Der psychisch labile Insasse Tobias Beecher befindet sich noch immer im Krankenhaus. Die Häftlinge Vern Schillinger und Chris Keller haben ihm bei einem Gewaltübergriff sämtliche Knochen gebrochen. Miguel Alvarez schmort weiterhin in einer Gummizelle - als Strafe dafür, dass er Officer Eugene Rivera die Augen herausgeschnitten hat.
Der erst vor Kurzem nach Oz gekommene Offizier Karl Metzger ist tot. Bisher weiß noch niemand, wer hinter dem Mord steckt. Chef-Wärter Tim McManus befördert seinen Freund Offizier Sean Murphy und startet ein Box-Programm für die Insassen. Als ein neuer Häftling in Emerald City eintrifft, kommt ein fürchterliches Verbrechen ans Licht.
Die Mutter von Häftling Bob Rebadow versucht ihren Sohn davon zu überzeugen, sein Kind und Enkelkind zu treffen. Oz-Insasse Antonio Nappa findet heraus, dass er sich mit dem HI-Virus infiziert hat. Der Gefangene Simon Adebisi stach ihn mit einer unsterilen Nadel.
Oz-Häftling Vern Schillinger bittet Wärter Leo Glynn darum, seinen Sohn Andrew in seine Gefangeneneinheit zu verlegen. Glynn lehnt ab. Andrew landet daraufin in Schwester Petes Selbsthilfegruppe, wo er mit dem Insassen Chris Keller aneinandergerät. Tobias Beecher verteidigt ihn. Der Mörder von Häftling Richie Hanlon wird freigesprochen und aus der Haft entlassen. Doch in Freiheit holen ihn neue Schwierigkeiten ein.
Oz-Häftling Kenny Wangler erfährt, dass sein Auftrag erfüllt wurde: seine Ehefrau und deren Lover wurden ermordet. Nachdem weitere Insassen umkommen, wird der Rehabilitationsflügel Emerald City erneut abgeriegelt. McManus bereitet sich derweil auf seinen Prozess wegen sexueller Belästigung vor. Er möchte, dass Dr. Nathan vor Gericht für seinen Charakter bürgt, doch die zögert.
Der Knast-Insasse Cyril O’Reily erkämpft sich seinen Respekt unter den Mithäftlingen im Rehabilitationstrakt Emerald City durch perfide Gewaltspielchen. Als Miguel Alvarez Fotos in die Hände gespielt bekommt, auf denen sein toter Ex-Zellengefährte Rivera mit herausgeschnittenen Augen zu sehen ist, flippt er völlig aus.
Als eine Mitarbeiterin des Auswärtigen Amtes den Häftling Yuri Kosygin im Hochsicherheitsgefängnis Oz besucht, kostet ihn dies sein Leben. Simon Adebisi beschuldigt Wärter Tim McManus, den Insassen Kenny Wangler sexuell belästigt zu haben.
Als das neue Jahrtausend anbricht, spitzen sich die ethnischen Konflikte unter den Häftlingen des Resozialisierungsflügels Emerald City zu. Auch die Wärter geraten sich untereinander zusehend in die Haare. Leo Glynn feuert schließlich Clayton Hughes. Bevor der den Knast verlässt, überreicht er dem Gefangenen Simon Adebisi noch ein ganz besonderes Geschenk.