Ein Jahr ist vergangen, seit Alison, die Anführerin einer angesagten Mädchenclique, spurlos verschwunden ist. Ihre ehemaligen Freundinnen haben sich in der Zwischenzeit auseinandergelebt. Das ändert sich abrupt, als Aria, Emily, Hanna und Spencer anonyme ...
Die vier Teenager Aria, Emily, Spencer und Hanna müssen sich mit einem schrecklichen Vorfall aus ihrer Vergangenheit auseinandersetzen, als die erblindete Jenna Cavanaugh nach Rosewood an ihre alte Schule zurückkehrt. Außerdem werden neue Fragen zu der Nacht aufgeworfen, in der Alison spurlos verschwunden ist.
"Die Vergangenheit holt einen immer einen." Dass dieses Sprichwort wahr ist, müssen Aria, Emily, Spencer und Hanna auf die harte Tour lernen. Emily sieht Toby Cavanaugh auf einmal in einem neuen Licht und Hanna will unbedingt, dass ihr Freund die "alte" Hanna vergisst. Können die Vier ihre Vergangenheit wirklich einfach hinter sich lassen, obwohl "A" jeden ihrer Schritte genauestens beobachtet?
Die vier Teenager haben genug davon, ständig mit anonymen E-Mails und SMS von "A" belästigt zu werden und blocken einfach alle unbekannten Nutzer. Dass "A" sich davon auf Dauer nicht abhalten lässt, ist klar. Auch wenn sie so vorerst ein paar Momente Ruhe haben, ist Leben der vier Freundinnen alles andere als einfach. Eines der Mädchen bekommt unerwartet Besuch, die Nächste erhält überraschend ein Geschenk.
Der Versuch, "A" zu ignorieren, ging gehörig nach hinten los. Während Hanna in einer Zahnarztpraxis arbeiten muss, um den Schaden an Seans Auto wiedergutzumachen, beschließt Ezra, die Beziehung zu Aria zu beenden, um seine Karriere nicht aufs Spiel zu setzen. Und zu allem Überfluss gibt es noch die mit Lippenstift geschriebene Nachricht von "A", die den vier Teenagern ziemlich an die Nieren geht.
Die Mädchen geben ihr Bestes, um gute Miene zum bösen Spiel zu machen. Der jährliche Abschlussball steht an und die Schule wird vom Ballkomitee komplett umdekoriert Emily möchte mit Toby auf den Ball gehen, was sie jedoch bald in eine äußerst unangenehme Situation bringt. Verstörend schreckliche Geheimnisse drohen, die perfekte Ballnacht von Aria, Emily, Spencer und Hanna zu ruinieren.
Nach der schrecklichen Ballnacht versuchen die Mädchen, ein wenig Ordnung in das Chaos zu bringen. Außerdem sind sie dank "A" auf einmal im Besitz unfassbarer Neuigkeiten über Toby. Arias Bruder Mike verkraftet die Trennung seiner Eltern nicht und Aria findet heraus, dass "A" nicht die Einzige ist, die ihr Nachrichten schreibt. Emily lässt sich auf ein Date mit Maya ein.
Neue Beweise zu der Nacht, in der Alison verschwunden ist, tauchen auf. Auch Alisons Bruder Jason, der zum Gedenktag seiner Schwester erscheint, hat brisante Neuigkeiten für Spencer auf Lager. Familie Marin hat Geldprobleme, weshalb Hannas Kreditkarte plötzlich nicht mehr funktioniert. Das Mädchen beschließt, alte Kleider und Handtaschen mit Lucas' Hilfe über das Internet zu versteigern.
Ein Sturm rast auf Rosewood zu, als die Mädchen einen wichtigen Test in der Schule schreiben müssen. Der Test wird daraufhin ausgesetzt, doch keiner darf das Schulgebäude verlassen. Nachdem man Emily beschuldigt hat, Alison getötet zu haben, verrät die ein Geheimnis, und gerade als Aria Noel eine Chance geben will, taucht Ezra wieder auf. Spencer entdeckt, was ihre Mutter von ihr verbergen wollte.
Eigentlich steht den vier Freundinnen nicht der Sinn danach, auf Monas Geburtstagsparty zu gehen, doch als sie eine SMS von "A" erhalten, haben sie auf einmal Hoffnung, "A" auf der Feier zu finden. Zudem taucht mit einem Video ein neues Beweisstück zu Alisons Verschwinden auf, weswegen die Mädchen vom FBI konfrontiert werden. Toby wurde auf dem Video erkannt und wird nun per Haftbefehl gesucht.
Hannah wurde von einem Auto angefahren und liegt im Krankenhaus. Durch ihren Unfall kommt die Beziehung zwischen Ezra und Aria ans Licht, da sie Noel erkannt hat, als er eine Nachricht auf Ezras Auto geschrieben hat. Emilys Vater kann mit dem Outing seiner Tochter erstaunlich gut umgehen, seiner Frau hingegen fällt es deutlich schwerer. "A" lässt nicht locker und hinterlässt eine neue Nachricht.
