Im "Sonnenkäfig", einem ägyptischen Museumsstück, erscheint eine Anomalie. Die junge Ägyptologin Dr. Sarah Page entgeht nur knapp dem Angriff eines krokodilartigen von den alten Ägyptern als Dämonengöttin Ammut verehrten Wesens, das durch die Anomalie in die Gegenwart gelangt ist. Connor entdeckt, dass der aus magnetischem Gestein gefertigte Sonnenkäfig die Anomalie festhält. Nach einer Jagd durch London flieht das Urzeit-Krokodil zurück die Epoche, aus der es stammt.
Vor vierzehn Jahren waren drei Jungs in ein Haus auf einer Insel eingebrochen. Zwei davon sind damals spurlos verschwunden. Cutter glaubt, anhand eines Modells vorhersagen zu können, wo die nächste Anomalie erscheinen wird: in dem - inzwischen verlassenen - Haus auf der Insel. Als Jenny, Abby und Connor dort nachsehen, geraten sie mit Detective Constable Quinn zusammen, der immer noch den Mörder seines damals verschwundenen Bruders sucht ...
Eine Anomalie erscheint - ausgerechnet in einem Krankenhaus. Während das Team dort um Schadensbegrenzung bemüht ist, nutzt Helen die Gelegenheit, um mit ihren geklonten Helfern - zu denen inzwischen auch ein Nick Cutter-Klon gehört - das ARC zu besetzen. Nach der Rückkehr ins ARC gelingt es dem Team zwar, Helens Helfer auszuschalten, aber Cutter kann nicht verhindern, dass sein geklonter 'Zwilling' eine Bombe zündet. Bei dem Versuch Helen zu retten, gerät Cutter in Gefahr ...
Der Reporter Mick Harper stiehlt einen Anomalien-Detektor aus Jennys Wagen. Als eine neue Anomalie an einem Flugplatz erscheint, lockt er Connor und Jenny dort in eine Falle und sperrt sie ein. Aus der Anomalie gelangt ein fleischfressender Giganotosaurus in die Gegenwart und greift die Besatzung einer Frachtmaschine an. Jenny und Connor werden von Danny Quinn befreit. Er hatte Mick Harper verfolgt und lässt sich nun nicht davon abbringen, dem Team zu helfen.
Aus einer Anomalie gelangen Sporen in eine Londoner Wohnung und infizieren den erfolgreichen Unternehmer Sir Richard Bentley. Danny lässt nicht locker: Er bricht in das ARC ein und besteht darauf, dem Team zu helfen. Connor entdeckt indes, dass die geheimnisvollen Sporen ihre Opfer in gefährliche Pilz-Monster verwandeln. Das Team verfolgt den inzwischen mutierten Sir Richard in ein unterirdisches Tunnelsystem. Es beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit ...
Sarah und Connor kommen allmählich hinter das Geheimnis des Artefakts, und Danny und Captain Becker entdecken, dass überall im ARC Überwachungskameras versteckt sind. Dem Team gelingt es gerade noch, mit dem Artefakt vor Christine Johnson und ihren Leuten zu fliehen. Lester wird entmachtet, kann dem Team aber noch einen vermeintlich sicheren Unterschlupf verschaffen. Dort wird das Team jedoch von Riesenvögeln aus einer Anomalie angegriffen ...
Auf dem Umweg über das Mittelalter gelangt ein Dracorex - ein drachenähnlicher Saurier - durch eine Anomalie in die Gegenwart. Ihm folgt der Ritter Sir William de Mornay, der den vermeintlichen Drachen mit einem Speer schwer verletzt hat und sein Werk nun vollenden will. Während Abby den Dracorex verarztet, kommt es zwischen Danny und dem sich in der Hölle wähnenden Sir William zu einem Kampf auf Leben und Tod ...
Jack stiehlt den Detektor seiner Schwester Abby. Als er heimlich einem Anomalie-Alarm auf den Grund geht, wird er von einer gigantischen Ameise angegriffen und kann gerade noch fliehen - in die von den mörderischen Mutanten beherrschte Zukunft. Dem Team gelingt es, trotz der aussichtslos erscheinenden Übermacht der Mutanten und Rieseninsekten, den verletzten Jack zu retten, doch schaffen sie es, in die Gegenwart zurückzukehren?
Danny gelingt es, Eve, die von Captain Wilder aus der Zukunft mitgebrachte junge Frau, aus Christine Johnsons Fängen zu befreien. Das Team versucht inzwischen vergeblich, eine prähistorische Nashornherde in die Vergangenheit zurück zu befördern. Als die Nashörner auf ein Zeltgelände zurasen, lässt Eve eine Anomalie entstehen und rettet dadurch das Team und die Campergemeinschaft ... Doch was steckt wirklich hinter der jungen Frau?
Auf der Suche nach Helen teilt sich das Team: Becker und Sarah bleiben in der Gegenwart, während Danny, Abby und Connor in die Zukunft entschwinden. Dort treffen sie auf Helen, die gerade dabei ist, in die Vergangenheit zu fliehen. Ihr Plan ist es, in die Urzeit zu reisen, um den ersten Menschen zu töten und somit die Entstehung der Menschheit zu verhindern ...