Nach seinem erfolgreichen Ausbruch aus Sona lebt Michael nur noch dafür, Saras Tod zu rächen. Deshalb verfolgt er Whistler bis nach Los Angeles.
Self stellt Michaels Team noch den jungen Computerfreak Roland zur Seite, bevor die Jagd nach der Speicherkarte, auf der sich die Scylla-Datei befindet, beginnt.
Wütend über die Erkenntnis, dass es fünf weitere Cardholder gibt, stellt Michael Self zur Rede, der jedoch völlig überrascht ist und daraufhin erst mal mit seinem Vorgesetzten Stanton redet.
Um der nächsten Karte auf die Spur zu kommen, überwachen Michael und die anderen das türkische Konsulat.
Um an die Daten der nächsten Karte zu gelangen, müssen Michael und sein Team in ein Regierungsgebäude einbrechen und den Safe eines wichtigen Mitarbeiters des Finanzministeriums knacken.
Der Plan, einem weiteren Cardholder seinen Teil der Scylla-Datei auf einer Pferderennbahn abzuluchsen, scheint genial zu sein. Leider wird Mahone verhaftet.
Weil der nächste Cardholder namens Scuderi überraschend nach Las Vegas reist, beschließt Michael, ihm Lincoln, Sara, Sucre und Roland zum Daten-Download hinterherzuschicken.
Nach dem Verlust von Rolands Datenkopiergerät überzeugt Lincoln Michael und die anderen davon, dem General die letzte Scylla-Karte während eines fingierten Autounfalls abzunehmen.
Nachdem Wyatt in die Hände von Michael und den anderen gefallen ist, versuchen Sara und Self alles, ihn von einem Anruf beim General zu überzeugen. Durch eine List kommen sie dem Ziel näher.
Gretchen übergibt Michael die fehlenden Vogelbuchseiten. Er und Mahone entdecken darin einen Hinweis, der zu David Baker führt, dem Mann, der das Scylla-Sicherheitssystem entwickelt hat.
Das ausgeklügelte Sicherheitssystem im unterirdischen Scylla-Raum der Company erweist sich zwar als nahezu perfekt, aber natürlich nimmt Michael mit seinem Team die große Herausforderung an.
Self und Trishanne schaffen es recht geschickt, sich aus der Gefangenschaft von Feng zu befreien. Trishanne ist rechtzeitig zur Stelle, um den Mitarbeitern von Gate zur Seite zu stehen.
Nachdem Self es geschafft hat, Michael und dessen Team hereinzulegen, gelingt es ihm, auch noch Michaels Leuten den Mord an Trishanne anzuhängen.
Self versucht mit Gewalt, an den fehlenden Scylla-Chip zu gelangen, den Michael versteckt hat, muss dabei aber einsehen, dass ihn das nicht wirklich weiterbringt.
Damit General Krantz sein Einverständnis für die lebensrettende Operation an Michael gibt, muss Lincoln beweisen, dass er es mit der Zusammenarbeit wirklich ernst meint.
Pad Man hält Michael nach dessen Operation in einem abgelegenen Haus im Wald fest, wo ihn Dr. Knowlton mit Hilfe einer psychologischen Gehirnwäsche für die Company gewinnen soll
Um Self, Lincoln, Mahone und T-Bag unter Erfolgsdruck zu setzen, lässt General Krantz die vier wissen, dass er jederzeit Zugriff auf die Menschen habe, die ihnen am wichtigsten sind.
Während Michael und Sara durch den Zettel, den sie bei ihrem Verfolger gefunden haben, einem Mann mit den Initialen 'VS' auf die Spur kommen, entgeht Lincoln nur knapp einem Mordanschlag.
Während Lincoln, Self, Mahone und T-Bag den am Flughafen entführten Vincent Sandinsky über Scylla und die Company verhören, taucht General Krantz auf, um den Druck auf Lincoln weiter zu erhöhen.
Michael und Lincoln wollen das Hotel übers Dach verlassen, bleiben jedoch im obersten Stock stecken. Christina Scofield will das Schicksal ihrer Söhne besiegeln.
Michael verspricht Christina die Scylla und baut einen Sprengsatz. General Krantz droht, T-Bag auf Sara loszulassen. Mahone schlägt Michael ein Schnippchen, um seine Pam zu retten.
Michael steht kurz davor, in den Besitz der Scylla-Datei zu gelangen, und die Firma zerstören zu können.