Hanna wird aus dem Krankenhaus entlassen und findet Zuhause das von ihrer Mutter unterschlagene Geld. Bei der Party, die Ashley für ihre Tochter gibt, wird das Geld aber von "A" gestohlen. Emily bringt ihre Freundin Maya zum Familienessen mit nach Hause. Um eine bessere Note zu bekommen, versucht Noel, Ezra zu erpressen, da er seinen Lehrer beobachtet hat, wie der gemeinsam mit Aria im Auto war.
Noel erhöht den Druck auf Ezra, der mit Aria bald keinen Ausweg mehr sieht. Auch Emily hat Probleme mit der Liebe, als die vermeintliche Toleranz ihrer Mutter Maya gegenüber ein Ende findet. "A" hat dagegen Hanna fest im Griff, die das unterschlagene Geld zurück möchte. Wird es Hanna gelingen, nicht in alte Muster zurückzufallen? Hilfe bekommt sie dabei nicht nur von ihren Freundinnen.
Spenden für einen Schulausflug nach Washington sollen gesammelt werden, doch die vier Teenager haben andere Sorgen. Hanna ist auf der Suche nach einem Job, um die finanzielle Situation ihrer Familie zu verbessern, während auch Spencer von Problemen mit ihrer Verwandtschaft geplagt wird. Überraschend stattet Arias ehemalige Babysitterin Simone der Stadt einen Besuch ab und lernt dabei Ezra kennen.
Spencer wendet sich an Alisons Bruder Jason, um an neue Informationen über die mögliche Mordnacht zu gelangen. Aria und Ezra beschließen, sich der Öffentlichkeit zu präsentieren und zum ersten Mal gemeinsam auszugehen. Emily muss sich derweil mit einem eifersüchtigen Teammitglied herumschlagen, während "A" alles versucht, die Mädchen gegeneinander auszuspielen.
Bei einem Wettkampf schwimmt Emily in der zweiten Runde gegen Paige. Beide kämpfen um die Startposition beim großen Schwimmwettkampf. Aria will derweil unbedingt mehr über Ellas Eintrittskarten für die Museumseröffnung erfahren, während Hanna Caleb noch einen Gefallen schuldet. Spencer erklärt sich bereit, Toby Nachhilfe in Französisch zu geben, um so neue Antworten zu erhalten.
Der Elternabend der Schule steht an, was bedeutet, dass Arias Vater bald ihrem Lehrer Ezra Angesicht zu Angesicht gegenübersitzen wird. Toby und Spencer kommen sich indes langsam näher. Auch die anderen Lügnerinnen haben so ihre Probleme, unter anderem Hannas Mutter, die in der Bank Besuch von Mrs. Potters Neffen bekommt. Sicher ist nur, dass "A" zu alledem eine Meinung hat und auch gerne kundtut.
Aria, Emily, Hanna und Spencer fragen sich langsam, welche Gestalt das wahre Böse eigentlich annehmen kann. Täglich werden ihre Angst und ihr Misstrauen größer. Doch das normale Leben muss weitergehen und so beschließt Aria, dass die Schulaufführung die perfekte Gelegenheit sei, Ezra näherzukommen. Doch was passiert, wenn ihr Vorhaben scheitert und die geheime Beziehung in Gefahr bringt?
Die Polizei hat eine interessante Entdeckung gemacht und wendet sich an Aria, Emily, Hanna und Spencer. Wie können sich die Mädchen nur so getäuscht haben, wenn doch alle Indizien auf Ian hinweisen. Oder spielt "A" schon wieder mit ihnen? Die Polizei möchte Antworten von den vier Teenagern. Als Spencer später nach Hause kommt, sind die Ordnungshüter schon zur Stelle
In Rosewood hat offenbar jeder Bewohner Geheimnisse und es ist nur eine Frage der Zeit, wann sie ans Licht kommen. Für die Polizei ist Spencer inzwischen offiziell eine Verdächtige. Obwohl neue Beweise gegen Spencer auftauchen, hält ihre Mutter zu ihr. Arias Vater entdeckt beinahe, wer der neue Freund seiner Tochter ist, doch nach einem Streit mit seiner Frau stellt er die Nachforschungen ein.
Bei Rosewoods Gründerfest wimmelt es vor Geheimnissen. Die einen verheimlichen ihre Affäre, die anderen ihre Identität und die nächsten ihre wahren Absichten. Geheimnisse können zu einer großen Belastung werden, wie Aria, Emily, Hanna und Spencer nur zu gut wissen. Wie lange hält es beispielsweise Aria noch aus, ihre Beziehung mit Ezra geheim halten zu müssen und was wird aus Emily und Paige?
Aria, Emily, Hanna und Spencer sind im Besitz von Informationen, die Alison ihnen hinterlassen hat. Die Mädchen wollen das Geheimnis um das Verschwinden ihrer Freundin endlich klären und dem Spuk mit "A" ein Ende setzen. Um mehr herauszufinden, wenden sie sich an Jenna, die ihnen einiges über Alison erzählen kann. Spencer gerät in Lebensgefahr, als sie in der Kirche auf Ian trifft.