Elliott entscheidet sich für eine radikale Persönlichkeitsänderung: Sie kauft sich ein neues Auto und legt sich natürlich eine neue Frisur zu. Leider hält die Freude über den neuen Wagen nicht lange, da Elliotts Fahrstil die Kiste zu Schrott werden lässt. In der Klinik läuft es schon etwas besser: Dank der neuen Frisur gewinnt Elliott ihr Selbstbewusstsein wieder, und auch ihr Ex-Lover Sean ist an ihr interessiert. Auch J.D. entdeckt seine alten Gefühle für Elliott wieder ...
Die Hochzeitspläne von Turk und Carla werden immer konkreter, die beiden haben sich sogar endgültig auf einen Termin geeinigt. Für J.D. bedeutet das, dass nun seine "Turk-J.D.-Jungesellen-Ära" vorbei geht. Deshalb beschließen die beiden Freunde, es ein letztes Mal so richtig krachen zu lassen. Doch als Turk zum großen Männerabend ausgerechnet Todd mitbringt, droht J.D., die legendäre Freundschaft zu Turk zu kündigen ...
J.D., Elliott und Turk müssen sich einer Horde Assistenzärzte annehmen. Während Elliott und Turk mit eiserner Hand ihre Schäfchen erziehen, versucht J.D. einen eher antiautoritären Ansatz. Doch sein Vorgehen erwirkt genau das Gegenteil: Keiner nimmt ihn ernst. Elliott schlägt J.D. vor, sich von Sean beraten zu lassen. Als Delfin-Trainer hat er Erfahrung mit der Ausbildung von Schutzbefohlenen. Doch J.D. hat nur wenig Lust, sich von seinem Nebenbuhler kritisieren zu lassen ...
Elliott ist am Ende: Sean hat ihre Beziehung beendet, weil er für ein halbes Jahr auf Forschungsreise geht und nichts von einer Fernbeziehung hält. J.D. sieht seine Chance gekommen und will seiner Exfreundin in der Not beistehen. Vielleicht sieht sie dann endlich in ihm mehr als nur den tröstenden Freund. Als er sich schließlich dazu aufraffen kann, mit einem Blumenstrauß bei Elliott aufzukreuzen, ist die Überraschung groß: Sein Nebenbuhler Sean ist wieder da ...
J.D.s Bruder Dan ist zu Besuch, und widerwillig erklärt sich J.D. dazu bereit, den Taugenichts für einen Tag mit in die Klinik zu nehmen. Wie befürchtet, geht Dan der gesamten Belegschaft, besonders Dr. Cox, gehörig auf die Nerven. Doch auch der größte Nichtsnutz kann etwas bewirken, und so stellt Dan Dr. Cox zur Rede und fragt ihn, warum er sich J.D. gegenüber immer unfair verhält. Tatsächlich gelingt es dem Totalversager Dan, den Menschenhasser Cox zur Vernunft zu bringen ...
J.D. trauert immer noch seiner Beziehung mit Elliott hinterher. Da lernt er plötzlich Danni kennen, die sehr an ihm interessiert zu sein scheint. Auch sie kommt nicht über ihren Freund hinweg, und so erteilt J.D. ihr viele gute Ratschläge. Als Danni damit Erfolg hat, will sie J.D. näher kennen lernen. Der blockt zunächst ab, um später dann zu merken, dass er Hals über Kopf in Danni verliebt ist. Doch die hat noch eine Überraschung in Petto: Sie ist Jordans Schwester ...
Dr. Cox und J.D. haben eine neue Methode, die 15-Sekunden-Regel. Diese besagt, dass fünfzehn Sekunden vollkommen ausreichen, um einen Patienten zu behandeln. Nur der Fall der älteren Stammpatientin Miss Tracy scheint mit der neuen Regel nicht zu lösen zu sein. Doch nach mehrmaligen 15-Sekunden-Besuchen entlassen Dr. Cox und J.D. auch Miss Tracy als geheilt. Später erkennen sie, dass das ein großer Fehler war, denn Miss Tracys Krankheit war ein Selbstmordversuch ...
