Nach Jordans peinlicher Enthüllung sämtlicher "Vergehen" der Belegschaft stehen sich die Kollegen im Krankenhaus etwas distanziert gegenüber. Keiner kann vergessen, was die anderen getan haben - allen voran Dr. Cox, der es J.D. offensichtlich übel nimmt, dass er mit seiner Ex geschlafen hat. Seine Verstimmung merkt man vor allem daran, dass er den Jungarzt völlig ignoriert, anstatt ihn anzuschreien. Als die Situation schier unerträglich wird, versucht J.D. zu vermitteln ...
Zum ersten Mal in ihrer Karriere als Mediziner absolvieren J.D., Turk und Elliott eine gemeinsame Nachtschicht, in der keiner der Oberärzte anwesend ist. Zunächst freuen sich die drei Freunde darüber, endlich einmal allein das Sagen zu haben, doch schnell stellen sie fest, dass dies auch Nachteile hat: Nun ist es an ihnen, schwierige Entscheidungen, die sonst von anderen getroffen wurden, selbst zu fällen. Glücklicherweise steht ihnen Carla mit ihrem Rat zur Seite ...
Der gehässige Dr. Kelso hat sich wieder einmal etwas einfallen lassen, um unter den jungen Ärzten Zwietracht zu säen: Der Mediziner, der ihm den interessantesten Fall präsentiert, darf ihn zum Medizinerkongress in Reno begleiten. Obwohl J.D. mit seinem Patienten mit Penisbruch ganz gut im Rennen liegt, hält er sich im Kampf um das Ticket nach Reno eher zurück. Er will seinen Mentor und Idol Dr. Cox, der alle verabscheut, die um Kelsos Gunst buhlen, nicht verärgern ...
Da die Beziehung zwischen Turk und Carla richtig ernst zu sein scheint, setzt J.D. alles daran, um mit Carla Freundschaft zu schließen. Nachdem er sie in ein Geheimnis eingeweiht hat, taut Carla endlich auf und erzählt ihm ihrerseits einiges Persönliches - so auch, dass sie auf Bonnie eifersüchtig ist, die eine besondere Beziehung zu Turk hat. Gerade als es so aussieht, als würden J.D. und Carla richtige Freunde werden, kommt heraus, dass er ihr Vertrauen missbraucht hat ...
Weil sich J.D. bereits als vollwertiger Arzt fühlt und glaubt, seinen Job im Griff zu haben, zieht er erstmals bei der Arbeit einen weißen Kittel an. Als Dr. Cox ihn in dieser Aufmachung sieht, hagelt es Kritik. Fast unerträglich wird der Tag für J.D. aber erst, als ihm bei der Behandlung von Mr. Blair ein Fehler unterläuft, der den Patienten seinen Geruchssinn kostet. Obwohl sich herausstellt, dass es doch nicht seine Schuld war, fasst der junge Mediziner einen Entschluss.
Völlig unerwartet stattet Dan seinem Bruder J.D. einen Besuch ab und ärgert das Klinikpersonal mit seinen Blödeleien. J.D.'s Wut über das alberne Verhalten seines Bruders verraucht erst, als er hinter die Gründe seines Benehmens kommt: Dan fühlt sich neben seinem erfolgreichen Bruder minderwertig, weil er es selbst nur zum Barkeeper gebracht hat und noch immer bei seiner Mutter wohnt. Als er jedoch auch noch Elliott anbaggert, hört für J.D. der Spaß auf.
Elliott steht vor einer schwierigen Entscheidung: Einer ihrer Patienten, eine ältere Dame, schwebt in Lebensgefahr. Elliott muss nun entscheiden, ob diese Patientin operiert wird oder nicht. J.D. rät ihr, weiter abzuwarten, doch Elliott reagiert und lässt die Dame operieren. Leider stirbt die Patientin während der Operation. J.D. prahlt nun damit, dass seine Methode die bessere gewesen wäre, doch Dr. Kelso lobt Elliotts Entscheidungsfreudigkeit.
