Eine Frau wird beim Joggen im Park erstochen. Da sie noch alle Wertsachen bei sich trägt, schließt Rizzoli einen Raubüberfall aus. Dann entdeckt sie in der Nähe einen Kinderwagen, doch von dem Baby fehlt jede Spur...
Das gesamte Team der Mordkommission trauert um seinen Kollegen Barry Frost, der bei einem Autounfall ums Leben gekommen ist. Dann betritt eine blutüberströmte Frau mit einer Pistole in der Hand das Polizeirevier und gesteht einen Mord, kann sich aber an den Tathergang nicht erinnern. Maura geht von einer posttraumatischen Amnesie aus, doch Rizzoli und Detective Korsak sind nicht davon überzeugt...
Ein neuer Mordfall beschäftigt das Team der Mordkommission. Es ist kein Motiv oder Hinweis auf den Täter erkennbar, bis Rizzoli und Co. auf ein weiteres Opfer stoßen. Die beiden getöteten Männer hatten gemeinsam, dass sie verzweifelt auf Jobsuche waren und in keinem gefestigten sozialen Umfeld lebten, weshalb niemand ihr Verschwinden bemerkte. Der Fall entpuppt sich als Serienmord und der einzige Anhaltspunkt ist eine online Stellenanzeige, mit welcher der Mörder seine Opfer anlockte. Unterdessen wird es für Jane immer schwerer, ihre Schwangerschaft geheim zu halten. Ihr größtes Problem dabei ist ihre Mutter. Sie hat davon Wind bekommen und ist nicht gerade dafür bekannt, ein Geheimnis für sich zu behalten.
Rizzoli und ihr Team bekommen es mit einem außergewöhnlichen Fall zu tun. Ein Mann wird tot in einem versteckten Bunker in seiner Wohnung gefunden, den er für den Fall eines Weltuntergangs gebaut hat. Maura geht davon aus, dass er durch ein geruchloses Giftgas starb, womit der Raum geflutet wurde. Doch wie konnte das Gas in den abgedichteten Hochsicherheitsraum geraten? Die Weltuntergangsstimmung scheint sich auf das gesamte Team zu übertragen und bringt alle dazu, über ihre Zukunft nachzudenken. Jane ist entsetzt als sie entdeckt, dass Korsak sich zur Ruhe setzen will und auch Frank hat ein Geheimnis.
Maura wird zur Untersuchung einer Frau gerufen, die unheilbar an Krebs erkrankt war. Dabei stellt sie jedoch fest, dass nicht der Krebs Ursache für ihren Tod war – jemand muss nachgeholfen haben! Aber wieso sollte man eine Frau töten, die ohnehin schon auf dem Sterbebett liegt? Der Verdacht liegt nahe, dass es jemand auf ihr Geld abgesehen hat und dieses sehr dringend benötigte. Doch vollkommen unerwartet gibt es ein Geständnis. Maura muss unterdessen ein Seminar über Forensik an der Boston University halten und lernt dabei unverhofft einen Mann kennen …
Eine Frau wird während ihres Work-outs von hinten erstochen. Die Tatwaffe gehörte offenbar dem vorbestraften Handwerker, doch er besteht auf seine Unschuld. Da Maura auf einer Konferenz ist, kann sie nicht an dem Fall arbeiten. Jane bekommt dafür Unterstützung von Mauras Schützling Susie. Sie kommt zu dem Schluss, dass der Mörder einen Schutzanzug getragen haben muss, da an dem Tatort keine Spuren gefunden werden konnten. Trotzdem kann sie den Handwerker aufgrund seiner Körpergröße und des Einstichwinkels als Schuldigen ausschließen. Doch wer käme noch als Täter in Frage?
Ein Buchhändler wird tot in seinem Laden aufgefunden. Er wurde scheinbar brutal gefoltert, bis er an einem Schock starb. Sein Angestellter Ricky gibt an, ihn gefunden zu haben. Wie sich herausstellt, hat er eine kriminelle Vergangenheit, was ihn zum ersten Verdächtigen macht. Doch der Verdacht zerschlägt sich bald. Der Täter scheint etwas Wichtiges in dem Buchladen gesucht zu haben, denn wenig später wird noch einmal in den Tatort eingebrochen.
