Von der Enterprise aus will Wissenschaftler Dr. Stubbs die Explosion eines Neutronensterns untersuchen. Doch der Computer der Enterprise weist ausgerechnet jetzt eine Störung auf. Ein Projekt, an dem Wesley arbeitet, hat das Probleme verursacht: Seine zu Reparaturzwecken entwickelten Naniten, ultrakleine Roboter, haben sich explosionsartig vermehrt und sind in den Computer eingedrungen. Als Stubbs die Naniten vernichten will, setzen sich diese vehement zur Wehr.
Die Enterprise erhält Nachricht von den Sheliak. Die fremdartige Rasse erhebt Anspruch auf den Planeten Tau Cygna V. Sie wollen den Planeten kolonisieren und verlangen, dass die dort lebenden Menschen evakuiert werden. Andernfalls drohen sie mit deren Vernichtung. Inzwischen zählt der Planet allerdings 15.000 Bewohner. Gosheven, der sture Anführer der Siedler, denkt gar nicht daran, seine Heimat zu verlassen.
Die Enterprise nähert sich dem Planeten Rana-Vier. Die Kolonie auf dem Planeten wurde von einer unbekannten Macht völlig verwüstet. Nur Kevin und Rishon Uxbridge, ein älteres Ehepaar, haben in ihrem Haus unversehrt überlebt. Während die Enterprise-Crew noch rätselt, warum die beiden verschont wurden, greift ein riesiges Raumschiff unbekannter Herkunft an.
Die Mintakaner stehen noch auf einer niedrigen Entwicklungsstufe. Durch ein Versehen kommt einer ihrer Angehörigen, Liko, mit der Enterprise und ihrer Besatzung in Kontakt. Nun verehrt er Picard als Gott, was diesen in Konflikt mit der obersten Direktive bringt.
Bei einer von Worf geleiteten Expedition kommt die Archäologin Marla Aster ums Leben. Worf fühlt sich schuldig und will sich ihres kleinen Sohnes Jeremy annehmen. Doch plötzlich taucht die Tote quicklebendig wieder auf und verlangt die Herausgabe ihres Jungen.
Die Besatzung der Enterprise entdeckt am Rande eines Asteroidengürtels ein altes promellianisches Schlachtschiff. Picard und Data beamen sich hinüber und entdecken, dass das Schiff einer mörderischen Kraft erlegen ist. Die entzieht plötzlich auch der Enterprise sämtliche Energie.
Die Enterprise findet auf dem Planeten Galorndon Core ein abgestürztes romulanisches Raumschiff. Während der Rettungsmission bleibt Geordi allein auf der Oberfläche zurück und kann nicht mehr an Bord gebeamt werden. Er findet einen schwer verletzten Romulaner. Beide müssen die alte Feindschaft zwischen Föderation und Romulanern begraben, denn nur gemeinsam haben sie Aussicht auf Rettung.
Die Bazaner wollen das in ihrem Raumsektor entdeckte Wurmloch verkaufen. Neben den Ferengis und den Caldoniern nimmt auch der Chrysalianer Devinoni Ral an den Verhandlungen teil. Troi verliebt sich in den charismatischen Mann. Auch er ist, wie Troi, teilweise Betazoid und kann Emotionen anderer Lebewesen erkennen. Die Fähigkeit will er einsetzen, um seine Konkurrenten zu manipulieren.
Auf dem Planeten Acamar III leben zwei verfeindete Gruppen. Die so genannten Sammler haben sich von der Bevölkerung abgespalten und ziehen nun plündernd durchs All. Die Enterprise-Crew soll beide Parteien miteinander versöhnen. Herrscherin Marouk ist bereit mit den Sammlern zu verhandeln. Ihre Dienerin Yuta hat allerdings eigene Pläne. Sie will den Konflikt nutzen um feindliche Clan-Mitglieder zu töten.
Die Enterprise erreicht der Hilferuf eines romulanischen Schiffes. Der Romulaner Setal wird an Bord gebeamt und berichtet, dass die Romulaner in der neutralen Zone eine Basis errichten. Diese Vertragsverletzung kann nur einen Grund haben: ein Krieg gegen die Föderation wird geplant. Unterdessen stellt sich heraus, dass es sich bei Setal in Wahrheit um Admiral Jarok handelt, der an mehreren Überfällen auf Außenposten der Föderation beteiligt war.
Der Planet Angosia will der Föderation beitreten. Während eines Besuches der Enterprise flieht der ehemalige Krieger Roga Danar aus der Strafkolonie auf Lunar Fünf. Nach seiner Festnahme stellt sich heraus, dass er und andere Krieger für den tarsianischen Krieg durch biochemische Manipulationen zu Kampfmaschinen abgerichtet wurden.
Die Enterprise fliegt zum Planeten Rutia IV, auf dem ein Bürgerkrieg wütet, um humanitäre Hilfe zu leisten. Während eines Angriffs der Rebellen wird Dr. Crusher überwältigt und entführt. Der Anführer der Terroristen, Kyril Finn, hofft durch die Entführung der Ärztin die medizinische Versorgung seiner Kämpfer sicherzustellen. Außerdem will er mit der Geisel die Föderation zum Eingreifen zwingen.
Vollkommen nackt taucht ein ungebetener Gast auf der Enterprise auf: Q. Das Kontinuum hat ihn verstoßen und all seiner Kräfte beraubt. Trotzdem schafft Q es erneut, Picard und seine Crew in tödliche Gefahr zu bringen: Denn Qs Feinde wollen sich jetzt, da er schutzlos ist, an ihm rächen und nehmen dabei auch auf die Enterprise keine Rücksicht.
