In England schmieden Catherine de Medici und Elizabeth I. ein Komplott gegen Mary: sie schicken Boten zum Vatikan um Marys Affäre mit Louis Condé zu enthüllen. Die Boten erreichen ihre Ziel niemals, doch Catherine hat schon wieder einen neuen Plan ausgeheckt. Auf ihr Geheiß hin sendet Elizabeth ein Heiratsgesuch für Francis jüngeren Bruder Charles nach Frankreich. Derweil werden in Frankreich die Vorräte knapp. Francis und Mary heuern einen Freibeuter namens Martin an, um für sie neue Ressourcen zu erschließen. Als Greer zum Hofe zurückkehrt, lässt sie sich sofort von dem charmanten Martin einwickeln. Schließlich kann Francis die Wahrheit nicht mehr länger vor Mary verbergen und gesteht seiner Frau, dass er bald sterben wird und somit Charles zum neuen König von Frankreich werden wird. Es gelingt französischen Spionen Catherine gefangen zu nehmen und zurück nach Frankreich zu bringen. Schnell wird klar, dass Elizabeth keine aufrichtigen Intentionen hegte Charles zu ehelichen, da sie eine Affäre mit dem bürgerlichen Robert Dudley führt. Dessen Frau ist darüber weniger glücklich und schmiedet einen Plan um ihren Ehemann zurückzugewinnen. Lord Narcisse möchte Lola den Hof machen, wird jedoch von Francis zurückgehalten, der ihm misstraut. Delphine erklärt derweil Bash, dass sie unschuldig des Mordes angeklagt ist und der wahre Mörder sich noch immer im Schloss befindet.
Mary und Francis erzählen Claude, Charles und Bash von Francis baldigem Tod und bitten Charles Mary zu heiraten, um ihre Sicherheit am französischen Hof auch weiterhin zu gewährleisten. Charles lehnt zunächst entsetzt ab, ändert jedoch seine Meinung als Catherine ihn für ihre eigenen hinterhältigen Pläne zu benutzen versucht. Nach dem Verschwinden von Catherine de Medici kommt Elizabeth in Erklärungsnot. Sie beschuldigt ihre Freundin Donatella ihrer eigenen Taten, und beleidigt Robert Dudley vor den anderen Ratsmitgliedern,um zu verhindern, dass er als Botschafter an den französischen Hof geschickt wird. Stattdessen schickt sie ihren ehemaligen Spion Nicholas. Mittlerweile sind Claude und Leith sich sehr nahe gekommen und Leith erfährt vom herannahenden Tode Francis. Auch Lola wird über die neuesten Entwicklungen in Kenntnis gesetzt und ebenso wie Francis rät auch Mary ihr sich von Narcisse fernzuhalten. Doch der hat seine eigenen Methoden um Lola vom Gegenteil zu überzeugen.
Francis geht es immer schlechter und die Gerüchte über seinen Gesundheitszustand verbreiten sich schnell. Auch Antoine von Navarra und der englische Botschafter Nicholas hören davon. Antoine braucht Hilfe von Francis, die er auch bekommt als er seinen Anspruch auf den französischen Thron offiziell aufgibt. Als Charles mit einer Freundin Opium konsumiert bricht diese unter einer Überdosis zusammen. Nur durch Narcisses Eingreifen kann ihr Leben noch rechtzeitig gerettet werden. Das überzeugt auch Francis und er erteilt Narcisse und Lola seine Erlaubnis sofort zu heiraten. Leith gibt gegenüber Claude zu, dass er Angst hat ernsthafte Gefühle für sie zu entwickeln und sich somit erneut in eine Frau zu verlieben, die im Rang über ihm steht. Währenddessen realisiert Mary, dass die Allianz mit Schottland eine zu große Belastung für Frankreich bedeutet und sieht sich nach Alternativen für eine Verbindung um. Da kommt es gerade recht, dass der gutaussehende spanische Kronprinz Don Carlos am französischen Hofe weilt.
Für Marie de Guise wird die Situation mit den Protestanten in Schottland langsam kritisch. Um ihr zu helfen, manipulieren Mary und Francis den englischen Botschafter Nicholas, der daraufhin falsche Informationen an Königin Elizabeth weitergibt. Dieser wird mittlerweile von Don Carlos der Hof gemacht, wird aber von ihr abgewiesen. Derweil verspricht Robert seiner Frau die Affäre mit der englischen Königin zu beenden. Bash hat endlich Delphine gefunden und kann sie befreien. Mary erfährt um Delphines heilende Kräfte und bittet sie Francis wiederzubeleben, der kurz vorher in ihren Armen verstorben ist. Francis erwacht - doch der Preis für ein Leben ist immer ein anderes Leben.
