Maura und Jane haben schwere Zeiten hinter sich: Janes große Liebe Casey wollte sich einer lebensgefährlichen Operation unterziehen, Maura hat ihrer Stiefschwester Cailin eine Niere gespendet und Detective Frost, Tommy und TJ wurden während einer Ermittlung in einer baufälligen Ruine unter Trümmern begraben und beinahe getötet. Doch nun muss sich das Power-Duo zusammenreißen, denn es gilt, einen neuen Mordfall zu lösen. Die junge Senatorin, Erica Humphrey-Miller, wurde während einer Parade aus dem Fenster eines Wohnhauses erschossen. Bei der Obduktion entdeckt Maura eine tiefe Kratzwunde an Ericas Oberschenkel, die vermutlich von Stacheldraht herrührt und Rückstände einer seltenen Pflanze, die nicht in Boston vorkommt. In ihrem Magen befinden sich zudem Reste von Blaubeer-Waffeln – und nicht nur in Ericas Innerem stoßen die Detectives auf diese Speisenüberreste: Auch in der Wohnung, aus der Erica erschossen wurde, ist Erbrochenes zu finden, das Blaubeer-Waffeln enthält. Es scheint, als hätte die Senatorin vor dem tödlichen Schuss mit ihrem Mörder höchstpersönlich gefrühstückt. Wie sich herausstellt, war Erica einem Skandal auf der Spur, der unzähligen Kindern das Leben kostete und ausgerechnet ihre eigene Schwester, Jennifer, ist in diesen involviert. Unterdessen leidet Maura immer noch darunter, dass sich weder Cailin, noch ihre Mutter Hope für die Organspende bedankt haben. Gemeinsam mit Jane verfolgt sie ihre Stiefschwester, um zu sehen, ob diese sorgsam mit der kostbaren Niere umgeht. Während die beiden Frauen sich nach und nach annähern, gibt es auch in Janes Leben Positives zu vermelden: Casey ist zurück und er ist geheilt. Doch erneut zieht es den Lieutenant nach Afghanistan, wo er zum Therapeuten ausgebildet wird, um traumatisierten Soldaten zu helfen. Werden Casey und Jane jemals zueinander finden?
Die Leiche der jungen Studentin Brenda Thomas wird im Hafengebiet an den Strand gespült. Schon bald stoßen Detective Rizzoli und Dr. Isles auf eine mögliche Ursache, denn Brenda war eine angehende Enthüllungsjournalistin, die einem Großdealer auf der Spur war, der sämtliche Universitäten im Raum Boston mit Kokain versorgte. Hat dieser die ehrgeizige, junge Frau auf dem Gewissen? Während der Ermittlungen trifft Jane auf einen alten Bekannten, Lieutenant Rafael Martinez. Diesen kennt Jane noch aus ihrer Zeit bei der Drogenfahndung. Damals verband sie mehr als die Arbeit, denn bei beiden haben sich Gefühle entwickelt, die jäh wieder zerstört wurden, als eine gemeinsame Informantin umgebracht wurde. Da sich sowohl Martinez als auch Jane mitschuldig an dem Mord fühlen und sie sich gegenseitig nicht verzeihen können pflegen sie nun ein schwieriges Verhältnis zueinander. In der Zwischenzeit macht Maura sich große Sorgen um ihre Mutter Hope, denn diese wird von zwielichtigen Männern bedroht – und wie sich herausstellt, wird auch Maura beschattet. Jane sucht Mauras Vater, den Gangsterboss Paddy Doyle, im Gefängnis auf. Doch dieser hat die Männer angeblich nicht auf seine Familie angesetzt und Jane rätselt: Von wem wird die Familie ihrer besten Freundin bedroht?
