In Salem wütet seit Kurzem die Pest. Mary, die so viel Zeit wie möglich mit ihrem Sohn verbringen will, lernt in der Stadt den Arzt Dr. Samuel Wainwright kennen, der die Krankheit mit wissenschaftlichen Methoden bekämpfen will. In Boston muss sich Cotton Mather indes für sein Versagen in Salem verantworten, während Mary von John Aldens Schicksal erfährt – oder es zumindest glaubt.
Nach Mercys brutalem Vorgehen versucht Mary, die Bürger auf ihre Seite zu ziehen und sie gleichzeitig vor ihrem ehemaligen Schützling zu warnen. Während Dr. Wainwright nach Möglichkeiten sucht, die immer stärker um sich greifende Pest zu bekämpfen, hat der Stadtrat bei Wainwrights Methoden große Bedenken. Anne Hale begibt sich indes auf eine unvorhergesehene Reise.
Die Stadt Salem kämpft weiterhin mit der Pest und die Angst unter den Bewohnern wächst. Als sich einer von Marys Gegnern in eine Machtposition bringen will, versucht Mary alles, um genau das zu verhindern. John ist indes nach Salem zurückgekehrt und führt sich nochmals die Herkulesaufgabe vor Augen, die vor ihm liegt, während Mary und Tituba überraschend eine beunruhigende Entdeckung machen.
Im Zuge der jüngsten Angriffe gegen sie, sucht Mary Antworten darauf, wer die verantwortlichen sein könnten. Zu diesem Zweck - und trotz Titubas Warnung - beginnt Mary damit, Anne Hale in der Hexerei zu unterweisen, aber ihre Arbeit verläuft nicht ganz so wie geplant. Nach seiner Rückkehr nach Salem, trifft Cotten Dr. Wainwright und trotz ihrer offensichtlichen anfänglichen Meinungsverschiedenheiten, entdeckt jeder, dass der jeweils andere etwas zu ihren Aufgaben beisteuern könnte. John Alden setzt seine Anwesenheit in Salem fort und seine Handlungen haben Folgen für ihn und für die anderen, sowohl politisch als auch physisch. Mercy setzt ihrer Rachepläne gegen Mary fort, sogar als einer ihrer Gefolgsleute zweifel an ihrer Rolle im Hexenspiel hat. In der Zwischenzeit erforschen Mary und Dr. Wainwright weiterhin ihre gemeinsamen Interessen und Mary und Tituba Suche nach einem Mörder.
Nach Marys öffentlicher Demütigung versucht Hathorne weiterhin, die Kontrolle über die Stadt zu erlangen. Sein Verhalten zwingt Mary schließlich dazu, erneut ihren verzauberten Ehemann auftreten zu lassen, damit der etwas unternehmen kann. Anne Hale sucht indes Hilfe bei Mary. Während John Alden weiterhin seine Aufgabe umsetzen will, erreichen Mercys Rachepläne eine neue Dimension.
Als die Gräfin Marburg in Salem ankommt, hat sie für Mary einen Ratschlag im Gepäck. Während sich Anne wegen ihrer jüngsten Taten gleichwohl schuldig als auch froh fühlt, legt sich Mather mit einem weiteren Anführer Salems an. John Alden geht weiterhin seiner Aufgabe nach und will schließlich an einem altbekannten Ort ein wenig Erholung finden - mit unerwarteten Folgen.
Mary (Janet Montgomery) und Countess Marburg (Lucy Lawless) halten nach außen ein heiles Bild aufrecht, während sie hinter verschlossenen Türen weiter ihre Schlacht um Salem schlagen.
Als Marys Plan schiefzugehen droht, geht sie einen schwachen Deal ein, um ihr großes Ziel zu erreichen. Sie lernt etwas aus der Vergangenheit ihrer neuen und gefährlichsten Feindin, doch der Schlüssel, um die Countess zu besiegen, bleibt verschollen. Anne (Janet Montgomery) und Cotton (Seth Gabel) bekommen spätnachts unerwartete Besucher. Anne Hale (Tamzin Merchant) beginnt einige der furchtbaren Geheimnisse ihres Vaters offen zu legen. Tituba (Ashley Madekwe) versucht einen Deal mit dem gefangenen John Alden (Shane West) einzugehen.
Mary (Janet Montgomery) und Wainwright (Stuart Townsend) kommen sich näher, ihre gegenseitige Anziehungskraft wird durch die jüngsten Offenbarungen noch angeheizt. Als Mary sich auf den großen Schlag gegen die Countess (Lucy Lawless) vorbereitet, erhält sie Neuigkeiten, die sie erschauern lassen. Cotton (Seth Gabel) wird von einem Verbündeten betrogen. Anne (Tamzin Merchant) erfährt Neues aus den Schriften ihres toten Vaters.
When Mary and Alden join forces, Alden gets his first test in fatherhood.
Mary has a public fall from grace. Alden and Cotton try to save the boy's soul.
Während der Komet weiter auf die Erde zurast, kämpft John Alden ums nackte Überleben. Anne Hale versucht indes, jemanden zu beschützen, dessen Leben oder Tod große Konsequenzen für die Hexen sowie die Normalsterblichen haben könnte. Und Mary, die von den jüngsten Ereignissen stark gezeichnet ist, findet sich in einer ihr unbekannten Situation wieder, die sie zu einem riskanten Verhalten verleitet.
Die Gräfin Marburg feiert bereits die Vollendung ihrer Pläne und hat keine Ahnung, dass das Objekt ihrer Begierde selbst Wünsche hegt, die im direkten Gegensatz zu ihren eigenen Vorstellungen stehen. Von den jüngsten Ereignissen stark angeschlagen, versucht Mary, die Gräfin aufzuhalten. Anne muss derweil die Konsequenzen ihres Handelns tragen, was sie auf einen noch dunkleren Weg führt