Michael Scofield läuft die Zeit davon. Sein älterer Bruder, Lincoln Burrows, sitzt im Todestrakt des Fox-River-State-Gefängnisses in Illinois/USA und wartet auf die Hinrichtung durch den elektrischen Stuhl.
Beinahe hätte es Michael geschafft, sich einen ganz bestimmten Schraubbolzen der Firma Allen Schweitzer zu verschaffen, der in seinem Fluchtplan eine große Rolle spielt.
Abruzzi ist schwer davon beeindruckt, dass Michael sich lieber zwei Zehen abschneiden lässt, als den Aufenthaltsort von Fibanacci zu verraten und beschließt deshalb, eine weichere Gangart in Bezug auf Michael einzulegen.
Während Veronica jetzt von Lincolns Unschuld überzeugt ist und Kontakt zu einem Verein aufnimmt, der sich um zu Unrecht zum Tode Verurteilte kümmert, hinkt Michael mit seinem Fluchtplan schon um Tage zurück.
Während Michael seinen Fluchtplan für sich selber, Lincoln, Abruzzi und Sucre weiter vorantreibt und dabei alles riskiert, versuchen Hale und Kellerman, den Gefängnisdirektor Pope mit den Konsequenzen seiner lange zurückliegenden Affäre in Toledo zu erpressen.
Michael greift Sucres Vorschlag auf, einen 24-stündigen Einschluss der Häftlinge in ihren Zellen zu provozieren.
Sara sitzt in ihrem Behandlungsraum in der Falle. Und es scheint nur eine Frage der Zeit zu sein, bis die Häftlinge mit Gewalt zu ihr vordringen.
Obwohl Michael und seine Fluchthelfer, T-Bag nicht in ihren Ausbruchsplan einbinden wollten, müssen sie ihn wohl oder übel mitnehmen, weil T-Bag sie sonst verpfeifen würde.
Lincoln wird aus Sorge um seinen Sohn L.J. fast wahnsinnig und versucht, ihn wenigstens telefonisch zu erreichen, um ihm zu sagen, dass er sich an Veronica und Nick wenden soll.
Nachdem Falzone Abruzzi den Geldhahn zugedreht hat, erhält natürlich auch Officer Bellick nicht mehr seine monatliche Schmiergeldüberweisung, weshalb er die P.I. völlig neu besetzt und die Arbeiten im zerstörten Pausenraum anderen Häftlingen überlässt.
Zur großen Überraschung aller erhält Michael im Kuschelraum des Gefängnisses Besuch von seiner Ehefrau Nika, deren Existenz er nicht nur vor Sucre, sondern auch vor Sara verheimlicht hat.
C-Note belauscht Michael und Lincoln dabei, wie sie sich darüber unterhalten, dass die derzeitige Ausbrechergruppe zu groß ist, um gemeinsam über die Mauer zu klettern.
Während Lincoln wegen seines Angriffs auf Geary bis zu seiner Hinrichtung in Isolationshaft muss, planen C-Note und T-Bag die Flucht ohne Lincoln und zur Not auch ohne Michael.
Lincoln findet sich immer mehr mit seiner bevorstehenden Hinrichtung ab. Doch unterdessen versucht Michael, mit der nicht ganz freiwilligen Hilfe einer Ratte im letzten Moment einen Hinrichtungsaufschub zu erreichen.
Als Richter Kessler von einem Unbekannten Dokumente zugesteckt bekommt, die darauf hindeuten, das in Steadmans Grab die Leiche eines anderen Mannes liegt, lässt Kessler Lincolns Hinrichtung in letzter Sekunde verschieben.
Rückblick auf die Ereignisse drei Jahre zuvor: Lincolns Schulden bei einem zwielichtigen Kredithai belaufen sich mittlerweile auf 90.000 Dollar.
Als Gefängnisdirektor Pope von Sara erfährt, dass sich in Michaels Brandwunde Stoffreste einer Wärteruniform befanden, will er von Michael wissen, welcher Wärter ihn misshandelt hat, was der ihm natürlich nicht sagen kann.
Michael schafft es tatsächlich, dass Haywire sein Erinnerungsvermögen wieder erlangt. Leider erinnert sich Haywire aber nicht nur an den verbrannten Teil des Tattoos, sondern auch daran, dass er von Michael reingelegt wurde.
Lincoln hat den Unfall überlebt, doch nun erscheint FBI-Agent Kellerman am Unfallort, um sein Werk zu vollenden, wird aber in letzter Sekunde von Lincolns Vater daran gehindert.
Als Officer Bellick dank eines Tipps von Tweener dem Fluchtvorhaben von Michael und dessen Gang auf die Schliche kommt, gelingt es Westmoreland, Bellick erst einmal außer Gefecht zu setzen.
Bevor Michael Gefängnisdirektor Pope gefesselt, geknebelt und k.o. geschlagen und in dessen Büroschrank versteckt hat, zwingt er ihn noch, Lincoln zur Ambulanz bringen zu lassen.
Nachdem es, bis auf Manche und Westmoreland, alle Flüchtlinge geschafft haben, die Gefängnismauer zu überwinden, wird auch Officer Bellick aus seiner misslichen Lage befreit.