Eine junge Frau wird hinter einer Diskothek erschossen. Ihr Mann checkte in dieser Nacht in ein Hotel ein und wird zunächst verdächtigt. Doch als Jane und Korsak ihn sprechen wollen, finden sie ihn ebenfalls tot vor. Offensichtlich wurde er von derselben Person erschossen. Schnell ist klar, dass ein Auftragskiller hinter den Morden steckt.
Bei Mauras neuem Fall wird eine mumifizierte Leiche in einem Weinkeller gefunden. Maura erkennt schnell, dass die Frau vergiftet wurde und offensichtlich schon seit mehreren Jahren verstorben ist. Sie lebte scheinbar sehr einsam, denn niemand bemerkte ihren Tod. Zunächst wird ihr Gärtner verdächtigt.
Jane fällt zu Hause die Decke auf den Kopf und sie möchte unbedingt wieder arbeiten, aber ihr Arzt hat ihr strikte Ruhe verordnet. Doch sie kann es nicht lassen und klaut ein paar Akten von Korsaks neuem Fall. Dieser wurde von seinem alten Bekannten Rick Sullivan um Hilfe gebeten. Rick sitzt für den Mord an seiner Frau und Tochter im Gefängnis und steht kurz vor seiner Todesstrafe. Doch der Fall liegt schon 15 Jahre zurück und die Beweise sind sehr belastend. Maura schafft es dennoch, einen Hinweis zu finden, der Rick entlasten könnte.
Eine Hitzewelle überrollt Boston, doch ein neuer Fall verspricht Abkühlung. Eine männliche Leiche wird in einer Badewanne voll Eiswasser gefunden. Über Alex Ruebens, der Freundin des Opfers, erfahren die Ermittler, dass der Mann kurz zuvor eine Menge Geld im Park gefunden hatte.
Die junge Danielle Mitchell kommt spät nachts nach Hause, doch dort wartet schon ihr Mörder auf sie... Auf Jane wirkt der Mord geplant und womöglich gab es schon früher Opfer. Tatsächlich gibt es einen älteren Fall, der diesem sehr ähnelt, doch der Täter sitzt bereits hinter Gittern.
Nachdem Jane von einer Brücke gesprungen ist, um Staatsanwalt Paul Wescourt das Leben zu retten, macht sich Maura große Sorgen um ihre beste Freundin. Das ganze Team sucht unter Hochdruck nach den beiden Vermissten. Paul wird verdächtigt, seine Geliebte, Danielle, umgebracht zu haben. Als die Ermittler die Nachricht erhalten, dass Jane und Paul gerettet wurden und wohlauf sind, macht Maura Jane dennoch große Vorwürfe, sich in solche Gefahr gebracht zu haben. Jane ist sich nun sicher, dass Paul unschuldig ist und der wahre Mörder den Verdacht geschickt auf ihn gelenkt hat. Es muss demnach jemand sein, der ein persönliches Problem mit Paul hatte. Maura findet indes Gemeinsamkeiten zwischen Danielles Mord und einer früheren Tat. Nachdem Korsak den Mörder des ersten Opfers verhört hat, erhält er von ihm tatsächlich einen wertvollen Hinweis. Nun gerät eine geheimnisvolle Frau in den Fokus der Ermittler …
Als ein Pärchen einen abgetrennten Fuß am Stand entdeckt, rückt das Team rund um die Ermittler Rizzoli und Isles aus, um das Opfer zu identifizieren. Nachdem weitere menschliche Überreste an die Küste gespült werden, beginnen die Ermittlungen in einem Mordfall. Angela ist zutiefst frustriert, da ihre Jobsuche weiterhin erfolglos verläuft. Niedergeschlagen geht sie davon aus, zu alt für eine neue berufliche Perspektive zu sein. Stattdessen hilft sie Korsak in seiner Bar aus. Als dieser sieht, wie sehr Angela die Arbeit Spaß macht, bietet er ihr einen Job an. Inzwischen hat Isles rausgefunden, dass die angeschwemmten Körperteile von verschiedenen Personen stammen. Die Identität eines der Opfer kann bereits geklärt werden und somit ergeben sich für die Ermittler immer neue Fragen. Was hat ein angeblicher Wunderheiler mit der Tat zu tun und wer ist das andere Opfer?
