivi, die Königsarmee dazu zu bewegen, die Waffen zu strecken. Als die Rebellen vor dem Palast eintreffen, kann Corsa sie davon überzeugen, dass ein Krieg sinnlos wäre. Daraufhin werfen auch sie die Waffen weg.
Obwohl die weiße Fahne gehisst ist, schießen Baroque-Agenten ohne Vorwarnung in Arbana vor dem Schloss. Plötzlich kommt ein kleiner Sandsturm auf, den Crocodile verursacht hat. Die Sicht wird immer schlechter. Da niemand merkt, dass nur die Baroque-Agenten schießen, bricht der Kampf wieder aus. Crocodile schnappt sich Vivi und hält sie über die Palastmauer. Er sagt, sie habe alles falsch gemacht und lässt sie fallen. Doch plötzlich kommt Peruh mit Ruffy auf dem Rücken. Ruffy fängt Vivi auf und bringt sie zum Palast zurück. Auch die anderen Mitglieder der Strohhut-Bande gelangen zum Palast und sind sehr erfreut, Ruffy wiederzusehen. Ruffy greift das Krokodil an und weiß nun, dass Sir Crocodile Angst vor Wasser hat.
Alle suchen verzweifelt nach der Kanone, die um halb fünf auf dem Palast-Platz abgeschossen werden soll. Vivi sagt, die Kanone müsse in der Nähe sein. In diesem Augenblick tauchen Billions auf und greifen sie an. Sanji und Zorro verteidigen sie. In wenigen Sekunden sind die Angreifer besiegt. Alle teilen sich auf, um nach der Bombe zu suchen. Unterdessen geht der Kampf zwischen Ruffy und Sir Crocodile weiter. Sir Crocodile hat sich ein bisschen gefasst und hält einige Attacken Ruffys aus, aber Ruffy dominiert ganz klar. Er schluckt Wasser runter und attackiert Sir Crocodile mit seinem Wasservorrat. Nico Robin befreit den König und sagt ihm, er soll sie zum Porneglyph bringen. Sir Crocodile schickt sie weg, um sie nicht zu gefährden. Dann fängt er an, alles in Staub zu verwandeln. Nico Robin und Kobra werden unterdessen von der Marine gestoppt. Kobra erzählt von der bevorstehenden Explosion und Tashigi schickt die Männer los, um sie zu verhindern. Inzwischen macht Sir Crocodile Ruffy ziemlich platt.
Tashigi stellt sich Nico Robin in den Weg, hat aber keine Chance gegen sie. Inzwischen saugt Sir Crocodile Ruffy aus und lässt ihn fallen. Ruffy liegt im Sterben, aber er hat Riesenglück, die großen Wasserkugeln, die er auf Sir Crocodile abgeschossen hat, kommen zurück und fallen auf ihn. Dadurch bekommt er wieder Wasser in den Körper. Er macht sich sofort daran, Sir Crocodile zu verfolgen. Inzwischen sind Nico Robin und Kobra durch eine Geheimtreppe zum Porneglyph gekommen. Nico Robin sagt, dass sie die Schrift entziffern könnte, deshalb würde Sir Crocodile sie nie umbringen. Vivi und die anderen suchen immer noch die Kanone, haben aber bis jetzt noch nichts gefunden. Als Ruffy bei Tashigi ankommt, sagt sie ihm, wo Sir Crocodile steckt. Sie scheint langsam zu begreifen, was vor sich geht.
Ruffy verpasst Sir Crocodile ein paar Schläge, obwohl er inzwischen kein Wasser mehr hat. Aber er hat sehr viel Blut am Körper, das aus seinen Wunden kommt und nachdem Blut auch eine Flüssigkeit ist, bringt es Sir Crocodile in Schwierigkeiten. Die Höhle, in der sich das Porneglyph befindet, ist langsam am Einstürzen und die Zeit läuft davon, denn die Bombe wird bald detonieren. Vivi und Lysop treffen auf die Marine, die die Billions schnell erledigen. Tashigi befiehlt ihnen, möglichst schnell die Bombe zu suchen. Vivi ist inzwischen der Überzeugung, dass die Bombe im Glockenturm sein muss, denn nur da hat sie genug Platz. Als Zorro ankommt, wird er plötzlich von einer Kugel getroffen und fällt zu Boden. Sir Crocodile, der schon wieder was von Ruffy abbekommen hat, will nun ebenfalls wie ein Pirat gegen ihn kämpfen. Er nimmt eine Hülle von seinem Haken und darunter trägt er noch einen Haken, der mit Gift gefüllt ist. Plötzlich öffnet sich der Glockenturm und Mr.7 und Miss Father's Day kommen heraus.
Tashigi und die Marine treffen auf ein paar Baroque-Agenten, die behaupten, Bürger Alabastas zu sein, aber Tashigi macht sie fertig. Auf dem Glockenturm sieht man Mr.7 und Miss Father's Day, die sich schon drauf freuen, die Kanone abzuschießen. Ruffy kämpft immer noch gegen Sir Crocodile. Sir Crocodile sagt Ruffy, dass er sowieso sterben wird, weil das Gift bereits in seinem Körper ist. Ruffys Mannschaft versucht so schnell wie möglich, den Glockenturm zu erklimmen. Nami hat eine Idee und es gelingt ihnen, Vivi bis hoch in den Uhrturm zu schießen. Vivi besiegt Mr.7 und Miss Father's Day und trennt die Zündschnur von der Kanone ab. Als sie denkt, dass sie es geschafft hat, hört sie ein Ticken und merkt, dass die Kugel in der Kanone eine Zeitbombe ist. Während Vivi und die anderen denken, dass alles verloren ist, taucht auf einmal Peruh hinter Vivi auf. Er sagt, er würde sein Leben für Alabasta geben, verwandelt sich in einen Vogel und fliegt mit der Zeitbombe davon. Kurz darauf explodiert die Zeitbombe mit ihm in der Luft.