Riker wird beschuldigt, die Explosion der Raumstation Tanuga Vier ausgelöst und Dr. Apgar ermordet zu haben. Picard lässt den Tathergang von allen Beteiligten auf dem Holodeck durchspielen. So hofft er die Unschuld seines ersten Offiziers beweisen zu können. Doch jeder der Beteiligten liefert eine andere Version der Geschehnisse.
Durch einen Riss im Raum-Zeit-Kontinuum gerät die Enterprise in eine alternative Zeitlinie. Dort ist Tasha Yar noch am Leben. Die Föderation befindet sich im Krieg mit den Klingonen. Doch niemandem erscheinen diese rätselhaften Veränderungn merkwürdig. Allein Guinan, die Barkeeperin, ahnt, dass hier etwas nicht mit rechten Dingen zugeht. Plötzlich taucht die seit Jahren verschollene Enterprise C auf.
Data baut nach seinem Muster einen neuen Androiden in Frauengestalt: Lal. Er sieht seine Schöpfung, die echte Gefühle zu haben scheint, als sein eigenes Kind an. Als Admiral Haftel von dem Androiden erfährt, will er ihn zu Forschungszwecken für die Sternenflotte in Besitz nehmen. Data will das unter allen Umständen verhinder. Da zeigt Lal plötzlich Besorgtnis erregende Fehlfunktionen.
Der Klingone Kurn kommt im Rahmen eines Austauschprogramm an Bord der Enterprise. Er gibt sich als Worfs Bruder zu erkennen. Worf soll mit ihm vor dem Hohen Rat der Klingonen die Ehre ihres Vaters retten. Dem wird vorgeworfen, den Khitomer-Außenposten an die Romulaner verraten zu haben.
Picard wird von Außerirdischen entführt und auf der Enterprise durch einen Doppelgänger ersetzt, der ihm bis ins Detail ähnelt. Der echte Picard findet sich an unbekanntem Ort in einer Zelle wieder, zusammen mit zwei Mitgliedern anderer Rassen. Wenig später trifft noch ein dritter Gefangener ein. Inzwischen hat auf der Enterprise der falsche Picard den Befehl gegeben, sich einem Pulsar bis auf zwei Millionen Kilometer zu nähern, was für das Schiff die Zerstörung bedeuten könnte.
Troi kann Captain Picard zu einem Kurzurlaub auf Risa überreden. Dort lernt er die aufregende Abenteurerin Vash kennen. Sie bittet ihn, ihr bei der Suche nach dem Tox Uthat, einem wertvollen Artefakt zu helfen. Doch hinter dem Objekt sind auch ein Ferengi und zwei Humanoide aus der Zukunft her.
Der Betazoid Tam Elbrun, der über telepathische Kräfte verfügt, kommt an Bord der Enterprise. Er soll in einem fernen Sternensystem Kontakt mit einer fremden Lebensform aufnehmen. Das unbekannte Wesen droht, bei der Explosion einer Supernova umzukommen. Da tauchen zwei romulanische Schiffe auf, die es auf die Lebensform abgesehen haben.
Der extrem schüchterne Reginald Barclay, Ingenieur auf der Enterprise, flüchtet sich in simulierte Abenteuer auf dem Holodeck. Dort lebt er seine Fantasien aus. Als der Warp-Antrieb der Enterprise außer Kontrolle gerät, liegt plötzlich die Rettung des Schiffes in seiner Hand: Auf dem Holodeck will er die Ursache für die Fehlfunktionen herausfinden.
Die Besatzung der Enterprise glaubt, Data bei der Explosion eines Shuttle-Schiffes verloren zu haben. In Wirklichkeit hat der Händler Kivas Fajo den Androiden mit einem miesen Trick in seine Gewalt gebracht. Data soll Fajos Sammlung außergewöhnlicher Artefakte krönen.
Hoher Besuch auf der Enterprise: Botschafter Sarek, ein Vulkanier, will mit der geheimnisvollen Rasse der Legaraner zu Verhandlungen zusammentreffen. Dies soll die letzte Amtshandlung des 200-jährigen Sarek sein. Da wird sichtbar, dass der Vulkanier unter einen Krankheit leidet, die zu Kontrollverlusten fühlt. Captain Picard lässt sich auf ein gefährliches Experiment ein, um Sarek zu helfen.
Während die Enterprise einen Routineauftrag erledigt, machen Commander Riker, Counselor Troi und deren Mutter Lwaxana einen kurzen Landurlaub auf Betazed. Während eines Picknicks werden die drei von Ferengis entführt. Deren Captain Tog hat es auf Lwaxana und ihre telephatischen Fähigkeiten abgesehen. Damit Riker und Troi fliehen können, geht Lwaxana auf Togs Werben ein.
Die Enterprise rettet einen Mann, der sein Gedächtnis verloren hat. John, wie Dr. Crusher ihn tauft, verfügt über große Heilkräfte. Die Enterprise bringt John zu seinem Heimatplaneten zurück. Dort stellt sich heraus, dass er als vermeintlicher Verbrecher gesucht wird.
Nachdem eine Kolonie spurlos verschwunden ist, erhärtet sich der Verdacht, dass die Borg dahinter stecken. Auf Befehl des Oberkommandos der Sternenflotte wird die ehrgeizige Borg-Expertin Shelby auf die Enterprise abkommandiert. Sie soll das Schiff auf den Angriff vorbereiten. Als es tatsächlich zum Gefecht kommt, wird Captain Picard auf das Borg-Schiff entführt.