Aria, Emily, Hanna und Spencer haben den Sommer getrennt voneinander verbracht und die unterschiedlichsten Dinge erlebt. Doch über die Ereignisse der letzten Zeit sind die vier noch lange nicht hinweg und so beginnen die Freundinnen ihr letztes Schuljahr in großer Anspannung. Kurz vor dem zweiten Jahrestag von Alisons Verschwinden erschüttert ein schreckliches Ereignis die Stadt Rosewood.
Als Aria, Emily, Hanna und Spencer eine neue Nachricht von „A“ erhalten, sind die vier entsetzt. Der neue Missetäter macht den Mädchen auch schnell klar, dass er es ernst meint. Während Spencer und Hanna auf der Suche nach Antworten mit dem Feuer spielen, erweist sich eine von Arias Jugendsünden als gefundenes Fressen für „A“. Emily versucht indes, sich auf die Schule zu konzentrieren.
Als Spencers Mutter Garrett als ihren Mandanten vertritt, ist die Neugier ihrer Tochter geweckt. Spencer glaubt, dass ihre Mutter Veronica in irgendeiner Weise dazu gezwungen wird, dem Polizisten zu helfen. Tatsächlich stößt Spencer bei ihren Nachforschungen auf ein Geheimnis. Aria beschließt, Jenna zu helfen, um sie im Auge behalten zu können. Emily hat indes Probleme in der Schule.
Aria, Emily, Hanna und Spencer sind unsicher, ob sie einige Wahrheiten ans Licht bringen sollten, da diese einige Menschen in ihrer Umgebung sehr verletzen könnten. So überlegt Aria, ihrer Mutter zu sagen, dass ihr Vater sich inzwischen mit anderen Frauen trifft und Hanna weiß nicht, ob sie Caleb die Wahrheit über die Besuche bei Mona erzählen kann. Spencer möchte indes mehr über Melissa erfahren.
Jennas Geburtstagsparty klingt einfach zu gut, um wahr zu sein und die Mädchen sind bald der Überzeugung, dass daran irgendetwas faul sein muss. Ihr Verdacht erhärtet sich, als sie erfahren, dass Garrett ausgerechnet an diesem Wochenende Hafturlaub bekommt. Steckt wieder einmal „A“ dahinter? Obwohl die Freundinnen versuchen, sich bestens vorzubereiten, geht schief, was nur schiefgehen kann.
Nachdem Hanna und Spencer von Garrett einen wichtigen Hinweis erhalten haben, versuchen beide, mehr in Erfahrung zu bringen. Während Hanna glaubt, „A“ aufdecken zu können oder wenigstens herauszufinden, wer Garrett hilft, nimmt Spencer Jasons Hilfe in Anspruch. Emily kann sich wieder an ein neues Detail der fraglichen Nacht erinnern und Aria fragt sich, wie Ezra plötzlich zu so viel Geld kommt.
Hanna fürchtet, dass ihr „A“ etwas anhängen möchte, nachdem Detective Wilden mit neuen Beweisen aufgetaucht ist. Um Hanna zu helfen, beschließt Aria, sich an Mona zu wenden. Doch ist Aria wirklich schon so weit, ihrer einstigen Peinigerin zu begegnen? Als überraschend jemand aus der Vergangenheit in Rosewood auftaucht, zieht diese Person schnell das Interesse der Mädchen auf sich.
Emily muss nicht nur mit Mayas Tod fertig werden, sondern auch mit der Tatsache, dass sie in der Nacht unter Drogen gesetzt wurde. Um Emily zu helfen, wendet sich Spencer an Caleb, der eine Website hacken soll, die die Antworten auf einige ihrer Fragen bereithalten könnte. Aria muss erfahren, dass sie eigentlich sehr wenig über Ezra weiß und Hanna setzt sich überraschend für Mona ein.
Spencer und Aria wollten nur kurz auf der Party von Noel und Eric Kahn vorbeischauen und versuchen, Spencers Collegekarriere zu retten. Auf der Feier erhalten die beiden aber überraschend die Möglichkeit, Antworten auf einige ihrer Fragen zu bekommen ¿ im Austausch gegen andere Informationen. Werden die beiden auf den Deal eingehen? Hanna erhält eine weitere Nachricht von „A“ über Caleb.
Die Freundinnen finden heraus, dass Noel möglicherweise etwas mit dem Verschwinden von Maya zu tun haben könnte und so setzen Aria, Emily, Hanna und Spencer alles daran, die verschiedenen Puzzlestücke zusammenzufügen. Nach dem Treffen mit Ezras Mutter ist Aria damit beschäftigt, die neuen Informationen zu Ezras Vergangenheit zu verarbeiten.
Emilys Beziehung mit Paige war zwar nicht immer einfach, doch langsam – so glaubt sie – wendet sich alles zum Guten. Natürlich gefällt es ihr da wenig, dass Spencer plötzlich behauptet, Paige habe eine gemeinsame Vergangenheit mit Alison. Aria glaubt indes, dass sie Ezra helfen kann, seine schwierige Vergangenheit hinter sich zu lassen. Doch hat sie sich damit vielleicht zu viel zugemutet?
Garretts Gerichtsverhandlung steht bevor und in der Stadt wimmelt es plötzlich vor Reportern, die sich dieses Ereignis nicht entgehen lassen wollen. Emily ist entsetzt, als Aria, Spencer und Hanna behaupten, Paige könne „A“ sein und beschließt, auf Abstand zu ihren Freundinnen zu gehen. „A“ nutzt die angespannte Stimmung zwischen den vier Mädchen aus und treibt das teuflische Spiel weiter.