Vor dem Königspalast in Arbana tobt ein erbitterter Kampf zwischen den Rebellen und der Königsarmee. Vivi steht auf dem Turm und fleht ihr Volk inständig an, das Gemetzel zu beenden, doch bis jetzt scheint niemand auf sie zu hören. Zwischen dem Krokodil und Ruffy entbrennt ein gnadenloser Kampf im Mausoleum. Ruffy setzt eine ganze Kanonade seiner Gum-Gum-Attacken ein, um das Krokodil fertig zu machen, was ihm schließlich auch gelingt. Mit einem gezielten Tritt befördert er ihn durch die meterdicken Mauern des Mausoleums. Der Verbrecher ist erledigt. Plötzlich fängt es an zu regnen und die feindlichen Armeen hören auf zu kämpfen. Ist das ein Zeichen für Frieden?
Nachdem Ruffy Sir Crocodile besiegt hat, wird den Rebellen und der Königsarmee klar, dass er der Drahtzieher aller Verbrechen war, die Alabasta fast in den Abgrund gestürzt hätten. Es regnet ununterbrochen und König Kobra verspricht seinem Volk, das Land wieder aufzubauen. Leutnant Tashigi kehrt zu Käpt'n Smoker zurück und hat Sir Crocodile dabei, der zum Hauptquartier der Marine gebracht werden soll. Plötzlich erhält Smoker einen Anruf. Die Marine möchte ihm und Leutnant Tashigi einen Orden für den Sieg über Sir Crocodile verleihen, um zu vertuschen, dass Ruffy und seine Freunde den Verbrecher zur Strecke gebracht haben. Daraufhin legt sich Smoker mit dem Hauptquartier an und wird ziemlich ungemütlich.
König Kobra gibt für Ruffy und seine Freunde ein Festmahl, das zu einer Fressorgie ausartet, was bei Ruffy ja nicht anders zu erwarten ist. Doch nun heißt es Abschied nehmen für unsere Freunde, sie müssen Alabasta schnellstens verlassen, denn die Marine ist ihnen dicht auf den Fersen. Plötzlich erhalten sie einen Anruf von Mr.2, der ihnen mitteilt, dass er mit ihrem Schiff, der Flying Lamb oben am Sandora vor Anker liegt. Vivi überlegt sich, ob sie mit ihren Piratenfreunden weiterreisen soll, und Nami macht ihr ein Angebot, sie am nächsten Tag am Ost-Hafen abzuholen. Als Ruffy und die anderen zu ihrem Schiff kommen und auf Mr.2 treffen, will er Freundschaft mit ihnen schließen.
Das Volk vor dem Königspalast wird ungeduldig. Die Leute warten schon zwei Stunden drauf, dass Vivi ihre Rede hält. Schließlich beginnt sie über Lautsprecher zu erzählen, wie alles angefangen hat, und wie sie Ruffy und ihre Freunde kennen gelernt hat. In der Zwischenzeit sind Ruffy und seine Truppe in höchster Gefahr. Miss Hina hat sie mit ihrer Black Cage Formation eingekesselt, und es sieht ziemlich übel aus. Da hat Mr.2 eine Idee: Er und seine Mannschaft opfern sich für die neuen Freunde, indem sie sich in sie verwandelt, um Miss Hina von ihnen abzulenken. Ruffy und seine Freunde können fliehen und Mr.2s Schiff wird von der Marine versenkt. Ruffy und seine Freunde können fliehen und fahren zum Osthafen, um dort Vivi abzuholen. Vivi ist auch da und es stellt sich heraus, dass sich Igaram als Prinzessin verkleidet hat und vor das Volk getreten ist. Die Prinzessin ist aber nur gekommen, um sich von ihren Freunden zu verabschieden. Sie liebt ihre Heimat und will in Alabasta bleiben. Zum Abschied zeigen sie sich die Kreuze, die auf ihren Armen eintätowiert sind, das Zeichen ihrer Freundschaft.
Peruh, der seine schweren Verletzungen überlebt hat, wird von einem Arzt gesund gepflegt und macht sich dann auf den Weg nach Hause. Ruffy und seine Truppe werden von der Marine verfolgt, doch es gelingt ihnen mit einem Trick, ihre Verfolger los zu werden. Jetzt haben sie nur noch einen Angriff von Smoker und Tashigi zu befürchten, die auf der Suche nach ihnen sind. Plötzlich stellt sich heraus, dass sie einen blinden Passagier an Bord haben. Es handelt sich um Nico Robin, die ehemalige Miss Bloody Sunday der Baroque-Firma. Sie berichtet, dass sie schon mit acht ein Archäologie-Studium abgeschlossen hat und seitdem auf der Suche nach dem Porneglyph ist. In den letzten zwanzig Jahren hat sie im Untergrund gelebt und sich dem Krokodil und seiner Organisation angeschlossen, die nun zerschlagen ist. Sie bittet Ruffy, sie in ihre Bande aufzunehmen und Ruffy stimmt zu. Nami ist die Frau nicht ganz geheuer, doch als Nico Robin die Juwelen des Krokodils auf den Tisch legt, ändert sich dies schlagartig.