J.D. und Turk sind knapp bei Kasse. Deshalb lassen sie Toilettenpapier, Pudding und andere Kleinigkeiten aus dem Krankenhaus mitgehen. Zusätzlich legen sie eine Extraschicht im Krankenhaus ein. Dr. Cox hat eine neue Flamme. Die sexy Pharmareferentin Julie Keaton scheint ein echter Volltreffer zu sein. Gerade, als es zwischen den beiden richtig ernst wird, taucht Dr. Cox Ex-Frau Jordon auf und hat überraschende Neuigkeiten für ihn.
Seit ihr Vater den Geldhahn zugedreht hat, muss Elliot auf viele Annehmlichkeiten verzichten. Elliot hat Ärger mit Mr. Bragin. Gemäß ihrer Diagnose müsste der Mann bereits seit einem Monat tot sein. J.D. setzt zum Höhenflug an, nachdem er eine Fehldiagnose von Dr. Cox korrigiert hat. Probleme mit seinem eigenen Patienten holen den jungen Arzt schnell wieder auf den Boden der Tatsachen zurück.
Da Jordan ein Kind von ihm erwartet, bemüht sich Dr. Cox um eine Beziehung mit ihr. Alle Versuche sie glücklich zu machen, scheitern, da Jordan mit den Unannehmlichkeiten der Schwangerschaft zu kämpfen hat. Nach langer Durststrecke verabredet sich J.D. wieder mit einem Mädchen. Das Date verläuft jedoch gar nicht nach seinem Wunsch. Elliot hat kein Dach über dem Kopf.
J.D. und Elliot spenden sich gegenseitig Trost in ihrer Not - und landen wieder im Bett. Weil sie den Sex geniessen, aber dem unvermeidlichen Beziehungsstress aus dem Weg gehen wollen, verabreden sie, einfach in aller Freundschaft miteinander ins Bett zu gehen. J.D. ist stolz darauf, dass er damit erreicht hat, wovon andere Männer nur träumen: Spass ohne Verpflichtungen. Doch Turk warnt ihn; Frauen könnten Sex und Gefühle schlecht trennen. J.D. nimmt sich vor, auf der Hut zu sein und sofort Schluss zu machen, wenn die Sache ernst wird. Am Ende muss er sich allerdings eingestehen, dass Elliot ihm mehr bedeutet, als ihm lieb ist.
Elliot und J.D. haben ihre Affäre beendet und einigen sich darauf, platonisch befreundet zu bleiben. Das fällt J.D. schwer, da er noch immer starke Gefühle für Elliot hat. Inzwischen müssen Dr. Cox und Carla während der Behandlung eines Hypochonders feststellen, dass sie nicht mehr das eingespielte Team von einst sind.
Turk hat Carla einen Heiratsantrag gemacht und wartet auf ihre Antwort, als ein Kind seinen Verlobungsring verschluckt. Der schlechte Gesundheitszustand einer herzkranken Schwangeren lässt J.D. über den Tod und den Sinn des Lebens grübeln.
Turk wartet noch immer auf Carlas Antwort bezüglich seines Heiratsantrages. Moralische Unterstützung erhofft er sich von seinem Bruder Kevin - für Turk das Sinnbild eines glücklich verheirateten Mannes. Kevin hat aber schlechte Nachrichten: Er will sich von seiner Frau trennen. J.D. soll mit einem alten Freund Dr. Kelsos zusammenarbeiten. Dabei sorgen Dr. Townshends antiquierten Behandlungsmethoden bald für Spannungen zwischen den Ärzten.
Nachdem ihm Carla noch immer keine Antwort auf seinen Heiratsantrag gegeben hat, sieht sich Turk nach neuen Frauen um. Inzwischen lernt Elliot den sympathischen Paul kennen. Der vermeintliche Arzt entpuppt sich als Pfleger. Elliot muss ihren Hochmut runterschlucken, um einer Beziehung eine Chance zu geben. Auf J.D.s Anraten führt Dr. Cox bei seinem Chef eine Gesundenuntersuchung durch, die sich bald als gerechtfertigt erweist.
