Dr. Daniel Pierce erhält überraschend Besuch von seiner ehemaligen Vorzeigestudentin Kate Moretti. Die inzwischen für das FBI tätige Neurowissenschaftlerin ist bei ihren intensiven Bemühungen, die Hintergründe des rätselhaften Ablebens eines einflussreichen Pharmamanagers zu enthüllen, in eine Sackgasse geraten. Nun erhofft sie sich Beistand von ihrem alten Mentor, doch ehe Pierce mit neuen Denkanstößen zu einem Ermittlungsdurchbruch beizutragen vermag, sorgt er mit seinen psychosebedingten Halluzinationen für gehörige Konfusion.
Erneut zieht FBI-Agentin Kate Moretti Dr. Daniel Pierce zu Rate. Dieses Mal steht die Ermordung einer Katalogbraut im Mittelpunkt der Nachforschungen. Der Fall nimmt eine interessante Wendung, als sich herausstellt, dass eine psychische Beeinträchtigung es dem Hauptverdächtigen unmöglich macht, menschliche Gesichter wiederzuerkennen. Für zusätzliche Komplikationen sorgt die Ankunft eines neuen Professors, auf den Moretti ein Auge wirft, während ihm von Pierce eine alles andere als herzliche Begrüßung bereitet wird.
Dr. Daniel Pierce und Kate Moretti sind einem Serienmörder aus dem Jahr 1986 auf der Spur, der offenbar wieder sein Unwesen treibt. Für Moretti hat der Fall eine persönliche Dimension, denn ihr Vater war einst in die erfolglosen Ermittlungen gegen den Killer eingebunden. Die wichtigste Zeugin ist Lacey, ein überlebendes Opfer des gefürchteten Gewaltverbrechers, das glaubt, es sei noch immer 1986. Während Pierce in verschüttete Erinnerungen der traumatisierten Frau vorzudringen versucht, muss sich Moretti mit seinem Assistenten Max Lewicki auseinandersetzen, der die häufige Inanspruchnahme des schizophrenen Professors durch das FBI mit wachsender Skepsis betrachtet.
Bei der Zeitungslektüre stößt Dr. Daniel Pierce auf eine chiffrierte Botschaft, die eine zukünftige Mordserie ankündigt. Fieberhaft fahnden der Neurobiologe sowie FBI-Agentin Kate Moretti nach dem Urheber der verschlüsselten Nachricht, ist ihnen doch klar, dass Menschenleben auf dem Spiel stehen. Auf die gewohnte Unterstützung durch seine rechte Hand Max Lewicki muss Pierce allerdings vorerst verzichten, denn der persönliche Assistent des Professors befindet sich im Streik.
Die Untersuchung der Todesumstände eines ehemaligen Drogenabhängigen führen Dr. Daniel Pierce und Kate Moretti zu einer obskuren Sekte. Ihre besondere Aufmerksamkeit zieht ein junger Mann auf sich, der behauptet, mit Gott sprechen zu können. Handelt es sich um religiöse Visionen oder die Symptome einer lebensbedrohlichen Erkrankung? In seinem Hauptberuf zahlt sich für Pierce die intensive Forschungsarbeit in Form eines Preises aus, den ihm seine Universität verleihen will. Doch der Neurowissenschaftler wäre nicht er selbst, wenn die Ehrung komplikationslos vonstattenginge.
Dr. Daniel Pierce berät das FBI bei den Nachforschungen zur Ermordung eines zwielichtigen Therapeuten, der darauf spezialisiert war, seine Patienten von ihrer Homosexualität zu „heilen“. Kate Moretti verbringt auffallend viel Zeit mit dem kritisch beäugten Professor Michael Hathaway. Dekan Paul Haley setzt derweil Pierce als Köder für die Witwe eines Alumnus ein, von der er sich eine Spende zum Bau eines neuen Universitätsgebäudes erhofft.
Dr. Daniel Pierce wird in die Untersuchung des Mordes an einem Richter einbezogen. Der Fall konfrontiert ihn mit den Untiefen der eigenen Psyche, denn der Hauptverdächtige ist schizophren. Die Nachforschungen gestalten sich umso schwieriger, als ein Zusammenhang zwischen der Gewalttat mit dem Milieu der organisierten Kriminalität vorzuliegen scheint. Ausgerechnet jetzt steht FBI-Ermittlerin Kate Moretti unter gehörigem Erfolgsdruck, denn sie will sich unbedingt vor ihrem neuen Vorgesetzten beweisen.
Die Entdeckung einer gewaltsam zu Tode gekommenen jungen Frau im Universitätswohnheim schreckt die CLMU auf. Im Zuge der Morduntersuchung muss sich Dr. Daniel Pierce gegen seine sonstige Gewohnheit mit einigen seiner Studenten auf einer persönlichen Ebene befassen, was ihn mit unangenehmen Kapiteln der eigenen Vergangenheit konfrontiert. Sorgen ganz anderer Art plagen Kate Moretti, denn die FBI-Agentin sieht sich gezwungen, ihre Beziehung zu Professor Michael Hathaway einer grundsätzlichen Neubetrachtung zu unterziehen.
Im ersten von zwei Teilen des spannenden Staffelfinales gerät Dr. Daniel Pierce in eine existenzielle Krise. So wird der schizophrene Wissenschaftler Zeuge der Ermordung eines jungen Manns. Das im Sterben liegende Opfer berichtet ihm von einer groß angelegten Verschwörung, die bis in hohe Politik- und Wirtschaftskreise reiche. Aber das von Pierce alarmierte FBI gelangt zu der Erkenntnis, dass die seitens des Universitätsdozenten angeblich beobachtete Gewalttat überhaupt nicht stattgefunden haben kann. Ist Pierce endgültig nicht mehr in der Lage, zwischen Wahn und Wirklichkeit zu unterscheiden?
Dr. Daniel Pierce begibt sich freiwillig in eine psychiatrische Klinik. Die behandelnde Ärztin Caroline Newsome konfrontiert ihn mit einer bestürzenden Wahrheit über seine beste Freundin Natalie Vincent. Währenddessen wird FBI-Ermittlerin Kate Moretti zunehmend klarer, dass es sich bei der von Pierce behaupteten Verschwörung doch nicht um ein Hirngespinst handelt. Ein dramatischer Kampf gegen die Zeit beginnt, denn das Leben eines US-Senators steht auf dem Spiel.