Francis hat sich sichtlich von seiner Krankheit erholt, dank Delphine. Mary stimmt einem Friedensangebot von Elizabeth zu und unterzeichnet das Dokument zum Verzicht all ihrer Ansprüche auf den englischen Thron. Doch die Gefahr ist noch nicht vorüber. Nostradamus kehrt an den französische Hof zurück um Catherine und Francis zu warnen. Er hat in seinen Visionen erneut Francis Tod gesehen. Unbeirrt dessen will Francis mit Mary nach Paris fahren. Auf dem Weg dorthin wird das junge Königspaar überfallen. Francis schafft es Mary zu retten, erliegt aber schließlich seinen Verletzungen und stirbt in ihrem Armen. Mary vermutet Elizabeth hinter dem Attentat und verbrennt ihre Verzichtserklärung auf den englischen Thron. Der Friede mit England ist passeé. Derweil kommen Bash und Delphine dem Serienmörder immer näher.
Drei Wochen sind seit dem Tod von Francis verstrichen, doch der Kampf um die Regentschaft hat gerade erst begonnen. Mary löst die schottisch-französische Allianz, will jedoch solange in Frankreich bleiben, bis sie eine neue gefunden hat. Zu diesem Zweck lässt sie nach Don Carlos schicken. Catherine verführt Narcisse, um seine Ehe mit Lola zu sabotieren und sich gleichzeitig seine Stimme für die Abstimmung über die Regentschaft zu sichern. Elizabeth ist von Nicholas enttäuscht. Anstatt seiner sendet sie nun Gideon Blackburn an den französischen Hof. Sie beauftragt ihn damit Mary zu verführen und ihre Heiratspläne zu vereiteln. Derweil spielt Roberts Ehefrau eine Krankheit vor, damit sie sich weit weg vom englischen Hof "auskurieren" kann.
Catherine glaubt Narcisse sicher auf ihrer Seite - vor allem als er von ihr verlangt ihren jungen Liebhaber Christophe aufzugeben. Doch am Tag der Abstimmung wird dem Geheimrat eine schwarze Leber präsentiert, die bei der Obduktion an Francis entnommen wurde und somit beweist, dass der König vergiftet wurde. Da Catherine für ihre Giftmischerkünste bekannt ist, ist sie auch direkt die Hauptverdächtige in dem Fall. Zu allem Überfluss wird Narcisse auch noch zum neuen Regenten erklärt. Bash und Delphine sind weiterhin dem Killer auf der Spur. Als dieser Delphine attackiert nimmt diese seine mordlüsternden Triebe in sich auf. Mary und Don Carlos stehen kurz vor einer Verlobung, als sich Gideon Blackburn einmischt und Mary erzählt, dass der spanische Kronprinz ein dunkles Geheimnis hat. Schnell findet Mary heraus, dass Don Carlos ein Masochist ist. Als er sie bittet ihn auszupeitschen, sucht Mary Hilfe bei Catherine. Doch der Plan der beiden Frauen geht schief, Don Carlos stürzt und zieht sich eine schwere Kopfverletzung zu. Mary und Catherine halten ihn für tot, bis sie ihn auf einmal auf dem Korridor herumlaufen sehen.
Don Carlos überlebt seine Kopfverletzung, ist jedoch hirngeschädigt und kann sich an nichts mehr erinnern. Narcisse leitet derweil eine gerichtliche Untersuchung gegen Catherine, doch der gelingt es mithilfe von Bash Francis intakten Leichnam zu präsentieren. Keiner erfährt, dass Kardinal Morel hinter all dem steckt. Er handelte im Auftrag einer geheimen Gruppe und wird nach seinem Versagen Catherine de Medici unschädlich zu machen getötet. In England hat Elizabeth mittlerweile die Familie von Lola gefangen genommen und verlangt im Austausch für deren Freiheit Lola selbst. Auf Catherines Rat hin verlobt sich Mary mit Don Carlos, der sie bedingungslos anhimmelt und ihr jeden Wunsch erfüllt. Lola findet heraus, dass Narcisse sie manipuliert hat, damit sie ihn heiratet. Enttäuscht kehrt sie ihm den Rücken und reist an den englischen Hof, um ihre Famile zu retten.