Elliott wird nach wie vor von Selbstzweifeln geplagt, und zu allem Überdruss bläst J.D. auch noch zum Rachefeldzug gegen seine Exfreundin. Er gibt sich alle Mühe, Elliott so richtig auf die Nerven zu gehen und schnappt ihr einfach ihre Patienten weg. Doch auch J.D. bleibt nicht verborgen, dass Elliott immer depressiver wird, und so lässt er ihr bei einem medizinischen Notfall den Vortritt. Als genau dieser Patient unter ihren Händen stirbt, plagt J.D. das schlechte Gewissen ...
Elliotts Verklemmtheit wird zu einem ernsten Problem: Sie weigert sich, "schmutzige" Wörter auszusprechen, und als sie einer Patientin bei einer Beckenuntersuchung einen deutlich hörbaren Orgasmus verschafft, würde sie vor Peinlichkeit am liebsten im Boden versinken. Für ihre Kollegen steht fest: Elliott muss geholfen werden. Carla beginnt sofort mit einem ausgedehnten Trainingsprogramm für ihre prüde Freundin ...
J.D. ist ratlos: Danni möchte bei ihm übernachten, doch er weiß nicht so recht, ob er sich darauf einlassen soll. Indes hat Elliott ganz andere Probleme. Maggie, eine 38-jährige, todkranke Patientin, hat nur noch einen letzten Wunsch: Sie möchte nicht als Jungfrau sterben. Als Carla und Elliott versuchen, eine männliche Prostituierte anzuheuern, werden sie prompt von der Polizei erwischt. Doch in Ted finden sie dann noch einen Helfer in der Not ...
Für J.D. steht fest, dass er mit Danni Schluss machen muss, doch ihm fehlt der Mut. Da kommt es ihm gelegen, dass Danni ihm durch ihre Schwester sagen lässt, ihre Beziehung sei beendet. Indes hat Dr. Cox Probleme mit seiner Nettigkeit, denn nun nimmt ihn keiner mehr ernst. Er beschließt, wieder zu seiner bewährten Methode des "Schrecken-Verbreitens" zurückzukehren. Eine Methode, die Dr. Kelso bereits praktiziert, denn er zwingt Elliot dazu, sich fortan weniger zu schminken.
Das Sacred Heart Krankenhaus bekommt Besuch. Der hoch angesehene Dr. Kevin Casey lehrt als Gastprofessor, und J.D. ist sofort von dem genialen Arzt begeistert. Er sieht in ihm den Mentor, der Dr. Cox für ihn nie sein wird. Das lässt Cox natürlich nicht kalt: Er fordert Dr. Casey zu einem Duell heraus. Obwohl Dr. Casey eindeutig als Sieger hervorgeht, hat auch er einen wunden Punkt: seine Zwangsneurosen.
Als sich immer mehr Patienten über ein seltsames Geräusch beschweren, geht J.D. der Sache nach. Dabei stößt er auf eine geheime Toilette auf dem Dach, die vom Hausmeister dort als Oase der Ruhe aufgestellt wurde. Indes ist Elliotts Selbstwertgefühl, nachdem sie einen Patienten falsch intubiert hat, ganz am Boden. Sie sucht Rat bei Dr. Casey, doch der interessiert sich - wie der Rest der Belegschaft auch - nur noch für die geheime Dach-Toilette ...
Der erste Geburtstag von Dr. Cox' kleinem Sohn steht an, und die gesamte Verwandtschaft trifft zur Feier ein - auch Cox' leukämiekranker Schwager Ben. Als er erfährt, dass sich Ben schon jahrelang keiner Untersuchung mehr unterzogen hat, verdonnert er ihn zu einem ordentlichen Gesundheits-Check. Doch zu spät: Ben stirbt noch am selben Tag in der Klinik. Cox gibt sich die Schuld an Bens Tod und flüchtet sich in die Arbeit ...
Das Klinikteam bekommt eine neue Kollegin. Die Chirurgin Dr. Miller entpuppt sich als resolute Emanze, die es sich zum Ziel gesetzt hat, ihren männlichen Kollegen den Sexismus auszutreiben. Carla ist von der Strategie begeistert, und schon bald muss selbst Dr. Kelso klein beigeben. Auf einem Seminar sollen alle männlichen Kollegen, die sich öfters sexistisch äußern, politische Korrektheit lernen. Dabei wird auch Dr. Cox einiges klar ...
