Nach ihrer geglückten Flucht werden Michael, Lincoln und die anderen nicht nur von Bellick und Direktor Popes Zorn verfolgt, sondern auch von dem merkwürdigen FBI-Agenten Mahone.
Wegen des Ausbruchs sind Pope und Bellick gezwungen, vor einem Untersuchungsausschuss zu den Vorkommnissen Stellung zu nehmen.
Als FBI-Agent Mahone das ausgebrannte Wrack von Michaels und Lincolns Fluchtfahrzeug sieht, ist er davon überzeugt, nun zwei Ausbrecher weniger jagen zu müssen.
Kaum denken Lincoln und Michael, sie seien vorerst in Sicherheit, werden sie zusammen mit Nika von Bellick und Geary gejagt und gefangen genommen.
Nach einer stürmischen Liebesnacht mit Tweener erwacht Debra Jean in der Realität, als sie von einem Cop geweckt wird, der ihr Tweeners Fahndungsfoto entgegenhält.
Dass die 'Double K Ranch', das Versteck für die Millionen aus Westmorelands Raubüberfall, für eine Villensiedlung abgerissen wurde, ist natürlich bitter.
Als Jeanettes Tochter, die junge Polizistin Ann nach Hause kommt, eskaliert die Situation und macht die Ausbrecher jetzt auch noch zu Kidnappern, während sich das Ausgraben von Westmorelands Millionen doch länger hinzieht als erwartet.
Als Michael gemeinsam mit C-Note die Millionen endlich ausgebuddelt hat, erscheint der bewaffnete Sucre in Jeanettes Garage, um sich mit dem Geld aus dem Staub zu machen.
Als Michael aus dem Botanischen Garten in Utah 3200 Nitroglycerin-Ampullen, die er dort vor seiner Verhaftung versteckt hat, holen will, liegt das FBI bereits auf der Lauer...
Von Bellick und Geary gefoltert und in die Ecke getrieben, verschluckt T-Bag den Schlüssel zum Bahnhofsschließfach, in dem er Westmorlands Geld versteckt hat.
Michael besorgt sich in einem Store medizinisches Nitroglyzerin und sucht mit Hilfe eines GPS-Gerätes den verschlüsselten Treffpunkt in der Wüste.
Als Lincoln mit Aldo in der Wüste erscheint, stellt sich heraus, dass Michael seinem Vater schon einmal begegnet ist.
FBI-Agent Mahone bekommt von Bill Kim den Auftrag, Lincoln und Michael auf dem Weg ins Gefängnis zu erschießen.
Kellerman nutzt seinen Status als FBI-Agent, um Michael und Lincoln in Sicherheit zu bringen.
Kellerman nutzt seinen Status als FBI-Agent und bewahrt Michael und Lincoln vor einer Verhaftung.
Am Bahnhof treffen sich Michael und Lincoln mit Sara. Als sie ihr Kellerman vorstellen, kann sie sich kaum zusammenreißen und die Brüder müssen sie im Zug nach Chicago davon abhalten, Kellerman zu erdrosseln.
Michael und Sara gehen in den Zigarren-Klub von Saras Vater, um dessen Fach zu öffnen. Doch der Klubmanager versucht, Sara in ein Gespräch zu verwickeln, so dass Michael und Sara die Flucht ergreifen müssen.
Michael, Lincoln und Sara hören sich den Gesprächsmitschnitt auf dem USB-Stick an, den Pope aus dem Zigarrenfach von Saras Vater geholt hatte.
T-Bag wartet an der Gepäckaufbewahrung auf dem Flughafen auf seinen Rucksack mit den fünf Millionen Dollar.
Sara ist auf dem Weg zu Michael und Lincoln, die auf einem Frachter auf sie warten. Sie bemerkt, dass sie vom FBI verfolgt wird und spielt Michael am Telefon vor, dass sie schon auf dem Schiff sei.
In Panama einigen sich Michael, Sucre und Bellick darauf, gemeinsam T-Bag zur Strecke zu bringen, obwohl sie alle unterschiedliche Ziele verfolgen.
Michael entscheidet sich, Mahone das Boot im Austausch gegen seinen Bruder auszuhändigen. Er bringt das Boot zu dem Hafen, wo sich Mahone und Lincoln in einem Lagerhaus aufhalten.