Die Rizzoli-Familie kommt zusammen, um den kleinen T.J. zu taufen. Doch dabei erleben sie eine böse Überraschung nach der anderen: Lydia bringt ihren Verlobten, Stuart Stawbridge, mit und eröffnet Tommy, dass sie gemeinsam mit T.J. nach Texas ziehen wollen. Janes Mutter kommt auf die Idee, Tommy und Lydia zu verkuppeln, um ihr Enkelkind nicht zu verlieren. Doch wird dieser Plan wirklich aufgehen? Während der Taufzeremonie naht die nächste unglückliche Erkenntnis an diesem Tag: Unter dem Taufbecken dringt Verwesungsgeruch hervor, den Maura augenblicklich wahrnimmt. Die Ermittler entdecken die Leiche einer jungen Frau, die offensichtlich erdrosselt wurde. An ihrem Arm befindet sich eine frische Tätowierung, die das Markenzeichen einer berüchtigten Gang ist. Bei der Toten handelt es sich um Isabella Valdez. Von deren Mutter, Bianca Valdez, erfahren Jane und Korsak, dass ein derartiges Tattoo die auserwählten Mädchen markiert, die für die Gangmitglieder reserviert sind. Die Mädchen müssen allerdings jungfräulich sein – und das war Isabella nicht. Wie sich herausstellt, hat der Sohn des Pfarrers, der ebenfalls Mitglied bei der Gang ist, Isabella geschwängert. Doch wer hat die junge Frau ermordet?
Maura hat Jane unter falschen Versprechungen zu einer Benefiz-Gala gelockt, die vom Golf-Profi Tucker Franklin und seiner Frau Taylor organisiert wird. Die beiden haben eine Stiftung ins Leben gerufen, die eine Datenbank für Knochenmarkspenden finanziert. Während Maura den Abend in vollen Zügen genießt, verlässt Jane angesäuert das Event und lässt ihre Freundin mit dem attraktiven Chirurgen Brad Adams zurück. Als Maura am nächsten Morgen aufwacht, ist sie schwer verkatert und kann sich an nichts mehr erinnern. Kurz darauf findet man in der Nähe ihres Hauses Brads Wagen mit seiner Leiche hinter dem Lenkrad. Sein Kehlkopf wurde nach einem heftigen Schlag zerquetscht – er wurde ermordet. Maura hat indes heftige Prellungen auf beiden Unterarmen, die auf einen Kampf schließen lassen. Kam es zum Streit zwischen den beiden, in dessen Zuge Maura Brad getötet hat? Die Beweislage ist erdrückend, denn in Brads Wagen findet die Spurensicherung Mauras Haare und ihren Ausweis. Weiterhin hat Maura Brads Haut unter ihren Fingernägeln und so bleibt Jane, Korsak und Frost nichts anderes übrig, als ihre Kollegin festzunehmen …
Der Prozess gegen Mauras Vater, Mafiaboss Paddy Doyle, beginnt, doch kurz bevor Jackie Donovan, Paddys ehemaliger Handlanger, gegen ihn aussagen kann, wird Jackie auf dem Weg ins Gericht ermordet. Und nicht nur dieser Zeuge wird beseitigt: Auch der Polizist Calvin Ghetts wird umgebracht.
Jane hat einen schlechten Start in den Tag und es wird immer schlimmer. Erst blamiert sie sich im Coffeeshop, dann wird sie zum Gespött innerhalb der Polizei und schließlich droht ihr der Verlust ihrer Wohnung und der finanzielle und berufliche Ruin.
Jane hat sich beim Joggen den Knöchel verstaucht und kann deshalb an den aktuellen Ermittlungen nicht aktiv teilnehmen. Stattdessen muss sie sich damit begnügen, via Kamera zu dem Tatort zugeschaltet zu werden. Der Collegelehrer und dreifache Familienvater David Sutton wurde nachts von einem Auto überfahren und erlag noch am Unfallort seinen schweren Verletzungen. Der Täter beging Fahrerflucht.
Beim Besuch eines Jugendliga-Eishockeyspiels wird eine vermeintliche Vertreterin für schweißabsorbierende Helmpolster erst von einem aufgebrachten Fan verprügelt und anschließend im Parkhaus ermordet.
Jane und Maura nehmen an einem Symposium für Angehörige der Polizei teil, das sich mit den Methoden zur Ergreifung von Serienmördern beschäftigt. Sie sollen darüber berichten, wie es ihnen gelungen ist, einen der gefährlichsten Serienmörder, Charles Hoyt, aufzuhalten. Dieser hat nicht nur zahlreiche Menschen qualvoll ermordet, sondern auch mehrmals versucht, Jane umzubringen.