Die Hochzeit von Mary und Don Carlos rückt immer näher. Jedoch hat Don Carlos mittlerweile sein Gedächtnis wiedergefunden und sinnt auf Rache, indem er die schottische Krone an sich reißen will. Mary wird langsam misstrauisch und bittet Gideon um Hilfe. Der findet heraus, dass Don Carlos vorhat Mary nach der Hochzeit töten zu lassen. Während der Hochzeitszeremonie gelingt es Mary Don Carlos ein Geständnis zu entlocken und die Hochzeit wird abgeblasen. Darüber hinaus findet Mary heraus, dass Gideon von Elizabeth erpresst wird, indem sie seine kleine Tochter als Geisel hält. In England gerät Elizabeth in eine höchst prekäre Situation: sie ist schwanger. Aus Angst ihren Thronanspruch zu verlieren bestürmt sie Robert sich von Amy scheiden zu lassen und sie zu ehelichen. Als Amy davon Wind bekommt, ist sie außer sich, begeht Selbstmord und hängt ihren Tod Robert an. Catherine führt ihre Affäre mit Christophe fort und befördert ihn in die Königswache. Claude und Leith vollziehen ihre Beziehung. Doch kurz darauf gibt Narcisse bekannt, dass Claude mit einem reichen Herzog verheiratet werden soll, damit er die Schulden der französischen Krone tilgen kann. Derweil fürchtet Delphine, dass sie nun selbst zur Mörderin werden könnte.
Mary verbündet sich mit Gideon gegen Elizabeth. Zusammen führen sie Elizabeths Spione hinters Licht und lassen es so aussehen, als ob Gideon Mary tatsächlich verführt hätte. Dieser hat mittlerweile allerdings wirklich Gefühle für Mary entwickelt. Trotz aller Widerstände wird Claude mit Herzog Boinel verheiratet. Der schlägt sie in ihrer Hochzeitsnacht, doch Claude wehrt sich und flüchtet. Außer sich über den Zustand seiner Schwester bringt Charles den Geheimrat dazu Narcisse die Regentschaft zu entziehen und Catherine an seiner statt als Regentin einzusetzen. Und genau das war auch ihr Plan. In Wirklichkeit war es Catherine, die Boinel dafür bezahlt hat, damit er Claude schlägt. Die Ehe zwischen den beiden wird sofort annulliert, und Leith verspricht Claude solange im Rang aufzusteigen, bis er ihrer würdig sein wird. Lola kommt derweil in England an, muss aber schnell feststellen, dass Elizabeth keinerlei Intentionen hegt ihre Familie gehen zu lassen. Als die englische Königin vergiftet wird, verliert sie ihr Baby. Der Freibeuter Martin ist zurück am französischen Hof. Dort muss er feststellen, dass Greer mit seinem Kind schwanger ist, jedoch plant es wegzugeben.
Charles Krönung steht kurz bevor und Mary muss einen mächtigen Verehrer finden, mit dem sie sich verbünden kann. Lola entdeckt zufällig, wer Elizabeth vergiftet hat, während Catherine auf etwas andere Art zum Opfer des Serienmörders im Schloss wird.
Mary must prioritize her life over her cousin's. Meanwhile, Lola and Elizabeth unexpectedly join forces; Catherine can't escape her past; and Mary and Gideon begin to see each other in a new light.
Mary, in order to protect Elizabeth, unknowingly puts Gideon’s life in danger. To save him, Mary turns to another Englishman for help – Robert Dudley. Meanwhile, Bash is determined to track down the men behind the threats to Catherine
Mary realizes her need to return to Scotland is becoming increasingly imminent and that along with the help of Bash, she must raise her own army to save her throne. Elizabeth enlists Lola's help to find out information about her mother, which backfires when Lola gets caught.
Mary erfährt von Lola, dass sie sicher nach Schottland reisen könnte, wenn sie schnell handelt. Doch als Catherine des Mordes beschuldigt wird, muss sich Mary entscheiden, ob sie ihr zur Seite steht, obwohl das ihre eigene Reise gefährdet.
Schottland hat sich in eine verräterische Welt verwandelt und Mary muss ihre Identität geheim halten, bis sie herausgefunden hat, wem sie trauen kann. Am englischen Hof gefährdet Elizabeth ihr Ansehen mit einem untragbaren Verehrer. Doch als Lola eingreift um ihr zu helfen, stellt die Queen ihre Motive in Frage. Charles heckt derweil einen Plan aus, um Catherine ihrer Macht zu entledigen.
Weil sie Mary für tot hält, ergreift Elizabeth mit Lolas Hilfe die Macht über Schottland, während Marys Halbbruder James ihren Thron vor John Knox verteidigen muss. Mary sieht sich indes Francis' Mörder gegenüber, als sie und Bash in die Hände des furchterregenden Clanoberhaupts Munro geraten.
Um ihre Herrschaft über Schottland zu verteidigen, trifft Mary eine riskante Entscheidung, die den Konflikt mit Elizabeth bis zum Explosionspunkt schürt. Lola wird eines furchtbaren Verbrechens bezichtigt und erleidet schwerwiegende Konsequenzen dafür. In Frankreich stellt Catherine unterdessen fest, dass ihr unbarmherziges Streben nach Macht ihren Sohn Charles für immer verändert hat.