Die Hochzeit von Korsak und Kiki endet in einer Tragödie: Eine unbekannte Person feuert Schüsse auf die Hochzeitsgesellschaft, wobei Maura und Nina verletzt werden. Für Jane steht fest, dass nur Alice Sands als Täterin in Frage kommt. Sie und Frankie Jr. konnten die Schützin bis in eine dunkle Seitenstraße verfolgen, wo sie spurlos verschwand. Als die Polizei die Straße zum dritten Mal durchsucht, stellt Jane fest, dass man durch ein Lüftungsgitter in die Kanalisation gelangen kann und auch in Gänge, die schon seit Jahrzehnten stillgelegt sind. In dem unterirdischen Tunnelsystem leben Dutzende Menschen, von denen Korsak bereits einen kennt, den er zum Verhör ins Revier bringen lässt. Es stellt sich heraus, dass Alice Sands die Drogenverteilung hauptsächlich über das unterirdische Kanalsystem vornehmen lässt und dass sie viele junge Leute, die dort wohnen, durch Geschenke auf ihre Seite gebracht hat. Jane ist sicher, dass sie Alice dort stellen kann, und macht sich mit einem Großaufgebot von Polizei und Spezialkräften auf den Weg
Janes Jagd auf Alice Sands gestaltet sich schwierig. Es gelingt den Polizisten zwar, Alice’ Finanzchef ausfindig zu machen, doch es kommt zu keiner Verhaftung, weil dieser stirbt, nachdem er das Feuer auf die Polizisten eröffnet hatte. Neben sehr viel Geld finden die Polizisten auch einen Hinweis darauf, wo sich Alice aufhalten könnte. Daraufhin können Jane und Korsak die Verdächtige tatsächlich festnehmen. Allerdings haben sie mit der Beweislage kein Glück, weil das Gewehr, das Alice dabei hat, nicht den Schüssen auf Nina zugeordnet werden kann. Bei der richterlichen Anhörung gelingt es Alice’ Anwalt, Phillip Dayton, Jane und die Staatsanwältin Lynne ins Leere laufen zu lassen. Doch davon lässt sich das Team nicht aufhalten und findet tatsächlich Beweise. Bei dem Versuch, Alice erneut in ihrem Versteck festzunehmen, kommt es zum Showdown zwischen den beiden Feindinnen … Frankie Jr. bekommt derweil seinen ersten eigenen Fall: Eine junge Studentin ist in der Kurve von der Straße abgekommen, gegen einen Felsen geprallt und an ihren Verletzungen gestorben. Ihre Eltern haben Laylas Ex-Freund Brian im Verdacht, den Wagen manipuliert zu haben, aus Wut darüber, dass ihre Tochter mit dem Automechaniker Schluss gemacht hatte
Der kleine Jared beobachtet zwei ‚Zombies‘, die sich nachts auf der Straße prügeln. Am nächsten Morgen ist einer der beiden tot, gestorben an den Verletzungen durch einen Aufprall auf den Gehweg. Der Tote entpuppt sich als Kendall Judd, der auf der ZombieCon, einem Treffen von Zombie-Fans, als Taschendieb sein Unwesen getrieben hat. Jane, Korsak und Frank Jr. erfahren auf der skurrilen Veranstaltung, dass sieben Personen den Diebstahl ihrer Brieftasche angezeigt haben, obwohl nur vier bei der Leiche gefunden wurden. Die Ermittler kommen einem zweiten Taschendieb auf die Spur und nehmen ihn vorläufig fest. Terrence Griffins war zwar stinksauer, dass ihm jemand die Tour vermasselt hat, behauptet aber, dass Opfer nicht getötet zu haben. Es gäbe jedoch eine weitere Person, der Kendall ein Dorn im Auge gewesen sei. Maura befürchtet, dass ihre Aussetzer immer weiter zunehmen und übergibt Jane ihre Kündigung. Diese Entscheidung ihrer Freundin kann Jane jedoch nicht akzeptieren.
