Liam Cole studiert am MIT und gilt als technisches Wunderkind. Schon bald darf er sein Können unter Beweis stellen: Zusammen mit dem reichen Tech-Unternehmer Darius Tanz macht er eine Entdeckung, die über das Ende der Welt entscheiden wird. Ein riesiger Asteroid befindet sich auf direktem Kurs zur Erde. Mit dem Einschlag rechnen die beiden in sechs Monaten. In ihrer Verzweiflung wenden sie sich an das Pentagon und arbeiten an einer Lösung für das apokalyptische Problem.
Darius und Liam arbeiten an einer Idee, wie die Laufbahn des Asteroiden abgeändert werden könnte. Das Problem an dem Plan: Theoretisch ist er unmöglich durchzusetzen. Doch die beiden lassen sich davon nicht unterkriegen und erhalten Hilfe von Grace, die damit ihre Stellung riskiert. Derweil muss Darius nach Boston reisen, wo ihn unangenehme Neuigkeiten erwarten?
Da sein Team noch keine handfesten Vorschläge vorweisen konnte, droht das Pentagon Darius, ihm die Unterstützung zu entziehen. Die Zeit läuft also weiter gegen ihn. Doch Darius gibt nicht auf und beschleunigt seine Arbeit an einer Idee, wie der tödliche Asteroid aufzuhalten ist. Und auch Grace muss wichtige Entscheidungen treffen.
Darius muss um seine Reputation in der Gruppe kämpfen. Harris und Grace wissen nicht, ob sie ihm noch vertrauen können. Um sie davon zu überzeugen, dass er kein Verräter ist, muss er eine schwere Entscheidung treffen. Derweil versucht sich Jillian in ihrem neuen Job einzuleben. Liam steht ihr dabei tatkräftig zur Seite.
Anstatt zusammenzuarbeiten, um dem heranrasenden Asteroiden etwas entgegenzusetzen, wird die Kluft zwischen dem Pentagon und Tanz Industries immer größer. Die Regierung geht davon aus, dass Lazlo, Darius Tanz’ Freund, den Satelliten sabotierte. Doch Darius weiß es besser. Deswegen und wegen fehlender Fortschritte dreht das Pentagon Tanz den Geldhahn zu, gerade, als der Prototyp des EM-Drives funktioniert. Beim Transport des Geräts werden Liam und Professor Croft entführt.
Nach dem Tod von Professor Croft und dem Diebstahl des EM-Drives versucht Liam, dem Pentagon bei der Suche nach dem gestohlenen Gerät zu helfen. Allerdings gibt es unterschiedliche Meinungen, wie mit dem verbrecherischen Akt durch den russischen Geheimdienst umzugehen ist. Derweil klafft die Kluft zwischen Regierung und Darius Tanz weiter auseinander. Doch Darius weiht Liam in ein Geheimnis ein, das die Wende bringen könnte.
Der Konflikt zwischen Russland und den USA spitzt sich extrem zu. Russland hat seine Raketen startklar gemacht und droht sie Richtung der Vereinigten Staaten abzufeuern. Doch die US-Regierung mauert weiterhin, wenn es um die Suche nach den Ursachen geht. Doch Grace, Darius und Liam wird immer klarer, dass hinter all dem das ominöse Atlas Projekt stecken muss. Darius und Grace wollen sich nach Moskau begeben, um dort Antworten zu erhalten.
Darius und Grace werden in Moskau wegen Mordes gesucht. Sie versuchen dem russischen Geheimdienst zu entkommen, weswegen sie untertauchen und eine neue Identität annehmen müssen. Gleichzeitig wird Liam in Washington in die geheime Gesellschaft der Hackergruppe „Resist“ eingeführt, wo er mehr über Projekt Atlas, ein geheimes Waffenprogramm des Pentagons, erfährt.
Grace wird in ihrem Haus von einem Profikiller angegriffen. In letzter Sekunde kann sie sich befreien und den Mann umbringen. Sie ruft ihren Vater um Hilfe. Der lässt alle Spuren und die Leiche verschwinden. Mit seiner Unterstützung schafft sie es, erneut ins Pentagon zu gehen, um herauszufinden, wer hinter dem Mordanschlag steckt. Die Journalistin Amanda Neel erhält unterdessen einen Briefumschlag mit einem USB-Stick, der geheime Daten über das Projekt Atlas enthält.
Grace hat das Gefühl, von Zoe belogen zu werden. Und das ist nicht ihr einziges Problem: Sie wird von verwirrenden Träumen geplagt. Dabei bräuchte sie gerade jetzt ihre volle Konzentration. Sie ist in letzter Sekunde einem Auftragskiller entkommen, der vor seinem Einsatz einen Anruf aus dem Weißen Haus erhalten hat. Ein Gespräch mit der Präsidentin soll Licht ins Dunkel bringen. Doch so einfach ist das Staatsoberhaupt nicht zu erreichen.
Nach dem plötzlichen Tod der Präsidentin hat Monroe Bennet deren Amt übernommen und ist damit der mächtigste Mann der Welt. Grace muss allerdings noch mit weiteren Veränderungen klarkommen: Ihre Tochter Zoe hat sich in Harris’ Sohn verliebt und ist offenbar gemeinsam mit Dylan verschwunden. Grace macht sich große Sorgen, doch bei Harris stößt sie damit auf taube Ohren. In ihrer Wut kündigt sie, um sich auf die Suche nach ihrer Tochter zu konzentrieren.
Zoe kommt mitten in der Nacht zu ihrer Mutter zurück – und sie hat schreckliche Nachrichten für Grace und Harris: Dylan ist tot. Außerdem glaubt Zoe, dass die Aktivisten rund um ihren Anführer Nero etwas Gefährliches planen. Darius hat ebenfalls schlechte Neuigkeiten: Der Meteorit, der auf die Erde zu prallen droht, scheint einen Eisenkern zu haben. Sie können ihn also nicht ohne Weiteres im All zerstören. Doch der amtierende Präsident will den Einschlag gar nicht verhindern.
Grace muss in einer Pressekonferenz Auskunft über die Explosion eines US-U-Boots geben. Was sie zum dem Zeitpunkt nicht weiß: Ein Computervirus von Resist hat das dramatische Ereignis ausgelöst. Nachdem das Hauptquartier der Gruppierung in die Luft gesprengt wurde, wird es allerdings schwierig, die Hacker aufzuspüren. Der Präsident ist kurz davor, Russland anzugreifen, weil er überzeugt ist, dass ein russischer Torpedo für den Anschlag auf die USS Pike verantwortlich ist.