Nachdem die schrecklichen Ereignisse mit Nate hinter ihnen liegen, freuen sich Aria, Emily, Hanna und Spencer auf das bevorstehende Halloween. Doch kaum sind die vier in den Geisterzug gestiegen, liegt vor ihnen eine Reise, die viel mehr bereithält als nur kindische Halloweenspäße. Unerwartete Gäste und eine Amok laufende „A“ verwandeln das diesjährige Halloween in einen Horrortrip.
Mona wurde als geheilt aus dem Sanatorium entlassen und kehrt in die Schule zurück. Aria, Emily, Hanna und Spencer sind wenig davon begeistert, ihre einstige Peinigerin wieder jeden Tag sehen zu müssen. Doch die vier gehen ganz unterschiedlich und auf eigene Weise mit der Situation um. Können die vier Mona jemals wieder vertrauen? Und kann Mona überhaupt beweisen, dass sie sich geändert hat?
Nach den schlimmen Vorfällen beim Schulmarathon sind Aria, Emily und Spencer überzeugt, dass Mona sich kein bisschen geändert hat. Während die drei versuchen, Mona auf die Schliche zu kommen, hofft Hanna nach wie vor unbeirrt, dass ihre alte Freundin geheilt ist. Aria macht sich zudem große Sorgen wegen ihres Vaters, als plötzlich etwas Wichtiges aus ihrem Zimmer verschwindet.
Aria hat die Grippe und muss das Bett hüten. Da ihr Vater nicht zuhause ist, kümmert sich Meredith um das Mädchen. Möchte sie einfach nur nett sein oder verfolgt die Verehrerin ihres Vaters dabei ihre eigenen finsteren Pläne? Während Hanna und Emily einer neuen Spur nachgehen, seilt sich Spencer ab, um Toby zu überraschen und mit ihm ihren Jahrestag zu feiern.
Aria, Emily, Hanna und Spencer haben mehr Geheimnisse als die meisten Menschen. Langsam wird es für die vier immer schwieriger, mit den vielen Informationen umzugehen. Aria weiß, dass sie Ezra die Geschichte mit seinem Sohn erzählen sollte, fürchtet jedoch die Konsequenzen für ihre Beziehung. Auch Spencer hat genug von den Lügen und beschließt, künftig keine Spielchen mehr zu spielen.
Nachdem Alisons sterbliche Überreste wieder bei ihrer Familie sind, möchten die DiLaurentis ihre Tochter erneut begraben und bieten somit Aria, Emily, Hanna und Spencer die Möglichkeit, nochmals von ihrer Freundin Abschied zu nehmen. Die Mädchen sind sich aber nicht einig, ob sie auf Alis Beerdigung gehen möchten. Emily sucht indes Dr. Sullivan auf und erfährt dort mehr als gedacht.
Nach der Trennung ist Spencer am Boden zerstört und richtet ihre Wut gegen Mona. Da Caleb sich weigert, über seinen Vater zu sprechen, sobald die Rede auf ihn kommt, versucht Hanna mit einem Trick, die beiden zusammenzubringen. Aria, die Ezra schrecklich vermisst, verbringt immer mehr Zeit mit dessen Bruder. Emily und Jason wollen herausfinden, was während Alis Ausflug geschehen ist.
Aria, Emily und Hanna stoßen bei ihren Ermittlungen zu Detective Wildens Vergangenheit auf interessante Neuigkeiten. Doch bald läuft ihnen die Zeit davon, denn Wilden ist ihnen dicht auf den Fersen und schreckt vor nichts zurück, um die Freundinnen aufzuhalten. Einige Bewohner Rosewoods müssen erfahren, zu welchen Taten Wilden fähig ist, um seine Geheimnisse auch künftig zu schützen.
Spencer kann endlich mit Emily sprechen. Doch wird Emily auch hören wollen, was ihre Freundin zu sagen hat und deren Warnung beherzigen? Nachdem Hannas Mutter in einen Unfall mit Fahrerflucht verwickelt wurde, stellt sich Hanna die Frage, ob eventuell „A“ hinter der ganzen Sache steckt. Aria versucht in der Zwischenzeit, mit Ezras neuem Leben zurechtzukommen.
Spencer ist verschwunden und ihre Freundinnen machen sich auf die Suche nach ihr. Hat vielleicht „A“ etwas mit der Sache zu tun? Als die drei Mädchen erfahren, dass auch Spencers Familie keine Ahnung hat, wo sie stecken könnte, bekommen es die drei mit der Angst zu tun. Emily erlebt eine große Überraschung, als sie unerwartet auf die Goldmedaillengewinnerin Missy Franklin trifft.
„A“ ist mit den Spielchen noch lange nicht am Ende und bringt die vier Freundinnen in böse Situationen. Während Aria ihre Beziehung zu Ezra ernsthaft infrage stellt, gerät Hanna in ein Familiendrama. Emily versucht indes, Spencer zu helfen. Sie will ihrer Freundin beweisen, dass Toby noch am Leben ist, doch Spencer möchte vor allem mehr über Monas Aufenthalt im Sanatorium in Erfahrung bringen.
Spencer ist zwar wieder zuhause und tut so, als gehe es ihr gut, doch Aria, Hanna und Emily sind nicht überzeugt. Nachdem sie Spencer in ihrem angeschlagenen Zustand gesehen haben, sind sie unsicher, ob ihre Freundin bereits wieder die Alte sein kann. Doch den Mädchen bleibt nicht viel Zeit zum Grübeln …