In ihrem neuesten Fall ermitteln Jane Rizzoli und Maura Isles bei einem vermeintlichen Selbstmord eines Postboten. Dessen Lebenssituation hatte sich nach der Trennung seiner Frau und den darauf folgenden Geldproblemen stark verschlechtert, was die Theorie eines Suizids zunächst unterstützt. Mauras Obduktionsergebnisse sprechen jedoch eine andere Sprache: Das Opfer, Jack McCarty, wurde ermordet. Von der engagierten Postbeamtin CJ Prescott erfahren die Ermittler, dass Jack vermutlich in kriminelle Machenschaften hinsichtlich der Pakete die er auslieferte, verstrickt war. Weitere Nachforschungen ergeben, dass Pakete systematisch an einen toten Briefkasten geschickt wurden – und zwar nur zu einem Zweck
Michelle Stevens ist auf einer Treppe gestürzt und hat sich dabei tödliche Kopfverletzungen zugezogen. Ihre Tochter Clair, die sie gefunden hatte, ist schwer traumatisiert, und auch Michelles Mann Robert ist erschüttert über den plötzlichen Tod seiner Gattin. Aufgrund der Schwere der Verletzungen kommen Maura erste Zweifel. Und tatsächlich: Nach einigen Melonen-Experimenten von Kent steht fest, dass jemand bei den Verletzungen nachgeholfen haben muss. Da sich auch bei den Verhören von Robert Stevens, seiner Tochter Clair und ihrem Freund Gary Carver immer mehr Widersprüche auftun, recherchiert das Team weiter. Nina findet heraus, dass die damalige Freundin von Robert Stevens vor 20 Jahren bei einem identischen Treppensturz in Seattle gestorben war. Jane bittet Clair um ihre Mithilfe und bekommt von ihr einen heißen Tipp ...
Ausgerechnet als der große Krimischriftsteller-Kongress in Boston stattfindet, wird im Mellon-Krankenhaus eine Krebspatientin auf grausame Art und Weise ermordet. Die berühmte englische Schriftstellerin Samantha Caspary wittert ihre große Chance und bietet sich der Polizei als Informantin an. Maura ist sofort fasziniert, weil sie sowieso an dem Schriftstellerkongress teilnehmen will. Samantha erzählt von einer über hundert Jahre alten Geschichte einer wütenden Patientin, die – erbost über ihren vorzeitigen Tod – als Geist zurückkam und mehrere Menschen in dem Krankenhaus ermordete. Alle Versuche von Korsak, Jane, Frankie Jr und Nina, die Geschichte zu verifizieren, scheitern. Dann wird die Leiche von Dr. Morgan, dem behandelnden Arzt der totkranken Patientin Jennie Tates, gefunden. Er starb an einer Überdosis des Krebsmedikamentes, das in Jennies Infusionsbeutel war. Da ein Zusammenhang mit den Geschehnissen von 1905 nicht von der Hand zu weisen ist, überprüft Frankie das Zeitungsarchiv der örtlichen Bibliothek und stellt fest, dass jemand mehrere Seiten aus dem Jahrgang 1905 des Dispatch herausgerissen hat …
Ein Radfahrer rast ohne Rücksicht auf Verluste eine Straße entlang. Kurz darauf wird er von einer Explosion in Stücke gerissen. Den Ermittlern bietet sich am Tatort ein Bild des Schreckens. Eine Identifizierung des Opfers ist nur über eine DNA-Probe möglich. Doch diese liefert gleich fünf übereinstimmende Profile. Endgültige Gewissheit bringt erst die Rekonstruktion eines 3D-Scanners. Bei dem Opfer handelt es sich um einen jungen Mann namens Robert Hall. Bei der Durchsuchung seiner Wohnung entdecken Korask und Frank Jr. ein Meth-Labor, das jedoch kaum genutzt wurde. Eines der bei dem Opfer gefundenen DNA-Profile führt zu Big Yao, dem Anführer einer Straßengang. Da dieser innerhalb von wenigen Monaten sehr viel abgenommen hat, ist Maura davon überzeugt, dass er sich das Fett hat absaugen lassen. Diese Theorie führt das Team zu einer plastischen Chirurgin und Maura präsentiert eindrucksvoll ihr Wissen, wie man aus Fett Glyzerin herstellen kann und welche Wirkung es in Verbindung mit Kaliumpermanganat hat. Damit liefert sie zugleich die Mordwaffe
