Reese und Finch versuchen fieberhaft, das, was vom Source Code der Maschine noch zu retten ist, wiederherzustellen. Root kämpft währenddessen um ihr Leben. Und Fusco muss sich mit den Folgen der Tötung von Dominic und Elias auseinandersetzen.
Die Maschine hat beim Rebooten eine kleine Panne und schließt Finch und Root aus dem System aus.
Rückblick in das Jahr 2010: Gemeinsam mit seiner CIA-Kollegin Kara Stanton ermittelt Reese gegen einen Soldaten der geheime Informationen an die Taliban verkaufen soll. Ihr Auftrag besteht darin, ihn zu töten, sollte sich der Verdacht als wahr herausstellen. Gegenwart: Die Maschine funktioniert wieder einwandfrei und vermittelt Reese eine Person, die mit seiner Vergangenheit zusammenhängt – den Bruder des Soldaten, den er 2010 durchleuchtete. Root und Harold gelangen an eine Software, durch die der Samaritan seine Informationen erhält. Wird sie ihnen dabei helfen, endlich eine Schwachstelle bei dem übermächtigen Gegner zu finden?
Nach neun Monaten kann Shaw ihren Peinigern entkommen. Zuvor haben diese ihr einen Mikrochip implantiert und versucht, sie einer Gehirnwäsche zu unterziehen. Dadurch wollten sie den Standort der Maschine ermitteln, da es neben dem Samaritan keine weitere mächtige künstliche Intelligenz geben soll…
John Reese beschützt Ethan Garvin, einen Tonanalytiker bei ShotSeeker. Mit seinem außergewöhnlichen Gehör entdeckt dieser bei einer Aufnahme Pistolenschüsse. Alle Versuche, jemanden auf seine Entdeckung aufmerksam zu machen, scheitern jedoch. Darüber hinaus werden Reese und Fusco von Elias' Komplizen bedroht, die jetzt endlich die Wahrheit über das Attentat auf Elias erfahren möchten...
Die Maschine schickt Reese und Finch zu Kent Turner, einem Züchter edler und wertvoller Pferde. Auf der Hochzeit seiner jüngsten Tochter Phoebe fotografiert Maggie, die Hochzeits-Fotografin, eine Szene, die eindeutig beweist, dass dort Pferde gedopt wurden...
Detective Fusco hat den Beginn der Abrissarbeiten in dem ehemaligen U-Bahn-Tunnel lebend überstanden. Allerdings will er weder Finch noch John sehen. Root schafft es, als New Yorker Polizistin getarnt, ihn zu besuchen und ihm den Notanker zu überreichen: Neue Identitäten für ihn und seinen Sohn. Anschließend muss sie sich um ihr nächstes Engagement kümmern: Sie hat gerade die Rolle gewechselt und ist jetzt Ballettänzerin, die von Vasily bewundert wird, den sie mit knapper Not vor einem Attentat retten kann. Vasily, aus Litauen, weiß noch nicht, dass er diesen Gefallen bald erwidern darf...
Durch die Botschaft von Root ermutigt, macht sich Shaw an den nächsten Gefängnisausbruch. Diesmal nicht in einer Simulation, sondern echt. Dabei stellt sie überrascht fest, dass sie nicht auf einer Insel vor New York eingesperrt ist, sondern in Südafrika. Lambert versucht, sie mit allerlei psychologischen Tricks aufzuhalten. Doch diesmal ist Shaw entschlossen zu entkommen...
Reese und Finch bekommen die Nummer von Terry Easton, dem Mitarbeiter eines Schlüsseldienstes, der gerade in einer Investment-Firma eine Bombe deponieren will. Reese kann ihn davon abhalten und nimmt ihn mit aufs Polizeirevier. Bald stellt sich heraus, dass Easton von einer geheimnisvollen Stimme, die seine Frau Carla entführt hat, gezwungen wurde, die Bombe dort zu platzieren...
Die Tarnung von Finch ist aufgeflogen. Zwar gibt sich Shaw die Schuld dafür, aber es war eine Unachtsamkeit von Harold selbst, der aus Sentimentalität in das Café gegangen ist, in dem er vor zehn Jahren zum ersten Mal mit Grace Kaffee getrunken hat. Das geheime Versteck ist ebenfalls aufgeflogen. Daher teilt sich das Team Maschine auf. Elias bringt Finch in Sicherheit. Root und Sameen sind das Empfangskommando für die bereits anrückenden Samaritan-Truppen, die als Mitarbeiter einer Firma namens "Temporary Resolutions" auftreten, während Reese und Fusco sich eben diese Firma ansehen wollen. Dort erwarten sie eine ganze Reihe von Samaritan-Agenten. Und auch Root und Sameen haben alle Hände voll zu tun...
The team must unravel a conspiracy and stay ahead of the Secret Service when the President of the United States becomes their newest POI. Also, Finch separates himself from the team and considers taking drastic action to combat Samaritan.
As Reese and Shaw race to catch up with Finch, he infiltrates a maximum-security government facility in a desperate mission which could mean the end for not only Samaritan, but for himself and The Machine as well.
Finch, Reese, Fusco, and Shaw embark on one last mission to prevent Samaritan from destroying The Machine and cementing its hold over mankind.