J.D. freut sich mit Elliot auf das Baby, das die beiden erwarten. An seinem ersten Tag als Dozent ist er enttäuscht, dass die Studenten nicht nach der Vorlesung mit ihm ausgehen wollen. Turk tröstet seinen Freund ... Dr. Cox ist wie immer von Kollegen und Studenten angewidert und ist vor allem zu der unsicheren Studentin Lucy ausgesprochen unfreundlich.
J.D.s Zögling Lucy bemüht sich, gegen Dr. Cox ausdrücklichen Willen, um den sympathischen alkoholkranken Patienten Alan und besorgt ihm einen Platz in einer Entzugsklinik. Als Alan wenige Tage später sturzbetrunken wieder ins Krankenhaus eingeliefert wird, ist Cox so schadenfroh wie Lucy verzweifelt ... Denise und Drew wollen sich nicht eingestehen, dass sie einander wirklich mögen. Turk und J.D. bearbeiten die beiden, sich zueinander zu bekennen.
Lucy wünscht sich Denise als neuen Mentor. Doch diese lehnt zuerst ab, da sie in einem schwierigen Fall steckt, der für die Patientin tödlich enden wird und den Sohn in Mitleidenschaft zieht. Am Ende akzeptiert Denise jedoch das Gesuch von Lucy und wird Mentor von ihr. Währenddessen führt Lucy weiterhin die Affäre mit Cole fort. Drew bekommt von Dr. Cox ein T-Shirt mit der Aufschrift Nummer Eins geschenkt, da er in der Theorie glänzt. Doch als während der Visite ein Patient einen plötzlichen Herzstillstand erleidet, kommt er mit der Situation nicht klar und blamiert sich vor Dr. Cox. J.D. muss aushelfen. Vorher versucht J.D., Drew ein bisschen vor Dr. Cox runterzumachen, da er nun eine höhere Anerkennung bekommt als früher.
J.D. und Turk, deren Frauen verreist sind, planen einen wilden Männerabend, den Dr. Cox zu sabotieren versucht, indem er ihnen immer wieder vorrechnet, wie alt sie doch sind. Drew, Maya, Cole und Lucy werden von Denise dazu verdonnert, Gespräche mit sterbenden Patienten zu führen und sich dabei gegenseitig zu unterstützen, was an Coles Egoismus zu scheitern droht ...
An J.D.s letztem Tag versuchen er und Turk, herauszufinden, wer von den Studenten J.D. eine schlechte Dozentenbewertung gegeben hat. Lucy hat indessen Schwierigkeiten, ohne J.D.s Hilfe eine Prüfung zu bestehen. Drew und Denise stellen verwundert fest, dass sie keine Affäre haben, sondern eine richtige Beziehung führen.
Turk, der seinen besten Freund schrecklich vermisst, macht sich auf die Suche nach einem Ersatz für J.D.. Cole, der aufgrund eines Missverständnisses fürchtet, sein Vater könnte erfahren, dass er derzeit der schlechteste Student seines Jahrgangs ist, gibt sich große Mühe und erledigt alle ihm von Dr. Cox auferlegten Arbeiten mit großem Fleiß. Lucy, immer noch auf der Suche nach einem Vorbild, findet in Elliot die Ärztin, der sie nacheifern will ...
Cole präsentiert etwas aus Drews dunkler Vergangenheit, um ihm seinen Platz als Festredner bei der feierlichen Arztkittelvergabe streitig zu machen. Lucy soll Dr. Cox schlüssig erklären, warum sie Ärztin werden will. Sie kann ihn lange nicht zufriedenstellen. Denise muss sich indessen überwinden, ihre weibliche Seite nicht mehr zu verstecken.
Lucy muss sich damit auseinandersetzen, dass sie mit Cole nicht nur ein Abenteuer verbindet, sondern dass sie ihn wirklich gern hat. Denise und Drew ärgern Duncook und Underhill, indem sie ihnen immer wieder ihr Wägelchen wegnehmen. Turk und Dr. Cox liegen ständig im Wettstreit miteinander, stellen am Ende jedoch fest, dass sie sich beruflich wunderbar ergänzen und aufeinander verlassen können.
J.D. will mehr Zeit mit Elliot allein verbringen, bevor das Baby zur Welt kommt, doch Elliot ist zu beschäftigt. Erst als Dr. Cox ihr ins Gewissen redet, besinnt sie sich und lässt sich auf J.D.s romantische Avancen ein ... Lucy bringt es nicht übers Herz, an Bens Leiche zu üben, und muss von Turk mit einem Trick dazu gebracht werden. Jordan verlangt indessen von Cox, er solle ein Testament verfassen.
Als Dr. Cox während einer Prüfung einen Spickzettel findet, zu dem sich keiner seiner Studenten bekennen will, und daher die üblichen Verdächtigen so lange im Hörsaal bleiben müssen, bis der Schuldige gefunden wurde, kommen einige Geheimnisse ans Licht. Denise ist von einem beiläufig ausgesprochenen "Ich liebe dich" von Drew so irritiert, dass sie drauf und dran ist, mit ihm Schluss zu machen.
Cox verspricht der Gruppe um Drew eine Höllenwoche mit Prüfungen und Arbeiten, ernennt aber Lucy zur "Gruppenleiterin", da er Drew die Loser ersparen möchte. Die völlig überforderte Lucy bittet Drew zurückzukehren, der lässt sie aber, unter Cox's Druck, abblitzen... Russell Vaughn, ein Topchirurg, der lange in der Dritten Welt gearbeitet hat, stiehlt Turk die Show. Der braucht lange, um zu kapieren, dass ein guter Chef auch mal zurücktritt, wenn es die Umstände erfordern.
Als bei Cole ein Melanom diagnostiziert wird, und außer Lucy keiner seiner Kommilitonen kommt, um ihm beizustehen, wird ihm mit Kelsos Hilfe allmählich klar, dass er sich um seine Freunde bemühen muss. Kelso muss aufgrund strenger Bestimmungen seiner Krankenversicherung vorübergehend seinen Führerschein abgeben. Denise und Cox geraten aneinander, bis sie feststellen, wie ähnlich sie einander sind.
Lucy legt sich mächtig ins Zeug, um Ben angemessen zu verabschieden, doch sie findet bei ihren Kommilitonen keine Unterstützung. Turk gibt Cole, der Chirurg werden will, schwere Aufgaben auf, um seinen Willen und sein Durchhaltevermögen zu prüfen. Denise und Drew sind sich nicht einig, ob sie zusammenziehen sollen.