Zwei Biker einer kriminellen Motorradgang werden von einem Unbekannten mit einer Schrotflinte regelrecht hingerichtet. Bei der Tatortuntersuchung entdecken Jane, Korsak und Frank Jr. ein geheimes Waffendepot und Lippenstiftspuren an einer der Leichen. Die an dem Lippenstift enthaltene DNA führt die Ermittler zu Kelly Wagner, einer kleinkriminellen Sozialhilfeempfängerin mit Kontakten zu den ‚Lords Of Thunder‘. Der Fingerabdruck auf einer der sichergestellten Waffen bringt die Ermittler schließlich auf die Spur von Endrit Amiti, einem Mitglied der albanischen Mafia. Der bestreitet jedoch die Beteiligung und verweigert ansonsten die Aussage. Auch Kelly Wagner zieht es vor zu schweigen und geht lieber wegen Verstoßes gegen ihre Bewährungsauflagen ins Gefängnis. Als die Ermittler über einen Gefängnisspitzel erfahren, dass Kelly einen Auftragskiller sucht, beschließt Jane, undercover im Gefängnis zu ermitteln
Richard und Lisa Hammond werden in ihrem Haus überfallen, ermordet und um etliche wertvolle Edelsteine erleichtert. Über eine Blutspur auf einem Schneidebrettchen in der Küche, können die Ermittler Steve Banyon als mutmaßlichen Täter ausmachen. Allerdings konnten sie weder die Mordwaffe, noch die gestohlenen Edelsteine finden. Als zwei Jahre nach der Tat endlich der Prozess angesetzt ist und Banyans Anwalt das Schneidebrett sehen will, ist dieses aus der Asservatenkammer verschwunden. Richterin Huang möchte die Klage bereits abweisen, doch auf Bitten von Jane und Korsak gibt sie den Ermittlern noch eine letzte Frist von 65 Stunden. Es gelingt dem Team tatsächlich herauszufinden, wie das Schneidebrett aus der Asservatenkammer gestohlen werden konnte, und über DNA-Spuren gelingt es ihnen auch, die Diebin und Einbrecherin Donna Marks zu identifizieren. Allerdings scheint es keine Verbindung zwischen Donna und Steve zu geben. Das Team beschließt, weitere, ähnliche Fälle zu untersuchen und stellt dabei fest, dass eine ganze Reihe von Juwelendiebstählen auf dieselbe Art und Weise erfolgt sind, und dass es auch weitere Tote gab
Michael Steele, ein Buchprüfer, der als Whistleblower schon öfter Firmen bei der Börsenaufsicht angezeigt hat, wird im Park erschossen aufgefunden. Nicht weit von der Leiche entfernt, finden Jane und Korsak einen bewusstlosen Mann: Edward Dunn, frisch gebackener Chef einer großen Investmentfirma und Mauras Ex-Mann. Maura und Edward hatten vor Ewigkeiten in einem spontanen Anflug von Rebellion in Las Vegas geheiratet und die Ehe am nächsten Morgen wieder annullieren lassen – zumindest dachte Maura das. Wie die Ermittlungen ergeben, hatte sich Edward Dunn mit dem Opfer im Park getroffen, als ein unbekannter das Feuer eröffnete. Dunn waren Unregelmäßigkeiten in den Büchern seines verstorbenen Vaters aufgefallen, woraufhin er Steele engagierte. Dass diese Ungereimtheiten aufgedeckt werden, wollte ein alter Geschäftspartner von Dunns Vater jedoch unbedingt verhindern
A mortician's body is found in one of his own funeral home's caskets; Tommy visits with his son TJ; Jane's loved ones react to her news.
Jane and Maura sharpen focus on two murders, one from the past and one from the present, that have a personal impact on Korsak. Meanwhile, an unforeseen visit could lead to romance for Jane and Maura receives unsettling feedback on her novel.
Facts don't add up when a man is found dead and handcuffed to a bed in a home. Also, everyone makes a farewell video as a 'bon voyage' party fast approaches in the series finale.