Als ein Modedesigner ermordet aufgefunden wird und seine Frau daraufhin verschwindet, sieht sich das Team gezwungen, mit dem Privatermittler Jerry zusammen zu arbeiten. Detektive und die Polizei – keine gute Mischung, finden Jane und Korsak. Dennoch müssen sie sich schnell eingestehen, dass Jerry wertvolle Hinweise liefert. Diese führen das Team auf die Spur einer Drogenorganisation, für die der Designer ein Dorn im Auge war. Angela kann das Glück über ihren neuen Job in Korsaks Bar immer noch nicht fassen. Sie verdient zum ersten Mal eigenes Geld. Jane findet allerdings, dass sie es zu schnell wieder ausgibt und bittet Maura mit ihr zu reden. Unterdessen gerät Jerry in die Fänge der Drogendealer. Verzweifelt versucht er Jane zu erreichen. Gelingt es dem Ermittlerteam, Jerry rechtzeitig zu befreien und dem Drogenhandel ein Ende zu bereiten?
Ein Mann wird mitten in der Nacht tot neben seinem Auto aufgefunden. Er wurde offensichtlich brutal erschlagen. Das Team rund um Rizzoli und Isles nimmt seine Ermittlungen auf und bekommt dabei unerwartete Unterstützung von einem Kollegen namens Mike Guthrie, der behauptet, ebenfalls auf der Jagt nach demselben Killer zu sein. Maura stellt unterdessen entsetzt fest, dass Ihre Identität dafür missbraucht wurde, Schuhe zu kaufen, die sie nie bestellt hat. Gemeinsam mit Angela möchte sie herausfinden, wer der Betrüger ist. Entschlossen legen sich die beiden Frauen auf die Lauer … Währenddessen überschlagen sich die Ereignisse bei den Ermittlungen. Es stellt sich heraus, dass sich das Opfer aus Geldnot auf einen fragwürdigen Kreditgeber eingelassen hat. Hinzu kommt, dass der Sohn des Toten kurz vor dem Mord einen Streit zwischen seinem Vater und einem unbekannten Mann beobachtet hatte. Den Ermittlern stellen sich immer neue Fragen: Wer ist der unbekannte Mann und was hat ihr Kollege Mike Guthrie mit der Sache zu tun?
Eine Reihe von Morden beschäftigt das Team rund um Jane Rizzoli und Mora Isles in ihrem neusten Fall. Alle Opfer wurden in einem Park von einem Heckenschützen erschossen. Der einzige Zeuge der Anschläge ist allerdings ein psychisch gestörter Obdachloser, der sich selbst für einen Werwolf hält. Als sich herausstellt, dass eines der Opfer namens Jeremy Fitz nicht zufällig ins Visier des Täters geraten ist, beginnt für die Ermittler ein Wettlauf gegen die Zeit. Wer ist der Mörder und was hat er vor? Bei der Klärung dieser Fragen ist das Team dringend auf die Hilfe des einzigen Zeugens angewiesen. Aus diesem Grund versucht Mora, ein persönliches Verhältnis zu ihm aufzubauen. Der vermeintlich gestörte Obdachlose entpuppt sich schließlich als schwer kranker Student, dessen Hirntumor schuld an seinem Verhalten ist. Gerade als Mora ihn zu einer wichtigen Untersuchung begleitet, taucht der Täter im Krankenhaus auf. Gelingt es den Ermittlern, ihren Zeugen zu retten und den Täter zu stoppen?
Ein Mann wird während eines Rollenspiels mit seiner Frau in dem gemeinsamen Hotelzimmer ermordet. Seine Frau, die während der Tat mit verbundenen Augen am Bett gefesselt war, scheidet als Täter aus. Nun stellt sich für die Ermittler die Frage, wer es auf den Tod des Immobilienmaklers Ronald abgesehen hatte. Schnell gerät sein Geschäftspartner Larry Price unter Verdacht. Dieser hat zum Tatzeitpunkt allerdings ein wasserdichtes Alibi. Von ihm erfahren die Ermittler, dass Ronald ein Spieler war und Larry aus diesem Grund die Partnerschaft beendet hatte. Die Ermittler machen sich auf den Weg zu einem Casino in Connecticut, um dort mehr über Ronald zu erfahren. Und tatsächlich gelangen die Ermittler zu einer Erkenntnis, mit der sie nicht gerechnet haben: Ronald führte ein Doppelleben. War es am Ende seine Spielsucht, die ihn das Leben kostete oder wurde Ronald alias Alan Wallace seine Untreue zum Verhängnis?