J.D. und Turk haben ein schlechtes Gewissen. Ein Golfball, den sie vom Krankenhausdach gespielt haben, scheint einen Verkehrsunfall verursacht zu haben. Elliot ist nervlich am Ende. Sie versucht die perfekte Frau für ihren neuen Freund zu sein, was auf Dauer sehr anstrengend ist. Die Geburt von Jordans Kind steht kurz bevor. Dr. Cox ist nervös, weil gerade jetzt alles schief zu gehen scheint.
Ein Arzt mit eigener Praxis kann J.D. Tips geben, wie man Dr. Cox in den Griff kriegen kann. Zur grossen Verärgerung von J.D. & Co. wird in der Klinik das Erscheinen eines Kollegen namens Dr. Fisher angekündigt, der eine eigene Praxis in der Stadt betreibt und sich im "Sacred Heart" exklusiv um eine seiner Patientinnen kümmern will. Aber als J.D. Dr. Pete Fisher dann tatsächlich kennenlernt, sind seine Vorurteile gegen den zweifellos besser verdienenden Arzt schnell verflogen, denn Pete scheint wirklich ein sehr netter Bursche zu sein. Und nicht nur das: Pete hatte im Rahmen seiner Ausbildung auch das zweifelhafte Vergnügen, mit Dr. Cox zusammenzuarbeiten: und kann J.D. nun wertvolle Tips geben, wie man Cox in den Griff kriegen kann.
J.D. flirtet mit der attraktive Jamie, der Frau eines Patienten. Die Tatsache, dass ihr Mann seit zwei Jahren im Koma liegt, gibt dem Ganzen jedoch einen makaberen Beigeschmack. Dr. Cox wird seit der Geburt von Jordans Kindes von heftiger Eifersucht geplagt, da ihre ganze Aufmerksamkeit ihrem Baby gilt. Auch bei Elliot und Paul gibt es Spannungen in der Beziehung, sodass sich die beiden wegen eines sinnlosen Streites über Trockenfleisch beinahe trennen.
Turk nimmt J.D. mit auf die Chirurgenstation. Schnell hat das junge Team J.D. auf der Schaufel. Um von sich abzulenken, erzählt J.D. peinliche Geschichten aus Turks Vergangenheit, was diesen ziemlich verletzt. Elliot fällt eine CD von U2 in die Hände, was ihr ein begeistertes 'Ich liebe dich' entlockt. Paul bezieht das Geständnis fälschlicherweise auf sich.
J.D. hat moralische Probleme, weil er sich auf eine Affäre mit einer "trauernden" Witwe einlässt. Turk suchen erotische Träume über Elliot heim. In ihrer Gegenwart, kann er sich nur schwer auf seine Arbeit konzentrieren. Als Carla herausfindet, welche Sorgen ihren Verlobten plagen, ist sie außer sich. Jordan ermutigt Dr. Cox dazu, auf ihr Baby aufzupassen.
Die Beziehung mit Jamie gestaltet sich für J.D. wesentlich problematischer als erwartet. Denn merkwürdigerweise kann Jamie jede Form von Harmonie nicht ertragen und wird jedesmal äusserst ungehalten, wenn es zwischen ihnen keinerlei Probleme gibt. Dafür verwandelt sie sich aber in ein schnurrendes Sexkätzchen, sobald irgendein Ungemach in ihren Beziehungsalltag einbricht. Deshalb bleibt J.D. nichts anderes übrig, als künstlich Probleme zu schaffen. So behauptet er zum Beispiel, dass Elliott rasend vor Eifersucht wäre, oder dass seine Eltern strikt gegen die Beziehung mit Jamie wären.
J.D. und Turk erhalten Besuch von ihrem College-Freund Spence. Der junge Investment-Banker führt ein Leben in Luxus. J.D. und Turk fragen sich, ob ihre Entscheidung Mediziner zu werden, richtig war. Spence lässt bei seinem Besuch auch ein Geheimnis auffliegen. Durch ihn erfährt Dr. Cox endlich, dass er der Vater von Jordans Kind ist.