Hynek und Quinn folgen General Harding nach Roswell, New Mexico, wo ein Bewohner der Stadt anonym damit gedroht hat, der Welt Beweise für eine außerirdische Bruchlandung zu enthüllen, die dort vor sechs Jahren stattgefunden hat.
Professor Allen Hynek und Captain Michael Quinn gelingt es beinahe, den anonymen Erpresser zu identifizieren, der damit gedroht hat, das Geheimnis um den vermeintlichen Absturz Außerirdischer in Roswell zu lüften.
Professor Hynek und Captain Quinn untersuchen die Berichte über einen Soldaten, der angeblich in einer fliegenden Untertasse von einem abgelegenen Militärstützpunkt in Nevada, der Area 51, entführt wurde.
Nachdem angeblich außerirdische Wesen in ein Haus im ländlichen Kentucky eingedrungen sind, werden Hynek und Quinn in das streng geheime "MK Ultra"-Programm der CIA einbezogen, das den Beginn einer großen Invasion beschreibt.
Als Professor Allen J. Hynek von dem äußerst mysteriösen Mann in schwarz entführt wird, tut sich Captain Quinn augenblicklich mit der CIA zusammen, um Hynek ausfindig zu machen und dessen Leben zu retten.
Während sich Professor Allen J. Hynek an die Geschichte und das Setting des Films "Unheimliche Begegnung der dritten Art", erinnert, erzählt einem exzentrischen Alienzeugen, für den er beinahe alles aufs Spiel gesetzt hat.
Professor Allen J. Hynek und Captain Michael Quinn machen sich auf den Weg in den US-Bundesstaat Utah. Dort wollen sie die Angaben einer Familie untersuchen, die unerklärliche und gefährliche Phänomene gesehen haben will.
Als General James Harding und seinem Mitarbeiter General Hugh Valentine sensibles Material gestohlen wird, stellen Professor Hynek und Captain Quinn entsetzt fest, dass es einen Verräter in den eigenen Reihen geben muss.
Hynek und Quinn suchen nach einem Flugzeug, das auf rätselhafte Weise in der kanadischen Wildnis verschwunden ist. Sie wollen die vermisste Ladung aufspüren, die nicht nur für sie selbst, sondern für die gesamte Welt eine Gefahr darstellt.
Als diverse UFOs und unbekannte Unterwasserobjekte eine Marineübung in der Nähe russischer Gewässer stören, müssen Hynek und Quinn einen rücksichtslosen Admiral aufhalten, der kurz davor steht, den Dritten Weltkrieg auszulösen.