J.D. erlebt einen fürchterlichen Tag, denn egal was in der Klinik passiert, es nimmt alles ein böses Ende. Da fliegt ihm plötzlich ein harmloser Schmetterling auf dem Flur entgegen. Schnell findet sich der junge Arzt in Gedanken versunken wieder und malt sich aus, wie der Tag hätte besser verlaufen können. Dabei wird ihm klar, dass das Schicksal einfach nicht zu durchbrechen ist ...
Carla wird von Tag zu Tag nervöser, denn die Hochzeit mit Turk rückt immer näher. Da taucht zu allem Überfluss auch noch der smarte Dr. Ron Ramirez in der Klinik auf, für den Carla lange Zeit geschwärmt hat. Als ihr Traummann sie plötzlich zu einem romantischen Candlelight-Dinner einlädt, sagt sie spontan zu. Durch Zufall erfährt J.D. von Carlas Date und verspricht ihr, Turk gegenüber nichts zu erwähnen. Bald plagen ihn aber schwere Gewissensbisse.
Turk soll die Einladungen zur seiner und Carlas Hochzeit verschicken, als er in eine heftige Torschlusspanik gerät. Die Angst vor der Trauung ist so groß, dass ihm während einer Operation ein Fehler unterläuft. Nur Carla kann ihm jetzt noch helfen, dafür gerade zu stehen. Indes sucht Elliott einen Clown für die Kinderstation - J.D. übernimmt den Job. Kurz darauf schläft sie mit ihm, weil sie glaubt, er sei der Richtige. Doch dann kommt Sean plötzlich wieder zurück ...
Obwohl Elliott mit Sean zusammen ist, kommt J.D. nicht von ihr los. Nachdem er wieder einmal mit ihr geschlafen hat und ihr versprechen musste, Sean nichts zu verraten, tröstet er sich mit seiner Exfreundin Danni - obwohl die ihm immer stärker auf die Nerven geht. Sean jedoch merkt, dass etwas nicht stimmt und fragt J.D. direkt, ob etwas zwischen ihm und Elliott läuft ... Währenddessen wird der Hausmeister zum Sicherheitsdienst befördert und geht mit Übereifer an die neue Arbeit.
Dr. Cox kämpft gegen Kelsos Pläne, im "Sacred Heart" Ganzkörpertomographien anzubieten, und gegen einen Hypochonder, der sich dieser Untersuchung unbedingt unterziehen will. J.D. versucht sich inzwischen zu beweisen, dass Dannis Einschätzung, er wolle nur das Unerreichbare und sei sich über seine wahren Gefühle gar nicht im Klaren, falsch ist. Als Elliott und Sean zusammenziehen wollen, scheint J. D. endlich zu erkennen, was er will: Er gesteht Elliott seine Liebe.
Eigentlich sollte J.D. glücklich sein, hat er es doch endlich geschafft, Elliott zurückzuerobern. Aber leider hat er festgestellt, dass es in ihrer Beziehung ein erstes Problem gibt: Er liebt sie nicht. Das jedoch traut er sich ihr nicht zu sagen, vor allem, da Elliott einfach überglücklich mit ihm ist. Die Vorbereitungen zu Turks Hochzeit sind für ihn gerade deshalb eine Qual, weil er so täglich mit zwei Menschen zu tun hat, die scheinbar perfekt zueinander passen.
Turks und Carlas Hochzeit steht endlich bevor. Aber während Carla in der Kirche wartet, wird Turk bei einer Notoperation festgehalten und fährt danach auch noch zur falschen Kirche. Als er endlich bei seiner Hochzeitsgesellschaft ankommt, ist der Termin jedoch schon verschoben und seine Braut stocksauer. Ebenfalls auf den Mond schießen möchte Elliott J.D., der ihr den Laufpass gegeben hat. Alle Versuche, ihre Freundschaft zu retten, machen sie nur noch wütender.