Das Schicksal von Michael Scofield ist ungewiss.
Michael Scofield nennt sich nun Kaniel Outis und befindet sich scheinbar nicht zufällig im Gefängnis von Ogygia, denn er soll dem ebenfalls inhaftierten ISIS-Führer Abu Ramal zur Flucht verhelfen.
Michael schickt eine Nachricht an Link und C-Note mit einem Treffpunkt nach dem Ausbruch. Die beiden werden von Zweifeln geplagt, als sie von Michaels Verbindung zu Abu Ramal erfahren. Doch die Zeit drängt, denn der Bürgerkrieg rückt näher und näher. Sara wird immer noch von dem mysteriösen Pärchen verfolgt.
Shebas Vater kann die offizielle Begnadigung für Michael erwirken. Sie ist allerdings wertlos, denn der Bürgerkrieg naht. T-Bag lauert Kellermann auf, um mehr über die Hintergründe zu erfahren. Doch Kellermann wird ermordet!
T-Bag informiert Sara, dass ihr Mann in das Komplott verwickelt ist. Sara konfrontiert Jacob damit, er schafft es aber, sich herauszureden. Abu Ramal wird vom Volk betrauert, seine Mörder stehen auf der Todesliste.
Michael, Lincoln, Whip und Ja sitzen im Jemen fest und überlegen, auf welchem Weg sie außer Landes kommen. Die einzige Option, die sie noch haben, ist Shebas Kontakt Omar. Der macht sich gerade auf den Weg nach Phaecia, einem kleinen Küstenort.
Michael kämpft weiterhin in Phaeacia mit den Folgen einer Vergiftung. Ein kleines Schiff soll die die Gruppe nach Griechenland schmuggeln, doch ein verschwiegener Arzt dürfte, aufgrund der weltweiten Fahndung, schwer zu finden sein.
Sara und der kleine Mike befinden sich in Jacobs Gewalt. Seine Komplizen sind die beiden CIA-Killeragenten A&W und Van Gogh. Doch in letzterem kommen immer mehr Zweifel hoch.
Sara wird im Keller des Seehauses festgehalten. Jacob erklärt ihr seine Motive und sagt, dass er sie immer noch liebt. Doch als sie ihn mit den Komplott-Vorwürfen konfrontiert, rastet er aus und trägt Van Gogh auf, die Sache zu beenden.