Jane Rizzoli und Maura Isles werden zu einem spektakulären Fall gerufen: Während eines illegalen Autorennens explodiert eines der Fahrzeuge. Der Fahrer Alberto Santana, ein ehemaliger Häftling auf Bewährung, verbrennt bei lebendigem Leibe in seinem Wagen. Ob es sich hierbei um einen Unfall oder Mord handelt, ist zunächst unklar.
Im Gerichtsgebäude von Boston halten Anwaltsstudenten einen Lehrprozess ab, um sich für den späteren Beruf vorzubereiten. Gerade als Ashley Harper ihr Eröffnungsplädoyer beginnt, taumelt ihre Mutter, die allseits beliebte Richterin Harper, in den Saal und stirbt vor den Augen aller. Maura und Jane sind entsetzt, als sie zu dem Mordfall gerufen werden, denn auch sie kannten und schätzten die Richterin.
Rhonda Clark genießt nach einem langen Tag den wohlverdienten Aufenthalt in ihrem Whirlpool im Garten, bis plötzlich ein schwarzgekleideter Mann auftaucht und Rhonda ertränkt. Zur selben Zeit wird der Mann einer erfolgreichen Unternehmerin ebenfalls ermordet. Obwohl diese Taten auf den ersten Blick keinen Zusammenhang haben, finden die beiden Ermittlerduos Rizzoli und Isles sowie Frost und Frankie schließlich den gemeinsamen Nenner.
Vor über 20 Jahren hat ein als Clown verkleideter Entführer die Einwohner Bostons in Angst und Schrecken versetzt. Niemand war vor dem Verbrecher sicher und so forderte er im Sommer des Clowns zahlreiche Opfer. Trotzdem konnte der Täter nie gefasst werden und ist jetzt wieder zurück - gewalttätiger und bösartiger denn je zuvor. Das Team rollt die alten Fälle aus den 1980er Jahren wieder auf, um dem Kidnapper das Handwerk zu legen.
Ein neuer Mordfall erschüttert Boston. Die talentierte Sängerin und Songwriterin Natascha Osmenski wird erstochen im Hinterzimmer einer Bar aufgefunden. Jane Rizzoli und Maura Isles beginnen mit den Ermittlungen. Erste Hinweise führen sie zu einer Entzugsklinik, in der das Opfer noch kurz vor ihrem Tod einen Entzug durchmachte. Ihre damalige Zimmergenossin, die ebenfalls Sängerin ist, wurde vor kurzem von einem Plattenlabel unter Vertrag genommen und startet nun ihre Karriere im Musikbusiness. Als die junge Sängerin ihre Geschichte erzählt, stößt das Ermittlerduo auf einige Unstimmigkeiten...
Ein Meisterkoch fällt nach starken Krämpfen und Nasenbluten mitten auf der Straße tot um. Als Gerichtsmedizinerin Maura die Leiche am Fundort untersuchen will, riecht sie am Körper des Toten Gift und lässt den Platz sofort evakuieren. Obwohl alles auf eine Lebensmittelvergiftung deutet, lässt der Fall viele Fragen offen. Meisterkoch Holden war dafür bekannt, nur biologisch einwandfreie Produkte bester Qualität zu nutzen. Des Weiteren, war Holden das einzige Opfer, sodass eine Vergiftung durch seine Gerichte ausgeschlossen werden kann. Jane Rizzoli macht sich zusammen mit ihrem Team an die Ermittlungen.
Ein weiterer Mordfall erschüttert Boston. Die Tochter von Senator Bloomfield wird erschossen aufgefunden. Die junge Natalie Bloomfield arbeitete als Ingenieurin für eine Sicherheitsfirma, welche für die NSA Überwachungsarbeiten durchführt. Der Tatort lässt für die Ermittler einige Fragen offen. Das Opfer führte 20.000 Dollar mit sich, sodass ein Raubüberfall ausgeschlossen wird. Das einzige, was dem Opfer entwendet wurde, ist sein Laptop.