3x1 Nichts geschieht ohne Absicht
08 January 2009
Nachdem Michael in Panama wegen Mordverdachts verhaftet wurde, landet er dort in einem ganz speziellen Gefängnis namens Sona.
3x2 Unerträgliche Glut
08 January 2009
Von seinem jungen Mithäftling McGrady erfährt Michael, dass James Whistler den Sohn des Bürgermeisters von Panama City bei einer Kneipenschlägerei umgebracht hat.
3x3 In weiter Ferne
15 January 2009
Nachdem Michael durch Lincoln ein Foto von der entführten Sara gesehen hat, setzt er alles daran, mit ihr zu telefonieren.
3x4 Ungewollte Motivationen
22 January 2009
Lincoln versucht mit dem, was die Company Sara anscheinend angetan hat, irgendwie klarzukommen und beschließt, Saras Schicksal vor Michael zu verheimlichen, auch wenn ihm das sichtlich schwerfällt.
3x5 Störeinflüsse
29 January 2009
Der Tag des geplanten Ausbruchs rückt immer näher, doch noch immer gibt es Probleme. Deshalb beginnen Michael und Whistler, die Wachtürme zu beobachten, um die Schwachstellen zu finden.
3x6 Beweise müssen her
05 February 2009
Michael versucht, seinen Fluchtplan den aktuellen Gegebenheiten anzupassen und erfährt von Tyge mehr über Whistlers Vergangenheit.
3x7 Vertrauen vorbei
12 February 2009
Nachdem Michael von Saras anscheinend sicherem Tod erfahren hat, fordert er Whistler zum Kampf heraus, doch nicht, um ihn im Ring zu töten, sondern als Ablenkungsmanöver für die kurz bevorstehende Flucht.
3x8 Freier Wille gegen Wahrheit
19 February 2009
Nach einem relativ unerfreulichen Besuch von ihrem Chef sieht sich Susan B. gezwungen, Whistler mit einer riskanten, gewaltsamen Befreiungsaktion von außen aus Sona herauszuholen, wovon Whistler nicht gerade begeistert ist.
3x9 Allein unter Feinden
26 February 2009
Nach dem letzten Fluchtversuch wird Michael von dem neuen Gefängnisdirektor General Zavala in Einzelhaft in einen Käfig im Todesstreifen gesteckt.
3x10 Dreck begräbt die Moral
05 March 2009
Während Lechero, Michael, Mahone und Whistler unterhalb von Sona an ihrem Fluchttunnel ins Niemandsland arbeiten, hält der neue Mitflüchtling T-Bag oberhalb von Sona zähneknirschend die Stellung.
3x11 Unten durch
12 March 2009
Durch den Einsturz des Tunnels wächst der Zeitdruck auf Michael und die anderen, die noch immer vorhaben, am nächsten Tag loszulegen.
3x12 Die Schlinge zieht sich zu
19 March 2009
Endlich gehen die Lichter im Gefängnis aus und T-Bag, Lechero und Bellick rennen los. Doch weil das Notstromaggregat viel zu früh anspringt, werden die Drei wieder geschnappt.
3x13 Auf die Rettung folgt die Rache
26 March 2009
Die Flucht ist gelungen, doch Whistler nutzt die erstbeste Chance, um sich aus dem Staub zu machen. Damit ist der gesicherte Austausch geplatzt. Aber Michael setzt alles daran, L.J. doch noch freizubekommen. Dabei ist ein Alarm im Museum für antike Kunst sehr hilfreich. Leider wird Sofia im darauffolgenden Durcheinander angeschossen.